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1.
【目的】研究口腔碘泡虫(Myxobolus oralis)宿主新记录及种群分化。【方法】基于形态特征、18Sr DNA序列相似度、遗传距离、变异位点、系统发育以及18Sr RNA序列V4区二级结构的预测,对口腔碘泡虫江西种群和湖北种群进行了比较分析。【结果】口腔碘泡虫江西种群与湖北种群形态学特征基本一致;两种群18Sr DNA序列相似度为99%,变异位点数为6个,遗传距离为0.003,18Sr RNA序列V4区二级结构无差异;口腔碘泡虫湖北种群先于江西种群分化出来。【结论】口腔碘泡虫与宿主可能并未经历协同进化的自然历史 过 程;口 腔 碘 泡 虫 可 能 先 寄 生 于 异 育 银 鲫(Carassius auratus gibelio),然后少数个体偶然发生宿主转移事件而进入鲫(Carassius auratus auratus)体内并在长期的进化中逐渐适应这种新的寄生关系,最终形成新的种群或亚种。
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2.
荆州碘泡虫寄生部位种群分化   总被引:1,自引:0,他引:1  
【目的】研究荆州碘泡虫(Myxobolus kingchowensis)寄生于同种宿主不同寄生部位的种群分化及系统发育关系。【方法】对荆州碘泡虫不同种群及相似物种的形态和它们18SrDNA序列的变异位点、相似度、遗传距离、AT碱基比进行比较,分析了它们的系统发育关系。【结果】荆州碘泡虫重庆胆囊种群、武汉肌肉种群和武汉肾脏种群的形态学特征基本一致。各种群18SrDNA序列相似度为98.8%~100.0%,遗传距离为0.000~0.009,变异位点数为3~12个,AT碱基比(53.29%)高于GC碱基比(46.71%)。荆州碘泡虫不同种群及相似物种的系统发育树分为两大枝,孢子前端平滑且钝圆的的物种聚为一枝,孢子前端较尖的物种聚为了另一枝;鳃寄生的碘泡虫整体处于该系统发育树的基部。【结论】寄生于异育银鲫(Carassius auratus gibelio)上不同器官部位的荆州碘泡虫已出现种群分化;孢子形态上相似的碘泡虫物种具有更近的亲缘关系;较之于肌肉、肾脏、胆囊、骨骼肌、鳔和肠寄生的碘泡虫而言,鳃寄生碘泡虫分化较早。  相似文献   

3.
【目的】研究荆 州 碘 泡 虫(Myxobolus kingchowensis)寄 生 于 同 种 宿 主 不 同 寄 生 部 位 的 种 群 分 化 及 系 统 发 育 关 系。【方法】对荆州碘泡虫不同种群及相似物种的形态和它们18Sr DNA 序列的变异位点、相似度、遗传距离、AT 碱基比进行比较,分析了它们的系统发育关系。【结果】荆州碘泡虫重庆胆囊种群、武汉肌肉种群和武汉肾脏种群的形态学特征基本一致。各种群18Sr DNA 序列相似度为98.8%~100.0%,遗传距离为0.000~0.009,变异位点数为3~12个,AT 碱基比(53.29%)高于 GC碱基比(46.71%)。荆州碘泡虫不同种群及相似物种的系统发育树分为两大枝,孢子前端平滑且钝圆的的物种聚为一枝,孢子前端较尖的物种聚为了另一枝;鳃寄生的碘泡虫整体处于该系统发育树的基部。【结论】寄生于异育银鲫(Carassiusauratus gibelio)上不同器官部位的荆州碘泡虫已出现种群分化;孢子形态上相似的碘泡虫物种具有更近的亲缘关系;较之于肌肉、肾脏、胆囊、骨骼肌、鳔和肠寄生的碘泡虫而言,鳃寄生碘泡虫分化较早。
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4.
【目的】研究戴曼特角形虫(Ceratomyxa diamanti)不同地理分布及宿主种类的遗传分化。【方法】基于形态特征以及18SrDNA的序列相似度、遗传距离、变异位点和系统发育,对戴曼特角形虫中国株系和澳大利亚株系进行了比较分析。【结果】戴曼特角形虫中国株系与澳大利亚株系孢子形态略有差异,18SrDNA序列相似度为99.3%~99.6%,遗传距离为0.003~0.007。戴曼特角形虫中国株系与澳大利亚株系混合聚枝,并未形成地理种群特有的单系,也并未依据宿主种类而聚枝。戴曼特角形虫中国株系与澳大利亚株系之间存在4个关键变异位点,该位点能够对这两大地理株系进行识别。【结论】不同地理分布及宿主种类的戴曼特角形虫在形态和遗传上已有细微分化,但在系统发育上并未形成与宿主种类及地理分布相关的特有的遗传分化;戴曼特角形虫中国株系和澳大利亚株系在进化上可能具有一定的独立性。  相似文献   

