应用ITS序列分析葱属植物发育关系

用克隆测序法检测葱属14个种的ITS序列,共获得17条不同的ITS序列.结果表明:大葱和洋葱正反交杂种一代测定出分别来自大葱和洋葱两个不同的ITS序列;楼葱也具有两个不同的ITS序列.从ITS序列分析、简约信息位点、GC含量及位点数差异看出,ITS序列比5.8SrDNA序列变异程度高,且ITS1序列比ITS2序列变异丰富.种间遗传距离表明:洋葱、分蘖洋葱和胡葱亲缘关系最近,大葱、鸡腿葱和阿尔泰葱之间也非常近.MP和NJ系统树显示:14种葱属物种分为两大支,薤、韭菜、韭葱和大蒜被分在一支;其余的为另一支.由此推测出:楼葱起源于两葱属物种的种间杂种;胡葱与洋葱源于共同祖先;大葱是由阿尔泰葱进化而来.     

棉花45S rDNA内转录间隔区的克隆与分析

45S rDNA的内转录间隔区(Internal transcribed space, ITS)序列变异性强，是被广泛应用于物种间进化关系研究的序列标签.通过克隆艾克棉(Gossypium ekmanianum,AD₆)、斯蒂芬斯棉(Gossypium stephensii,AD₇)、异常棉(Gossypium anomalum,B₁)、戴维逊氏棉(Gossypium davidsonii,D_3-d)、克劳茨基棉(Gossypium klotzschianum,D_3-k)、旱地棉(Gossypium aridum,D₄)6个棉种的ITS序列，首次获得新鉴定的2个四倍体棉种艾克棉和斯蒂芬斯棉的ITS区序列信息，补充了异常棉、克劳茨基棉和戴维逊氏棉3个棉种ITS区序列的未知碱基.基于ITS序列信息构建了涵盖A,B,C,D,E,F,AD 7个基因组的棉属系统发育树，确定了新鉴定的2个四倍体棉种进化地位，探讨了棉属亲缘关系.研究结果补充和完善了棉属ITS序列信息，...     

基于ITS序列研究当归属、前胡属间的关系与紫花前胡的分类地位

采用PCR直接测序的方法,测定了当归属(Angelica)、前胡属(Peucedanum)等2属23种的核糖体DNA ITS(不含5.8S)序列,并结合GenBank中2属6种的ITS序列,以羌活属的羌活(Notopterygium incisum)作为外类群,根据ITS序列,应用遗传距离值与系统发生树分析法对当归属、前胡属之间的亲缘关系及紫花前胡(Angelica decursiva/Peucedanum decursivum)的系统地位进行了研究.结果表明:(1)当归属与前胡属的亲缘关系很近; (2)结合形态学与化学等其它学科证据支持将紫花前胡归属到当归属.     

分子标记技术在白木香遗传变异研究中的应用

采用简单重复序列区间扩增(ISSR)技术和核糖体RNA基因(rDNA)转录间隔区(ITS)序列分析技术, 对不同地区白木香的遗传变异、亲缘关系及分子鉴定进行研究. 共筛选出7条ISSR引物, 扩增得到80条带, 其中多态性条带的比率是58.8％. 白木香9个居群之间的遗传距离是0.0733～0.4213, 居群间遗传差异不大; 筛选出的引物IS-8可以进行白木香种内和种间的鉴别. ITS序列在白木香种内的变异很小, 只有6个变异位点, 种内遗传距离为0.0％～1.1％. 根据白木香ITS的序列特征可准确鉴别白木香与近缘种. 两种分子标记方法得到的UPGMA聚类图不一致, 但大致趋势相同, 说明ISSR标记与ITS序列分析均可用于白木香遗传变异及亲缘关系的研究, 但ITS序列分析技术在种内遗传变异研究的分辨力不及ISSR高.     

ITS2序列鉴定青葙子及其混伪品

为探讨基于ITS2序列鉴定青葙子及其混伪品的新方法,对青葙子及其混伪品共4个物种7份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时从GenBank下载青葙子及其常见混伪品共10个物种21个样本的序列信息.分析各物种间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列构建其系统发育树.结果表明青葙子及其混伪品的ITS2二级结...     

