似然比检验和贝叶斯推论在雉科分子系统学中的应用

应用似然比检验和贝叶斯推论进行雉科分子系统学研究．所用的56条纫胞色素b基因全序列代表了雉科24属50种以及作为外类群的6个相关属．等级制似然比检验表明该数据集的最佳进化模型为GTR I——G。建立在坚实的统计学基础上的贝叶斯系统树表明雉科可以分为3个分支．特别是包括角雉、松鸡、火鸡和gallopheasant等在内的第3分支的单系群性质得到了充分的支持．深层分支格局的高分辨率和高支持率说明将雉科划分为雉族和鹑族是人为的．结果表明，似然比检验和贝叶斯推论是分子系统学研究的强有力工具．     

鳜属3个物种的遗传多样性分析

本研究在实验室已有的转录组结果的基础上,从测序结果中随机选出部分微卫星位点进行多态性研究,并利用其中25个具有多态性的SSR(simple sequence repeat)位点,对3个鳜属物种斑鳜、翘嘴鳜和大眼鳜进行遗传多样性研究,分析其遗传结构和亲缘关系.实验结果显示,在3个野生物种中共检测到324个等位基因;每对引物检测到的等位基因数为3~23个;平均等位基因数为12.96个.其中共有21个位点属高度多态位点,其平均观测杂合度为0.523 4,平均期望杂合度是0.794 4,平均多态信息含量为0.701 0,这表明3个物种在各检测位点中具有较好的多态性.对数据进行F-检测,25个微卫星位点的Fst值为0.040 0~0.634 0,平均Fst值是0.200 0,说明3个鳜属群体间的分化程度存在差异,在部分位点处,分化程度较高.斑鳜和大眼鳜间Nei氏遗传距离最大,为1.773 4;翘嘴鳜和大眼鳜的遗传距离最小,为0.371 4.根据遗传距离进行的UPMEGA法聚类分析显示翘嘴鳜和大眼鳜聚为一支,斑鳜独自为一支.     

国内最小的野鸡——蓝胸鹑

2月13日,我去鸟舍,饲养员老杨告诉我小蓝胸鹑鸟死了。我震惊而且很内疚,由于我前一天晚上的疏忽,没有关好门,小蓝胸鹑窜进隔壁孔雀雉的笼舍内,早上被孔雀雉啄死,并食剩下一只腿和半边翅膀。因一时大意闯下如此大祸,我的心情忐忑不安。这只雌蓝胸鹑是高育仁老师1996年4月引种回来的。当时仅引入16枚卵,进行人工孵     

利用微卫星座位研究蓝孔雀的遗传结构

利用7对鸡的微卫星引物对蓝孔雀基因组进行种间扩增,其中4对引物能扩增出特异性条带。4个微卫星座位在蓝孔雀群体内均具有遗传多样性,基因杂合度分别为0．8775、0．7325、0．5000、0．7288,多态信息含量分别为0．8751、0．7239、0．3750、0．7123,有效等位基因数为8．1633、3．7383、2．0000、3．6866。4个微卫星座位在蓝孔雀群体中属于多态性座位,可以作为蓝孔雀群体遗传多样性的标记辅助选择位点。     

我国的一级保护动物——雉类(二)

1.雉鹑(Tetraophsis obscurus)鸡形目、雉科、雉鹑属.分布于青海、甘肃、四川、云南西北部至西藏东部,栖息于海拔4000米以上针叶林内.体长约460毫米.2.四川山鹧鸪(Arborophila rufipectus)鸡形目、雉科、山鹧鸪属.仅分布于我国四川部分地区,栖息于海拔1000米以上高山阔叶林、竹林和灌丛中.体长约300毫米.3.海南山鹧鸪(A· ardens)鸡形目、雉科、山鹧鸪属.分布于海南,在丘陵、山地的浓密竹丛中多见.4.红胸角雉(Tragopan satyra)鸡形目、雉科、角雉属.国内仅分布于西藏南部,栖息于海拔3000米左右森林中.体长约700毫米.5.黑头角雉(T· melanocephalus)鸡形目、     

