蝶啶类PI3Kγ抑制剂的3D-QSAR研究

研究蝶啶类化合物对PI3Kγ抑制作用的三维定量构效关系。采用CoMFA(比较分子场)方法进行研究,建立CoMFA模型。交叉验证系数q2=0.727,相关系数r2=0.986,F=89.685,标准偏差SD=0.22。结论:蝶啶类PI3Kγ抑制剂CoMFA模型具有较好的预测能力;本实验研究的三维定量构效关系,对此类抑制剂的研制和开发起到重要作用。     

硝基芳烃对呆鲦鱼急性毒性的CoMFA研究

用比较分子力场分析（CoMFA）方法研究硝基苯类化合物结构与呆鲦鱼的急性毒性的关系,考察了网格结构和探针原子对构效关系的影响。建立了它们的三维定量构效关系模型（用带一个单位正电荷的K原子为探针,并固定步长为0．2nm）,发现影响生物毒性的立体场、静电场的贡献分别为0．480、0．520,该模型交叉验证的相关系数平方q^2为0．452,非交叉验证的相关系数平方R^2为0．951。在CoMFA基础上引入疏水参数lgKow,以带一个单位负电荷的Cl原子为探针,其立体场、静电场、疏水场的贡献分别为0．317,0．307,0．376。所得模型的q^2=0．866,R^2=0．994,并用该模型预测了标题化合物的急性毒性。     

三芳基吡啶酮类新型冠状病毒3CL蛋白酶抑制剂构效关系研究及分子设计

3CL蛋白酶在冠状病毒复制过程中起着极为关键的作用,是重要的药物靶标.采用分子对接的方法产生了38个三芳基吡啶酮类化合物的活性构象.并以此为基础,应用比较分子力场分析(CoMFA)方法对其三维定量构效关系进行了研究：以30个化合物构成的训练集所建立的CoMFA模型,其交叉验证系数q~2为0.810,非交叉验证相关系数r~2为0.981,标准偏差SEE为0.099.对由8个化合物构成的测试集进行了预测,其预测相关系数r~2_pred为0.855,表明所建模型具有良好的拟合能力及预测能力.基于CoMFA等势面图,探讨了此类化合物立体场与静电场的有利结构特征,并以此为理论指导设计了一组具有良好预测活性的三芳基吡啶酮类3CL蛋白酶抑制剂,为此类化合物的进一步优化提供了理论指导.     

吲哚-2-酮类化合物作为PDGF-Rβ酶抑制剂的3D-QSAR研究

用比较分子场分析法(CoMFA)研究了一系列取代的吲哚．2．酮类化合物作为生长因子受体抑制剂对酪氨酸激酶PDGF-Rβ活性抑制作用的定量构效关系，建立了较好的预测模型，该模型非交叉验证的相关系数(R^2)为0．999，F值是1504．715，标准偏差(S)为0．042．根据该模型，设计并预测了数个新的化合物，表明该模型可定量地预测结构相近的类似物活性，为设计合成新的PDGF-Rβ酶抑制剂提供了理论依据．     

α,β-不饱和酰胺TRPV1抑制剂的Topomer CoMFA模型

利用SYBYL软件中的Topomer CoMFA方法分析了α,β-不饱和酰胺类TRPV1抑制剂的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型.分子被分开为羰基和氨基两个基团,在Topomer CoMFA模型考察了立体场和静电场对抑制活性的影响.结果显示:去一交叉验证的相关系数q2为0.702,模型的预测相关系数r2为0.881.说明所建立的模型在统计上有较好的稳定性和预测能力,有助于TRPV1抑制剂的研发.     

用比较分子力场和比较分子相似性指数分析方法对氮蒽类化合物抗癌活性的三维定量构效关系研究

用比较分子力场(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)对一系列与DNA结合的氮蒽类化合物的潜在抗癌活性进行了3D定量构效关系的研究,对模型中的一些参数进行了优化以期得到最好的三维定量构效关系模型,优化结果显示用CoMSIA构建的模型优于用CoMFA构建的模型.通过CoMSIA分析,用训练集所建立的模型有较好的统计性(20个化合物,q2=0.666,r2=0.916),测试集化合物的预测活性与实验值有很好的一致性.本文还给出了主要分子力场的等势线图.     

