| 计算最大堆迭的RNA二级结构预测算法 |
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| 引用本文： | 刘振栋,李恒武,朱大铭.计算最大堆迭的RNA二级结构预测算法[J].南京大学学报(自然科学版),2005,41(5):532-537. |
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| 作者姓名： | 刘振栋 李恒武 朱大铭 |
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| 作者单位： | [1]山东大学计算机科学与技术学院,济南250100 [2]山东经济学院计算机科学与技术系,济南250014 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（60273032） |
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| 摘 要： | RNA二级结构预测用于蛋白质功能分析，在生物信息学研究中具有重要意义．提出了一个时间复杂度为O（n^2）的基于Greedy算法思想的算法．基于“堆迭结构相对稳定”的RNA分子结构特征，算法思想为计算具有最多堆迭的RNA二级结构．用VC＋＋编程实现了该算法，采用PseudoBase的RNA分子片段进行了计算实验，结果表明该算法具有良好的准确度．该算法可预测RNA分子的嵌套二级结构和伪结点一级结构．
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| 关 键 词： | RNA二级结构 伪结点 NPC 动态规划 热动力学 |
| 收稿时间： | 07 8 2005 12:00AM |
The Predicting Algorithm of RNA Secondary Structure for Computing Maximum Stacking |
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| Liu ZheDong;Li HengWu;Zhu DaMing.The Predicting Algorithm of RNA Secondary Structure for Computing Maximum Stacking[J].Journal of Nanjing University: Nat Sci Ed,2005,41(5):532-537. |
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| Authors: | Liu ZheDong;Li HengWu;Zhu DaMing |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | RNA secondary structure pseudoknots NP-complete dynamic programming thermodynamics |
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