基于mt16S rDNA的长蝽总科(异翅亚目:蝽次目)系统发育的研究

利用16S rDNA分子约540 bp的序列对长蝽总科9个科29个种进行系统发育分析.运用MP法、ML法和NJ法分析,结果表明:原来属于广义长蝽科的Pachygronthidae、Rhyparochromidae、Cymidae、Geocoridae、Blis-sidae、Oxycarenidae和狭义Lygaeidae并不形成一个单系的广义长蝽科;梭长蝽科Pachygronthidae的两个族Pachygronthini和Teracriini分成两支而形成多系;莎长蝽科Cymidae与梭长蝽科Pachygronthidae的Pachygronthi-ni族总是聚成一支形成姐妹群.研究说明广义长蝽科是多系,这与最近的形态学研究一致,从分子水平上支持Henry(1997)把广义长蝽科中的部分亚科提升为科的修订.与现有的形态分类系统有所不同的是,地长蝽科和狭义长蝽科都是多系群.     

基于16S rRNA和POMC基因序列的中国北方林蛙属动物系统发生关系

基于16S rRNA和POMC基因部分序列研究了中国北方林蛙属动物的系统发生关系.利用ClustalX软件对序列进行对位排列后,长度为1148bp,内群变异位点259,简约位点110.利用MP法、ML法和BI法构建系统进化树,结果显示林蛙属物种构成单系群,其中东北种群聚为一支,中国林蛙聚为一支,支持东北林蛙为有效物种.桓仁林蛙和核型为2n=26的林蛙属物种聚为一支,因此不支持核型为2n=24的林蛙形成单系群.桓仁林蛙、昆嵛林蛙、黑龙江林蛙单独聚为一支,表明三者之间的亲缘关系较近.     

从COI基因序列探讨叶甲科部分昆虫的系统关系

对叶甲科21种昆虫的COI基因（长度为716bp）的序列组成和变异情况进行了分析．结果表明,21种叶甲碱基T、C、A、G的平均含量分别为39．5％、13．9％、32．1％和14．5％,A＋T含量明显高于G＋C含量,密码子第三位点A＋T平均含量高达90．4％;该序列片段中共有315个碱基发生变异,变异率达到44％;核苷酸替换主要发生在C←→T和A←→T之间,第三位点的替换频率显著高于前两个位点．以中华萝摩叶甲（Chrysocus chinensis）为外群,采用MEGA4．0软件构建系统发育树．结果显示,21种叶甲聚为2大分支,叶甲亚科的种类形成一大分支,位于系统树的基部,较其他2个亚科分化得早;跳甲亚科与萤叶甲亚科共同聚为另一分支,二者的关系较之与叶甲亚科的关系更近．系统树所反映的三亚科间的关系与传统分类结果一致．     

雉科四种鸟类线粒体DNAR的分子进化

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法分析了4种雉科(Phasianidae)鸟类的线粒体DNA(mtDNA)控制区基因(D-loop)415bp基因序列。4种鸟类遗传距离在5.90％--23．67％．变异位点数为116个，大石鸡和石鸡的遗传距离为5．90％，二者分歧时间大约是290万年．斑翅山鹑与环颈雉遗传距离为21．06％，分歧时间为1000万年，山鹑属与雉属的遗传距离为21．06％，与石鸡属的遗传距离为22．41％；雉属与石鸡属的遗传距离为22．85％．三者分歧时间在1000—1150万年间，与化石材料相符．在系统树中斑翅山鹑与环颈雉属同一枝，说明1)在雉科系统发生中，雉属与山鹑属是近缘属或2)环颈雉与斑翅山鹑的分化较晚，关系密切，也与Randi得出的斑翅山鹑称为小雉的结论相吻合。     

不同地理种群杂色鲍的同工酶分析

采用聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳技术，对采白海南三亚、香港和福建平潭3个野生杂色鲍种群，以及1个种源来自台湾的九孔鲍养殖群体共4个群体的6种同工酶系统进行分析，共检测到10个基因位点，其中2个为多态位点(多态位点比例为20％)，每个位点平均等位基因数为1．2；4个群体都不同程度地表现出纯合子过剩、杂合子不足，遗传变异量偏低．群体间遗传相似系数与遗传距离以及UPGMA聚类分析的结果表明：4个群体之间的遗传差异不大，遗传距离均小于0．01．属于种群差异水平．九孔鲍和杂色鲍的遗传差异达不到亚种水平．     

寄蝇亚科部分物种线粒体COl基因DNA条形码分类

DNA条形码分类(DNA Barcoding)是以生物线粒体DNA为工具来鉴定物种的新方法,是外来物种快速鉴定、物种分类与系统发育和进化分析的基础.研究以我国辽宁地区常见的寄蝇亚科(双翅目:寄蝇科)2族4属6种为对象,扩增和测定COI基因部分序列,对得到数据用MEGA4软件分析计算,构建该类群分子系统发育树.分析表明:...     

