不同激活剂条件下油藏内源微生物激活过程中DGGE分析

在对胜利油田沾3区块油藏状况分析的基础上,模拟地层高温高压的条件利用分子生物学技术研究了不同激活剂对内源微生物的激活效果.实验分别以葡萄糖、蔗糖、玉米浆、淀粉作碳源,以油井产出水和注入水作为研究对象,进行微生物的激活优化.结果表明,激活以后水样中微生物种群发生了明显变化,以葡萄糖为碳源激活效果尤为突出.另改变葡萄糖的浓度对激活效果进一步研究,结果表明,当葡萄糖的浓度为5 ～ 7.5 g·L-1时较为合适,细菌密度能达到107 cell·mL-1.产出水的激活效果比注入水要好.     

水解酸化-好氧处理含油污水中微生物群落变化研究

为揭示水解酸化-好氧处理系统处理油田采出水过程中生物群落的变化规律,考察对不同水力停留时间(tHAT)下好氧池的生物相,提取水解酸化池和好氧池中菌体的脱氧核糖核酸(DNA),以细菌通用引物对DNA V3高变异区聚合酶链式反应(PCR)扩增后进行变性梯废凝胶电泳(DGGE)分析.结果表明:当水解酸化池和好氧池的水力停留时间分别大于12和16 h时,镜检有高级原生动物,出水CODCr去除率大于58.73%,含油去除率大于98.61%;水解酸化-好氧处理工艺在不同tHRT条件下运行后,在形成的细菌群落中,既有相同的优势群落,也有各自特有的优势群落;随着tHRT的延长,水解酸化池中优势群落的种类和数量增加,当tHRT＞12 h时,优势群落变化较小,形成稳定的细菌群落,出水水质趋于稳定;随着tHRT的延长,好氧处理池中优势群落的种类和数量减少,当tHRT＞16 h时,优势群落变化较小,形成稳定的生态系统,出水水质趋于最佳.     

利用PCR-DGGE技术分析微生态制剂在传代过程中的菌群变化

利用变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE）技术,结合传统平板培养法对实验室研制的1种由乳酸菌和芽孢杆菌组成的微生态菌剂WS-401及其在连续转接培养过程中细菌种群组成的动态变化进行分析。WS-401原液的活菌数为2×107 cfu/mL,且细胞个体形态多样。将分离自原液的3株细菌进行DGGE分析,出现2种指纹谱带,对照标准的DGGE指纹图谱库和序列分析,分别被鉴定为蜡状芽孢杆菌（Bacillus cereus）和嗜热链球菌（Streptococcus thermophilus）。将该菌剂分别在LB和MRS两种培养基中30℃或37℃连续转接5次,DGGE分析每次转接后培养物的菌群组成,结果发现,随着转接次数的增加,微生物菌群的种类减少,在LB培养基中转接5次后优势菌群只有蜡状芽胞杆菌,而在MRS培养基中转接后优势菌群为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）和类干酪乳杆菌（Lactobacillus paracasei）。由此说明,微生物的营养基质和培养条件对微生态制剂在传代过程中的菌群组成和动态变化有重要影响。     

海水养殖沉积环境微生物总DNA的提取方法研究

传统的微生物分离与培养技术无法揭示微生物群落的动态变化.为了阐释虾池沉积环境微生态格局的原始组成情况,本研究先以TENP缓冲液去除沉积物中的腐殖酸,继之以溶菌酶-SDS温和裂解,其总DNA的提取效率达90%以上,所获DNA产量达2～20 μg/g沉积物(湿),片段大小均在23 kb左右,不经纯化即可直接进行PCR扩增和限制性酶切.以该DNA为模板进行PCR-DGGE分析,揭示了虾池沉积物丰富的微生物多样性.该方法是一种适用于虾池沉积物总DNA提取的简便、可靠方法.     

新疆泥火山群土壤细菌群落的DGGE分析

采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱技术,对新疆乌苏泥火山区土壤细菌群落的16S rDNA V3区进行电泳分离,并用Quantity one软件对图谱进行聚类分析,对主要条带进行回收测序.DGGE图谱显示,各土样细菌的组成有显著差异.聚类分析表明,相同月份、不同深度土样细菌组成相近.特异条带的回收测序结果表明,假单胞菌属是泥火山土壤优势菌群.新疆泥火山区土壤细菌多态性明显,并容易受生态、气候等因素影响,但优势菌群受此影响较小.     

