利用DGE技术筛选雌雄鹌鹑胚胎发育至第3天与性别分化相关的差异表达基因

为了研究鹌鹑早期性别分化时期基因的表达情况,本研究利用数字表达谱技术(DGE)对发育至第3天的雌性鹌鹑胚胎和雄性鹌鹑胚胎进行研究。结果显示:建立了雌性鹌鹑胚胎和雄性鹌鹑胚胎2个DGE文库,对比分析后得到了34个差异表达的基因,其中雌性胚胎相对于雄性胚胎10个为上调基因,24个为下调基因,通过对这些差异基因进行GO/KO富集性分析,筛选出了4个跟性别分化相关的基因,分别为HINT1、ASW、HSD17B4基因和未知功能的ID为ENSGALG00000013312的基因。     

下丘脑对CSA模型大鼠调控的基因表达谱分析

目的:分析椎动脉型颈椎病(CSA)模型大鼠下丘脑组织差异基因表达谱变化,探讨下丘脑对CSA的调控机制.方法:将10只SPF级雄性Wistar大鼠随机分为模型组和正常组,采用复合造模法建立CSA模型,模型成功后取下丘脑组织,提取总RNA,用全基因芯片检测基因表达谱,筛选差异基因,本体论(GO)、信号通路分析.结果:与正常组比较,差异基因表达谱分析显示:差异基因总数为246个(|fold change|2,P0.05),其中表达上调的基因有150个,下调的有96个;富集的GO功能共有1 301条,涉及对血管形成、神经细胞功能、对外界刺激、细胞黏附、细胞增殖及细胞膜活性的调节等;参与调节的信号通路共有109条,包括脂类代谢、Ras、有丝分裂原活化蛋白激酶(MAPK)、血小板活化、环-磷酸腺苷(c AMP)、FcγR-介导的吞噬作用信号通路等.结论:下丘脑对CSA的调控机制主要是对血管形成、神经功能、对刺激的应激反应等的调节.     

母牦牛的繁殖力及其提高途径

系统阐述了母牦牛的繁殖力及营养、季节和遗传等因素对母牦牛初情期、发情率及犊牛成活率的影响，论述了牦牛诱导发情的研究动态及应用前景．最后提出目前能有效地提高牦牛繁殖力的途径是采用冬季补饲（青干草加少量精料）、诱导发情和防止近交等综合技术措施     

基于数字基因表达谱筛选雌雄鸡胚胎性别分化相关的差异表达基因

目的为探究家禽早期胚胎发育中与性别分化相关基因的表达情况。方法本试验通过数字基因表达谱技术(DGE技术)以发育到72 h的雌性和雄性鸡胚胎为研究对象。结果成功构建了雌性和雄性鸡胚胎文库,通过对比及分析后得出有66个表达差异基因,包括雌性对雄性表现上调的基因为25个、下调的基因为41个。通过对这些差异基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析显示差异基因主要参与生长发育、生殖、细胞的增殖分化相关,筛选出了5个与鸡性别分化相关的基因,分别是HINT1Z、SOX9、RSPO1、DMRT1和LHX9基因。结论经实时荧光定量PCR验证,结果显示HINT1Z基因在雄鸡中比在雌鸡中的表达量较高,在雌雄鸡中表达差异不显著; RSPO1基因表达雌鸡比雄鸡中高; SOX9基因表达量雄鸡高于雌鸡且差异极显著(P0. 01); DMRT1基因在雄鸡中的表达量高于雌鸡且差异极显著(P0. 01); LHX9雄鸡中的表达量较雌鸡中高但差异不显著。     

中国美利奴军垦型细毛羊发情周期中血清孕酮含量的测定

供试母羊为中国美利奴军垦型细毛羊 ,分别选自石河子总场一分场羊场和农八师1 42团羊场体质健康的繁殖母羊 ( 1～ 2岁 )共 1 1 6只。于 1 998年 5月非繁殖季节测定休情期母羊孕酮含量 ;1 999年 9月繁殖季节 ,分别在母羊发情开始当天和发情后 1天测定孕酮含量。利用试情公羊判定母羊是否发情。均从供试羊颈静脉采血 ,血液自然凝固析出上清后 ,以 2 50 0ｒ/ｍｉｎ离心 1 0ｍｉｎ ,分离血清置 -2 0℃冰箱冻存 1～ 2天待测。运输途中放入冰瓶保存送检。孕酮含量由新疆军区总医院核医学科放免室测定 ,采用放射免疫分析法。测定仪器为上海日环ＳＮ…     

