转录组分析揭示松乳菇多糖刺激T淋巴细胞增殖的分子机制

以T淋巴细胞为研究材料,采用RNA-Seq测序技术对松乳菇多糖(LDG-A)、脂多糖(LPS)和空白对照作用下的T淋巴细胞进行测序及生物信息学分析,研究松乳菇多糖处理对T淋巴细胞增殖过程中基因表达的影响,并探究该过程中涉及的主要基因和关键通路。结果表明:对照组、松乳菇多糖组和脂多糖组分别获得7.54 G、7.96 G和8.62 G的分析数据,T淋巴细胞在松乳菇多糖组和对照组中有8个极高表达基因,在脂多糖阳性对照组有5个极高表达基因(FPKM2 200)。差异表达基因分析发现,松乳菇多糖组和对照组之间共存在334个差异表达基因,其中有331个基因上调,3个基因下调。KEGG通路富集结果显示,松乳菇多糖影响T淋巴细胞增值的关键基因主要富集在MAPK、Ras等信号通路中,其中Ras-ERK-MAPK信号通路在松乳菇多糖刺激T淋巴细胞增殖的过程中具有重要作用;该通路中的成纤维细胞生长因子1(Fgf1)、成纤维细胞生长因子受体1(Fgfr1)、血小板衍生生长因子亚单位A(Pdgfa)和ets转录因子ELK1(Elk-1)等基因上调表达,表明松乳菇多糖能够通过Ras-ERK-MAPK信号通路促进T淋巴细胞进行基因表达及增殖。     

迟缓爱德华氏菌刺激对牙鲆转录组差异基因表达的影响

为了研究迟缓爱德华氏菌刺激下牙鲆基因表达作出的响应,采用高通量测序平台(Illumina HiSeq)分别对迟缓爱德华氏菌刺激的牙鲆和未受刺激牙鲆的肾脏进行转录组测序,并对差异基因进行生物信息学分析,包括GO(基因功能注释)、SNP(单核苷酸多态性)分析、SSR(简单重复序列)分析等.结果表明,用Trinity软件对clean reads进行拼接后,聚类得到222 980条转录本,总长200 234 420 bp,平均长度898 bp,N50为1 886 bp.对组装的序列进行基因功能注释后,有99 808条序列得到了注释.筛选出2 502个差异表达比较显著的基因,表达量上调的有1 280个,下调的有1 222个.GOseq结果显示差异基因显著富集在38个GO terms上,包括6个细胞组分、12个生物学过程和20个分子功能.差异基因共获得277个KEGG通路富集,627个差异基因显著富集到20条信号通路上,其中,8个与信号通路有关,3个与发育有关,9个与相关疾病有关.     

应用1-氨基环丙烷-1-羧酸脱氨酶产生菌提高双孢蘑菇产量

比较了6种覆土处理对双孢蘑菇产量的影响.6种覆土处理分别是常规覆土、常规覆土+恶臭假单胞菌UW4菌剂(用量为覆土干重的2%)、灭菌常规覆土、灭菌常规覆土+UW4菌剂(用量为覆土干重的2%)、灭菌蛭石和灭菌蛭石+UW4菌剂(用量为蛭石干重的2%).UW4是常用的植物根际促生细菌1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)脱氨酶产生菌.结果表明,灭菌蛭石+UW4菌剂处理出菇最早,产量最高,无杂菌污染,出菇比其他处理提早1~8 d,比常规覆土提早3 d,第一潮和第二潮菇产量之和比其他处理提高19.8%~115%,比常规覆土提高35.1%.采收二潮菇后,不同处理覆土材料中细菌和ACC脱氨酶产生菌的数量均与菇产量呈显著的正相关.本研究结果提示,灭菌蛭石中添加ACC脱氨酶产生菌剂替代传统覆土是实现双孢蘑菇绿色、高效生产的有效方式.     

具有预后价值的乳腺癌发病关键基因鉴别研究

目的:筛选与乳腺癌发病相关的关键基因,为研究乳腺癌的诊疗提供新的潜在分子靶标.方法:使用GEO2R在线工具比较乳腺癌与正常乳腺组织基因表达情况,进行差异显著性分析,利用基因功能注释工具DAVID对差异基因进行GO和KEGG富集分析.通过STRING数据库构建差异基因的蛋白互作网络,基于最大团中心性(maximal clique centrality,MCC)算法鉴别关键基因,利用Kaplan Meier生存分析验证关键基因对患者生存时间的影响.结果:乳腺癌基因表达差异分析共产生491个差异基因,其中有254个上调,237个下调.GO富集分析表明差异基因显著富集于肿瘤相关的生物学过程、细胞组分和分子功能,KEGG通路富集分析主要集中于PI3K-Akt信号通路、黏附斑和癌症通路.基于MCC算法共选取10个关键基因,其中的4个基因(ISG15,IFIT1,GBP1和IFI27)过表达与患者生存时间显著降低密切相关(P0.05).结论:共鉴别了4个与乳腺癌发病密切相关的关键基因,相关研究结果可为研究乳腺癌的诊疗提供新的潜在分子靶标.     

