豇豆SSR标记在豌豆中的可转移性与应用初探

利用豇豆SSR引物筛选在豌豆具通用性的SSR引物。13对豇豆SSR引物中检测出8对引物在豌豆中可扩增,其中5对SSR引物表现出多态性,进而分析11个豌豆品种和5个豇豆品种的遗传多样性与遗传关系。结果表明:平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均Shannon指数,在豌豆品种群中分别为2.00、1.64、0.55,豇豆品种群中分别为2.00、1.80、0.53,上述遗传参数反映出供试豌豆品种和豇豆品种具有中等水平的遗传多样性;利用UPGMA聚类分析,能将豌豆品种群和豇豆品种群分为两类,且每个品种群内的各个体之间能进行区分,尤其是两个豌豆品种亚群的聚类结果与其地理来源基本一致。     

利用RAPD研究星天牛地理种群间亲缘关系

利用随机扩增的多态性DNA(RAPD)方法对分布在我国甘肃、宁夏、内蒙、河北、西安、青岛、福建、江苏等16个地区,美国纽约、芝加哥、新泽西3个地区和韩国2个地区的光肩星天牛及其近缘种星天牛共23个地理种群进行了研究.实验筛选出17个多态性引物产生了219个多态性位点,RAPD聚类分析表明,美国和中国的光肩星天牛种群之间存在显著差异,遗传关系较远.     

三个微卫星标记在喜马拉雅旱獭种群中的遗传多态性

通过构建基因组部分文库的方法在喜马拉雅旱獭4个地理种群中筛选出高变异微卫星位点,设计相应引物,检测位点SSR2、SSR4、SSR7在这4个地理种群中的遗传多态性,计算各种群间的遗传距离并进行聚类分析．结果表明：微卫星位点SSR2、SSR4、SSR7在4个地理种群中发现的等位基因数、有效等位基因数、Shannon指数、期望杂合度、多态信息含量波动范围分别为3-5,1．848-3．846,0．886-1．395,0．459-0．740,0．430-0．692,平均值分别为4．667、3．243、1．281、0．689、0.654．UPGMA聚类分析显示4个地理种群遗传进化关系明确,反映各种群之间的遗传相似性和遗传差异．结论：微卫星位点SSR2、SSR4、SSR7均为高度多态位点,适用于喜马拉雅旱獭遗传多态性研究;4个地理种群均显示出较高的遗传多态性,与喜马拉雅旱獭分布广泛、数量众多的事实相吻合.     

夏蜡梅SSR引物适用性分析及其在遗传多样性研究中的应用

【目的】筛选适合夏蜡梅(Sinocalycanthus chinensis)遗传多样性分析的SSR(simple sequence repeats)引物并进行遗传多样性分析。【方法】从夏蜡梅转录组数据库组装的125 014条unigene序列中,随机选取了344对SSR引物,以夏蜡梅6个不同种群的DNA为模板,运用聚丙烯酰胺凝胶电泳法进行引物筛选,根据扩增产物带型的丰富度,筛选出具有多态性的SSR引物;挑选扩增带型数在4以上的SSR引物,进一步验证这些引物在夏蜡梅种群间和种群内的适用性;利用已验证的引物对6个夏蜡梅种群的遗传多样性和遗传结构进行分析。【结果】共有148对引物能够扩增出清晰条带,占选取引物总数的43.02%,其中29对引物具有多态性,占扩增总数的19.60%;有15对引物扩增带型数在4以上,这些引物具有更高的多态性。对这15对高多态性引物进一步分析发现,根据扩增的带型数和遗传参数,这些引物均可用于种群间遗传多样性分析;同时,这15对引物可进一步分为3类,所揭示的遗传多样性程度依次降低。在种群内遗传多样性分析时,根据带型数及其分布和遗传参数,第1类、第2类及第3类中的P004和P061在各个种群内扩增的带型数较多且分布较为均匀,具有更高的多态性;而P021、P075、P095、P098、P018等5对引物在部分种群内扩增的带型数相对较少且分布较为集中,多态性相对较低。利用15对引物分析6个种群的遗传多样性得知,夏蜡梅的总基因多样性指数(Ht)为0.625 0,各种群的基因多样性指数为0.251 8~0.400 2,Shannon’s指数(I)为0.419 7~0.668 1,平均基因多样性指数(Hs)为0.3230。【结论】此次实验结果说明夏蜡梅物种水平具有较高的遗传多样性,但各种群内遗传多样性较低。聚类分析将6个种群分为3个分支,且各分支之间遗传距离较远,种群间遗传分化系数(Gst)为0.437,种群内近交系数(Fis)为0.430,种群间基因流(Nm)为0.309 4,基于AMOVA分子方差分析,56%的变异来自种群间,44%的变异来自种群内,这说明夏蜡梅种群间遗传分化显著,种群内存在显著的近交现象,各种群间基因交流受阻。     