非创伤性股骨头坏死与潜在关键基因表达谱的相关研究

目的:用生物信息学方法探讨与非创伤性股骨头坏死相关的潜在关键基因和信号通路.方法:GEO数据库中下载得到8例人股骨头样本产生的GSE74089表达谱数据进行生物信息学分析,Limma包筛选差异表达基因.用DAVID数据库、R包、STRING数据库及Cytoscape软件对差异表达基因进行基因功能、信号通路及蛋白-蛋白相互作用网络分析.结果:共筛选出1 315个差异表达基因,上调基因809个,下调基因506个.差异表达基因主要涉及细胞外基质、胞外空间、胶原蛋白三聚体、胶原纤维组织、松弛素信号通路及转化生长因子β信号通路等.PPI网络由391个节点和1 213个交互组成,网络分析列出蛋白互作网络的前20个中心节点蛋白,挖掘出4个潜在关键基因.结论:HACE1、FBXW7、GNG8和SAA1等差异基因可能与非创伤性股骨头坏死的发病机制密切相关.     

茎瘤芥根和茎组织转录组比较分析

茎瘤芥是十字花科芸薹属植物的变种.本研究在前期的转录组测序和数字基因表达谱(DGE)测序的基础上进一步对榨菜的根组织进行了测序和分析.通过高通量RNA-Seq测序我们获得了高质量的数字基因表达谱数据超过一千万条,其中有约71%能比对到参考基因序列上.我们将根组织的数字基因表达谱数据与榨菜瘤茎膨大过程中的3个时期的数字基因表达谱数据进行了比较,获得了共有的(3组差异表达基因的交集)差异表达基因共3594个,对这些差异表达基因的表达趋势可以分为8个簇.同时对这些差异基因进行代谢途径的功能注释,发现这些差异表达基因除了在光合作用相关的途径外,主要分布在细胞壁的合成、降解以及二级代谢如类黄酮代谢等途径方面.通过对榨菜根组织的转录组测序,我们筛选得到了部分榨菜根与茎的差异表达基因,这些基因可能与榨菜的瘤茎膨大有关.     

基于表达谱分析筛选肾母细胞瘤关键基因

为探究肾母细胞瘤(Nephroblastoma)发生的关键基因,并筛选出潜在的治疗靶点及生物标志,采用由GEO数据库获取的基因芯片GSE11151和GSE53224,经归一化处理后,通过GO和KEGG分析筛选出差异基因,并通过构建蛋白互作网络获得其中的关键基因.总计获得差异基因404个,其中上调基因385个,下调基因19个.PMCH、CCR5、CCR7、RGS1和KNG1作为关键基因,涉及趋化因子信号通路、G蛋白偶联信号通路,参与肿瘤微环境的形成.这5个关键基因在肾母细胞瘤的发生中有着重要作用,并可能作为潜在治疗靶点及生物标志.     

树突细胞免疫应答结核分枝杆菌基因调控网络的构建与分析

目的 探讨结核分枝杆菌感染树突细胞(dendritic cells,DCs)后宿主DCs基因表达谱的变化,并构建免疫应答基因调控网络,筛选出特征基因模块.方法 通过NCBI GEO datasets数据库,收集结核分枝杆菌感染DCs的芯片表达谱数据,运用R语言分析筛选出差异表达的基因,并对差异表达特征进行统计学分析;基于筛选出的差异基因,整合转录调控元件(TRED)数据库,构建结核分枝杆菌感染DCs中的免疫应答基因调控网络,并筛选出显著功能模块,通过注释及可视化整合分析工具(DAVID)整合KEGG数据库对网络基因进行功能分析(GO analysis)、信号通路分析(Pathway analysis)及疾病相关性分析;对网络基因进一步行蛋白相互作用(PPI)网络分析,并挖掘出关键子网络,筛选高节点度基因;结合基因调控网络中显著功能模块与PPI关键子网络,筛选出结核分枝杆菌感染DCs中的特征基因,并进行ROC曲线分析.结果 构建了DCs免疫应答结核分枝杆菌过程中异常表达的基因调控网络,并提取了包括CREB1、IL6、CEBPA和CCND14个差异表达基因在内的显著功能模块,网络中差异基因与保护性免疫过程或信号通路相关性较大,且在结核通路中有显著功能模块基因CREB1与IL6的分布.PPI网络分析基因调控其节点度Degree最显著的基因为IL6,且在显著功能与通路(inflammatory response与TNF signaling pathway)上均有IL6的分布信息.通过ROC曲线分析CREB1和IL6与DCs免疫应答结核分枝杆菌临床病理特征相关性,其ROC曲线下面积(AUC)分别为0.9114和0.9636.结论 筛选出CREB1与IL6不仅有预测调控关系,且DCs免疫应答结核分枝杆菌的特征基因集特异性强、灵敏度高,可作为表征DCs免疫应答结核分枝杆菌过程的候选标志物,可能成为先天免疫应答向适应性免疫应答的过渡信号.     

