线粒体蛋白组研究进展

线粒体蛋白组是指在线粒体中出现的所有蛋白质的集合,包括线粒体自身基因组编码的和 由核基因组编码的蛋白质.线粒体作为真核生物的重要细胞器,它参与去除氧化、产生能量和还原 性物质等等一些重要的生命活动过程.这些功能都依赖于线粒体蛋白组中的蛋白河的相互作用.要 对其有一个较为全面的认识,就必须对其蛋白组进行广泛且深入的研究.根据现有的一些研究成 果,对线粒体蛋白组在起源与进化、跨膜运输、研究方法和计算机预测作了简要综述.     

并行计算在生物信息学中的应用

本文给出了一种在生物信息学中计算分子静电势的加速并行算法,分别在mpich和openmp环境下对1A30蛋白质(HIV-1PROTEASE)进行了计算,最后给出了结论。     

BioStarM-140s芯片基因信息查询系统的构建及应用

应用生物信息学数据库查询的方法,对B ioS tarM-140s小鼠基因表达芯片上的14 112个基因进行相应注释信息的查询和所对应蛋白质功能的分类.首先参照人类综合型芯片上基因的功能分类,设定了14个蛋白质类别,然后采用V isual C 编程语言,构建了基因信息查询系统.应用该查询系统,进行了网络生物学数据库信息资源的自动直接查询,共搜索到有注释信息的基因12 070个;进一步按照所设定的14个蛋白质类别对12 070个基因进行分类查询,搜索到了与这14个分类相符合的、具有详细蛋白质功能注释信息的基因共1 606个.     

造血干细胞(CD34+)表达谱数据分析

造血干细胞分化的潜能及自我更新的分子机制是造血干细胞研究中最重要的领域.通过对来自造血干细胞(CD34+)的EST(Expressed Sequence Tags)和SAGE(Serial Analysis of GeneExpression)数据进行系统生物信息学分析,发现了造血干细胞除表达大量下游分化细胞的分子标志外,还表达一些非造血组织的特异基因.在分子调控方面,反义RNA可能是一种非常重要的调控手段.     

物种种性漂移的生物信息论基础

提出了生物信息论——以数字化技术研究和描述生物遗传信息的结构、变化、传递和表达成生物性状全过程的科学，建立了生物信息的结构、变化、传递和表达模型，定义了用于生物信息论研究的若干概念，分析了物种种性漂移的生物信息论之基础。     

基因组学与蛋白质组学

介绍了基因组与基因组学、蛋白质与蛋白质组学的概念及功能基因组学和蛋白质组学的研究方法。     

植物功能基因组研究进展

基因组学研究已开始从结构基因组学转向功能基因组学。对功能基因组学研究的重要意义及内容、方法进行了综述，并对植物功能基因的研究进展及应用前景作了介绍。     

面向生物信息学计算的网格工作流系统

针对生物信息学网格计算需求,提出了一种网格工作流管理系统模型,系统以Web方式为用户提供服务,通过与软件模块的交互实现良好的可定制的人机交互界面,使得不熟悉网格计算和工作流系统的人也可以快捷直观地操作使用.该系统能够自动地对工作流任务进行调度,然后通过网格中间件进行执行,并对任务进行监控和管理.论述了该系统的框架和实现原理,通过一个生物信息学计算实例说明工作流的定义、描述和使用流程;并且,通过与中国教育科研网格公共支撑平台CGSP工作流系统的对比,说明了该系统在可视化、便捷性上更符合生物信息学计算需求的特点.     

长春国际生物信息学研讨会简介

为了推动我国生物信息科学的发展，中国科学院院士陆汝钤教授和美国佐治亚大学生物化学与分子生物学系徐鹰教授于2003年联合发起了在中国召开国际生物信息学研讨会的倡议。研讨会的宗旨是推动国内生物信息学的教学、科研与国际交流。陆汝钤教授和徐鹰教授的联合倡议得到了国内外生物信息学领域相关研究人员的热烈响应。目前，国际生物信息学研讨会已经在国内连续召开了3届。首届国际生物信息学研讨会于2003年12月在复旦大学举行，由徐鹰教授和陆汝钤院士联合主持。     

蛋白质中氨基酸间的相关性研究

计算和分析了4种类型(α型、β型、α／β型和α β型)共计204个蛋白质中的20种氨基酸间的相关性．研究发现，氨基酸之间的相关性可分为强正相关、强负相关、弱相关和不相关．作为蛋白质的建筑构件，20种氨基酸在不同类型的蛋白质中的相关性反映了这些建筑构件间的匹配规则，代表了蛋白质的结构特征．本文分析了部分氨基酸间的相关性与蛋白质结构间的联系，从物理和化学性质上解释了氨基酸相关性的起源。