An Integrated Workflow for Proteome-Wide Off-Target Identification and Polypharmacology Drug Design

Polypharmacology,which focuses on designing drugs to target multiple receptors,has emerged as a new paradigm in drug discovery.To rationally design multi-target drugs,it is fundamental to understand protein-ligand interactions on a proteome scale.We have developed a Proteome-wide Off-target Pipeline （POP） that integrates ligand binding site analysis,protein-ligand docking,the statistical analysis of docking scores,and electrostatic potential calculations.The utility of POP is demonstrated by a case study,in which the molecular mechanism of anti-cancer effect of Nelfinavir is hypothesized.By combining structural proteome-wide off-target identification and systems biology,it is possible for us to correlate drug perturbations with clinical outcomes.     

基于微分进化算法的层间等级网络编码优化

层间等级网络编码是一种联合利用信源分层编码与组播间线性网络编码优势的多速率线性网络编码技术.与分层组播网络编码相比,层间等级网络编码能够进一步提高异构信宿网络的资源利用效率.然而,网络中各链路上进行的编码类型,是影响层间等级网络编码多速率传输性能的决定性因素.本文面向单信源异构信宿网络,研究层间等级网络编码的优化;基于微分进化算法,提出了一种最优编码类型配置的快速搜索方案.该方案充分体现了信源输出链路上进行的层间等级网络编码对整个网络传输性能的影响;具体设计了符合层间等级网络编码本质特性的微分进化操作.实验结果表明,与现有的启发式算法相比,本文提出的基于微分进化算法的层间等级网络编码优化方案,能够为单信源异构信宿网络获得更高的网络总吞吐量.     

场地条件对西昌昔格达组三维地基地震动响应

为查明场地结构和填挖分布对西昌昔格达组沉积地层三维地基地震动响应规律的影响,利用有限元软件模拟了地震作用下2个三维计算模型表面的加速度分布情况。从场地平台结构、标高突变和填挖分区3个方面讨论地基地震动响应差异。研究表明：场地平台标高越高,竖直方向加速度放大系数变化越显著;标高突然增大引起竖直方向加速度放大系数骤增,向平台内侧延伸,加速度放大系数有减小的趋势;填方区加速度放大系数大于挖方区;地震动响应的地形放大效应具有方向性,数值分析应该采用三维计算模型。研究结果为西昌昔格达组地层场地地基方案比选和抗震设计提供重要依据。     

基于核磁共振分析支气管哮喘患者中医肾虚痰瘀证与维医异常黑胆质证共性特征

 采用核磁共振（NMR）检测技术进行哮喘肾虚痰瘀证患者与哮喘异常黑胆质证患者血浆代谢组学分析,寻找哮喘肾虚痰瘀证和异常黑胆质证代谢组学异同点,从代谢组学层面解释中医和维医辩证分型的异同点及其物质基础,描述主要的代谢变化特点,阐述2 种理论物质基础的异同点,为中医和维医等传统医学理论的现代研究提供一定的基础。收集哮喘病患者162 例和50 例健康志愿者,患者根据中医学传统理论和维吾尔医学传统理论分为肾虚痰瘀证患者和异常黑胆质证患者,收集健康志愿者和患者早餐前血液并分离血浆;对血浆样本进行核磁共振（NMR）为基础的代谢组学研究。血浆核磁共振氢谱（¹H NMR）数据采用正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA）结合自动规格化（UV）处理方法进行处理和分析,差异性代谢物的确定根据皮尔森相关系数显著性差异检测所确定的相关系数判断。结果显示,与健康对照组相比,哮喘病肾虚痰瘀证患者血浆中异亮氨酸、亮氨酸、缬氨酸、乳酸、丙氨酸、糖蛋白、柠檬酸、酪氨酸、苯丙氨酸和1-甲基组氨酸10 种代谢物含量明显降低,差异有统计学意义（P<0.05）;哮喘病异常黑胆质证患血浆中异亮氨酸、亮氨酸、缬氨酸、乳酸、丙氨酸、糖蛋白、谷氨酰胺、肌酸、肌酸酐、柠檬酸、酪氨酸、苯丙氨酸、1-甲基组氨酸、α-葡萄糖、β-葡萄糖和肉碱等16 种代谢物含量明显降低,差异有统计学意义（P<0.05）。由此表明,肾虚痰瘀型哮喘和异常黑胆质型哮喘有着相似的体内代谢变化机制,表现为氨基酸代谢异常、三羧酸循环被抑制、糖异生增强和免疫功能紊乱等;支气管哮喘肾虚痰瘀证和异常黑胆质都有相似的病理变化基础,体现了两证的基本一致性,是同一病理现象和过程在不同医学体系内的描述。     