后备母猪存在的两个主要繁殖问题及应对措施

后备母猪存在的两个主要繁殖问题:不发情和头胎产仔率低。引起后备母猪不发情的原因有选种因素、饲养管理因素、卵巢发育不良、没有及时诱情、疾病因素等;主要预防措施有科学选种、供给营养均衡的饲粮、免疫接种、保证饲料品质等;治疗措施有检查饲料品质、加强诱情、饥饿处理和激素处理等。引起后备母猪头胎产仔率低的原因有配种过早、配种后环境温度过高、配种后母猪过肥和疾病因素等;应对措施主要是做到适时配种、避免高温季节配种、保持母猪配种前的体况、做好疫病的预防和驱虫保健工作。     

具有预后价值的乳腺癌发病关键基因鉴别研究

目的:筛选与乳腺癌发病相关的关键基因,为研究乳腺癌的诊疗提供新的潜在分子靶标.方法:使用GEO2R在线工具比较乳腺癌与正常乳腺组织基因表达情况,进行差异显著性分析,利用基因功能注释工具DAVID对差异基因进行GO和KEGG富集分析.通过STRING数据库构建差异基因的蛋白互作网络,基于最大团中心性(maximal clique centrality,MCC)算法鉴别关键基因,利用Kaplan Meier生存分析验证关键基因对患者生存时间的影响.结果:乳腺癌基因表达差异分析共产生491个差异基因,其中有254个上调,237个下调.GO富集分析表明差异基因显著富集于肿瘤相关的生物学过程、细胞组分和分子功能,KEGG通路富集分析主要集中于PI3K-Akt信号通路、黏附斑和癌症通路.基于MCC算法共选取10个关键基因,其中的4个基因(ISG15,IFIT1,GBP1和IFI27)过表达与患者生存时间显著降低密切相关(P0.05).结论:共鉴别了4个与乳腺癌发病密切相关的关键基因,相关研究结果可为研究乳腺癌的诊疗提供新的潜在分子靶标.     

安哥拉山羊的饲养管理技术

安哥拉山羊以放牧为主,在放牧场设有简陋的棚圈、剪毛场所、药浴池和清洁饮水处等。世界各国饲养安哥拉山羊,都是根据安哥拉山羊不同的年龄和生理状况,供给不同的营养。苏联饲养安哥拉山羊,怀孕母羊日粮营养价值为1.05饲料单位,可消化蛋白质为103.05克;哺乳期为1.18饲料单位和120.75克。美国根据放牧场,牧草的产量和质量,设计出不同年龄的安哥拉山羊,在不同季节的补饲配方。我国陕西黄土高原综合治理研究所,饲养安哥拉山羊,在冬季也制订出补饲标准。安哥拉山羊4月龄断奶,6～8月龄性成熟,18月龄配种,发情周期19～21天,发情持续时间22小时,怀孕期平均为149.2天。通常是秋季配种。自由交配公母比例为1:30～40。     

大气压低温等离子体抑制甲状腺未分化癌CAL-62细胞生长的机制研究

为了探究大气压低温等离子体(CAP)抑制间变性甲状腺癌的作用机制，应用转录组测序技术，借助生物信息学分析手段研究CAP对CAL-62的抑制作用，筛选出差异基因进行KEGG富集分析和GO分类，最后选取部分基因进行Western blot (WB)验证.结果表明，与对照组相比CAP处理组共有674个差异表达基因，以BIK和CDKN1C等为代表的287个基因上调表达，以TANC2、ESM1和CBL等为代表的387个基因下调表达.KEGG富集分析表明差异基因主要富集在MAPK、Rap1等信号通路及癌症转录失调等.GO分类表明差异基因主要富集在免疫反应、细胞凋亡过程等方面.WB检测部分差异基因的变化趋势，得到与转录组相一致的结果.该研究从转录组学角度去解释CAP抑制CAL-62细胞的机制，以期为CAP应用于甲状腺未分化癌治疗提供一定的理论基础.     