5.
[目的]研究哈利特角形虫(Ceratomyxa hallettae)在不同地理分布和宿主种类下的遗传分化.[方法]基于哈利特角形虫的形态学、18S rDNA的分子特征、系统发育、宿主、地理分布等特征对哈利特角形虫中国株系与澳大利亚株系间的遗传分化进行研究.[结果]褐蓝子鱼(Siganus fuscescens)为哈利特角形虫的新宿主;形态学分析显示哈利特角形虫两株系在形态量度上差异较小;分子特征分析显示两株系18S rDNA序列之间存在7个变异位点,且两者相似度为99.60%,遗传距离为0.003 8;系统发育分析表明,哈利特角形虫中国株系聚于海洋角形虫进化支,且与澳大利亚株系形成姐妹群关系.[结论]宿主种类差异与长期的地理隔离可能是造成哈利特角形虫中国株系与澳大利亚株系在分子(18S rDNA)和形态上发生分化的主要原因.综合角形虫的系统发育、地理分布、宿主类群等信息可知,哈利特角形虫的原始宿主可能为单斑裸颊鲷(Lethrinus harak),而褐蓝子鱼应为该寄生虫经历了宿主转移事件而获得的新宿主.  相似文献   

6.
社鼠和针毛鼠线粒体DNA序列的歧异及其系统进化关系   总被引:1,自引:0,他引:1  
社鼠和针毛鼠是有着广泛地理分布的山地鼠种,它们的一些形态特征及核型明显有别于同属的其它鼠类.社鼠的亚种--雷琼社鼠局限于分布在广东省西部地区和海南省,它的形态特征多似社鼠,但也有少数特征相似于针毛鼠.对于社鼠和针毛鼠的分类地位及社鼠亚种的分化一直有着各种讨论.本研究进行了社鼠和雷琼社鼠以及针毛鼠龙门种群和香港种群的细胞色素b (264个核苷酸位点)和12S rRNA (387个核苷酸位点)基因片段的测序.社鼠与雷琼社鼠线粒体的细胞色素b基因片段间包含有19个变异位点、12S rRNA 基因片段间包含11个变异位点和2个插入/缺失位点.针毛鼠的2个种群间的细胞色素b 和12S rRNA 基因片段分别包含了3个和11个变异位点.通过邻接法和最大简约法重建的系统进化关系表明:雷琼社鼠与社鼠有着紧密的亲缘关系,它的亚种地位得到了线粒体DNA序列证据的肯定.针毛鼠龙门种群和香港种群细胞色素b和12S rRNA 基因片段序列的歧异反映出两个种群由于长期的地理隔离及其所经历自然选择的结果.  相似文献   

7.
首次对刺纹车轮虫(TrichodinacentrostrigataBasson,VanAs & Paperna, 1983)进行了 18S rDNA 的克隆测序并分析,研究结果显示:刺纹车轮虫是一种具有辐射状中央颗粒的淡水车轮虫,具有相对较高的 GC 含量而位于分子系统树的顶枝,它与海水环境中的车轮虫具有较高的序列相似性及较近的遗传距离从而聚为一枝。研究提示刺纹车轮虫具有较强的宿主适应性,在系统进化中分化较晚并与海水种类具有较近的亲缘关系;此外,车轮虫的同源性与 18S rDNA序列相似性、遗传距离具明显相关性,GC 含量与分子支序树分枝具有明显相关性。
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8.
基于核糖体28S部分序列,对来自中国的22种及国外的35种指环虫属(Dactylogyrus Diesing, 1850)单殖吸虫进行分子系统发育研究,采用Phylosuite平台构建贝叶斯(bayesian, BI)及最大似然法(maximum likelihood, ML)系统发育树,结果显示非洲的鲤科(Cyprinidae)、欧洲的鲤科、亚洲(中国)的鲤科和鲈科(Percoidea)鱼鳃部寄生指环虫属单殖吸虫各自聚为独立的进化支,其中,采自中国的指环虫为并系群.ML树显示亚洲的鲤科鱼类寄生指环虫起源最早,另外指环虫属的早期宿主除魚巴系鱼外还包括雅罗鱼支系.两种系统发育树均未表现出明显的物种区分关系,说明指环虫属的进化分析受到宿主特异性、采集地、进化历史及分子序列的变异度等多方面的影响.  相似文献   

