基于DNA粘贴模型求解最小集合覆盖问题

运用DNA计算模式中基于粘贴运算的粘贴模型求解最小集合覆盖问题.在粘贴模型中,用存储复合体来表示子集,并利用粘贴运算的巨大并行性,可以有效地求解最小集合覆盖问题.举例说明了基于DNA粘贴模型求解最小集合覆盖问题的过程.     

求解最大完全子图的一种DNA算法

最大完全子图是图论中一个重要的问题。粘贴和删除模型是DNA计算的两个基本计算模型。利用改进的粘贴和删除模型给出求解最大完全子图的DNA算法。     

基于粘贴和删除系统求解旅行商问题的DNA算法

旅行商问题（Traveling Salesman Problem,TSP）是一个典型的NP完全问题.粘贴和删除模型是DNA计算的两个基本计算模型.结合上述两个模型的优点,构造粘贴-删除模型,并利用该模型给出求解旅行商问题一种新的DNA算法.     

基于粘贴系统的Watson-Crick正则文法及自动机

通过介绍DNA计算中的相关知识，利用DNA语言和粘贴模型及粘贴系统构造watson-crick正则文法，简单介绍TWatson-Crick自动机．     

基于k-臂分子求解最短路径的DNA计算模型

为有效求解最短路径问题, 避免传统算法计算量大、 求解时间长的问题, 充分发挥DNA(Deoxyribo Nuclec Acid)计算的并行性在求解复杂计算问题的优势, 提出一种基于k-臂分子和粘贴计算求解最短路径问题的DNA计算模型, 阐述了顶点、边及权值的编码方案, 描述了求解最短路径的DNA算法, 经验证, 该模型对求解最短路径问题是有效的。     

基于改进的粘贴模型求解图最大独立集的DNA算法

改进的DNA粘贴模型在解决SAT问题时所需的寡核苷酸片段数量有显著降低,对改进的粘贴模型做了进一步的改进,建立了图最大独立集的一种改进的DNA粘贴模型.首先将图的独立集问题转化为可满足性问题,然后利用本文改进的粘贴模型给出了图的最大独立集的DNA算法.最后通过一个实例给出算法实现并求出了最大独立集.     

质粒DNA计算模型的研究

介绍了一种以非线性的闭环质粒为基础的DNA计算模型,被用于计算的质粒都有一个独特的DNA插入片断,所有的片断保持在相应的限制性内切位点,用剪切与粘贴操作完成DNA计算过程。目的是简化DNA计算过程及其模型。另外,还介绍了质粒DNA计算模型的基本思想和对应的数学描写,该模型的计算以及应用还需要以后继续研究。     

DNA计算的粘贴模型及在组合优化中的应用

讨论了分子计算的一种新的模型——粘贴模型。它使用DNA串作为底物来进行信息表达，杂交分离作为控制机制。粘贴模型有一个可随机访问的存储空间，而不需要DNA串的延伸，也无需用酶，并且它的材料是可重复使用的。     

基于DNA计算的最大权团问题设计

介绍了最大团和最大权团的概念和国内外学者运用DNA计算解决最大团的研究成果;结合前人运用质粒、二进制、粘贴模型等方式进行DNA计算操作的原理,设计了新的用于解决最大权团问题的算法步骤,大大提高了算法效率,实现了最大团和最大权团的同步求解,对市场分析、方案选择等领域有一定的意义。     

地图着色问题的粘贴DNA算法

提出多级分离的概念,给出一个多级分离装置的模型,并介绍粘贴模型中的多级分离操作、将地图着色问题转化为可满足性问题、基于粘贴模型的巨大并行性及多级分离的优势,提出解决该问题的粘贴DNA算法。通过一个实例给出实验操作步骤,并对生化反应过程进行模拟,得出具体的着色方案,从而证明了该多级分离装置的有效性以及该算法的可行性。     

