金钗石斛根际土壤放线菌的分离及抑菌活性筛选

采用6种培养基对金钗石斛(Dendrobium nobile Lindl.)根际土壤放线菌进行了分离,通过16S r DNA序列分析对分离菌株进行初步鉴定。以大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、白色念珠菌(Candida albicans)、马铃薯晚疫病菌(Phytophthora infestans)和灰葡萄孢(Botrytis cinerea)为指示菌,测定分离菌株的抑菌活性。结果显示:从金钗石斛根际土壤中分离获得164株放线菌,并划分为10个不同操作单元(Operational taxonomic units) OTUs,分别隶属于纤维菌属(Cellulosimicrobium)和链霉菌属(Streptomyces),其中,链霉菌属为优势属,占分离菌株的93. 90%;获得的164株放线菌中有19株链霉菌属菌株具抑菌活性,占分离菌株的11. 58%,其中菌株g62和G29对枯草芽孢杆菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等细菌均表现出显著的抑菌活性,H2对枯草芽孢杆菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、白色念珠菌和灰葡萄孢均具有抑菌活性,可见,g62、G29和H2具有广谱抑菌活性。     

海芒果可培养细菌的分离鉴定及其抑制海洋鱼类致病菌活性研究

【目的】研究红树植物海芒果Cerbera manghas L.及其根际土壤可培养细菌多样性及其代谢产物抑制鱼类致病菌的生物活性。【方法】采用纯培养法分离并基于16SrRNA基因序列的系统发育分析法对分离得到的细菌进行多样性研究,采用滤纸片法研究其抑制海洋鱼类致病菌的生物活性。【结果】从海芒果及其根际土壤中共分离得到15株可培养细菌,采用16SrRNA基因序列的系统发育分析后发现,这些菌分属于2个大的细菌发育类群:厚壁菌门(Firmicutes,占比为53%)和放线菌门(Actinobacteria,占比为47%),其中4株为芽孢杆菌属,6株为链霉菌属。活性研究发现,所有测试菌株对3种海洋鱼类致病弧菌均有一定的抑制作用,其中VT86(Kitasatospora paranensis),V139-2(Streptomyces luteireticuli),V140-2(Streptomyces jiujiangensis),VT19(Streptomyces orinoci),VT113(Streptomyces niveiscabiei)这5株菌的抑菌效果较好,以VT86(K.paranensis)抑菌活性最好。【结论】红树植物海芒果及其根际土壤中的细菌丰富多样,部分细菌具有抑制海洋鱼类致病菌生长的生物活性,具有开发成新型抑制鱼类致病菌药物的潜力。     

基于传统分离和高通量测序的健康和患锈腐病西洋参根际土壤微生物群落分析

探究健康和患锈腐病西洋参根际土壤微生物的群落多样性和可培养菌株分离，以期为西洋参锈腐病发生机制及防控提供参考。利用传统分离技术和高通量测序技术分析健康和患锈腐病西洋参的根际土壤，探究其微生物的群落组成及多样性变化。经由传统分离技术合计得到24株细菌和25株真菌，优势菌属包括假单胞菌属(Pseudomonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)和青霉菌属(Penicillium)。高通量测序结果显示，健康和锈腐病土壤中细菌群落均以蓝细菌门(Cyanobacteria)和变形门(Proteobacteria)为主；患锈腐病组有所降低的为蓝细菌门(Cyanobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)和变形菌门(Proteobacteria),大幅上调的为拟杆菌门(Bacteroidetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)与厚壁菌门(Firmicutes)。健康和锈腐病土壤内所含的真菌群落以子囊菌门(Ascomycota)为主，被锈腐病感染后有所上调的为担子菌亚门(Basidiomycota)、子囊菌门(Ascomycota)与被孢...     