9.
首次对刺纹车轮虫(Trichodina centrostrigata Basson,Van AsPaperna,1983)进行了18SrDNA的克隆测序并分析,研究结果显示:刺纹车轮虫是一种具有辐射状中央颗粒的淡水车轮虫,具有相对较高的GC含量而位于分子系统树的顶枝,它与海水环境中的车轮虫具有较高的序列相似性及较近的遗传距离从而聚为一枝。研究提示刺纹车轮虫具有较强的宿主适应性,在系统进化中分化较晚并与海水种类具有较近的亲缘关系;此外,车轮虫的同源性与18S rDNA序列相似性、遗传距离具明显相关性,GC含量与分子支序树分枝具有明显相关性。  相似文献   

10.
以16S rRNA基因作为分子标记,对蝽亚科6种昆虫及外群异蝽科昆虫进行特异性扩增和序列测定,对序列的碱基组成、转换颠换、遗传距离等进行分析,探讨了16S rRNA基因在该亚科的分子进化机制.并基于16S rRNA基因序列数据,采用邻接法(NJ)建立蝽亚科部分昆虫分子系统发育关系[1].获得的16S rRNA基因序列片段的长度在439~441 bp之间,且保守性序列较多.该片段中碱基T,C,A,G的平均含量分别为32.9%,17.9%,40.5%,8.8%,A+T平均含量为73.4%,明显高于G+C含量(26.7%),存在较强的A+T含量偏向性;密码子第三位点A+T含量更高,达77.1%.通过测定该基因片段的序列发现,不同种群存在丰富的DNA序列多态性.  相似文献   

11.
应用PCR技术扩增了我国南方重要养殖石鲈科鱼类斜带髭鲷(Hapalogenys nitens)和花尾胡椒鲷(Plectorhinchus cinctus)线粒体DNA(mtDNA)的16S rRNA基因片段,纯化后分别进行EcoRⅠ、MseⅠ、PstⅠ、SacⅠ和HindⅢ等5种限制性内切酶酶切和测序分析.酶切结果为:斜带髭鲷16S rRNA扩增片段被MseⅠ和SacⅠ两种内切酶酶切,花尾胡椒鲷16S rRNA扩增片段只被MseⅠ酶切.两者在MseⅠ和SacⅠ酶切图谱的差异可作为区分两者的遗传标记.16S rRNA序列分析结果表明,斜带髭鲷和花尾胡椒鲷的遗传相似度为86.94 %,遗传差异为13.06 %.进化上,两者分化年代大约为1.98×106年前.  相似文献   