慢病毒感染方法构建稳定干涉PDRG1的HeLa细胞系

PDRG1(p53 and DNA-damage regulated 1)是实验室通过文库筛选发现的参与NF-kB信号通路调控的一个新基因。已知PDRG1在多种肿瘤中高表达,并参与p53信号通路;同时该基因受UV以及基因毒性等刺激调控。但其在NF-κB信号通路中作用尚未见报道,为了深入研究PDRG1对NF-κB信号通路的调控机理,构建了稳定干涉PDRG1的HeLa细胞系。选择了基于慢病毒载体pLKO.1的感染体系,该慢病毒体系可以同时感染分裂期与非分裂期的细胞,将目的基因干涉序列稳定整合至靶细胞基因组中;再经过抗生素压力筛选后在短时间内获得稳定干涉目的基因表达的细胞株。设计合成PDRG1干涉序列并克隆至pLKO.1载体,转染病毒包装细胞293TN后收集慢病毒上清感染HeLa细胞系,进一步经过嘌呤霉素压力筛选成功获得稳定表达PDRG1干涉序列的细胞株。该稳定细胞株的建立为PDRG1的功能研究提供了必要的实验工具。     

小檗碱、隐丹参酮对胰岛素抵抗卵巢颗粒细胞凋亡相关基因的影响

通过基因芯片技术研究小檗碱、隐丹参酮对胰岛素抵抗卵巢颗粒细胞基因表达的影响。选择猪卵巢颗粒细胞为体外研究对象,利用磷酯酰肌醇-3激酶(PI-3K)特异性抑制剂——沃曼青霉素人工诱导胰岛素抵抗的细胞模型,以0.02g/L小檗碱、隐丹参酮进行干预,继续培养48h,以Trizol法提取总RNA,采用猪全基因表达谱芯片技术筛选出差异表达基因。将筛选得到差异基因输入MAS(Molecule Annotation System)中进行显著性统计分析。结果显示:小檗碱组与沃曼组比较,与细胞凋亡有关的18个基因表达发生显著变化;而隐丹参酮组有12个。这些差异表达的基因涉及TNF家族、bcl-2基因家族、Caspases家族、MAPK信号通路及凋亡传导通路、细胞循环传导通路和tgfb-smad3传导通路。通过对基因芯片上表达水平发生改变基因的分析推测,小檗碱、隐丹参酮诱导卵巢颗粒细胞凋亡是多种途径共同作用的结果,其中Fas和Caspase途径通路上的基因以及细胞周期调控相关的基因可能发挥了主要作用。     

鲍幼虫变态分子机制的研究进展

综述了鲍幼虫变态及其分子机制的研究进展.鲍因其幼虫营卵黄营养,且同昆虫和蛙类相比,鲍幼虫变态速度快、存在提早发育(‘anticipatory’developmental program)现象,是研究贝类乃至海洋无脊椎动物变态现象的理想模式.早期研究采用药理学和电生理学方法发现了GABA等能够诱导鲍变态的物质,并且提出了变态过程信号通路,但调节幼虫变态的分子机制仍然所知甚少.研究人员采用差异显示PCR和基因芯片等手段获得了一些变态前后差异表达的基因.但是变态是由众多的基因和信号分子共同决定和影响的.传统获得差异基因的方法效率低、获得基因数量少、受公布的EST(表达序列标签)限制大,所以调控变态的分子网络和机制还尚未建立,缺乏对调控这一细胞过程的整体认识.转录组学分析获得大量变态差异基因,并且有助于建立差异基因相互作用网络,是研究变态分子机制的新方向.此外,变态差异基因的功能验证和注释是鲍变态分子机制研究的另一问题,基因干扰可能是解决方向之一.     

稻瘟病抗性基因Pita~2的克隆及其介导的防御相关基因表达分析

为了克隆位于水稻12号染色体着丝粒区域具有广谱抗性的稻瘟病抗性基因Pita~2,研究构建并筛选了该基因供体品种PiNo.4的Fosmid文库,构建Pita~2候选区域的物理图谱并互补验证了5个候选基因,克隆得到了稻瘟病抗性基因Pita~2,确认了该基因就是Ptr基因.一组基因型接近、对Pita~2致病性相反的稻瘟病菌菌株对水稻进行离体接种,接种前后相关防御基因的表达量分析结果表明,Pita~2基因在稻瘟病菌侵染后均成功激活了水杨酸和茉莉酸抗病信号通路,主要通过参与水稻水杨酸信号通路赋予水稻抗性,该研究为利用Pita~2培育持久广谱抗性水稻提供了一定的理论基础.     

