Finding finer functions for partially characterized proteins by protein-protein interaction networks

Based on high-throughput data, numerous algorithms have been designed to find functions of novel proteins. However, the effectiveness of such algorithms is currently limited by some fundamental factors, including (1) the low a-priori probability of novel proteins participating in a detailed function; (2) the huge false data present in high-throughput datasets; (3) the incomplete data coverage of functional classes; (4) the abundant but heterogeneous negative samples for training the algorithms; and (5) the lack of detailed functional knowledge for training algorithms. Here, for partially characterized proteins, we suggest an approach to finding their finer functions based on protein interaction sub-networks or gene expression patterns, defined in function-specific subspaces. The proposed approach can lessen the above-mentioned problems by properly defining the prediction range and functionally filtering the noisy data, and thus can efficiently find proteins’ novel functions. For thousands of yeast and human proteins partially characterized, it is able to reliably find their finer functions (e.g., the translational functions) with more than 90% precision. The predicted finer functions are highly valuable both for guiding the follow-up wet-lab validation and for providing the necessary data for training algorithms to learn other proteins.     

层次分析法的两处缺陷改进及实例

层次分析方法在定性与定量的评判中,有较广泛地运用。在运用的过程中,发现其存在两处缺陷有待改进。其一为准则层的因素设置过于宽泛,通过其直接评判的权重存在较大的主观误差;其二为专家评判值为一定值,与实际为区间值不相符。基于此,文章提出通过第三层因素判断矩阵,来间接求取准则层各因素的权重;引入三时估算法,改进原有专家评判法,同时对三时估算值误差对权值误差以及最终评判值误差的影响作了一定程度分析。     

从经典归纳主义的兴衰历程看归纳法职能的演变

经过休谟"归纳问题"的诘难和波普尔反归纳主义的冲击,经典归纳主义从兴盛逐渐走向衰落,与这一过程相伴随的则是人们对归纳法职能的看法发生了显著的变化。经典归纳主义从兴盛逐渐走向衰落的历史启示我们,决不能夸大归纳法在科学发现和证实中的作用,特别是不能夸大归纳法在科学发现中的作用。     

代数方法在C语言图形打印问题中的应用

介绍了C语言程序设计中的难点问题——图形打印问题的解决方案，详细论述了如何利用代数方法来解决这一双重循环问题的具体措施。     

第三部门青年组织的社会功能研究

第三部门在公共领域所扮演的特殊角色引起了公众与学术界的广泛关注。采用个案研究的方法,借鉴西方女童子军个案来探讨第三部门青年组织的现实意义和特点,主要从教育功能和社会文明营造两个方面研究了第三部门青年组织的社会功能,并进一步探讨了中国和西方国家第三部门青年组织在社会功能发挥上的差异以及西方第三部门青年组织给国内第三部门青年组织发展带来的启示。     

图书馆在技校教育中的作用

介绍了图书馆教育职能的特点和图书馆发挥教育职能的前提,阐述了技校图书馆发挥教育职能的主要途径。     

项目教学法在PLC课程中的运用

分析了项目教学法在PLC课程中运用的重要性,探讨了项目教学法在PLC课程中的运用。     

新农村职业教育与新农村文化建设

文化功能是教育的基本功能，农村职业教育在新农村文化建设中大有作为。依靠农村职业教育建设农村物质文化、精神文化和制度文化，充分发挥农村文化在新农村建设中的作用。     

对面向对象分析法进行比较评估的一种新方法

提出一种新的比较框架，其中包含了一系列面向对象分析（OOA）方法共同的基本特性．以5种著名的面向对象分析方法为例，阐述了如何通过它们的特性细节，对面向对象分析方法进行分析、比较和评估．     

共轭斜量法在某些特征向量上收敛速度的估计

设 Ａ是对称正定矩阵，λ_1是 Ａ 的最大或最小特征值，χ_1是对应的特征向量．｛zk｝是用共轭斜量法求解方程组 Αχ＝ｂ时的近似解序列，ｅi＝Ａ～(_1)b-zi,本文给出了|x_1～Tei|较合理的上界估计式。从而为分析预处理共轭斜量法提供了进一步的理论基础。