12.
【目的】筛选适合夏蜡梅(Sinocalycanthus chinensis)遗传多样性分析的SSR(simple sequence repeats)引物并进行遗传多样性分析。【方法】从夏蜡梅转录组数据库组装的125 014条unigene序列中,随机选取了344对SSR引物,以夏蜡梅6个不同种群的DNA为模板,运用聚丙烯酰胺凝胶电泳法进行引物筛选,根据扩增产物带型的丰富度,筛选出具有多态性的SSR引物;挑选扩增带型数在4以上的SSR引物,进一步验证这些引物在夏蜡梅种群间和种群内的适用性;利用已验证的引物对6个夏蜡梅种群的遗传多样性和遗传结构进行分析。【结果】共有148对引物能够扩增出清晰条带,占选取引物总数的43.02%,其中29对引物具有多态性,占扩增总数的19.60%;有15对引物扩增带型数在4以上,这些引物具有更高的多态性。对这15对高多态性引物进一步分析发现,根据扩增的带型数和遗传参数,这些引物均可用于种群间遗传多样性分析;同时,这15对引物可进一步分为3类,所揭示的遗传多样性程度依次降低。在种群内遗传多样性分析时,根据带型数及其分布和遗传参数,第1类、第2类及第3类中的P004和P061在各个种群内扩增的带型数较多且分布较为均匀,具有更高的多态性;而P021、P075、P095、P098、P018等5对引物在部分种群内扩增的带型数相对较少且分布较为集中,多态性相对较低。利用15对引物分析6个种群的遗传多样性得知,夏蜡梅的总基因多样性指数(Ht)为0.625 0,各种群的基因多样性指数为0.251 8~0.400 2,Shannon’s指数(I)为0.419 7~0.668 1,平均基因多样性指数(Hs)为0.3230。【结论】此次实验结果说明夏蜡梅物种水平具有较高的遗传多样性,但各种群内遗传多样性较低。聚类分析将6个种群分为3个分支,且各分支之间遗传距离较远,种群间遗传分化系数(Gst)为0.437,种群内近交系数(Fis)为0.430,种群间基因流(Nm)为0.309 4,基于AMOVA分子方差分析,56%的变异来自种群间,44%的变异来自种群内,这说明夏蜡梅种群间遗传分化显著,种群内存在显著的近交现象,各种群间基因交流受阻。  相似文献   

13.
多倍体小麦物种形成可诱发稳定遗传的胞嘧啶甲基化变异   总被引:2,自引:0,他引:2  
多倍体小麦及其二倍体祖先物种的基因组DNA经一对同位酶(HpaⅡ/Msp工)消化后,与21个不同类型的低拷贝DNA序列进行Southern杂交.结果发现,多倍体小麦实现物种形成后产生了广泛的胞嘧啶甲基化变异.用同样的21种DNA序列为探针与1个人工合成的六倍体小麦及其亲本的Southern杂交结果表明,甲基化变异已存在于该人工小麦的较早期自交世代(S5,S6和S7).而且,在3个自交世代每代随机选取的3个单株之间的限制性酶切片段长度多态(RFLP)谱带均表现为高度一致;这暗示甲基化变异可能发生得更早,或者,甲基化变异具有非随机性.变化后的RFLP谱带在3个自交世代间表现为稳定遗传.甲基化变异虽在整个基因组范围内发生,但可能具有序列特异性.对这种迅速发生的甲基化变异与异源多倍体基因组进化的两个重要属性即遗传二倍化和基因分化之间的可能关系进行了讨论.  相似文献   

14.
为了深入开展高原鳅属(Triplophysa)鱼类的分类鉴定、系统进化等研究,利用生物信息学的方法分析了37种高原鳅属鱼类的线粒体全基因组序列及系统发育信息。通过Clustal X对线粒体DNA(mt DNA)全基因组序列进行对比,然后用MEGA7分析mt DNA的序列差异,并用邻接法生成系统进化树。结果发现:(1)高原鳅属鱼类线粒体基因组的全长在16 562~16 681 bp之间,其基因组结构和基因排列顺序与其他硬骨鱼类的线粒体基因组特征相同;(2)在所有编码基因中,ND2基因的序列变异程度最大(52.5%),且Kimura双参数(K2P)遗传距离最大(0.232),而16S rRNA的变异程度最小(19.9%),12S rRNA基因的K2P遗传距离最小(0.034);(3)系统进化树显示高原鳅属中除叶尔羌高原鳅(Triplophysa yarkandensis)外,绝大多数物种能够聚为一支,未描述种(T.sp.)、玫瑰高原鳅(T.rosa)和湘西盲高原鳅(T.xiangxiensis)聚为一支并处于该属的基部位置。  相似文献   