东太平洋结核区细菌调查及鉴定

对东太平洋结核区6个站点沉积物样品进行细菌培养和数量统计,发现各个站点间的细菌总量变化幅度较大,站点E2003-01的细菌量最多;细菌量纵向分布规律基本是从表层到深层逐渐递减.对所获得的菌株进一步用RFLP和16S rDNA 基因序列分析,发现所获得的菌株主要来自变形菌门(Proteobacteria)的α、β、γ亚群和放线菌门(Actinobacteria),厚壁菌门(Firmicutes) 等类群.此外还发现了与已知细菌菌种相似性在97%～95%之间的有12株,它们可能是新种;与已知细菌菌种相似性小于或等于95%的有4株,它们可能是新的属种.     

云台山白云岩表层土可培养细菌多样性

运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析贵州云台山白云岩表层土可培养细菌的多样性.稀释涂布平板分离共获得131株细菌,限制性内切酶HhaⅠ和HaeⅢ对扩增的16S rRNA基因片段进行酶切分型,根据ARDRA酶切图谱划分为40个操作分类单元.16S rRNA基因序列测定和系统发育分析结果显示,这些菌株隶属于包括厚壁菌门(Firmicutes,64.89%)、β-变形菌纲(β-Proterbacteria,3.82%)、γ-变形菌纲(γ-Proterbacteria,17.56%)、放线细菌门(Actinobacteria,11.45%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,3.82%)等5大类群,共13个属.优势菌群为芽胞杆菌属(Bacillus,53.44%),亚优势菌群为寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.16%)、假单胞菌属(Pseudomonas,8.40%)和微小杆菌属(Exiguobacterium,8.40%).15.00%的有效序列与GeneBank已知序列相似性小于等于97%,可能为潜在新类群.研究表明,云台山白云岩喀斯特地区不仅含有较为丰富的细菌物种多样性,且潜藏着许多新的微生物资源.     

斜阳岛珊瑚礁区海泥可培养细菌分离鉴定及活性研究

【目的】研究广西斜阳岛珊瑚礁区海泥可培养细菌多样性及其代谢产物的生物活性。【方法】采用纯培养法和基于16SrRNA基因序列的系统发育分析细菌多样性,利用滤纸片琼脂扩散法和卤虫致死法研究其生物活性。【结果】从海泥中分离获得相关可培养细菌53株,这些菌株代表27个物种,其中20株菌属于厚壁菌门(74%),7株菌为变形菌门(26%)。活性研究发现,X-15(Erythrobacter citreus)的抑菌活性和生物毒活性都较强,具有开发新型食品防腐剂和抗肿瘤药物的潜力。【结论】广西斜阳岛海泥中的细菌多样性较为丰富。     

利用PCR-DGGE分析茂名油页岩矿区土壤细菌群落组成

为了了解油页岩矿区土壤环境中细菌群落的物种组成结构,以野外多点采集广东茂名油页岩矿区土壤样品作为研究对象,采用改进的SDS高盐提取法提取微生物总DNA,并利用PCR-DGGE技术分析细菌群落菌属种类。结果表明:DGGE指纹图谱中共包含13个操作分类单元(OTUs),它们涉及变形菌门(α-,β-,γ-)、厚壁菌门和绿湾菌门3个细菌门类,其中,α-变形菌有3个OTUs,分别属于Altererythrobacter,Chelativorans和Sphingomonas菌属;β-变形菌有3个OTUs,它们属于Hydrogenophaga和Thiobacillus菌属;γ-变形菌有4个OTUs,它们属于Acinetobacter和Pseudomonas菌属;厚壁菌门有2个OTUs,分别属于Faecalibacterium和Bacillus菌属;绿湾菌门有暂时无法确定菌属的1个OTU。     

崇明岛东滩不同植物覆盖的土壤可培养细菌多样性比较

崇明岛东滩湿地是我国主要的湿地之一.试验对东滩湿地的光滩、海三棱藨草根部土壤和芦苇根部土壤样品用稀释的R2A培养基分别进行培养.通过平板计数得到每克光滩样品、海三棱藨草样品、芦苇样品中的细菌数量分别为8.6×106cfu,1.3×107cfu,1.05×108cfu.对所分离到的84株菌株的16S rRNA基因序列的多样性指数进行分析,结果表明光滩样品的多样性最高.通过与公共数据库中标准菌株序列的比较以及系统发育树分析确定了这些菌株的分类地位,结果表明分离到的菌株分布于γ-变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、α-变形菌门和放线菌门的30个属,在光滩中分离到8个其他样品中没有的属.     