微山湖养殖区与非养殖区细菌多样性的研究与比较

细菌群落结构对湖泊生态系统的物质循环和能量流动起着非常重要的作用,所以微山湖湖泊生态环境中的细菌群落多样性的分析为通过细菌的环境修复功能改善微山湖的生态环境奠定了理论基础.采用了DGGE和16SrDNA建库相结合的方法对微山湖养殖区与非养殖区及其沉积物细菌群落结构进行了研究,并对养殖区和非养殖区细菌的群落结构进行比较.研究的结果表明,养殖区与非养殖区的细菌群落结构存在较大差异,养殖区的细菌种类明显比非养殖区的细菌种类多,养殖区主要分布为:变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)、螺旋体门(Spirochaetes)、绿菌门(Chlorobi)、拟杆菌门(Bacteroidetes).其中β-变形菌纲(Betaproteobacteria)为主要优势菌群.非养殖区主要分布为:变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、拟杆菌门(Bacteroidetes),其中β-变形菌纲(Betaproteobacteria)和δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)种类最为丰富.     

Spatial distribution of bacterial community in EGSB reactor treating synthetic sulfate-containing wastewater at low organic loading rate

Given that the consumption of organic sub- stances entails costly biodesulfurization, the characteristics of the bacterial community in a reactor should be deter- mined to increase the desulfurizing rate under low organic loading condition. In this study, the bacterial community distribution in the expanded granular sludge bed reactor used to treat sulfate-containing wastewater with low organic loading rate was determined by polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis （PCR- DGGE） and 16S rDNA clone library analyses. DGGE results showed that the predominant bacteria were stable and accounted for -90 % sulfate removal efficiency. Differences in band positions and intensities indicated that the distribution and abundance of bacteria were affected by their positions in the reactor. Typical bands were identified in the bacterial community comprising Desulfovibrio, Desulfomicrobium, Thiomonas, Acinetobacter, Bacteroi- detes, and Chloroflexi. Their functions in the reactor were also discussed. The possible links between the functional and microbial responses were also investigated based on the characteristic and spatial distribution of each bacterium in consortium.     

油页岩微生物总DNA的提取方法

为建立油页岩微生物总DNA提取方法,以两矿区的6个样品为材料,采用SDS高盐、SDS液氮研磨、SDS反复冻融、SDS异硫氰酸胍和试剂盒提取法分别对总DNA进行提取.结果表明,各方法提取效果差异很大,改进的SDS高盐提取法效果最好,各样品均得到约23kb较完整片段,且产率显著高于其他方法,达9144~38685ng·g-1干样;以未纯化的DNA为模板,对16SrDNA进行PCR-DGGE,得到了相应的扩增产物及DGGE指纹图谱,说明该法适合油页岩样品.SDS液氮研磨和SDS反复冻融提取法仅能得到部分样品总DNA,且产率和纯度较低,而SDS异硫氰酸胍和试剂盒提取法无DNA提出,不适合此类样品.     

PCR-DGGE方法解析电凝聚膜生物反应器中微生物群落结构

在浸没式膜生物反应器(SMBR)膜组件两侧设置以铁为牺牲阳极的电凝聚极板,构建电凝聚膜生物反应器(ECMBR)处理活性艳蓝X-BR模拟印染废水,与传统SMBR相比,ECMBR中活性污泥对COD,NH+4—N,TN,TP和染料的去除率分别提高了27%,38%,47%,392%和286%.应用PCR-DGGE方法,对普通SMBR和ECMBR中的微生物群落结构的变化进行分析.结果表明,运行期ECMBR中污泥的多样性Shannon指数为29,略高于同期的SMBR,两个反应器中的微生物群落结构变化很小,相似性维持在97%以上,在膜生物反应器中采用电凝聚强化微生物多样性是可行的.     

两种分子技术在丛枝菌根真菌群落研究中的应用比较

分子技术已广泛应用于丛枝菌根真菌的群落研究,最常见的有变性梯度凝胶电泳(DGGE)和基于限制性酶切分析的技术.本文利用DGGE方法对侵染植物根系的丛枝菌根真菌群落的研究表明,DGGE技术具有很高的分辨率,但单纯的依赖DGGE图谱不能够准确的反映群落组成情况,必须要对DGGE条带进行克隆测序及系统发育分析才能够准确的反映群落组成情况.通过对DGGE分离并测序得到的8条DNA序列以及20条来源于Genbank数据库的不同种属的丛枝菌根真菌序列的酶切模拟分析表明,基于限制性酶切分析的技术具有很大的局限性,不仅在种的水平不能很好的区分丛枝菌根真菌,而且在属水平的分辨率也较差.