15.
【目的】目前两面针(Zanthoxylum nitidum)野生资源逐渐减少,开展对其居群遗传学研究有利于两面针野生资源的保护和可持续利用。【方法】利用ISSR分子标记对11个广西两面针自然居群共138个样本进行DNA多态性分析。【结果】从100个随机引物中筛选出8个有效引物,共扩增出63个DNA片段,都为多态性条带,多态位点百分率(P)为100%。两面针在物种水平上具有较高遗传多样性,Nei’s基因多样性(He)和Shannon信息指数(I)分别为0.227和0.356。两面针11个居群的遗传分化系数(Gst)为0.490,居群内变异占51%,居群间变异占49%,说明居群间和居群内的遗传分化基本持平;居群间基因流(Nm)为0.52,表明居群间基因流动较贫乏。各居群间的遗传距离在0.053~0.334之间,居群间的聚类及Mantel检验(r=0.391,p=0.040)均表明广西两面针居群地理距离与遗传距离之间的相关性不明显。【结论】广西野生两面针种质资源多样性较高,有利于培育高品质的药材品种;就地保护是两面针资源保护的首选,选择个体数量多、居群内变异系数大,自然环境不易受到人为影响的天然居群进行保护。  相似文献   

16.
通过PCR扩增出中国近海石首鱼科(Sciaenidae)6属8个代表种的线粒体16S rRNA基因,纯化后直接测序.利用多个生物软件对序列变异和碱基组成进行分析,计算Kimura 2-parameter遗传距离、平均核苷酸变异数、平均每位点核苷酸替代数等遗传信息指数,并结合GenBank上大斑石鲈(Pomadasys maculates)同源序列构建UPGMA,NJ,ME和MP系统树.结果表明,叫姑鱼(Johnius belengerii)为最早分化的一枝,其次为黄姑鱼(Nibea albiflora)和白姑鱼(Argyrosomus argentatus),而黄鱼亚科(包括大黄鱼(Pseudosciaena crocea)、小黄鱼(Pseudosciaena polyactis)、棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)、黑鳃梅童鱼(Collichthys niveatus)和鮸鱼(Miichthys miiuy))分化最晚,这支持了形态学得出的结论.在分子水平上明确了叫姑鱼亚科和黄鱼亚科的系统进化地位,并得出黄姑鱼比白姑鱼更早分化的新推论,但对于形态学上将白姑鱼和黄姑鱼归属于同一个亚科的结论还有待使用多个不同进化速率的基因加以分析考证.为探讨中国石首鱼类分子系统进化做了尝试,并就线粒体16S rRNA基因在该科鱼类系统进化研究的应用潜力进行了剖析.  相似文献   

17.
【目的】分析和预测鲫(Carassius auratus)葡萄糖调节蛋白78(Glucose regulated protein 78,GRP78)的功能,为研究GRP78在鱼类受细胞外刺激过程中的作用机制奠定基础。【方法】通过分子克隆技术获得鲫GRP78基因的部分序列,并利用生物信息学方法分析了该基因片段编码的蛋白质序列的二级结构、亲水性、可塑性、表面可及性和抗原表位。【结果】获得了长度为617bp的鲫GRP78基因片段序列,共编码113个氨基酸。这些氨基酸所构成序列的相对分子质量约为1.3kDa,等电点为5.82,无信号肽;可塑性区域位于第7~10位、第18~21位、第28~42位、第51~62位、第68~78位和第94~109位氨基酸残基;表面可及性区域位于第29~30位、第38~43位、第50~65位、第68~79位、第82~86位、第97~99位、第102~104位和第106~111位氨基酸残基;有1个B细胞抗原表位区域,位于第28~45位氨基酸残基。【结论】所获的鲫GRP78序列中含有ATPase保守结构域区段,该区段定位于内质网,具有较强亲水性。  相似文献   

