基于小波变换的蛋白质与DNA相互作用的计算机预测

蛋白质与DNA的相互作用在细胞的转录调控和DNA修饰等活动中至关重要.将改进的共鸣识别模型应用于预测酵母蛋白质与DNA的相互作用,运用小波变换找出阳性数据和随机数据的信噪比分布的差异,并通过阈值的选取达到了较好的预测结果.同时,将阳性数据与相应复合物的序列进行序列联配,找到了保守位点,进而从结合位点的角度验证了本方法的正确性.     

二阶HMM算法改进及在miRNA靶基因预测中的应用

隐马氏模型在语音识别和生物信息学中有重要的应用. 本文研究二阶隐马氏模型(HMM2)的基本算法,利用归一化和递推原理,改进模型的前向-后向算法及Baum-Welch训练算法并给予证明,使得该算法更容易理解和机器实现,并保证数值稳定性. 将HMM2应用到miRNA靶基因预测的后期过滤处理中取得了较好的结果.     

基于关联规则挖掘的蛋白质相互作用的预测

利用蛋白质的一级结构信息,采用三肽频数方法刻画蛋白质序列,将关联规则(association rule,AR)挖掘应用于蛋白质相互作用(protein-protein interactions,PPIs)的预测.计算结果表明,提出的方法在半胱氨酸不同分类的情况下都能够准确地预测蛋白质相互作用.最后,比较半胱氨酸的不同分类对预测结果的影响.     

通过序列编码预测蛋白质相互作用

该文利用蛋白质的一级结构信息,将支持向量机应用于人的蛋白质相互作用预测中,采用三肽频数方法刻画 蛋白质序列. 计算结果表明,该方法能准确预测人的蛋白质相互作用. 比较了半胱氨酸在不同分类下对预测结果的影响, 对人的胚胎肝脏蛋白质相互作用网络进行预测,为实验提供了重要的信息.