Sticker DNA computer model ——Part Ⅰ: Theory

DNAcomputationisanewcomputationalpatternusingDNAmoleculesandsomeenzymesforessentialmaterials,whichisbasedonsomebiochemicalreactions.ThiscomputationalmethodwasfirstlyproposedbyDr.Adlemanin1994[1].ItsprominentadvantageismakingthebestofDNAmoleculeswithenormousmemorygeneticcodes,andimmenseparallelismofbiochemicalreactions.Asaresult,DNAcomputersbasedontheDNAcomputa-tionmodelwillhaveenormousmemorycapacityandegregiousoperationspeed.DNAcomputercanrunwithhighspeed,enormousinformationmemorycapab…     

Sticker DNA computer model ——Part Ⅰ: Theory

Sticker model is one of the basic models in the DNA computer models. This model is coded with single-double stranded DNA molecules. It has the following advantages that the operations require no strands extension and use no enzymes; What‘s more, the materials are reusable.Therefore it arouses attention and interest of scientists in many fields. In this paper, we will systematically analyze the theories and applications of the model, summarize other scientists‘ contributions in this field, and propose our research results. This paper is the theoretical portion of the sticker model on DNA computer, which includes the introduction of the basic model of sticker computing. Firstly, we systematically introduce the basic theories of classic models about sticker computing; Secondly, we discuss the sticker system which is an abstract computing model based on the sticker model and formal languages; Finally, extend and perfect the model, and present two types of models that are more extensive in the applications and more perfect in the theory than the past models: one is the so-called k-bit sticker model, the other is full-message sticker DNA computing model.     

DNA粘接计算模型及其应用

DNA计算是应用分子生物技术进行计算的新方法。应用形式语言及自动机理论技术研究DNA计算理论,有利于推动理论计算科学的发展。本文根据DNA分子的结构及特点给出了DNA分子的形式化描述,介绍了DNA粘接计算模型的文法结构和计算能力,并应用DNA计算方法求解3-SAT问题。     

一种DNA计算系统的有限自动机模型

通过一个实例给出了粘贴系统模型的基本定义，讨论了粘贴系统模型的正则文法特性，并从自动机的角度给出了相当于正则文法表达能力的有限自动机模型。     

广义分子计算模型在整数问题中的应用

分子计算是一种新型的并行计算模式. 作为信息载体和计算载体的DNA,生化反应时存在不可控性. 构建具有通用性的分子计算机存在许多困难和限制. 将分子计算黏贴模型与图灵机相结合,已提出一种不依赖于特定生物技术的广义分子计算模型(generalized turing model,GTM). 对GTM模型进行扩展,通过实验说明了该广义分子计算机能够在多项式时间内求解NP完全的整数规划问题,该模型具有编码简单、错误率低等特点.     

Sticker DNA computer model ——PartⅡ: Application

Sticker model is one of the basic models in the DNA computer models. This model is coded with sin-gle-double stranded DNA molecules. It has the following advantages that the operations require no strands extension and use no enzymes; What抯 more, the materials are reusable. Therefore, it arouses attention and interest of scientists in many fields. In this paper, we extend and improve the sticker model, which will be definitely beneficial to the construction of DNA computer. This paper is the second part of our series paper, which mainly focuses on the application of sticker model. It mainly consists of the following three sections: the matrix representation of sticker model is first presented; then a brief review of the past research on graph and com-binatorial optimization, such as the minimal set covering problem, the vertex covering problem, Hamiltonian path or cycle problem, the maximal clique problem, the maximal independent problem and the Steiner spanning tree problem, is described; Finally a DNA algorithm for the graph iso-morphic problem based on the sticker model is given.     

基于粘贴系统求解无向图最短路径问题的DNA计算模型

提出了用粘贴系统求解赋权无向图中固定端点最短路径的DNA算法。该算法首先将无向图中每条边用两条方向相反的有向边代替,将无向图转化为有向图,同时利用粘贴系统的巨大并行性得到两端点间的所有路径,最后通过探针、电泳等分子生物技术手段获得最短路径,并通过实例说明算法的可行性。