18.
【目的】华东地区的苏浙皖鲁是中国松材线虫病发生最早的4个省区,华东地区也是松材线虫最适生长区,研究该区域松材线虫种群的遗传分化情况,可为建立我国松材线虫病的疫源追溯体系提供重要的基础信息。【方法】收集华东地区安徽(AH)、福建(FJ)、江苏(JS)、江西(JX)、山东(SD)和浙江(ZJ)6个省份的60个县级行政区松材线虫病疫木样本,经过分离纯化获得虫株,提取虫株DNA并进行高通量全基因组重测序,运用生物信息学软件分析各区域松材线虫虫株的SNP位点数量和种类,依此遗传标记采用聚类分析方法比较各区域不同虫株间的遗传分化情况,后采用Treemix分析群体间的基因渗入路线。【结果】共分离收集到华东地区松材线虫虫株67个,对所有虫株进行全基因组测序。经序列比对分析,67个虫株中共有SNP基因型12种,其中A→G、C→G、C→T、G→A、G→C、T→C这6种基因型出现的频率明显高于其他6种基因型。从67个虫株中共获得6 531 684个SNP位点,不同虫株间的SNP位点数量存在差异。不同地理区域松材线虫的SNP总数、纯合子数量、缺失SNP数量以及特有SNP数量在省际均未表现显著差异,与入侵时间也无特别显著的相关性。主成分分析结果表明,67个虫株可以分为3个类群,各类群与地理来源存在着一定的相关性。大多数虫株属于类群1,它包括了所有的浙江虫株和江西虫株,以及其他4个省份的大多数虫株;类群2涉及江苏、安徽、山东和福建的14个虫株;类群3仅涉及安徽、福建和山东的7个虫株。通过Treemix检测得到2条基因迁移路线,分别为类群2的江苏(2-JS)向类群1的安徽(1-AH)迁移、类群3的山东(3-SD)向类群2的安徽(2-AH)迁移。【结论】华东地区松材线虫虫株存在较为丰富的SNP位点,不同虫株间SNP特征存在较大差异,SNP多样性变化与入侵时间没有呈现明显规律性。总体上华东地区松材线虫虫株可以分为3个类群,不同类群与地理区域间呈现一定的相关性,在1-AH和2-AH所在区域可能存在被其他区域的其他类群虫株再次入侵的情况。  相似文献   

19.
棣棠花是蔷薇科棣棠花属一种极具药用价值和观赏价值的野生植物资源,从8个叶绿体DNA序列和1个核DNA序列中筛选出1个有效DNA片段rps16,利用其对棣棠花6个居群58个个体进行了遗传多样性研究,以期为该物种的资源评价和利用奠定基础.结果显示:rps16序列矩阵长度为607bp,共检测到9个核苷酸变异位点和11个单倍型,居群总的遗传多样性(HT)为0.884,单倍型多态性(Hd)为0.778,核苷酸多态性(π)为0.001 2.棣棠花居群间遗传变异(62.84%)大于居群内遗传变异(37.16%),居群间变异是其主要变异来源;6个居群间具有较高的遗传分化(Gst=0.653,Nst=0.600,Fst=0.628 4),基因流水平较低(Nm=0.128 5).失配分析结果表明种群在进化过程中曾经历过快速扩张,中性检验支持上述结果:Tajima's D=-1.019 04(P0.1);Fu and Li's D=-2.056 07(0.1P0.05);Fu and Li's F=-2.020 36(0.1P0.05).研究结果表明:棣棠花居群遗传多样性较高,居群间存在较高的遗传分化,奠基者效应和瓶颈效应可能是主要的影响因素.  相似文献   

20.
【目的】克隆鉴定和定量PCR分析不同发育时期意大利蜜蜂(Apis mellifera)几丁质酶AmCht11基因。【方法】克隆测序鉴定AmCht11基因序列,通过多重序列比对分析该基因编码的氨基酸序列特征和结构域组成;在线预测AmCht11蛋白的二级结构、三级结构以及相互作用靶蛋白,构建系统进化树分析该蛋白在几丁质酶家族中的分类和进化关系;实时定量PCR分析AmCht11基因的组织表达特征。【结果】AmCht11基因c DNA序列全长1 404 bp,编码468个氨基酸;预测AmCht11蛋白质相对分子质量为53.5 k Da,等电点为7.21。多重序列比对和系统进化分析表明,AmCht11蛋白为几丁质酶GH18家族Group-Ⅷ亚家族成员,该蛋白的氨基酸序列N-端含有跨膜域,具典型的几丁质酶催化结构域,无结合结构域,也不具信号肽。进一步实时定量PCR分析表明,AmCht11基因表达量在意大利蜜蜂幼虫发育第2至第5日龄无明显波动,至幼虫后期第6日龄表达量明显上调。【结论】推测AmCht11基因与意大利蜜蜂幼虫发育后期的蜕皮有关。  相似文献   

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