基于mtDNA COI序列的福建B型烟粉虱田间种群分析

本研究对福建B型烟粉虱10个田间种群的线粒体DNA COI基因(mtDNA COI)进行测序,并通过与NCBI数据库上埃及、湖北、武汉3个B型烟粉虱地理种群的mtDNA COI的序列进行比对分析,结果表明在核苷酸多样性、单倍型数、单倍型多样度上,不同地理种群都不一样,但是福建种群这些遗传特征数据显著高于其它地理种群.结合近年来我省田间烟粉虱种群抗药性水平迅速提高这一结果分析,可以推测,在不同杀虫剂压力选择下,不同抗性基因得以在我省不同地理群体中流动,种群内呈现比较明显的抗性遗传分化趋势,群体遗传多样性也更为丰富,表现出烟粉虱对不利环境较强的适应能力.     

五倍子蚜与寄主植物DNA序列系统发育关系及其协同进化

五倍子蚜特指寄生在漆树科盐肤木属几种植物上形成五倍子虫瘿的一类蚜虫.本研究采用PCR直接测序方法测定了五倍子蚜10个种共19个样本的mtDNA COI基因部分DNA序列(660 bp),从GenBank下载瘿绵蚜科Pemphigidae瘿绵蚜属Pemphigus、卷叶绵蚜属Prociphilus和棉蚜属Eriosoma及纩蚜科Mindaridae纩蚜属Min-darus种相应基因序列为外类群,构建五倍子蚜种之间的MP和ML分子系统发育关系,两种方法得到一致的结果.五倍子蚜10个种共形成3个大的聚类簇,圆角倍蚜属的红倍花蚜和倍花蚜、铁倍蚜属的4个种(亚种)分别以很高的置信度聚为一支,铁倍花蚜属的铁倍花蚜、小铁枣蚜属的红小铁枣蚜与倍蚜属的角倍蚜和倍蛋蚜聚为一支,但是其置信度较低.同时,采用生物信息学方法从GenBank下载五倍子蚜第一寄主盐肤木属Rhus植物cpDNATrnL-F区序列(980 bp),建立寄主植物种之间的MP和ML系统发育关系,与角倍蚜系统发育关系进行比较分析,结果显示二者之间明显的协同进化关系,但是五倍子蚜的聚类并没有完全和寄主植物之间形成一对一的平行对应关系.     

金缕梅族ITS序列分析及其系统学意义

对金缕梅亚科１５属植物的细胞核核糖体ＤＮＡＩＴＳ区（含５．８Ｓ编码区）序列进行分析,并构建分子系统树,初步探讨金缕梅族的系统发育,结果表明：金缕梅族呈复系演化特征,Ｊｕ桠亚族Ｊｕ木属和四药门花属是关系密切姐妹群,与蜡瓣花系统关系较近,三者共同构成金缕梅亚科最基部的分支;马岛金缕梅亚族的Ｎｏａｈｄｅｎｄｒｏｎ和毛枝花属是秀柱花族的姐妹群;金缕梅亚族金缕梅属与弗特族亲缘关系较密切,有可能可以合并成一个     

基于16S rRNA序列的鳃金龟亚科5族种类的系统发育关系

测定了鳃金龟亚科部分种类的线粒体16SrRNA部分序列,运用MEGA 4.0、PAUP*4.0b10和MrBayes等软件,对5个族29个代表种的序列变异和系统关系进行了研究.序列变异分析结果显示:绢金龟族Sericini、哦鳃金龟族Hopliini、鳃金龟族Melolonthini的族内遗传距离分别为7.7%,11.3%,10.6%,族间遗传距离在12.6%～19.2%.最大似然树(ML)和贝叶斯树(BI)结果表明,所有种类分别聚集在所属的族下,哦鳃金龟族、绢金龟族分别为单系.齿爪鳃金龟属Holotrichia、云鳃金龟属Polyphylla、胸突鳃金龟属Hoplosternus、Hilyotrogus、双绺鳃金龟属Amphimallon、Hoplochelus、婆鳃金龟属Brahmina和皱鳃金龟属Trematodes聚在鳃金龟族分支下,没有形成明显的根鳃金龟族Rhizotrogini分支.齿爪鳃金龟属的非单系性与前人研究结果一致.皱鳃金龟属Trematodes和婆鳃金龟属Brahmina的代表种为姐妹种.绢金龟族的绢金龟属Serica和玛绢金龟属Maladera多数种类聚在本属分支下.证明16SrRNA序列可探讨鳃金龟亚科高级阶元的系统发育关系.     

