细胞核密码表进化树的重建

提出距离幅定义规则,重建了标准表与各个细胞核非标准密码表的进化树,说明密码反常不是随机的,现存的非标准密码表都在标准表进化的路径上,密码进化总是倾向于无意义密码子减少的方向.     

模糊极值与遗传密码的亲水—疏水性和突变危险性

提出了两遗传密切之间距离的一个定义，以该定义为基础构造了密切字典的突变危险度函数；应用模糊极值方法求出了使突变危险度极小的标准密码表的疏水－亲水畴分布；证实由局域极小化的简并多重态构成的标准密码字典和大部分线粒体密码字典的突变危险度是近似极小的，若以密切字典系统平均突变危险度和最大突变危险度为标度，现有的各种与极小值的接近程度在90％左右；计算结果还支持这样的假设：密码的进化是遵循整体突变危险性极小的，标准密码表可能是由类似于线料 密码的古典密码表进行化来的，而碱基的化学修饰有助于降低突变危险性。     

利用物种的蛋白质系统发生图谱研究物种进化

随着后基因组时代的到来,越来越多的物种基因组序列被测定出来.基因组信息的大量增加,使得从基因组的水平研究物种进化成为可能.文中定义了物种的蛋白质系统发生图谱的概念,将之用于进化分析,并从蛋白质组的水平研究了物种间的进化关系.此方法与目前较流行的分子进化方法相比,具有适用范围广,结果稳定等特点.随着基因组测序工作的迅速发展,用蛋白质系统发生图谱构建进化树的方法将有很大的发展空间.     

基于全蛋白质组的微生物系统发育树构建

新近出现的信息离散性度量方法(简称FDOD方法)已在多个领域获得成功的应用,是一种非比对距离方法.随着越来越多的微生物全基因组测序任务的完成,人们开始在整个基因组水平上探讨物种的系统发育关系.因此,将FDOD方法应用于微生物系统发育分析是一项很有意义的工作.因为氨基酸序列比DNA序列更为保守,能为物种的进化分析提供更为有用的信息.对收集到的163个原核生物和5个真核生物,从完全蛋白质组出发去分析推断其系统的发育关系,所得的系统发育树包括145个细菌、18个古细菌和5个真核细菌,这与三界进化理论符合,大部分低层分支与权威的《伯杰氏系统细菌学手册》相同.并且对高层分支关系提出了一些新建议.     

中国瓢虫科的物种多样性分析

从华夏地理区的形成及其气候条件对植物进化的影响 ,以及昆虫与植物的协同进化关系 ,分析了包括10亚科 85属 6 80种的中国瓢虫科昆虫的物种多样性 ,并对中国分布的瓢虫科物种数进行了估算     

点突变积累与分子进化

认为木村资生等人用分子进化的中性说向综合达尔文进化说提出了挑战，但在许多方面他们又未能摆脱综合进化说的概念框架和理论范式。进而从对分子进化有更深层意义的复制群体中的基因点突变特征入手，初步提出了一个分子进化的点突变积累模型，并以此解释了分子进化钟的成因，指出了现存物种高低分布与物种历史进化之间在分子水平上的渊源关系。     

点突变积累与分子地化

认为木村资生等人用分子进化的中性谱向综合达尔进化说提出了挑战，但在许多方面他们又未能摆脱综合进化谱的概念框架和理论范。革而从对分子进化有更深层意义的复制群体中的基因点突特征入手，实手提出了一个分子进化的点空变积累模型，并以解释了分子进化钟的成因，指出了现存物种高低分布与物种历史是化之间在分子水平上的渊源关系。     

石栎属物种果实类型及其系统演化研究进展

壳斗科石栎属物种是东亚的热带和亚热带森林的重要林冠层树种,具有重要的生态价值和潜在的经济价值.石栎物种果实形态变异丰富,是研究其物种多样性和进化的关键.石栎物种的果实多态性可被划分为具有物化权衡的2种主要果实类型:较小和以种子化学防御为主的橡实,和种子较大、富含营养且以花托为主要物理防御的花托包被实.2种果实类型的物理和形态权衡由其果皮和花托的发育分化差异造成.同时,其物化权衡和共生现象则反映了2种果实类型可能是不同捕食压力下出现的2种适应性对策.开展石栎的动植物关系和种子散播萌发研究是解析两种果实类型的共生机制和物化权衡的进化策动力的关键.另一方面,目前已有的石栎系统发育树不完善,且缺乏对2种果实类型进化关系的分析,因此完善石栎系统发育关系的基础上结合形态学分析,是理解石栎属物种和果实多样性及其进化关联的关键,而利用形态学来阐释分子数据的方法也为未来物种多样性和进化研究提供了全新的视角.     

