云南和贵州玉米地方品种遗传多样性的比较分析

 结合田间试验,利用微卫星(SSR)标记技术对分别来自云南和贵州的各15个玉米地方品种群体进行了遗传多样性分析.t检验和变异系数的分析结果表明,云南和贵州玉米地方品种在个体形态水平上表现较高的遗传变异.SSR标记在云南和贵州的各15个玉米地方品种群体中分别检测到多态性位点数265和241个,其位点平均数分别为6.3和5.7个;42对相同的SSR引物分别在云南和贵州的玉米品种群体内检测到平均有效等位基因数各3.36个和2.92个,玉米地方品种在DNA分子水平均表现出较高的遗传变异,且云南较贵州玉米地方品种的遗传变异程度更高,各SSR位点遗传变异参数,均以前者高于后者.遗传结构分析结果表明,云南和贵州玉米地方品种群体的遗传结构均偏离了Hardy-Weinberg平衡;品种群体的遗传变异均以群体内遗传变异为主.     

检疫性杂草假高粱及其近似种SSR分子标记的遗传多样性

利用SSR标记对8个假高粱及其近似种样品的遗传多样性进行研究,结果发现:(1)在11对SSR引物中,有5对扩增出多态性,这5对引物共检测到25个多态性位点,每对引物平均能检测到5个多态性位点;(2)根据Nei's遗传距离分析的聚类树显示:这8个高粱属物种共可分为2个类群,7个亚类群;假高粱和黑高粱、拟高粱和明福1号间的亲缘关系极近;(3)SSR结果揭示出所测8个群体的Gst为0.0864,说明本文研究的Sorghum属8个物种的群体遗传分化程度属于中度.     

豇豆SSR标记在豌豆中的可转移性与应用初探

利用豇豆SSR引物筛选在豌豆具通用性的SSR引物。13对豇豆SSR引物中检测出8对引物在豌豆中可扩增,其中5对SSR引物表现出多态性,进而分析11个豌豆品种和5个豇豆品种的遗传多样性与遗传关系。结果表明:平均等位基因数、平均有效等位基因数、平均Shannon指数,在豌豆品种群中分别为2.00、1.64、0.55,豇豆品种群中分别为2.00、1.80、0.53,上述遗传参数反映出供试豌豆品种和豇豆品种具有中等水平的遗传多样性;利用UPGMA聚类分析,能将豌豆品种群和豇豆品种群分为两类,且每个品种群内的各个体之间能进行区分,尤其是两个豌豆品种亚群的聚类结果与其地理来源基本一致。     

检疫性杂草假高粱及其近似种SSR分子标记的遗传多样性

利用SSR标记对8个假高粱及其近似种样品的遗传多样性进行研究,结果发现:(1)在11对SSR引物中,有5对扩增出多态性,这5对引物共检测到25个多态性位点,每对引物平均能检测到5个多态性位点;(2)根据Nei’s遗传距离分析的聚类树显示:这8个高粱属物种共可分为2个类群,7个亚类群;假高粱和黑高粱、拟高粱和明福1号间的亲缘关系极近;(3)SSR结果揭示出所测8个群体的Gst为0.0864,说明本文研究的Sorghum属8个物种的群体遗传分化程度属于中度。     

重庆市常用及新选玉米自交系SSR指纹图谱构建

选用32对玉米SSR引物检测重庆市部分常用及新选玉米自交系间的遗传差异,基于扩增带型清晰、稳定和易于统计原则,从中筛选10对引物作为构建66个玉米自交系指纹图谱的核心引物.结果表明,共扩增出31个条带,每对引物检测到条带3~4个,平均为3.10个.多态性信息量(PIC值)变幅为0.487~0.723,平均为0.651.相似系数在0.29~0.94之间,平均值为0.62.聚类分析表明,10对引物可将66份玉米自交系区分开来.初步构建了重庆市66个玉米自交系的指纹图谱.     

濒危植物单羽苏铁SSR引物的筛选

以濒危植物单羽苏铁为材料,利用改良的CTAB法提取其总DNA.利用5个单羽苏铁居群的91个个体,对已从苏铁属其他植物开发的65对核SSR引物进行筛选,并对引物的多样性指数进行检测分析.共筛选到多态性高、扩增稳定的SSR引物20对.在这20对引物中,检测到的等位基因数平均为9.75,有效等位基因数平均为4.769,香农多样性指数平均为1.473,观察杂合度平均为0.380,期望杂合度平均为0.636,固定指数只有引物4的小于0.绝大多数引物都偏离了哈迪-温伯格定律,并达到了极显著水平.以上结果为单羽苏铁的遗传多样性和遗传结构的进一步分析提供了依据.     