基于菊科紫菀族ITS2二级结构的预测和比较分析

为比较菊科紫菀族32个物种间结构差异,对该族核糖体第二转录间隔区(ITS2)的核苷酸序列进行了比对分析并预测了其二级结构模型,结果表明:二级结构差异多集中在ITS2结构臂上,核苷酸比对构建的系统树与二级结构特征的比较结果基本一致,32个物种在B臂上均存在一个特殊的结构单元(内环1),其碱基类型、大小与发卡环的相对位置高度一致,表明这段高度保守序列区域对特定的结构拼接或识别具有重要作用,拥有重要的二级结构遗传信息,说明二级结构用于紫菀族的鉴定和亲缘关系研究有效.     

西鄂尔多斯特有种四合木与同生境下蒺藜科三个种的核rDNA ITS的序列比较研究

为揭示分布于西鄂尔多斯高原的中国特有种四合木对生境的适应性及与其他属的亲缘关系，用PCR直接测序方法，对四合木与同生境蒺藜科(zygophllyaceae)其他3个种的核糖体DNA ITS片段进行了序列分析，结果表明，4种植物在ITS片段长度、GC百分含量和变异位点数上均存在一定差异，ITSl长177-212bp，ITS2长218-237bp；GC含量为57．7％～62％，信息位点比例30．1％，系统发育分析表明，四合木(Tetraena mongolica Maxim)与霸王(Zygo-phyllum xanthoxylum Maxim)在系统位置上较相近，白刺(Nitraria sibirica Pall)与蒺藜(Tribulus terrestris L．)较相近，ITS所揭示的亲缘关系与这些种的形态学和胚胎学特征相似。     

江蓠属和龙须菜属5种海藻ITS序列分子系统学分析

测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITS(含5.8S rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITS序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海藻ITS序列长度在893～1 508 bp之间,种间遗传距离在0.041～0.600之间,种内遗传距离在0.000～0.012之间,其种间遗传距离均大于种内遗传距离;ITS系统发育聚类结果显示江蓠科分为两大分支,分别是江蓠属/Hydropuntia分支、龙须菜属/蓠生藻属Gracilariophila分支;江蓠科海藻5.8S序列种内种间变异很小,但存在稳定的属间区分位点,可用于属以上水平的分类鉴定;中国、美国和俄罗斯三地的真江蓠群体的ITS序列存在9个稳定的变异位点,可以将不同地理群体区分开。     

珍稀植物海南草海桐基于ITS序列分析的系统位置研究

通过测定来自国内5个分布地点的海南草海桐Scaevola hainanensis Hance群体核核糖体基因间隔区序列(nuclear ribosomal internal transcribed spacer region,ITS),一方面评估海南草海桐的遗传多样性大小,另一方面,结合Gen Bank中已有的草海桐属物种ITS序列来共同进行分子系统发育分析,旨在确定海南草海桐在草海桐属中的系统位置。研究结果表明海南草海桐遗传多样性水平极低,作为一种珍稀植物在分子水平上同样面临灭绝的风险。而分子聚类结果发现海南草海桐位于Scaevola组里的北半球谱系,并与夏威夷本地物种的亲缘关系最近,两地草海桐属物种之间可能存在祖先—后代(progenitor-derivative)的扩散模式。研究结果同时否定了Scaevola组的单系性以及海南草海桐由同域广布种草海桐演化而来的假说。     

茶藨子属ITS2序列二级结构的预测和比较分析

目的:利用内转录间隔区2(ITS2)序列对茶藨子属30个物种进行分类鉴定.方法:利用Clustal W软件多序列比对分析从Genbank上下载的ITS2序列,通过MEGA7.0软件计算遗传距离(K2P),基于K2P模型构建邻接(NJ)聚类树,并用RNA Structure5.4软件分析各物种ITS2二级结构的差异.结果:从构建的聚类树可知,茶藨子属30个物种均聚为1大枝11个小分枝,说明茶藨子属是一个单系类群;根据ITS2的二级结构分析,该属所有物种都均具有相似的结构,说明了该属的特异性较强,同时也说明了ITS2序列分析适用于茶藨子属植物的分类鉴定,并在近缘物种间的系统学研究、物种的鉴定方面具有较大的应用潜力.