热力学约束下代谢网络流量的蒙特卡洛采样方法

发展了一种新的基于约束的代谢网络分析方法:将代谢网络中可能的稳态类比成一个热力学系综进行蒙特卡洛采样,定义以代谢流量为变量的势能函数,既包括能使网络的生物量产出达到最优的目标量,也包含网络需要满足的一些约束条件.该方法可以对大肠杆菌稳态代谢流量空间在自动满足热力学约束和稳态约束的条件下进行采样,比已有的方法更方便有效,样本比完全随机采样具有更好的分布.优化生物量产出得到的模拟结果与真实实验结果一致.此外,使用不同势能函数,例如使乙醇产量最大化,可获得不同目标下的流量分布,对于代谢工程的遗传操作有指导作用.     

5-甲基-4-氧代-3,4-二氢噻吩并[2,3-d]嘧啶-6-甲酸乙酯衍生物的合成

在吗啡啉催化下,利用Gewald反应使乙酰乙酸乙酯、氰基乙酸乙酯与硫反应得到中间体5-氨基-3-甲基噻吩-2,4-二甲酸乙酯(2),再与原甲酸三乙酯反应生成5-乙氧基亚甲胺-3-甲基噻吩-2,4-二甲酸乙酯(3),最后再与相应的伯胺反应生成了4个目标产物5-甲基-4-氧代-3,4-二氢噻吩并[2,3-d]嘧啶-6-甲酸乙酯衍生物(4a~4d),所得产物结构经由1H NMR,IR,MS进行了确证.结果表明:该研究方法原料易得,反应条件适宜,所得化合物产量较高.