环己烯类神经氨酸酶抑制剂的三维定量构效关系研究

环己烯类神经氨酸酶抑制剂是目前效果最好的流感病毒抑制剂.选取26个典型的环己烯类神经氨酸酶抑制剂,应用比较分子力场分析(CoMFA)方法,研究它们与神经氨酸酶(NA)的相互作用,建立了环己烯类NA抑制剂与NA的三维定量构效关系(3D-QSAR)模型.该模型的最佳非交叉验证系数R2为0.991,交叉验证系数R2cv为0.760,检测值F为521.53,标准偏差SEE为0.098,立体场、静电场的贡献分别为74.6%、25.4%,最佳主成分为4,这表明模型具有很强的稳定性和预测能力.用该模型对随机挑选的3个化合物进行预测,得到了满意的结果.     

比较分子力场分析法研究3-芳基喹唑啉酮衍生物的定量构效关系研究

运用比较分子力场分析（CoMFA）方法对45个3-芳基喹唑啉酮衍生物进行了三维定量构效关系研究．考察了不同的步长、探针原子以及电荷的计算方法等对构建模型的影响．建立的最佳模型交叉验证相关系数（q^2）为0．662，非交叉验证相关系数（R^2）为0．963，标准偏差（s）为0．203．该模型的建立为选择性雌激素受体β亚型调节剂的结构优化提供了理论支持．     

哒嗪酮类(1,3)-β-D-葡聚糖合成酶抑制剂的三维定量构效关系研究

为了探讨哒嗪酮类(1,3)-β-D-葡聚糖合成酶抑制剂的结构与其药理活性的相互关系,本次研究拟对20个哒嗪酮类化合物分别利用比较分子力场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)进行三维定量构效关系(3D-QSAR)的研究,并各自建立起相应的模型.通过对计算结果进行分析发现:利用CoMFA建立起来的模型相关系数r~2=0.999,交叉验证系数q~2=0.585;而CoMSIA模型的相关系数r~2=0.987,交叉验证系数q~2=0.534,均满足标准模型的需要.而将这2种方法建立起来的3D-QSAR模型用于哒嗪酮类化合物的抗真菌活性的预测,也均表现出良好的效果.并且从等值面图的分析可以看出,在哒嗪酮类(1,3)-β-D-葡聚糖合成酶抑制剂的结构上适当引入一些疏水基团和氢键受体可以增强该类化合物的抗真菌活性.     

大肠杆菌DXS酶抑制剂的3D-QSAR研究

利用分子对接和叠合构象,在SYBYL软件中运用CoMFA和CoMSIA方法,成功建立了DXS酶抑制剂的3D-QSAR预测模型,其相关参数(CoMFA:q~2=0.617,R~2=0.998,r■=0.640;COMSIA:q~2=0.505,R~2=0.990,r■=0.668,其中q~2为交叉验证系数,R和r_(pred)为检验模型预测能力的相关系数)均证明模型具有较好的预测能力.该模型研究了DXS抑制剂的三维构效关系,其结构方面的信息有助于研发新的DXS抑制剂.     

5-HT 6受体拮抗剂三维定量构效关系研究

为指导合成高效的5-HT6受体拮抗剂,采用比较分子场分析(CoMFA)和比较相似性指数分析(CoMSIA)对143个5-HT6受体拮抗剂数据进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,分别得到了具有良好可靠性和预测能力的CoMFA(Q2=0.513,R2ncv=0.864,R2pre=0.731)和CoMSIA模型(Q2=0.515,R2ncv=0.844,R2pre=0.777).由模型的等势线图分析,可得如下结论:大体积及/或电负性较大的R2取代基、疏水性R3和疏水性苯环R1位取代基、可作氢键受体的R2取代基、可作氢键供体的R3取代基有助于增大活性.这些结论能够更好地帮助理解5-HT6受体拮抗剂的抑制机理,并为今后的药物设计与合成提供新思路.     