基于mtDNA CO I基因的西藏牦牛遗传多样性及系统进化研究

为从分子水平上探讨西藏牦牛的序列多态性、群体遗传多样性和系统进化关系,本研究对17个西藏牦牛类群170个个体的mtDNA COⅠ全序列进行测序,用MEGA5.0、DNASP5.0等软件分析核苷酸组成、单倍型多样性和核苷酸多样性.基于Kimura-2-Parameter双参数模型,分别采用邻近法（NJ）和最大似然法（UPGMA）构建系统进化树,分析不同牦牛类群的亲缘关系和分类.结果表明：①西藏17个牦牛类群的mtDNA COⅠ全序列长度均为1 545 bp,个体间无长度差异,无内含子,起始密码子为AUG（ATG）,终止密码子为UAA（TAA）,共编码514个氨基酸.T、C、A和G4种碱基的平均含量分别为29.5％（29.3％ ～ 29.8％）、25.5％（25.2％ ～ 25.6％）、28.7％（28.6％ ～ 28.9％）和16.3％（16.2％ ～ 16.5％）; A＋T的平均含量为58.2％,存在一定的碱基偏倚性.②在17个西藏牦牛类群的170头牦牛中,共发现mtDNA COⅠ有25种单倍型,单倍型多样性值在0～0.978之间,平均单倍型多样性和核苷酸多样性值分别为0.566、0.00326,表明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性.③西藏牦牛mtDNA CO Ⅰ中亮氨酸平均含量最多（11.496％）,半胱氨酸平均含量最少（0.1946％）.碱性氨基酸、酸性氨基酸的含量分别为6.6171％、4.8627％;亲水性氨基酸、疏水性氨基酸分别为57.39％、42.61％.④基于mtDNA COⅠ,西藏17个牦牛类群可分为2大类,即类乌齐（LWQ）牦牛单独成一类,其它牦牛类群聚为一类.     

孔雀属孔雀线粒体细胞色素b基因全序列分析及其系统进化研究

测定了中国分布的野生绿孔雀和人工驯养的蓝孔雀、杂色孔雀、杂交孔雀以及白孔雀共5个种或亚种或变种的个体的线粒体细胞色素b基因的长为1 140bp的全序列.研究了其碱基组成及变异情况.结合GeneBank中真绿孔雀亚种、非洲孔雀、鸡以及鹑的线粒体细胞色素b(cytb)全序列,利用philip套件分别构建了系统进化树.结果显示:真绿孔雀和绿孔雀形成较接近的类群.蓝孔雀、杂色孔雀、杂交孔雀以及白孔雀形成较接近的类群.进化树结果显示白孔雀和杂色孔雀不能成为蓝孔雀的亚种.     

基于18S rDNA序列研究腺介虫亚目系统发育关系

基于1 720 bp的18S rRNA基因序列以Darwinula sp.和Cytherelloidea. munechikai为外群,采用最大简约法（MP法）和邻接法（NJ法）对腺介虫亚目（Cypridocopina）3总科5科9种动物的系统发育关系进行了分析.结果表明：1） 现生腺介虫亚目动物为单系群;2） 两种营海水生活的介形类—海介虫总科（Pontocypridoidea）和大介虫总科（Macrocypridoidea）间的亲缘关系较近;3） 现生腺介虫总科（Cypridoidea）也为单系群,但该总科内各科间关系较复杂,主要分为两支,其中腺介虫科的Dolerocypris sp.与萤光介虫科的Candona holzkanpfi聚成一支;而萤光介虫科的Cypria crenulata和泥介虫科的Ilyocypris. angulata同时与腺介虫科其它动物聚为一支.