检疫性杂草假高梁及其近似种SSR分子标记的遗传多样性

利用SSR标记对8个假高粱及其近似种样品的遗传多样性进行研究,结果发现：（1）在11对SSR引物中,有5对扩增出多态性,这5对引物共检测到25个多态性位点,每对引物平均能检测到5个多态性位点;（2）根据Nei’s遗传距离分析的聚类树显示：这8个高粱属物种共可分为2个类群,7个亚类群;假高粱和黑高粱、拟高粱和明福1号间的亲缘关系极近;（3）SSR结果揭示出所测8个群体的Gst为0．0864,说明本文研究的Sorghum属8个物种的群体遗传分化程度属于中度。     

怀地黄85-5品种内遗传多样性的RAPD和ISSR分析

采用CTAB法提取了怀地黄85-5品种16个单株的基因组DNA,使用紫外分析和琼脂糖凝胶电泳检测其纯度和大小,利用RAPD及ISSR分析其品种内遗传多样性.从24个RAPD引物和43个ISSR引物中分别筛选出具有稳定多态性条带的RAPD引物3个和ISSR引物2个,分别对16个单株基因组DNA进行PCR扩增.3个RAPD引物共扩增出7条带,其中多态性条带为4个,多态性比率为57.14%.2个ISSR引物共扩增出17条带,其中多态性条带为11个,多态性比率为64.7%.结果表明,怀地黄85-5品种内存在遗传差异,但遗传多样性比地黄品种间的低.     

茄子种质资源SSR鉴定及遗传多样性分析

应用 SSR 技术对 83 份茄子种质资源进行了遗传多样性分析,从 23 对引物中筛选出15 对多态性高、稳定性好的引物进行扩增分析,共检测到 148 个位点,每个 SSR 位点的等位变异范围为 3～19 个,平均每对引物有9.8个扩增位点.83份种质的 Jaccard's 相似系数值最大为 0.989(2～7),最小...     

无花果栽培品种遗传多样性分析及SSR指纹图谱构建

【目的】近几年国内引进了很多的无花果新品种,但是仅依靠表型性状不能准确地区分相似品种,因此从DNA分子水平上进行无花果品种的分类和鉴定。【方法】利用SSR分子标记技术对30个无花果品种进行遗传多样性分析和DNA指纹图谱构建。【结果】7对SSR引物在30个无花果品种中共扩增得到了24条清晰条带,平均观察等位基因数(N_a)为3.43、有效等位基因数(N_e)为3.025 6、Shannon信息指数(I)为1.126 6,多态性信息含量指数(PIC)变化从0.682 8到0.892 5,平均为0.816 4。遗传相似系数在0.291 7～1.000 0之间,平均相似系数为0.629 4,表明实验的品种间存在差异。在相似系数为0.59时将30个无花果品种分为4类。同时构建了30个无花果品种的SSR指纹图谱。【结论】基于SSR分子标记技术建立起来的无花果指纹图谱能够有效区分无花果相似品种,可以为无花果新品种的选育和品种鉴定提供科学依据。     

适用于野生软枣猕猴桃遗传多样性分析的SSR引物筛选

为进一步研究野生软枣猕猴桃种质资源的遗传多样性,以软枣猕猴桃基因组DNA为模板,优化了SSR反应体系并确定了反应条件,筛选出了多态性较高的标记.从来自中华猕猴桃基因组的65对SSR引物初步筛选出15对有较好扩增带型、增稳定性好的引物,其中较好多态性的引物有12对.用筛选的引物进一步对四川天全二郎山的野生软枣猕猴桃群体进行了SSR分析,在15个个体中共检测出了141个等位基因,平均每个位点检测到9.4个等位基因,平均PIC值为0.745.     

春小麦重组自交系及多种SSR标记构建遗传图谱

 以春小麦重组自交系(RIL)宁春4 号×宁春27 号为作图群体,利用SSR 标记构建小麦遗传连锁图谱。结果表明,用1001对SSR 引物选出亲本间表现多态性的引物307 对,多态性频率为30.7%。利用307 对多态性引物对RIL 群体进行分析,共检测到266 个多态性标记位点。通过χ²检测(P<0.05),有147 个SSR 标记表现为偏分离,偏分离率为55.3%,129 个偏向母本宁春4号,其偏分离位点主要分布在B 和D 基因组上。用Mapmaker 3.0 和Mapdraw 2.1 软件将266 个SSR 位点绘制在小麦遗传连锁图上,该图谱覆盖小麦基因组全长2187.79 cM,标记间的平均遗传距离为8.22 cM。     

