蛋白质二级结构中同义密码子与氨基酸上下文关联的偏好型

通过对人(Homo sapiens)的117个蛋白质和大肠杆菌(E．coli)的87个蛋白质的统计分析，发现mRNA序列中的同义密码子与氨基酸的上下文关联是和蛋白质二级结构有关的，并给出了各二级结构中有意义的上下文关联型．讨论了该结果对蛋白质结构预测的改进意义及其在基因工程领域可能的应用。     

基于小波方法的蛋白质非规则二级结构预测

蛋白质的二级结构可以分为两类：规则二级结构和非规则二级结构，α螺旋和β折叠是典型的规则二级结构，它们的残基具有重复的主链转角，而且它们的N－H和C－O基团以氨键形式周期分布。相比之下，剩余的部分没有可重复转角，称之为非规则二级结构，对蛋白质氨基酸序列做了广泛的分析，结果表明，用连续小波变换可以对蛋白质氨基酸序列中的非规则二级结构进行有效的预测。     

相互作用三原子环的非线性动力学研究

利用数值方法研究了三个相互作用的二能级原子构成的环的非线性动力学行为。计算结果表明，对不同的非线性参数，系统呈现出丰富的非线性动力学行为。特别是当非线性相互作用参数比较大时，三个原子之间的能量交换往往以不规则的方式进行。这也说明，几个原子的系统也可以出现非常复杂的动力学行为。     

同义密码子用语与蛋白质二级结构信息

对人体117个蛋白质和大肠杆菌的185个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的同义密码子与氨基酸上下文关联熵、蛋白质序列中氨基酸与氨基酸上下文关联熵作了统计分析，发现密码子关联确实比氨基酸关联对蛋白质二级结构提供的信息量大，而且人蛋白质中同义密码子提供的二级结构信息比大肠杆菌中多．同时，证明了在相对信息剩余大于等于30％的情况下，Adzhubei给出的九种氨基酸中的八种其同义密码子在某些二级结构中明显的携带结构信息；此外A，N，D，R，H，C，Y这几种氨基酸的同义密码子在某些二级结构中也明显地携带结构信息．     

密码子上下文关联与蛋白质二级结构

对人(Homo sapiens)117个蛋白质和大肠杆菌(Ecoli)的87个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的密码子上下文关联作了统计分析，发现它们的使用对不同种属的蛋白质二级结构有不同的偏好，对同一种属蛋白质的不同二级结构也有不同的偏好．与密码子和单碱基关联的结果比较，说明密码子上下文关联可以更加准确地预测蛋白质二级结构．     

几种N-亚硝胺类化学致癌物的分子轨道法研究

N-亚硝胺是一类具有很强致癌性与致突变性的物质,化学上叫做N-亚硝基化合物。近年来许多证据表明N-亚硝胺是一类很重要的环境致癌物,而且与多种类型的人类癌症都有关系。这样就急需了解其致癌机制。     

组件式GIS在成矿预测软件开发中的应用研究

组件式GIS二次开发可以简化GIS软件的开发流程、减少开发工作量,为专用GIS开发提供一种简便开发方法,利用它可以方便快捷地开发出高聚合、低耦合的专用GIS软件.基于MapGIS K9平台利用证据权法成矿预测理论对DPIS软件进行了移植开发,新的DPIS软件基于VS2008加MapGIS K9开发平台模式,充分利用数据中心系统组件库提供的组件、控件功能进行开发,依证据权成矿预测流程设计所需的子程序,并集成到通用GIS平台上,快速实现成矿预测功能.     

氨基酸残基侧链对蛋白质能带结构的影响——晶体轨道法研究

蛋白质中能量和电荷迁移不仅在它的生物学功能中起着重要的作用,而且也展现了美好的应用前景(如有机半导体、有机超导体等等)。为了描述这种能量和电荷迁移,Szent-Gygyi在1941年提出了开拓性的思想,认为蛋白质分子和半导体一样,存在非局域的电子和空穴。到目前,为了确定蛋白质的能带结构和电子非局域化的可能途径已经进行了一些理论研究。这些结果说明蛋白质是良绝缘体而不是半导体。然而,上述研究采用的模型都是比较简     

多维尺度分析中的算法研究

提出一种新的多维尺度分析算法。该算法是对 Ｋｒｕｓｋａｌ算法进行了实质性的修改而获得的，从而在理论上首次证明了算法的收敛性。所做的数值实验表明文中所提出的算法仍具有良好的实际计算效果。     

我国传统思维方式与我国科学的发展

1990年12月9日是英国著名学者李约瑟博士90周年诞辰。为了表示对李约瑟博士九十华诞的庆贺,本刊特辑“李约瑟难题’征答”专栏。所谓“李约瑟难题”,就是指李约瑟博士提出的一个历史之谜,即“中国古代有杰出之科学成就,何以近代科学崛起于西方而不是中国?”这一难题的提出曾在全世界范围内引起了众多专家学者极为广泛的兴趣,为此先后举行过几次学术讨论会,发表过相当数量的论文。这无疑对解答“难题”,开拓视野,启迪思想,大有助益。李约瑟博士是中国人民的老朋友,对中国古代文明有着深厚的感情和卓越的研究成果,为世界所公认。 1980年12月,值李约瑟博士80周年诞辰之际,本刊曾发表了徐迓亭先生的专文《李约瑟博士与中国科学》,简要介绍了李约瑟博士生平及其在中国的科学活动,以此表示我们的友好情谊,1981年9月,在李约瑟博士千里迢迢再次来华访问期间,本刊又专辑了李国豪、张孟闻、曹天钦、胡道静等专家学者的文章,介绍了李约瑟博士的在华活动及其丰硕成果。在10年后的今天,李约瑟博士90周年诞辰之际,本刊特举办“李约瑟难题’征答”活动,以示祝贺。自1989年11期本刊刊出“李纷瑟难题’征答”启事后,得到了广大读者的响应和支持,陆续收到了60余篇应答稿件。借此机会,我们对广大读者对本专栏的热情支持深表谢意。由于篇幅有限,这次仅选入11篇有一定代表性观点的文章,供有兴趣者探讨。我们深信,无论是提出这个“难题”的李约瑟博士,还是关注和探索这个“难题”的海内外学者,都希望振兴中国科学技术,使具有五千年悠久文明历史的中国重新崛起,并屹立于世界文化之林。本专栏曾得到胡道静、吴德铎、马伯英等先生的大力协助,在此特致谢意。