特别的爱给特别的你——昆虫与榕树的协同进化

<正>榕树和传粉榕小蜂是昆虫与植物之间专性互利共生关系的标志性代表。当然,除传粉榕小蜂外,还有多种非传粉榕小蜂等其他昆虫与榕果相伴共生。互利共生是两个物种在长期而稳定的进化历程中形成的互相依赖、共同获利的共生关系。互利共生的生物构成了一种非常巧妙而有趣的共生系统,也为科学家研究物种间协同进化和物种形成等课题提供了理想的研究对象。其中,传粉昆虫和植物之间的     

通过同源搜索分析线粒体蛋白转运系统的进化

基于酵母线粒体蛋白转运系统的35个亚基,作者通过同源查找的方法,在27个不同进化层次物种的蛋白组和基因组序列中搜索线粒体蛋白转运系统亚基的同源序列,利用序列之间的同源关系进而构建线粒体蛋白转运系统的进化史.结果显示,线粒体蛋白转运系统的35个亚基中有6个可以在原核物种中找到同源序列,显示了它们的原核起源;线粒体蛋白转运系统的核心亚基出现在真核生物进化早期;其他亚基在真核物种的不同进化分枝中表现出了多样性,并且可以看到一些物种特异性亚基.     

无义密码对线粒体密码进化的影响

遗传密码的起源与进化是理论生物学研究的一个基本问题.以线粒体密码为例,讨论密码进化关系构建的不同规则,分析密码进化中重要影响因素——无义密码子的再定义及其逆过程.终止信号与氨基酸间的距离是密码进化关系构建中的关键,在密码进化中无义密码子突变可以频繁进行,存在干涉现象,且进化倾向于无义密码子减少的方向.     

线粒体非标准密码表的进化稳定性

根据突变危险性极小化的方法,导出各物种线粒体非标准遗传密码表的总体突变危险性极小表,证明了各非标准遗传密码表是在一些约束条件下的总体突变危险性极小表,体现了分子进化遵循稳定性原理,并受冻结偶然性制约.     

基于多维属性演化树的软件演化风格匹配方法研究

为了提高软件企业的过程能力,该文提出一种基于多维属性演化树的软件演化匹配方法,利用软件的每个版本包含的原子构件个数、原子构件大小、软件体系结构大小、有效代码行数、java文件数等属性,再通过树匹配的方法找出特定类型项目的软件演化风格,优化软件企业演化过程,为提高软件企业的过程能力提供条件.     

应用无性繁殖单亲遗传算法实现精馏分离序列优化综合

由于精馏分离序列与二叉树之间具有同构性,在数据结构上精馏分离序列可以抽象为二叉树,直接采用二叉树结构编码方案可以同时表达个体的基因型和表现型．借鉴生物界单亲父本可以经过无性繁殖得到子代的现象,对进化和遗传等重组算子进行设计．应用图论方法建立有效的二叉树结构演化重组机制,从而形成无性繁殖单亲交叉和变异算子．实例表明无性繁殖单亲遗传算法能够成功解算大规模精馏分离序列优化综合问题．     

基于双层进化的产品客户化设计

介绍了基于双层进化的产品客户化设计方法,并把进化技术拓展到产品的客户化设计中.在产品平台的基础上,利用进化技术产生更多的变型产品.通过适应度函数的评价,进化后的满意产品将满足客户的定制需求.最后通过实例验证了该方法是有效的.     

NGI中立队竞争演化QoS组播路由算法

设计了一种NGI中的非NP类QoS组播路由算法.该算法以最小化费用为目标,基于立队竞争演化算法,寻找一棵延迟、延迟抖动、带宽及出错率受限且费用优化的组播路由树,一体化解决路由与波长分配问题,同时兼顾网络负载均衡.仿真研究表明,该算法是可行和有效的,不仅能够满足QoS约束,而且在组播树费用和运行时间上明显优于基于经典遗传算法的QoS组播路由算法.     

改进基因表达式编程算法及其应用研究

基因表达式编程是一种新型的自适应演化算法,它是在继承和发展遗传算法和遗传编程优点的基础上发展起来的知识发现新技术．笔者介绍了GEP的发展现状与关键技术,设计了逆淘汰策略和无树解码方式的改进方案,旨在维持种群多样性和提高算法效率,最后将改进方法应用与一元和多元函数挖掘的实验,得到准确度和拟合度良好的函数模型,收到了满意的效果．     

A new method of research on molecular evolution of proteinase superfamily

The molecular evolutionary tree, also known as a phylogenetic tree, of the serine proteinase superfamily was constructed by means of structural alignment. Three-dimensional structures of proteins were aligned by the SSAP program of Orengo and Taylor to obtain evolutionary distances. The resulting evolutionary tree provides a topology graph that can reflect the evolution of structure and function of homology proteinase. Moreover, study on evolution of the serine proteinase superfamily can lead to better understanding of the relationship and evolutionary difference among proteins of the superfamily, and is of significance to protein engineering, molecular design and protein structure prediction. Structure alignment is one of the useful methods of research on molecular evolution of protein.     

下一代互联网中的智能QoS组播路由算法

设计了一种下一代互联网中的智能QoS组播路由算法,给定一个QoS组播请求和柔性QoS需求,包括带宽需求、组播端到端延迟区间,延迟抖动区间和出错率区间,寻找一棵QoS组播路由树.提出一种基于演化算法和单纯形算法的混合算法来构造满足上述需求且费用近优QoS柔性组播路由树,兼顾网络负载均衡.仿真结果表明,该算法是可行和有效的,明显优于基于传统遗传算法的QoS组播路由算法.