3个野生毛花猕猴桃居群的SSR多样性分析

利用9对SSR引物对来自和平县上陵镇高峰和羊石、上陵镇桃源村及热水镇3个居群的野生毛花猕猴桃不同植株叶DNA进行PCR扩增,以分析野生毛花猕猴桃居群遗传多态性.结果表明,3个野生毛花猕猴桃居群的遗传多态性百分比在97.3%~98.9%之间,平均多态性信息量 (polymorphism information content, 简称PIC值)在0.846~0.880之间,其中,上陵镇高峰和羊石野生毛花猕猴桃居群的SSR多样性相对较高,平均PIC值为0.880;而上陵镇桃源村野生毛花猕猴桃居群的SSR多样性较低,平均PIC值为0.846;但3个野生毛花猕猴桃居群的多态性百分比差异不明显.这些结果显示,广东省和平县不同野生毛花猕猴桃居群间遗传多样性较高,保存了丰富的猕猴桃野生居群基因资源.     

柳杉无性系指纹图谱的构建及遗传多样性分析

【目的】为了构建柳杉无性系的DNA指纹图谱,准确区分柳杉无性系。【方法】利用SSR标记分析了柳杉89个无性系的遗传多样性和指纹图谱。【结果】11对引物共检测出53个等位点,平均每个SSR位点有5个,变化范围为3～6个; 有效等位基因数(N_e)变化范围为1.887 0～4.295 6,平均为3.041 1; Shannon信息指数(I)变化范围为0.774 9～1.556 3,平均为1.208 1。表明SSR标记具有较高的多态性。根据SSR标记特点及引物的顺序,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了柳杉89个无性系的 DNA 分子指纹图谱,使每个无性系都获得了 1 个 22 位数的指纹图谱号码,同时基于个体间的遗传距离将柳杉89个无性系分为 5 类。【结论】SSR标记适用于柳杉无性系遗传多样性分析及鉴定,柳杉的遗传多态性处于中等偏高水平。     

夏蜡梅SSR引物适用性分析及其在遗传多样性研究中的应用

【目的】筛选适合夏蜡梅(Sinocalycanthus chinensis)遗传多样性分析的SSR(simple sequence repeats)引物并进行遗传多样性分析。【方法】从夏蜡梅转录组数据库组装的125 014条unigene序列中,随机选取了344对SSR引物,以夏蜡梅6个不同种群的DNA为模板,运用聚丙烯酰胺凝胶电泳法进行引物筛选,根据扩增产物带型的丰富度,筛选出具有多态性的SSR引物;挑选扩增带型数在4以上的SSR引物,进一步验证这些引物在夏蜡梅种群间和种群内的适用性;利用已验证的引物对6个夏蜡梅种群的遗传多样性和遗传结构进行分析。【结果】共有148对引物能够扩增出清晰条带,占选取引物总数的43.02%,其中29对引物具有多态性,占扩增总数的19.60%;有15对引物扩增带型数在4以上,这些引物具有更高的多态性。对这15对高多态性引物进一步分析发现,根据扩增的带型数和遗传参数,这些引物均可用于种群间遗传多样性分析;同时,这15对引物可进一步分为3类,所揭示的遗传多样性程度依次降低。在种群内遗传多样性分析时,根据带型数及其分布和遗传参数,第1类、第2类及第3类中的P004和P061在各个种群内扩增的带型数较多且分布较为均匀,具有更高的多态性;而P021、P075、P095、P098、P018等5对引物在部分种群内扩增的带型数相对较少且分布较为集中,多态性相对较低。利用15对引物分析6个种群的遗传多样性得知,夏蜡梅的总基因多样性指数(Ht)为0.625 0,各种群的基因多样性指数为0.251 8~0.400 2,Shannon’s指数(I)为0.419 7~0.668 1,平均基因多样性指数(Hs)为0.3230。【结论】此次实验结果说明夏蜡梅物种水平具有较高的遗传多样性,但各种群内遗传多样性较低。聚类分析将6个种群分为3个分支,且各分支之间遗传距离较远,种群间遗传分化系数(Gst)为0.437,种群内近交系数(Fis)为0.430,种群间基因流(Nm)为0.309 4,基于AMOVA分子方差分析,56%的变异来自种群间,44%的变异来自种群内,这说明夏蜡梅种群间遗传分化显著,种群内存在显著的近交现象,各种群间基因交流受阻。     

