核酸序列的矩阵表示

提出了用矩阵形式一对一地表示核酸序列的方法．发现通过矩阵运算很容易得到描述核酸序列中单碱基出现概率和碱基相关出现概率的矩阵和值,并且很易推广到多个碱基关联的情况．对于核酸序列的编码区,用这种矩阵方法计算出密码子的使用频率．而且发现用矩阵方法比较核酸序列的同源性非常直观．     

大鼠,家兔,蟾蜍肝组织核酸含量的检测及与进化关系的研究

应用比色法对大鼠、家兔、蟾蜍三组动物肝组织核酸含量进行测定，发现肝组织核酸含量以蟾蜍最多，大鼠次之，家兔最少，ＲＮＡ／Ｄ比值则以大鼠最大，家鼠次之，蟾蜍最小，表明三组动物肝组织核酸含量与其他进化程度无相关性，与ＲＮＡ／ＤＮＡ比值有关。     

mRNA序列与蛋白序列对比

生物序列的对比是计算生物学中的一个基本问题．目前已有许多算法对DNA序列或蛋白序列之间进行对比,多是对同种生物序列进行对比．为得到mRNA序列和蛋白序列之间的对比,采用动态规划算法,提供了寻求mRNA序列和蛋白序列的局部对比和全局对比,解决了核酸与氨基酸之间的对比问题．算法的时间复杂度为O(nm)．     

利用SELEX技术筛选小檗碱核酸适配体及其亲和力表征

小檗碱是一种价格低廉且生物安全性良好的小分子化合物,筛选能与小檗碱互相作用的核酸片段,旨在开发新型遗传元件并拓展其在生物技术领域的应用。利用指数富集的配基系统进化技术（SELEX）,经8轮实验从随机单链DNA文库中筛选出4条能与小檗碱高度特异性结合的核酸适配体。对其中两条重现性较好的适配体进行结构模拟分析表明,适配体序列富含鸟嘌呤和胞嘧啶且多形成茎环及G-四链体结构。亲和力测定结果显示,其中的2条核酸适配体与小檗碱作用的解离常数K_d都处于nmol级,表现出较高的亲和力,适配体S1的K_d值最小,仅为523 nmol/L,与小檗碱亲和力最大。     

核酸序列的模糊聚类与分子进化

将核酸序列(编码区)分成几类,求出每类的平均信息参数(D_L),用模糊聚类的方法研究它们的相似性和同源性,求出各级相似分岔值并导出动态聚类图.证明了短程相似分岔与序列进化有明显的相性,即L=2-5的一级相似分岔值与物种出现地质年代的对数保持较好的线性关系.     

开源软件Linux内核的进化分析

开源软件各种版本的源代码和相关开发信息是软件工程研究者研究软件进化的重要数据源.文中研究了Linux的进化规律,归纳了开源软件项目的数据源及数据收集方法,并给出了Linux内核的软件进化的分析方法和相关分析结果.得出了Linux目前以超线性方式进化,而进化的主要推动力是适应系统硬件资源的进化的结论,并提出了快速测算大型开源软件复杂性的方法.     

Using maximum likelihood method to detect adaptive evolution of HCV envelope protein-coding genes

The basic process of adaptive evolution by natural selection is the replacement of one allele gene by an- other with a higher fitness in a population. Detecting the adaptive evolution would be helpful for better un- derstanding of bio-evolutionary mechani…     

288株猪圆环病毒的序列比较及遗传进化分析

目的为进一步了解猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)的遗传进化规律,为该病的预防和控制奠定基础。方法对来自世界各国的26株PCV1和262株PCV2的全序列用生物软件进行了核苷酸的同源性比较,并对其ORF1和ORF2进行了核苷酸和推导氨基酸的比较。结果从核苷酸水平来看,PCV1与PCV2明显分为两支,PCV1间分布没有规律,而PCV2间又分为以来自美国、加拿大、澳大利亚的序列为代表的亚型Ⅰ和以来自法国和新西兰的序列为代表的亚型Ⅱ;但从氨基酸水平来看,其分型并没有规律可循。从遗传进化树可以看出,PCV2的分布并没有地域性和时限性。数据统计显示,尽管相隔近十年之久,但其同源性并没有发生太大的改变,可见PCV2相当保守。另外对PCV2的碱基和氨基酸突变位点进行统计发现,PCV2序列间更倾向于碱基的颠换,但并无单个碱基和氨基酸的偏好性。结论PCV2相对保守,地域性和时限性分布不明显。     

Primary Structural Characterization of Phospholipid Hydroperoxide Glutathione Peroxidase

IntroductionBoth physico-chemical properties and functions ofproteins are based on their primary structure.Theoretical analysis of the primary structure ofproteins will give the structural characteristics ofthe same kind of proteins and provide ideas forfurther experimental research. More than 2 0native or deduced phospholipid hydroperoxideglutathione peroxidase (PHGPX) proteins werefound;three of which were cloned from rice,momordica and radishes in our laboratory[1 ,2 ] .There is a need to…