基于微分的cDNA基因芯片图像自动划格算法

针对cDNA基因芯片数据分析中划格对提取杂交荧光样点杂交强度信息的重要作用，提出了一种基于微分的cDNA基因芯片图像自动划格算法，采用NCBI上GEO数据库中cDNA基因芯片图像进行划格实验，验证了该算法的有效性。     

基于免疫克隆算法的肿瘤表达谱分类算法

肿瘤表达谱分类是一个典型的高纬度小样本分类问题。在测试的基因表达谱中存在大量的非差异表达冗余基因,通过一个有效的基因预选择策略得到一个较小的候选基因子集,然后利用免疫优化算法对最优基因子集和分类器参数进行优化,从而得到一个更好的分类预测模型。在四个真实的肿瘤表达谱数据上,与几种不同的方法进行了比较,结果显示新方法可以得到更好的分类精度,同时表现出很好的稳定性。     

对虾白斑综合症病毒P9蛋白转录水平的微阵列分析及其免疫荧光标记

从构建的对虾白斑综合症病毒cDNA文库中,我们筛选到一个拷贝数最高,编码82个氨基酸的基因(命名为p9,wsv230).该基因被克隆到pGEX-2T载体中进行GST融合蛋白的原核表达,纯化的融合蛋白GST-P9用于制备特异的多克隆抗体.利用微阵列技术和免疫荧光标记技术,对该蛋白的转录水平及其在感染细胞内的分布进行了初步研究,表明该基因为高丰度表达,推测是对虾白斑综合症病毒的一个重要基因.     

基因芯片研究隐丹参酮对胰岛素抵抗卵巢颗粒细胞基因表达的影响

应用基因芯片技术,从基因水平分析隐丹参酮对胰岛素抵抗卵巢颗粒细胞基因表达的影响.采用猪卵巢颗粒细胞作为体外研究对象,利用磷酯酰肌醇-3激酶(PI-3K)特异性抑制剂--沃曼青霉素人工诱导猪卵巢胰岛素抵抗的细胞模型,以0.02 g/L隐丹参酮进行干预,继续培养48 h后,以Trizol法提取总RNA,采用猪全基因表达谱芯片技术筛选出差异表达基因.隐丹参酮组与沃曼处理组相比,共筛查出42个差异基因,其中22个基因表达下调,20个基因表达上调.研究表明,隐丹参酮可以通过调节多个基因、作用多个信号途径来改善胰岛素抵抗卵巢颗粒细胞的状态.     

基于聚吡咯的基因电子学:电化学DNA生物传感器

导电聚吡咯因其特殊结构和优异物化性能,成为构建电化学DNA生物传感器的一种新的介导材料,同时为未来基因电子学的发展提供了新的思路.综述了近年来聚吡咯在电化学DNA生物传感器中的实际应用,讨论了聚吡略电化学DNA生物传感器构建中的电极选择、电极修饰及DNA探针固定化策略;结合微阵列、微流控技术及纳米材料,对聚吡咯电化学DNA生物传感器的研究动向和应用做了探讨性展望.     

基于粗糙集的支持向量机微阵列数据分类方法

DNA 微阵列技术,使人们可以同时观测成千上万个基因的表达水平,对其数据的分析已成为生物信息学研究的焦点.针对微阵列基因表达数据维数高、样本小、非线性的特点,设计了一种基于粗糙集的支持向量机基因表达数据分类方法,该方法采用粗糙集进行基因特征约简,运用支持向量机进行数据分类,实验表明其分类效果良好.     

玻璃介质寡核苷酸DNA Microarrays的研制

建立了一种快速，简便的寡核苷酸链固定在普通玻璃介质上的ＤＮＡ微矩阵并通过荧光检测的方法。首先将２种不同的寡核苷酸在固定在普通玻璃介质上，使寡核苷酸共价结合在经过处理的普通玻璃片表面形成点直径大约３ｍｍ的ＤＮＡ微矩阵，然后先后分别与其对应互补的红黄不同颜色的荧光寡核苷酸链进行杂交实验。     

利用衍生DNA研制定量检测基因芯片

 为了建立基因芯片定量检测技术体系,在同一张芯片上完成不同浓度DNA的梯度测定,本研究以检测探针序列为基础,合成不同的衍生DNA作为标准曲线测定的探针序列.由于衍生序列与检测探针序列之间不改变碱基配对关系,同时具有相同的PCR扩增序列,使得标准品的浓度与测定值之间具有较好的相关性,从而解决了基因芯片定量测定中的标准曲线制作问题.结果显示,用衍生DNA序列作为标准DNA,其基因芯片测定值与浓度之间的相关性系数达到0.995以上,用此方法建立定量基因芯片测定的浓度与实际浓度一致.本研究为研制定量检测基因芯片提出了新的思路.     

Analysis of components of conserved “backbone sequences” among genomes of<Emphasis Type="Italic">Shigella</Emphasis> spp. strains

Difference in the genomic compositions of prokaryotes is the basis of the diversity in their biological characters. However, besides their flora- or strain-specific genes, those floras with closer relationship in the evolution also have conserved “backbone sequences”, which reveal the marks of their origin and evolution, and these “backbone sequences” are just the basis of their elementary living abilities and common biological properties. Shigella is very closely related to E. coli in the origin and evolution, and may turn out to belong to the same genus. In this study, a microarray containing E. coli K-12 whole genome and SG01 specific ORFs is used to investigate the genomic components of four Shigella strains. The results indicate that 16%–22% K-12 ORFs sequences are not detected in the genome of Shigella strains while the genome of Shigella contains at least 2800 conserved ORFs, which compose the common “backbone sequences”. Advanced analysis indicated that the “backbone sequences” are the essential components in maintaining the normal physiological activities of intestinal bacteria. Furthermore, only 20% SGO1-specific ORFs exist in other strains simultaneously, which demonstrate the great genome heterogeneity and the genetic diversity among the strains. the first two authours made equal contribution to this work.