迟缓爱德华氏菌刺激对牙鲆转录组差异基因表达的影响

为了研究迟缓爱德华氏菌刺激下牙鲆基因表达作出的响应,采用高通量测序平台(Illumina HiSeq)分别对迟缓爱德华氏菌刺激的牙鲆和未受刺激牙鲆的肾脏进行转录组测序,并对差异基因进行生物信息学分析,包括GO(基因功能注释)、SNP(单核苷酸多态性)分析、SSR(简单重复序列)分析等.结果表明,用Trinity软件对clean reads进行拼接后,聚类得到222 980条转录本,总长200 234 420 bp,平均长度898 bp,N50为1 886 bp.对组装的序列进行基因功能注释后,有99 808条序列得到了注释.筛选出2 502个差异表达比较显著的基因,表达量上调的有1 280个,下调的有1 222个.GOseq结果显示差异基因显著富集在38个GO terms上,包括6个细胞组分、12个生物学过程和20个分子功能.差异基因共获得277个KEGG通路富集,627个差异基因显著富集到20条信号通路上,其中,8个与信号通路有关,3个与发育有关,9个与相关疾病有关.     

禁食对小鼠下丘脑磷酸化蛋白质组的影响

本研究旨在通过干预小鼠进食,探讨对小鼠下丘脑中蛋白质磷酸化修饰和相关信号通路的影响,为完善蛋白磷酸化调控网络提供有价值的信息.将实验小鼠平均分为3组,分别为对照组(con)、禁食组(D2)和禁食后恢复组(DR),每组小鼠数量为3只.在48 h内,con组正常提供饲料,D2组不提供饲料,DR组前44 h不提供饲料、后4 h提供饲料.同时解剖3组小鼠并提取下丘脑组织,提取、纯化和酶解下丘脑组织的蛋白质,并采用二氧化钛富集分离技术富集磷酸化肽段,运用高通量液相色谱-质谱联用进行检测,以鉴定样品中的磷酸化蛋白质组.利用非标记定量方法筛选差异表达的磷酸化蛋白以及位点,对鉴定数据进行GO富集和KEGG通路分析,并探究磷酸化蛋白间的相互作用关系.结果显示,共鉴定到4 810个磷酸化蛋白质,对应于14 259个磷酸化位点发生了变化.采用数学统计方法分析,成功确认小鼠下丘脑中有681个磷酸化蛋白差异显著,观察到这些差异蛋白与蛋白结合、激酶行为、转运、轴突生成等分子活动和生物学过程有关,并富集到了MAPK、细胞内噬和环磷酸腺苷信号通路等11个主要的信号通路.这说明禁食会对小鼠下丘脑中多种蛋白质的磷酸化修饰...     

缺血性脑卒中外周血差异miRNA挖掘与生物信息学分析

目的本研究旨在通过生物信息学方法筛选缺血性卒中的关键miRNA,探讨其下游靶基因及相关调控通路在缺血性中风中可能发挥的生物学作用。方法利用R语言的Limma包分析大鼠缺血性卒中模型外周血miRNA表达谱数据,miRbase数据库鉴定差异miRNA保守性,miRDB数据库预测这些miRNA的靶基因。联合应用string数据库和cytoscape软件构建靶基因相互作用网络,分析筛选出核心靶基因,应用缺血性卒中患者外周血mRNA表达谱进行关键靶基因鉴定。结果在MCAO大鼠外周血miRNA表达谱中筛选到15个差异miRNA,保守性分析获得11条在大鼠和人类之间具有高度保守性的miRNA。这11个miRNA共预测到1467个靶基因,生物信息学分析得到20个核心靶基因。其中,有11个核心靶基因在缺血性卒中患者外周血中出现显著表达变化,成为本研究的关键靶基因。构建了包含6个miRNA和11个与缺血性卒中的发展与转归相关的关键靶基因组成的miRNA-mRNA互作调控网络。关键靶基因的聚类与功能富集于造血调控、神经元死亡调控、对缺氧的反应等与卒中密切相关的生物学进程以及PI3K-Akt信号通路、c AMP信号通路、Notch信号通路等重要信号通路。结论基于上述结果,分析确定了两对关键miRNA-mRNA:miR-182-CREB1和miR-139-Notch1。它们可能通过c AMP信号通路和Notch信号通路在卒中的病理生理进程中起到关键作用,这些结果为中风的诊断和治疗提供了新的见解。