| 黄连基因组勘测与分析 |
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| 引用本文： | 孙全,何晓红,牟军,蔡应繁.黄连基因组勘测与分析[J].四川大学学报(自然科学版),2014,51(6):1330-1335. |
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| 作者姓名： | 孙全 何晓红 牟军 蔡应繁 |
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| 作者单位： | 四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室;四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室;四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室;四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室;重庆邮电大学生物信息学院;重庆邮电大学生物信息学院;重庆邮电大学生物信息学院;重庆邮电大学生物信息学院 |
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| 基金项目： | 国家林业局中南速生材繁育实验室开放课题 |
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| 摘 要： | 本研究基于下一代测序技术,对黄连基因组进行了勘测,构建了两个插入片段大小分别为200bp和500bp的文库,进行了深度约30X的测序。通过测序获得了54Gb的原始数据,过滤后得到44.8G数据。通过SOAP de nove软件组装后初步获得了contig和Scaffold序列,进一步分析结果显示其基因组大小为1,116Mb左右,大约具有1.1%的杂合度,说明要完成该物种的全基因测序可能在使用鸟枪法的同时,还应该联合BAC文库测序等多种方法.对这些数据进行了初步的组装,获得了130,381条scaffold序列.
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| 关 键 词： | 黄连 基因组 测序 分析 |
| 收稿时间： | 2013/9/29 0:00:00 |
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