芳基三唑啉酮类除草剂三维定量构效关系研究

使用比较分子场分析法（ＣｏＭＦＡ）,对１８种抑制原卟啉原氧化酶（ＰＰＯ）的芳基三唑啉酮类化合物进行了三维定量构效关系（ＱＳＡＲ）研究,得到了具有较强预测能力的ＱＳＡＲ模型．该模型显示空间场和静电场效应在抑制ＰＰＯ活性方面均起重要作用,模型对进一步设计、合成具有更高活性的新型除草剂具有指导意义     

(E)-4-取代酰氧基-3-甲氧基苯乙烯侧链类衍生物的比较分子力场(CoMFA)研究

 利用比较分子力场方法,建立5-脂氧合酶/环氧合酶抑制剂的三维定量构效关系,为设计新的更有效的酶抑制剂提供理论依据.在CoMFA分析中,交叉验证回归系数R²_CV、非交叉验证回归系数r²和标准偏差(SEE)分别为0.639,0.744,0.148.说明系列化合物分子周围立体场和静电场的分布与抗炎活性间有良好的相关性.利用该模型对自行合成的24个化合物进行活性预测,结果与实测值相符.所得模型支持了假设的抑制剂作用机理和作用模型.所得CoMFA模型具有一定的预测能力,可用来指导设计新的5-脂氧合酶/环氧合酶抑制剂.     

VEGFR-2酪氨酸激酶抑制剂的三维定量构效关系研究

 运用比较分子力场分析对28个氨基吡唑并吡啶二芳基脲类VEGFR-2酪氨酸激酶抑制剂进行了三维定量构效关系研究。所得CoMFA模型交叉验证系数q2=0.681,回归系数r2=0.958,统计方差比F=64.964,影响药效的立体场和静电场的贡献分别为65.7％和34.3％。CoMFA模型的三维等值图为化合物的结构改造提供了参考。     

2-苯基4-吡喃酮类COX-2抑制剂的三维构效关系研究

 环氧化酶（cyclooxygenase,COX）家族是非甾体类抗炎药物的作用靶酶,其中COX-2是 NSAIDs药物发挥作用与治疗炎症有关的靶点。使用三维定量构效关系研究方法研究2-苯基4-吡喃酮类COX-2抑制剂的分子结构与生物活性之间的定量关系,并构建三维定量构效关系模型。CoMSIA模型证实该类化合物的结构参数和其抑制活性存在明显的相关性（R²为0.929）,且有较好预测能力（q²为0.746）;同时使用“留五法”证实模型的稳定和可靠。三维构效关系模型系数等势图显示Subset A和B的R取代基4位上官能团变化对活性影响最大,在结构修饰时需要优先考虑;Subset A的R取代基2位上官能团的影响次之。     

HLA-A*0201限制性CTL表位肽的分子力场分析

运用比较分子力场(CoMFA)和比较相似性指数分析(CoMSIA)方法研究了50个HLA-A* 0201限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的关系,另外15个表位九肽作为预测集用于检验模型的预测能力。结果表明,采用CoMSIA得到的构效关系模型(q2 =0.608,r2 =0.987,F=440.4,SD=0. 111)要明显优于采用CoMFA得到的构效关系模型。在CoMSIA计算中,当引入疏水场时,三维构效关系模型得到明显改善,通过该三维构效关系模型,可较精确地估算预测集中15个CTL表位肽与HLA-A* 0201间的亲和力(r2pred=0. 703,SD=0. 368)。通过分析分子场等势面图在空间的分布,可以观察到表位肽分子周围的立体及疏水特征对表位肽与HLA-A* 0201间结合亲和力的影响,从而为进一步对CTL表位肽进行结构改造并基于此进行治疗性疫苗分子设计提供理论基础。     

新烟碱型乙酰胆碱受体吡啶基醚类配体的3维定量构效关系

采用比较分子力场分析方法，对一系列与烟碱型乙酰胆碱受体作用的吡啶基醚类配体进行构效关系分析，建立了这类化合物的3维构效模型．其交叉验证回归系数Rcv^2、非交叉验证回归系数Rncv^2和标准偏差s分别为0．744，0．973和0．256．结论说明该系列化合物的分子立体场和静电场的分布与生物活性之间有良好的相关性．该模型对训练集分子的活性预测结果较好，表明该力场模型有一定的预测能力，可用来指导设计新的烟碱型乙酰胆碱受体配体．