高温诱导双孢蘑菇蛋白质表达变化的分析

对24℃常温培养和32℃诱导培养的双孢蘑菇8213、02、2796、4607菌株的菌丝体总蛋白质的SDS－PAGE分析比较,发现2796和4607菌株在43kD-110kD之间有明显的差异蛋白质出现,而和8213菌株的蛋白质差异带不明显。这些高温诱导特异表达的蛋白质可能与双孢蘑菇的热耐受相关。     

不同浓度IAA影响平菇菌丝生长的调控机制研究

采用添加不同浓度(10~(-3)、0和10~(-8 )mol/L)IAA的PDA培养基分别培养P99平菇(Pleurotus ostreatus)菌丝7 d和15 d.收集菌丝体,提取总RNA并进行转录组测序.对测序信息进行生物信息学分析,包括差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)的筛选、聚类分析、gene onotology(GO)和kyoto encyclopedia of genes and genomes(KEGG)富集分析.最后采用实时荧光定量PCR验证色氨酸代谢通路中关键基因的表达.结果显示:与对照相比,高浓度(10~(-3 )mol/L)和低浓度(10~(-8)mol/L)IAA处理后,在菌丝生长的第7 d,分别获得806个和412个DEGs;在菌丝生长后期,即第15 d,分别获得145个和26个DEGs.GO富集分析表明,两种浓度IAA处理条件下,DEGs主要富集在次生代谢、木质素代谢、几丁质代谢和氧化还原酶代谢等生物学过程中.KEGG富集分析结果表明,两种浓度IAA处理后,生长前期和后期的DEGs富集通路均包括了色氨酸代谢通路和MAPK代谢通路.实时荧光定量PCR结果显示,色氨酸代谢通路中关键基因DN3209和DN3495的表达水平和测序数据一致.以上结果表明,几丁质代谢、色氨酸代谢和MAPK信号通路可能参与了不同浓度的IAA对平菇菌丝生长的促进和抑制作用.     

双孢蘑菇保鲜技术的研究

本文研究了在不同条件下贮藏双孢蘑菇dd、7d、10d、12d后,其色泽、氨基酸含量的变化,分析了这种变化对蘑菇鲜度、风味、褐变程度的影响关系,最后本文提出了适宜的贮藏条件——低温自发气调贮藏即MA贮藏(10℃、高密度聚乙烯薄膜包装),结果表明:在该条件下贮存7d、其氨基酸含量未见下降;贮存12d菇体仍无褐变和异味产生、其氨基酸总量仍占贮存前氨基酸总量的59.2％、起到了良好的保鲜作用。     

磁化水对双孢蘑菇的生物学效应

将双孢蘑菇 176、2 796、82 11菌株分别培养在用普通水配制的马铃薯培养基 (PDA)和用磁化水配制的马铃薯培养基 (MPDA)上 .结果表明 ,在MPDA上培养的 3个菌株其菌丝体的生长速度分别提高了 39.31%、16 .16 %和 2 5.2 6 % .176菌株通过MPDA培养后的核酸含量、总蛋白含量、可溶性蛋白含量比在PDA上培养的分别提高了 4 1.18%、2 1.92 %和 35.0 4 % ;2 796菌株分别提高了 2 6 .88%、33.91%和 4 1.50 % ;82 11菌株也分别提高了 33.33%、35.6 9%和 51.39% .通过酯酶同工酶 (EST)电泳分析表明 ,用MPDA培养对双孢蘑菇 3个菌株菌丝体的EST影响是不同的 .     

大气压低温等离子体抑制甲状腺未分化癌CAL-62细胞生长的机制研究

为了探究大气压低温等离子体(CAP)抑制间变性甲状腺癌的作用机制，应用转录组测序技术，借助生物信息学分析手段研究CAP对CAL-62的抑制作用，筛选出差异基因进行KEGG富集分析和GO分类，最后选取部分基因进行Western blot (WB)验证.结果表明，与对照组相比CAP处理组共有674个差异表达基因，以BIK和CDKN1C等为代表的287个基因上调表达，以TANC2、ESM1和CBL等为代表的387个基因下调表达.KEGG富集分析表明差异基因主要富集在MAPK、Rap1等信号通路及癌症转录失调等.GO分类表明差异基因主要富集在免疫反应、细胞凋亡过程等方面.WB检测部分差异基因的变化趋势，得到与转录组相一致的结果.该研究从转录组学角度去解释CAP抑制CAL-62细胞的机制，以期为CAP应用于甲状腺未分化癌治疗提供一定的理论基础.     

响应面法优化双孢蘑菇液态发酵培养基

以麦粒煮汁培养基作为双孢蘑菇液态发酵的基础培养基,采用响应面法对麦粒煮汁培养基进行了优化。双孢蘑菇在麦粒煮汁基础培养基中的菌丝体生物量和多糖产量分别为3.21g/L和201.55mg/L。在麦粒煮汁培养基中补充蛋白胨和麦芽糖后,其菌丝体生物量和多糖产量得到了显著提高(P0.05)。响应面法优化培养基结果表明,最优麦粒煮汁培养基的配方为:1 000mL麦粒煮汁,3.50g蛋白胨,41.00g麦芽糖,1.00g KH_2PO_4和0.50g MgSO_4。在最优麦粒煮汁培养基上,双孢蘑菇的菌丝体生物量和多糖产量分别达到12.33g/L和579.93mg/mL。