废水处理功能菌株FA-2的实时荧光定量PCR检测

FA-2是油脂化工废水处理系统中分离到的降解脂肪酸和脂肪胺的功能菌.本研究以大肠杆菌为参照菌,基于荧光定量PCR技术,建立了检测FA-2相对含量的荧光定量PCR方法.根据FA-2已知特异序列GENE2和大肠杆菌16 s rRNA基因序列GENE1分别设计合成特异引物和Tagman探针,采用实时荧光定量PCR技术分别检测各样本FA-2和E.coli 16 s rRNA基因的相对拷贝数,获得了FA-2及大肠杆菌的标准曲线.并比较这两种基因剂量之比例和混和的菌数比例之间的关系.结果表明混合菌液中FA-2的含量与CtGENE2与CtGENE1的差值ΔCt呈线性关系,由此可以推算出模板DNA的数量及对应的细菌数量.荧光定量检测结果与直接计数结果基本一致.该方法的建立,为进一步在废水处理系统中应用FQ-CR检测功能菌的含量打下基础.     

应用FQ-PCR检测孕妇外周血中胎儿细胞含量

合成一对染色体单拷贝基因GAPDH特异的引物和一对Y染色体单拷贝基因SRY特异的引物,并合成两条特异性TaqMan探针,加等量的DNA到含有上述两个引物探针的PCR反应体系中,行荧光定量PCR,获得两种基因的定量值,通过这两种基因含量的比值,计算孕妇外周血中胎儿细胞含量.在30 μL FQ-PCR反应体系中,加入最少约0.05 ng 正常男性基因组DNA能够稳定地获得扩增曲线;在60例临床孕妇外周血标本DNA 的DCFQPCR扩增中有35例出现SRY扩增阳性,阳性率为58.3%;在这些标本中,GAPDH 基因Ct值范围在20~22之间;SRY 基因Ct值范围在33~40;经计算,胎儿细胞含量范围在1/10.4~1/10.6.     

成都地区60株铜绿假单胞菌中第I类整合子的鉴定及特性分析

采用两种PCR法(整合酶PCR法和长片段整合子PCR法)检测60株成都地区4家医院分离的铜绿假单胞菌的第Ⅰ类整合子,并对扩增产物进行序列分析.对60株铜绿假单胞菌第Ⅰ类整合酶基因的检测,发现有28株扩增结果为阳性(46.7%),所扩增片段的大小为110 bp.测序结果与GenBank中已报道的ⅠntI1基因核酸序列同源性为100%.长片段PCR法扩增Ⅰ类整合子的可变区,60株铜绿假单胞菌中有18株检测到不同大小的Ⅰ类整合子基因盒,占标本总数的30.0%.插入的基因盒大小从300 bp到超过2000 bp不等,18株整合子阳性菌中,有两株菌同时含有2种大小不同的整合子.序列分析结果表明,菌株R03的1900 bp 整合子携带aacA4基因盒,菌株W13的1900 bp整合子中含dfr17和aadA5基因盒.     

西藏胡黄连根状茎差异表达基因的筛选及分析

 西藏胡黄连是著名的濒危西藏药材, 其粗壮的根茎部是重要的合成和储存药用萜类物质器官,萜类含量显著高于叶部。为克隆西藏胡黄连根状茎和叶的差异表达基因,利用抑制消减杂交技术,构建了根状茎特定的抑制消减文库。从该SSH文库中随机挑取片段不一的阳性克隆测序,采用Blastx进行同源比对,获得了27个表达序列标签（EST）,并获登录号。序列统计分析结果表明,其中有11个EST在GenBank中无同源性序列,推测可能是新基因片断。蛋白质功能分类结果表明,这些蛋白质与翻译、能量代谢、转运与结合、细胞膜合成、氨基酸生物合成及中间代谢6大类蛋白功能有关。为深入研究与萜类生物合成直接或间接相关基因,选择了长595 bp的差异表达EST序列EX172715进行了同源比对和蛋白系统进化分析。结果表明,EX172715具有细胞色素P450单加氧酶的特征结构,与拟南芥的细胞色素P450单加氧酶蛋白的同源性高于水稻和小麦。提供了一组与西藏胡黄连次生代谢相关的新基因库。     

双色荧光定量PCR检测慢性粒细胞白血病(CML)患者BCR/ABL融合基因的表达

根据常见的BCR/ABL融合基因序列,分别设计合成检测BCR/ABL融合基因和ABL基因表达的TaqMan引物、探针,其中检测融合基因表达的探针标记FAM荧光素,检测ABL基因表达的探针标记HEX荧光素,检测BCR/ABL融合基因探针标记FAM荧光素的;提取患者骨髓细胞标本总RNA,逆转录成cDNA;以其为模板在同一PCR扩增管中同时进行两种基因的双色荧光定量PCR反应,分别定量测定BCR/ABL融合基因和ABL基因的表达量,并计算两种基因表达的比值;采用该基因检测技术检测20例CML患者BCR/ABL融合基因及ABL基因的表达量,与临床诊断结果对比,判断该技术在CML检测诊断中的价值.成功地建立了双色荧光定量PCR技术方法,在20例患者中检出18例融合基因阳性,检测阳性率90％.     

应用PCR技术快速检测葡萄球菌耐药基因的初步研究

根据上述抗生素抗性基因的保守序列,设计合成其特异的引物,PCR扩增检测成都地区临床分离的86株葡萄球菌的相应耐药基因,并与临床药敏试验比较,追踪调查其预后情况.结果55株耐甲氧西林分离株中mecA基因检测阳性的为48株,基因型与表型符合率87.3%;59株红霉素耐药菌株中ermA和(或)ermC基因阳性的为54株,基因型与表型符合率91.5%.而30株甲氧西林敏感的分离株中mecA基因检测阴性的为22株,基因型与表型符合率73.3%;26株红霉素敏感菌株中ermA和ermC基因阴性的为15株,基因型与表型符合率57.76%.mecA、ermA、ermC基因检测均阳性的患者死亡率(66.7%,26/39)与上述基因均阴性的患者死亡率(21.4%,3/14)存在显著性差异(p＜0.01).     

^211At对小白鼠胚胎毒性的研究

采用ＮＩＨ纯系小白鼠为实验材料，以腹腔注射的方式给药，研究了＾２１１Ａｔ对小白鼠胚胎的毒性作用，结果表明，＾２１１Ａｔ有较强的胚胎毒性作用。主要表现为胚胎致畸作用和小鼠出生前死亡率显著增加，最小致畸量为每ｇ体系０．１μＣｉ，最佳致畸量为每ｇ０．２μＣｉ。