单核苷酸多态性与肺癌关系的研究进展

癌症是严重威胁人类生存与健康的恶性疾病之一,而肺癌是癌症中发病率最高的一种。由于癌症难于治愈,死亡率极高,因此,预防是目前应对癌症的一个有效途径。单核苷酸多态性(SNP)广泛存在于人类基因组中,可作为检测癌易感基因的一个有效遗传标记。通过检查病例-对照人群的SNP差异来确定易感癌症的高危人群,起到预防癌症的作用。     

大小鼠微卫星和 SNP 遗传检测的研究进展

摘要: 随着分子生物学技术的迅速发展,微卫星与单核苷酸多态性( single nucleotide polymorphism,SNP ) 技术已成 为实验动物遗传检测的重要手段。微卫星与 SNP 作为一类新型的分子标记,相对于生化与免疫标记,具有快速和 准确等优点。本文就微卫星与 SNP 在大鼠、小鼠遗传检测方面应用的进展做一综述。     

单核苷酸多态性及其在作物遗传育种中的应用

单核苷酸多态性（simple nucleotide polym orphism,SNP）是等位基因间序列差异最为普遍的类型,可以作为一种高通量的分子标记.本文主要介绍SNP的定义、几种植物学中常用的检测SNP方法及SNP标记在作物遗传育种中的应用.     

Y-SNP多态性揭示的海南岛黎族、回族和仡隆人群的起源

分析黎族、海南回族、仡隆人群中Y染色体单倍型(Y-SNP)的分布,从遗传学角度研究3个人群的起源。选取部分与东亚人群起源相关的Y染色体非重组区单核苷酸多态性位点,采用PCR-RPLF和geno-typing法分析其多态性,观察由这些多态性位点组成的单倍型在海南3个人群中的分布情况,并将结果与其他人群的分布进行比较。结果在黎族人群中发现4种Y染色体单倍型,其中单倍型O*-175为5个支系所共有,且分布频率都在95%以上。回族人群出现4种单倍型,仡隆人群有2种单倍型。由单倍型种类、频率分布及主成分分析均揭示,黎族与台湾原住民及百越最为接近,可能有共同的起源。海南回族与中国北方回族遗传关系较远;仡隆人群与汉族差异较大,而与百越的仡佬族、水族及黎族遗传关系接近。     

基因单核苷酸多态性与云南汉族人群胃癌的相关性研究

 胃癌是一种由基因和环境因素相互作用、在世界范围内最常见的恶性肿瘤之一.该研究用PCR-RFLP的方法,在270名健康对照个体和239名胃癌患者共509人的云南汉族人群中,对核酸外切酶1(exonuclease 1,EXO1)基因rs1635517、rs1776177、rs851797、rs1635498和rs1776148五个单核苷酸多态（single nucleotide polymorphisms,SNPs）位点进行多态检测.结果采用SPSS16.0、PHASE、HaploView4.2软件进行数据统计分析,用Logistic模型在95%置信区间内进行相关性风险度测算.结果显示,位于EXO1基因5’UTR的位点rs1635517的CC基因型携带者和C等位基因携带者患胃癌的相对风险度显著升高（p＜0.05）,提示该多态位点可能与胃癌发生相关.其余4个位点虽检测到多态,但它们的基因型和等位基因频率在病例和对照中无显著差异,提示这4个位点可能与云南汉族人群的胃癌发生不相关.     

Influence of allele frequency on predicting animal phenotype using back-propagation artificial neural networks

To overcome the obstacle of the fascinating relation in predicting animal phenotype value, we have developed a neural network model to detect the complex non-linear relationships between the genotypes and phenotypes and the possible interactions that cannot be expressed with equations. In this paper, back-propagation neural network is used to discuss the influences of different allele frequencies on estimating the polygenic phenotype value. To ensure the precision of prediction, normalization was needed to train the prediction model. The results show that back-propagation artificial neural networks can be used to predict the phenotype value and perform very well in allele frequency from 0.2 to 0.8, when the allele frequency is very small (less than 0.2) or big (more than 0.8); however, the prediction model was not reliable and the predicted value should be carefully tested.     

人类3-磷酸甘油脱氢酶1基因第三外显子的单核苷酸多态性研究

通过基因组克隆和测序技术,研究人类3.磷酸甘油脱氢酶基因(glycerol 3-phosphatedehydrogenase 1,简称GPD1)第三外显子的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,简称SNP)情况.发现成都地区人类GPD1的第三外显子上存在4个SNP位点,分别为G69A,G81A,A121C和A127T,其中G81A和A121C为已经报道过的SNP,G69A和A127T为新发现的SNP.在这些SNP中,A121C和A127T会引起氨基酸的改变,分别为Thr113Pro和Ile115Leu.通过分子建模的方法分析这两个错义突变对GPD1蛋白分子结构的影响,发现113位氨基酸残基的替换为极性氨基酸苏氨酸和非极性氨基酸脯氨酸之间的转换,而且113位氨基酸残基暴露于蛋白分子表面,所以该突变可能会对蛋白分子的性质和功能造成一定的影响.     

尾细桉生长和木材密度关联SNP挖掘与候选基因定位

【目的】生长和木材基本密度是桉树的重要经济性状,挖掘其候选功能基因可为桉树遗传改良提供参考。【方法】以尾叶桉(Eucalyptus urophylla)和细叶桉(Eucalyptus tereticornis) F1全同胞子代试验林为研究对象,测定其8年生树高、胸径和木材基本密度,开展表型遗传分析。筛选极端表型个体,利用测序分型(GBS)开发SNP标记进行关联分析。挖掘与树高、胸径和木材基本密度关联的SNP位点,并进行候选基因初步定位。【结果】尾细桉F1子代树高、胸径与木材基本密度间的表型变异系数为7.51%~26.19%,生长性状与木材基本密度显著正相关。利用GBS获得了覆盖全基因组的15 185个SNP位点,关联分析共鉴定111个与生长和木材基本密度显著关联的SNP,其中2号染色体上检测到强烈的生长性状关联信号。定位40个与生长和木材基本密度相关候选基因,共富集在52个GO terms,基因功能注释分析表明其功能主要与植物抗逆性、生物与非生物胁迫、转录因子家族等相关。【结论】本研究获得了一批与尾细桉生长和材性性状关联的SNP位点和候选基因,并进行了树高、胸径及木材基本密度候选基因初步定位,挖掘的与抗逆性相关的基因可能在树木的生长和木材形成中发挥重要作用。