东太平洋结核区细菌调查及鉴定

对东太平洋结核区6个站点沉积物样品进行细菌培养和数量统计，发现各个站点间的细菌总量变化幅度较大，站点E2003-01的细菌量最多；细菌量纵向分布规律基本是从表层到深层逐渐递减．对所获得的菌株进一步用RFLP和16S rDNA基因序列分析，发现所获得的菌株主要来自变形菌门（Proteobacteria）的α、β、γ亚群和放线菌门（Actinobacteria），厚壁菌门（Firmicutes）等类群．此外还发现了与已知细菌菌种相似性在97％～95％之间的有12株，它们可能是新种；与已知细菌菌种相似性小于或等于95％的有4株，它们可能是新的属种．     

拮抗黄瓜枯萎病原真菌放线菌的筛选

从南京师范大学仙林校区不同植被根际采集土壤样品,采用稀释平板法分离得到25株放线菌,以黄瓜枯萎病原真菌为指示菌,筛选出5株具有抑菌活性的菌株。将其中拮抗活性较强的2株菌进行发酵培养,同时采用滤纸片法复筛,得到拮抗活性较强的放线菌A5,初步鉴定为链霉菌属(Streptomyces.sp)。     

不同蓝莓品种根际phoD基因相关土壤解磷细菌群落结构分析

【目的】研究不同品种兔眼蓝莓(Vaccinium ashei Reade,简称RB)对phoD(碱性磷酸酶基因)相关土壤解磷细菌群落组成的影响,阐明解磷细菌对土壤磷素的转化以及植物生长的意义。【方法】通过对12个兔眼蓝莓品种根际土壤中phoD进行高通量测序,分析phoD基因相关土壤解磷细菌群落的多样性及组成,解析根际解磷细菌与蓝莓品种以及土壤理化性质之间的相互作用关系。【结果】在12个兔眼蓝莓品种中,蓝莓‘森土里昂’(‘Centurion’, RB4)品种具有最高的群落多样性;蓝莓根际phoD基因相关土壤解磷细菌群落核心细菌群由α-变形菌纲根瘤菌目、红螺菌目、β-变形菌纲伯克氏菌目、γ-变形菌纲黄单胞菌目、海洋螺菌目、假单胞菌目和放线菌门链霉菌目组成;蓝莓根际phoD基因相关土壤解磷细菌群落可以分为RBⅠ、RBⅡ两组,其中RBⅠ组的α-变形菌纲细菌相对丰度显著高于RBⅡ组;土壤总磷(TP)和phoD基因相关土壤解磷细菌群落组成是速效磷(AP)的主要影响因素。【结论】蓝莓不同品种和土壤性质对根际phoD基因相关解磷细菌群落丰度有显著影响,而群落多样性则与对照无显著差异,这可为进一步阐明酸性土壤条件下植物和根际解磷细菌之间的共生关系提供有效的数据支持。     