山东长岛南4岛狗尾草（Setaira viridis（L.）Beauv）种群遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术研究了山东省长岛县南部4岛90份狗尾草材料的遗传多样性及遗传结构.13个ISSR引物共扩增出148个位点,多态性位点比率为70.30%,Shannon信息指数在物种水平上为0.344 9.根据Gst值,遗传变异有16.53%发生在种群间.遗传距离分析表明,NCS种群与DHS种群遗传一致度最高,遗传距离与地理距离之间没有相关性.     

大仓鼠种群生境片断化的遗传效应研究

利用原仓鼠微卫星引物扩增曲阜吴村、平邑柏林和卞桥三个地理种群的大仓鼠基因组DNA，并对长约550bp的特异片段回收测序，利用DAMBE、DNASP4．10及MEGA3．0软件分析所得序列．结果表明，在三个地理种群内及种群间均检测到不同数目的SNPs存在，种群内多态信息含量表现为柏林〉吴村〉卞桥．种群间则以曲阜吴村和平邑卞桥间含量最高．在被检测序列496bp中共检测到6个信息位点，其中4个转换、2个颠换；以平邑柏林和卞桥间含量最低，仅检测到2个信息位点且均为转换．三个地理种群的遗传分化系数（Gst）平均约为0．18，产生的基因流Nm为1．03-1．18，该结果揭示由于生境片断化导致的不同地理种群之间基因流的降低，将会对种群间的遗传分化产生重要的作用．     

山西三个地区短额负蝗的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对山西短额负蝗3个种群(繁峙、原平和太原)45个个体进行扩增，10条随机引物扩增共产生了125条带，多态性片段为121条，种间共有片段为5条．Nei’s基因多样性指数对RAPD数据的分析表明：种群间的遗传分化系数为0．2206，22．06％的遗传变异存在于种群间，用NJ法和UPGMA法对这三个种群的Nei’s遗传距离作聚类分析，结果显示：原平种群和繁峙种群遗传分化较小，太原种群与它们的遗传分化较大，由Nei’s遗传一致度和遗传距离可以看出，繁峙种群和原平种群的遗传距离最小为0．0852，它们与太原种群的遗传距离较远，结果表明短额负蝗不同种群的遗传分化程度与遗传距离和地理距离呈正相关。     

褐沙蒿遗传分化的研究

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法,对5个褐沙蒿(ArtemisiaintramongolicaH.C.Fu)种群的遗传分化进行了研究.结果表明,15个引物共扩增出283个位点,其中多态位点有269个,多态位点百分率达95.1%.各种群的多态位点百分率较高,在84.1%～89.0%之间,除正镶白旗种群略高外,其他均比较接近.各种群间有一定的遗传分化,基因分化系数Gst=0.1204,表明87.96%的遗传变异存在于种群内.基因流N m=3.6524>1,说明褐沙蒿种群间存在着广泛的基因交流.聚类分析显示,褐沙蒿种群之间的遗传距离与地理距离有一定的相关性.     

黑线仓鼠与大仓鼠线粒体DNA控制区全序列SNPs分析

以华北地区大仓鼠和黑线仓鼠为研究对象,运用第三代DNA分子标记SNPs(single nucleotide polymorphisms)技术,研究了其线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)全序列的单核苷酸多态性.结果表明:在黑线仓鼠和大仓鼠种群中共检测到11个单倍型,22个多态位点,其中只有2个是颠换,其余都是转换.不同种群的核苷酸多态性不同,种群内的核苷酸多态性小于种群间的核苷酸多态性.线粒体DNA D-loop全序列适合作黑线仓鼠和大仓鼠的核苷酸多态性和遗传进化关系的分析.     

安徽省毫州地区黄牛群体遗传多样性研究

利用随机扩增多态DNA技术对安徽省毫州地区黄牛种群进行了DNA多态性检测,以期了解该地区黄牛群体的遗传变异,进而探讨分子遗传标记在家畜小群体保种方案中的应用.计算了多态性引物在个体间的平均带纹等位片段频率、平均带纹等位片段杂合度和遗传多样性指数,并作分子亲缘关系聚类分析.该地区黄牛种群扩增等位基因片段的遗传杂合度比较高.