农业生物技术科技创新发展趋势

 21世纪中国现代农业发展面临人口增长、资源短缺和环境恶化的多重压力。据测算,中国要保障2020年14.5亿人口的粮食安全,粮食产量必须比现有生产水平提高20%。中国农业资源人均占有量偏低,到2020年,人均占有耕地将由现在的0.11hm²降低到0.094hm²。耕地和水资源的刚性制约,严重威胁到中国粮食安全,单纯依靠常规技术和扩大生产规模难以满足未来不断增长的农产品需求。发展生物育种技术,加快培育优质、高产、高效农作物新品种,已成为保障国家粮食安全的战略选择。     

山西省入境游客时空分布格局及其变化研究

选取2003年~2011年山西省各地级市入境游客数据,采用相关的地理分析方法和GIS技术,对山西省11个地级市入境游客数量在时间和空间尺度上的分布变化情况进行了分析.通过研究得出:山西省各地级市入境游客数量呈上升趋势,但各地级市游客流波动性不一致,变化率不稳定;各地级市入境游客的空间集聚性逐年下降,分布越来越散,入境旅游差异逐渐缩小;入境游客空间分布由"两中心结构"向"一核两带南北辐射式"结构转变.     

配合煤的镜质组反射率分布与焦炭强度预测

为了工业配煤炼焦生产的需要,通过对配合煤的镜质组反射率分布与焦炭机械强度的研究,得出镜质组反射率分布与焦炭机械强度具有良好的线性关系。据此建立相关性好、可信度高的数学模型,进行实验验证。结果表明:焦炭机械强度M40和M25的预测误差小,可以用于指导工业配煤炼焦生产;影响M40和M25最大的均为肥煤,影响M10最大者为焦煤。     

RbCl量子点中强耦合磁极化子基态能量的温度效应

采用线性组合算符和Line-Low-Pines（LLP）幺正变换方法研究了RbC1量子点中强耦合磁极化子基态能量的温度效应。并对RbCl晶体进行数值计算,结果表明：基态能量随有效受限强度、磁场回旋频率和温度的增加而增加。     

川西坳陷上三叠统须家河组页岩纳米孔隙结构特征

页岩储层的纳米孔隙结构对页岩含气性评价和勘探开发具有重要意义,但目前关于国内沉积盆地页岩纳米孔隙结构的研究相对不足。利用低温氮气吸附和扫描电镜,对川西坳陷上三叠统须家河组页岩纳米级孔隙进行了分析。结果表明:1川西坳陷须家河组页岩比表面积主要由过渡孔和微孔提供,比表面积范围6.588~9.476 m2/g,平均为7.949 m2/g,远大于致密砂岩储层比表面积;2页岩孔径平均为4.319~7.821 nm,孔径范围具有从微孔到中孔等一系列连续性孔径。孔隙形状有多种类型,微孔以单边封闭型孔和墨水瓶型孔为主,过渡孔和中孔具有一定数量的两端开口型孔;3页岩广泛发育的有机质纳米孔、黏土矿物粒间孔主要提供了天然气吸附场所;矿物粒内孔隙和微裂隙为游离气主要赋存场所并提供了天然气渗流通道。     

川东北元坝地区上三叠统须家河组沉积特征研究

川东北元坝地区须家河组沉积特征一直认为以湖相沉积为主,缺少大型河流三角洲沉积体系。综合应用钻井、岩心、露头、分析测试数据及地震资料对该地区上三叠统须家河组沉积特征进行系统研究,发现元坝地区沉积与前人认识存在较大差异;其一元坝地区地层特征与周边地区特征相似,岩性上可以划分5个岩性段,其中须一段、须三段、须五段以细粒沉积为主,可作为全区地层对比划分的标志层;其二须二、须四段发育辫状河三角洲沉平原-前缘沉积体系,辫状河道沉积极为发育,是研究区储层发育的主要层位;其三河流三角洲沉积的物源来至北偏东向的米仓山造山带,而不是前人认为的龙门山造山带,这种近源补给模式是研究区发育大型河流三角洲沉积建造的关键因素。