内蒙古短花针茅荒漠草原土壤可培养细菌的组成和空间分布

为了解内蒙古短花针茅荒漠草原生态系统土壤可培养细菌的群落结构,采用稀释平板法和16S rRNA分子鉴定技术对该生态系统土壤可培养细菌的组成和空间分布特征进行研究.结果表明,从0~30 cm土层中共分离鉴定出13种细菌,分别隶属于变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门的8个属.其中,隶属于变形菌门和厚壁菌门的细菌所占比例较高,分别为57.03%和28.90%,是研究区域的优势菌群.0~10 cm土层可培养细菌的数量介于14.01×10~5~17.73×10~5CFU/g之间,远远超过下面2个土层(P0.01),并且该土层细菌的物种数也最多,为12种.随着土壤深度的增加,细菌的数量和物种数均呈下降趋势.Microvirga菌种XJ14和Pseudomonas菌种XJ15均为0~10 cm和20~30 cm土层的优势种;Trichococcus菌种XJ19是10~20 cm土层的优势种.可培养细菌的数量与土壤含水量、速效钾含量呈正相关(P0.05),与p H值呈负相关(P0.05).     

再生水补给湿地香蒲根际细菌群落多样性分析

为了研究再生水补给湿地中水生植物根际细菌群落的多样性特征,进而分析根际细菌对水体污染的修复和净化机制,采用细菌培养构建的16S rRNA克隆文库与非培养的16S rRNA高通量测序相结合的方法,对生长于北京白河再生水补给湿地的香蒲根际细菌群落进行多样性分析.16S rRNA克隆文库结果表明:香蒲根际细菌主要有3个类群,最优势类群为变形菌门(74.51%);其次为拟杆菌门和芽单胞菌门,分别占总数的6.54%和5.88%.变形菌门中数量最多的是β-变形菌纲(59.80%).高通量测序结果表明:在门的分类水平上,香蒲根际细菌可分为13个类群,主要类群为变形菌门(34.71%)、拟杆菌门(16.20%)、放线菌门(15.20%)、芽单胞菌门(9.49%)和酸杆菌门(6.78%);在纲的分类水平上,香蒲根际细菌可分为26个类群,主要类群为4个变形菌纲(34.57%)和放线菌纲(11.15%).由此可见,构建克隆文库和高通量测序分析香蒲根际细菌群落的多样性结论基本一致,即变形菌门、放线菌门和拟杆菌门是香蒲根际细菌群落中的主要类群.     

一株具有广谱抑菌活性的兵马俑芽孢杆菌HS-15的筛选及其抑菌活性研究

采用高浓度土壤菌悬液涂平板法筛选出45株具有抑菌活性的菌株;以其中一株具有较强抑菌活性的菌株为研究对象,通过细胞形态特征、生理生化实验及16S rDNA序列分析等方法,将其鉴定为兵马俑芽孢杆菌,并命名为Bacillus bingmayongensis HS-15;分别用点植法和平板对峙法检测HS-15对细菌和真菌的抑菌活性,结果发现,该菌株对革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和真菌都有较强的抑制作用,是一株广谱微生物拮抗菌;发酵条件优化结果表明,28 ℃发酵20 h时,发酵液对金黄色葡萄球菌的抑菌活性最强;经透析袋处理,抑菌活性没有变化,而胰蛋白酶和蛋白酶K处理后,抑菌活性丧失,初步推测抑菌物质为蛋白质类.本研究丰富了产抑菌活性物质微生物菌种资源库,为天然防腐剂的开发提供理论基础.     

陕北榆林定边县采油区土壤微生物群落结构的分子生态学研究

对采油区钻井口石油污染和未污染土壤的细菌群落结构进行比较。采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)和16S r DNA克隆文库等方法,结合土壤理化性质进行分析。石油污染土壤含水率和有机质含量增加,土壤粒度、总氮、有效磷、速效钾和p H无显著变化。污染和未污染土壤中的细菌多样性丰富,群落结构存在明显差异;石油污染土壤中优势细菌类群为:变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门,且变形菌门细菌比例升高。研究揭示了陕北地区石油污染和未污染土壤细菌群落结构的差异。     

