| 3种金线鲃属鱼类基因组微卫星的筛选与分析 |
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| 引用本文： | 王军,罗琦,段茜,钟凯丽,黄晓彤,张仁意.3种金线鲃属鱼类基因组微卫星的筛选与分析[J].贵州师范大学学报(自然科学版),2019,37(4):19-24. |
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| 作者姓名： | 王军 罗琦 段茜 钟凯丽 黄晓彤 张仁意 |
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| 作者单位： | 贵州师范大学生命科学学院,贵州贵阳,550025;贵州师范大学生命科学学院,贵州贵阳,550025;贵州师范大学生命科学学院,贵州贵阳,550025;贵州师范大学生命科学学院,贵州贵阳,550025;贵州师范大学生命科学学院,贵州贵阳,550025;贵州师范大学生命科学学院,贵州贵阳,550025 |
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| 基金项目： | 贵州省科学技术基金项目;贵州师范大学博士科研项目;大学生科研训练计划 |
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| 摘 要： | 利用生物信息学的方法,基于已公布的滇池金线鲃、安水金线鲃和犀角金线鲃的全基因组序列,筛选出3种金线鲃全基因组中的微卫星,并对所得数据进行分析。结果显示:在滇池金线鲃、安水金线鲃和犀角金线鲃全基因组中分别筛选出完美微卫星851 732个、849 226个和848 258个,其丰度分别为543. 39个/Mb、561. 32个/Mb和557. 52个/Mb; 3种金线鲃鱼类基因组中二碱基重复类型最多,分别占全部微卫星总数的50. 24%、40. 72%和40. 72%,其次是单碱基四碱基三碱基五碱基六碱基;安水金线鲃和犀角金线鲃基因组中的核心重复类别比例最高的为A,而滇池金线鲃核心重复序列比例最高的为AC; 3种鱼类基因组微卫星序列分布结果表明,位于外显子上的数量远低于内含子和基因间隔区。
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| 关 键 词： | 金线鲃属 基因组 微卫星 生物信息学 |
Screening and analysis of microsatellites in the genomes of three Sinocyclocheilus fishes |
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