基于Attention Bi-LSTM模型构建蛋白质诱饵序列库

利用计算机技术在海量质谱数据中鉴定蛋白质序列是蛋白质组学研究最基本且重要的任务之一,诱饵序列库构建的好坏是蛋白质鉴定质量控制成功的关键之一。发展了基于注意力机制-双向长短期记忆神经网络(Attention Bi-LSTM)的诱饵序列构建方法,整体研究基于编码-解码框架,采用双向长短期记忆神经网络在解决传统循环神经网络梯度消失问题的同时,可以捕获前向后向更多依赖信息对处理序列数据更加有优势;引入注意力机制提高模型对目标序列库和诱饵序列库相关程度的关注度;并与目前常用的随机和反转算法进行比较。结果显示,基于Attention Bi-LSTM模型构建的诱饵序列库能满足理想诱饵序列库的各项特征要求;在不同大小实验数据集以及谱图、肽段、蛋白3个层面对比分析,显示构建的诱饵序列库与其他方法比具有更好的灵敏性。因此,Attention Bi-LSTM是一种很有潜力的诱饵序列库构建方法。     

民营经济转型升级中的失控风险与矫正策略

党的十八大报告提出,要加快转变经济发展方式,这就需要民营经济的转型升级。要让民营经济的转型升级更加顺畅,避免转型升级的失控风险尤为重要。民营经济转型升级中的失控风险表现在产业选择方向、先行企业行为与其他企业跟进行为、推进市场化进程等方面。对这些失控风险要有相应的矫正策略,其中政府要发挥服务与催化作用。     

分子生物学实验技术仿真应用研究进展

分子生物学实验技术的仿真应用开始于上个世纪七十年代,仿真应用中电泳和色谱技术是研究最多的仿真对象,分子杂交、聚合酶链式反应、质谱、测序和标记等实验技术的仿真也有一定的进展。仿真建模方法主要是基于实验机理和实验经验构造模型,并且两种方法相互渗透,在一定程度上弥补了各自的不足之处。生物学实验技术的仿真运用较多的随机理论和统计理论,能够更为客观地描述实验过程中分子的运动。仿真应用既能辅助进行实验设计,也能够为实验技术的发展提供指导性意见。     

经济转型时期应对新贸易壁垒我国政府部分经济职能的转变

新贸易壁垒在世界范围内将长期存在并给我国带来一定影响。为应对新贸易壁垒,处于经济转型时期的我国政府部分经济职能的转变势在必行,这些职能主要有:强化战略规划职能,制定产业政策引导职能,建立贸易救济机制的经济职能,加强反新贸易壁垒对策研究,积极参与国际经济事务的协调职能,建立和完善新贸易壁垒的预警机制的经济职能等。     

转型经济中市场秩序的特性与政府干预

当前我国处于转型经济中,市场秩序的特性是市场秩序结构范式还未形成,市场秩序行为较为混乱。从我国转型经济的特性和市场秩序的内涵方面看都需要政府的干预,政府干预的思路应该从政府干预的功能和适度干预等方面加强研究。     

中央苏区时期的毛泽东经济思想散论

中央苏区时期，毛泽东经济思想开始形成，毛泽东提出国营经济、合作社经济、私人经济多种经济成分共同发展，他指出在苏区应以农业生产为重点及鼓励工商业的发展，他还指出了经济建设在中央苏区的重要性。     

22周孕龄人胎肝表达序列标签数据更新与初步分析

随着国际上转录组数据及本室22周孕龄人胎肝表达序列标签数据的不断增加, 先前该组织表达谱的研究有必要进行更新与完善. 本研究首先将22周孕龄人胎肝每一表达序列标签与自身数据库, UniGene, DoTS, MGC以及Twinscan预测的人类转录组数据库进行比对以归类. 然后, 经过电子拼接和基因鉴定, 对已知基因进行GO (gene ontology)分类, 对未知基因进行Pfam和ScanProsite功能预测. 最后, 对人胎肝、成人肝、骨髓、胸腺及淋巴结这些拥有造血作用或可表明人胎肝特性的5种组织进行了层次聚类分析. 结果表明: (ⅰ) 与5种最新人类转录组数据库比对, 极大地降低了那些属于一个基因但互不交叠的序列被划分到不同簇的可能性, 因此在进行EST归类时, 推荐与互联网上有关最新数据进行比对; (ⅱ) 一些先前未知EST已被鉴定为已知基因, 1379个EST被鉴定为本室独有的全新序列; (ⅲ) 通过GO分类, 对22周孕龄人胎肝有了一个大致了解, 同时获得了6个细胞迁移基因和6个造血相关基因; (ⅳ) 通过基因功能预测获得了277个模体(profile), 其中有5个类型可分布于10个以上基因之中; (ⅴ) 层次聚类表明, 5种组织关系与它们的功能相一致; (ⅵ) 建立了世界上最大的22周孕龄人胎肝表达序列标签数据库. 总之, 22周孕龄人胎肝表达序列标签数据的更新与初步分析将有助于对人胎肝造血机制及细胞迁移机制的了解, 可促进未来对该组织进行全面深入的研究.