北极深海沉积物中嗜冷细菌的系统发育分析

从北极白令海深海沉积物中分离得到19株嗜冷细菌,通过测定16S rDNA序列对它们进行了分类鉴定及系统发育分析,并且与从热带西太平洋“暖池”区沉积物中分离的嗜冷细菌进行了比较.结果表明,由北极海底沉积物中分离得到的细菌主要属于γ-变形菌(γ-Proteobacteria),此外还有少量的α-变形菌和革兰氏阳性菌.在γ-变形菌中主要的菌属为假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas),假单胞菌属(Pseudomonas)和希瓦氏菌属(Shewanella).与西太平洋“暖池”区沉积物中的嗜冷细菌的比较分析表明,假交替单胞菌属和假单胞菌属在两个海域中普遍存在,而希瓦氏菌属的分布则表现出一定的地域性.系统发育分析表明,相同菌属但来自北极和西太平洋海域两个不同环境的嗜冷细菌在系统发育树中的位置都相对独立,有的还形成了独立的分支,说明其分子进化过程可能受到生存环境条件的影响.     

秦巴山区三尖杉根际土壤放线菌的分离、筛选及活性菌株的鉴定

采用选择性分离方法从秦巴山区三尖杉植物根际土样中分离得到放线菌35株,以白色念珠菌(Candida albicans)、大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、沙门氏杆菌(Salmonella typhl)为靶标菌,采用滤纸片扩散法研究三尖杉根际土壤放线菌发酵液的抑菌活性。结果表明,16株放线菌表现出至少对一种靶标菌有抗性,占总分离菌株的45.7%,其中,菌株CF003对所有靶标菌均具有活性;经形态学和16S rRNA基因序列鉴定,这16株放线菌分属于链霉菌属(Streptomyces)和小单孢菌属(Micromonospora)。     

镍矿区紫茎泽兰根际及内生细菌多样性研究

利用变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)技术对四川省攀枝花市镍矿区紫茎泽兰根际及不同器官中内生细菌多样性进行分析. 结果表明, 紫茎泽兰根际与不同器官内生细菌多样性存在明显差异, 香农 威纳指数(H)、丰度(S)及均匀度(EH)皆表现为根际土＞叶＞茎＞根. 土壤重金属含量与内生细菌多样性相关性分析表明, 样品的丰度(S)与Zn含量呈显著正相关 (P<0.05). 典型对应分析(cononical correspondence analysis, CCA)显示, 根际土细菌多样性受Zn、Cd、Pb、Ni等重金属负向影响; 紫茎泽兰叶内生细菌多样性与土壤Cu元素浓度呈负相关关系. DGGE条带回收测序结果显示, 根际及内生细菌主要为变形菌门(Proteobacteria)、异常球菌 栖热菌门(Deinococcus Thermus)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、放线菌门(Actinobacteria)及部分不可培养的细菌.     

浙江清凉峰地衣内生菌物种多样性及活性研究

采用挑取地衣体髓层菌丝法对浙江省清凉峰的地衣内生菌进行分离培养。基于ITS序列和28S序列的系统发育分析表明,选取的55株内生菌都属于子囊菌门且具高度的物种多样性。用滤纸片法检测该内生菌次生代谢产物的抗细菌、真菌活性,发现其中有8株具抗菌活性,占所测菌株的14.55%,抑菌圈的直径最大达到3 cm。研究表明地衣内生菌可产生丰富的具抑菌活性的次生代谢产物,可作为对多种病原物具有抑菌活性物质筛选的资源,是抑菌活性物质潜在的、丰富的资源库。     

作物根际土壤细菌的分离及对四种病原菌的拮抗作用

自甘肃省10个县(市)的18种种植作物根围采到土壤样土45份，经室内分离纯化。得到191株土壤细菌。针对番茄晚疫、番茄早疫、番茄灰霉、茄子黄萎病病原菌，对这191株土壤细菌进行平板双培养法抑菌测定，发现其中的139株土壤分离菌至少对一种病原菌有拮抗活性．并通过温室盆栽试验发现，筛选出的5株拮抗活性最强的菌株，其菌悬液混和后浸泡茄子种子24h。可预防茄子黄萎病的发生。该结果为进一步生防研究奠定了基础。