红花EST-SSR分子标记开发与初步验证

旨在开发红花EST-SSR标记,为红花分子辅助育种和种质资源评价提供有力工具.先对红花转录组进行测序,选用MISA软件筛选鉴定SSR位点.在云南红花(YH)转录组中,共获得46 016个SSR位点,分布频率为32.09%,平均每3.11 kb有一个SSR.云南红花SSR位点以二,三核苷酸重复基序为主,其优势重复基序分别为AG/CT(44%)和AAG/CTT(24%).SSR位点重复次数相差较大,其中重复为5次比率最高,SSR位点数为9 369(26.63%),其次为6次(8 148, 23.16%).同时,利用Primer3.0进行引物设计,随机筛选27对引物,在60份不同来源红花种质中进行多态性验证,获得12对具有多态性稳定的引物,多态性引物比率为44.4%.结果表明,基于红花转录组序列开发SSR标记是可行的,开发的标记具有稳定扩增性,丰富多态性等优点,开发的SSR标记将有助于红花功能基因挖掘,遗传连锁图谱构建和遗传多样性分析.     

利用ISSR分析6种绞股蓝属植物的遗传多样性与亲缘关系

目的 对绞股蓝属(Gynostemma BL.)6种植物的遗传多样性与亲缘关系进行分析.方法 利用ISSR标记技术对57条引物进行初筛,选择其中适合的11条引物对材料进行遗传多样性分析,并根据遗传距离构建UPGMA聚类图.结果 11个ISSR引物共检测到120个位点,平均每个引物检测到10.91个位点,多态性比率(PPB)达到98.33%,6个物种的多态性比率分布于34.17%～1.67%之间,Shannon信息指数(Ⅰ)为0.414 5,Nei's基因多样性指数(He)为0.2707,G.pentaphyllum,G.Ccardiospermum,G.longipes,G.yixingense,G.laxuflorum的分类处理与形态学研究结果基本一致,G.pentagynum与G.longipes遗传距离最近.结论 ISSR分子标记适合于绞股蓝属植物遗传多样性研究.     

61个观赏海棠品种的SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

【目的】观赏海棠种类繁多且同名异物和同物异名的现象严重,寻找一种从分子角度快速准确鉴定观赏海棠品种的技术手段,弥补依靠表型性状的分类和鉴定的不足,满足观赏海棠的品种资源鉴别需要。【方法】对61个主要观赏海棠品种,利用从苹果属多个种中筛选出的10对SSR引物对其进行PCR扩增检测,分析其遗传多样。【结果】10对SSR引物共扩增出78条条带,平均每个SSR位点扩增出7.8条,多态性条带百分率为100%。61个观赏海棠品种Nei多样性指数(H)和Shannon指数(I)分别为0.205 2和0.348 8,若以共显性标记的方式进行分析,43个海棠品种的Nei多样性指数的变化范围在0.623 9～0.881 8,平均为0.788 3,表现出较丰富的遗传多样性。【结论】最终利用2对SSR引物成功地构建了61个观赏海棠的指纹图谱,为品种资源的鉴别和深入挖掘利用提供依据。     

我国几种野鸭和家鸭遗传多样性的SSR分析

利用SSR技术分析我国几种野鸭和家鸭品种群体间及群体内的多样性.21对引物在群体间共扩增得到516条带,其中多态性条带410条.多态性位点比率在60%～96.7%之间.运用简单匹配系数法计算了品种(系)间的相似性系数和遗传距离,采用类间平均链锁法(Between-groups linkage method)构建了聚类图谱,并进行了系统发生分析.实验结果表明,群体间遗传多样性丰富,聚类图谱显示我国11个地方鸭品种(系)被划分为两大类,这与根据生产性能、经济性状划分的结果相一致.筛选12个多态性较好的微卫星标记,对群体内的遗传多样性水平进行检测.利用等位基因频率计算了各群体的遗传参数(多态信息含量,平均杂合度以及有效等位基因数),结果表明:本实验所调查的鸭群体的平均杂合度在0.296至0.675之间,各品种(系)依照平均多态信息含量高低排列的次序与按群体平均杂合度排列的顺序基本一致,一些群体内的平均杂合度值较低,反映出群体内遗传多样性水平较低,这很可能与群体近交程度高有关.     

开口箭种质资源及其混伪品的SSR指纹图谱研究

利用SSR分子标记技术研究开口箭种质资源的DNA鉴定方法,构建其指纹图谱,为开口箭及其混伪品鉴定提供参考依据。应用7对多态性丰富的SSR引物对10份开口箭种质资源和5份混伪品进行了PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。结果表明,开口箭种质资源及其混伪品的遗传多样性丰富,7对SSR引物共检测出21个多态性位点,平均每对引物的多态性位点数为3.0;基于SSR分子标记的DNA指纹图谱可将开口箭种质及其混伪品完全区分开。该研究建立的SSR指纹图谱可用于开口箭种质资源标准化分析及市场化检测。