艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系的分子动力学研究

对艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系和活性位抑制剂体系进行8 ns的分子动力学模拟,用MM-PBSA方法分别计算了抑制剂与蛋白酶的结合自由能。异位抑制剂体系中抑制剂与蛋白酶的结合自由能为-90.30 kcal/mol,活性位抑制剂体系中为-59.58 kcal/mol。在异位抑制剂体系中分子片段4DX卡在蛋白酶的exo位,使蛋白酶活性位点附近残基的活动范围减小,有利于抑制剂被束缚在活性位点附近。异位抑制剂使体系刚性更强,更稳定,抑制剂与蛋白酶的结合更为牢固。     

甲烷燃烧反应的含时量子动力学研究

基于新的势能面,运用半刚性振动转子靶(semirigidvibrating rotor target)模型和含时波包法对O(3P) CH4→OH CH3反应体系进行含时量子动力学计算,给出反应过程中体系的振动、转动及空间立体效应对该反应的反应几率和反应阈能的影响,并计算了基态的总散射截面和热速率常数。     

HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中桥接水分子作用的QM/MM研究

对HIV-1蛋白酶与抑制剂2AH和4AH结合的两个复合物体系进行了水溶液环境下量子力学分子力学混合方法(hybrid QM/MM)的1ns分子动力学模拟,用MM-GBSA方法得到桥接水分子W301与HIV-1蛋白酶和抑制剂结合体的结合自由能分别为-24.93 kJ/mol和-20.29 kJ/mol,表明W301在抑制剂和HIV-1蛋白酶结合的过程中起到了不能被忽略的作用。     

HIV-1蛋白酶与抑制剂TMC-114作用机制的自由能研究

HIV-1蛋白酶已经成为治疗艾滋病的主要药物靶标之一.文中采用分子动力学模拟和MM-PBSA方法计算了HIV-1蛋白酶与TMC-114的结合自由能.通过能量分解考察了HIV蛋白酶的各残基与TMC-114的相互作用.     

HIV-1 蛋白酶异位抑制剂体系的长时间分子动力学模拟

采用新开发的ff12SB力场在NVIDIA CUDA GPU上对HIV-1蛋白酶的活性位抑制剂体系和异位抑制剂体系分别进行了100 ns的长时间分子动力学模拟,并用MM-PB/GBSA方法计算了活性位点抑制剂TL-3与HIV-1蛋白酶的结合自由能。异位抑制剂体系中分子片段2-甲基环己醇结合在Exo位,有利于抑制剂被束缚在活性位点附近。异位抑制剂体系中抑制剂TL-3与蛋白酶的结合自由能为-85.78 kcal/mol,活性位抑制剂体系中为-79.45 kcal/mol。这些结果有助于深入了解HIV-1 PR的动力学过程,为设计新型强效抑制剂提供了新见解。     

W301水分子在HIV-1蛋白酶和配体ABT-538结合中作用的QM/MM研究

结晶水分子W301在几乎所有的HIV-1蛋白酶（HIV-1PR）和配体的晶体结构中出现．在HIV-1PR中A链天门冬氨酸残基Asp25质子化状态或B链Asp25质子化状态下,QyaraM模拟后MM—GBSA方法计算得到W301水分子在HIV-1PR／ABT-538结合中的自由能贡献分别为-1．6．88kJ／mol、-17．63kJ／mol,W301水分子在HIV-1PR／ABT-538的结合中起到了关键的作用．进一步分析发现W301水分子与HIV-1PR和ABT-538分别形成了两个、四个氢键．     

碳族元素氢化物与氢反应的对比

对碳族元素氢化物与氢反应体系应用SVRT模型进行了4维含时的量子动力学计算, 对其初始振动、转动激发进行了对比研究. 还计算了初始基态下H+SiH₄, H+GeH₄两反应的速率常数并进行比较, 进而从理论上找出此类反应的一些规律. 验证了理论方法以及势能面的正确性.     

半刚性振转靶模型在H+CD4→HD+CD3反应散射中的应用

应用半刚性振转靶 (SVRT)模型和含时波包法对H CD4 →HD CD3反应体系进行了量子计算 ,给出了该体系基态的反应几率 ,散射截面和热速率常数等量子结果 ,并比较了H同位素D在该体系中的替代效应     

建设创新型城市：文化先行——重读《落日的辉煌》的启示

今年汕头市科学技术局在开展第三个全民读书月活动期间，在市科技系统内举办了“建设创新型汕 头”为主题的征文活动，经局读书活动月领导小组办公室审阅评议后，确定了6篇文章获优秀奖，20篇文章获纪念奖。为此，本刊特开设此专栏对获优秀奖的文章予以刊登，以供大家学习借鉴。[编者按]