德夯嗜盐耐盐菌抗菌活性筛选和系统发育

以8个敏感菌株作为指示菌,采用琼脂扩散法,对分离自湖南省德夯峡谷(28°15′~28°43′ N,109°30′~109°45′ E)普通非盐环境土壤样品中的294株嗜盐及耐盐细菌进行抗菌活性筛选,并对其中具有较强抗菌活性的菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育分析.受试菌株中有109株的发酵产物具有抗菌活性（阳性率37.1%）,其中5个菌株具有较强抗菌活性（JSM 102030,JSM 102052,JSM 102054,JSM 102066,JSM 102082）.基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明,这5个菌株分别属于细菌域(Eubacteria)的3个门(Actinobacteria,Firmicutes,Proteobacteria)中的3个科(Bacillaceae,Halomonadaceae,Nocardiopsaceae)的4个属,菌株JSM 102030属于Halobacillus属,与该属已知种Halobacillus trueperi DSM 10404T的系统发育关系最为密切（序列相似性为99.1%）,JSM 102052和JSM 102054属于Halomonas属,与Halomonas alkaliphila 18bAGT的系统发育关系最为密切(序列相似性为98.3%),JSM 102066属于Nocardiopsis属,与其系统发育关系最为密切的是Nocardiopsis prasina DSM43845T (序列相似性为99.3%),JSM 102082与Oceanobacillus属的Oceanobacillus kimchii X50T以99.6%的16S rRNA基因序列相似性聚在一起.研究结果表明,分离自湖南省德夯峡谷普通非盐环境土样的嗜盐及耐盐细菌中存在较高比例的抗菌活性菌株,且这些细菌具有较为丰富的系统发育多样性.     

酒鬼酒制曲车间产淀粉酶细菌筛选和系统发育

采用平板水解圈法对酒鬼酒制曲车间空气的细菌进行产淀粉酶活性筛选,运用基于16SrRNA基因序列的分析法对高酶活菌株进行系统发育分析.研究结果表明,65株受试菌株中,有24.6%的菌株(16株)淀粉水解酶活性呈阳性,其中有4株(JSM 2145008,JSM 2155001,JSM 2155017,JSM 2175012)产淀粉水解酶能力较强.基于16SrRNA基因序列的系统发育分析表明,这4个菌株分别属于细菌域3个大的系统发育类群中3个科的3个属.菌株JSM 2145008属于放线菌门微球菌科,与节杆菌属(Arthrobacter)的氧化节杆菌的系统发育关系最为密切,它们之间的16SrRNA基因序列相似性高达99.8%,且在系统进化树上形成一个稳定的亚分支;菌株JSM 2155001和JSM 2175012属于异常球菌——栖热菌群异常球菌科的异常球菌属(Deinococcus),分别与该属的大琼异常球菌和云威异常球菌系统发育关系最为密切(序列相似性分别为99.6%和99.9%);菌株JSM 2155017属于厚壁菌门芽孢杆菌科,与芽孢杆菌属(Bacillus)的同温层芽孢杆菌系统发育关系最为密切(序列相似性为100%),它们以极高的自展值支持(boostrap value,100%)在系统进化树上聚在一起.上述实验结果表明,酒鬼酒制曲车间空气源细菌中存在较高比例的产淀粉酶菌株,且这些菌株具有较高的类群多样性.     

西沙野生诺尼叶片内生菌的分离与初步鉴定

主要研究西沙群岛野生诺尼叶片中可培养内生菌的多样性。利用常规平板分离方法进行菌株分离。通过测定真菌核糖体基因翻译间隔序列(ITS序列)和细菌16S r DNA基因序列,结合系统发育研究对所分离菌株进行鉴定分析。共分离到32株内生菌,分为19种。其中2种霉菌,共2株,分别属于炭层菌属(Nemania sp.)和毛壳菌属(Chaetomium sp.);细菌17种,共30株,分别属于芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus sp.)、微球菌属(Micrococcus sp.)、土地芽孢杆菌属(Terribacillus sp.)、肠杆菌属(Enterobacter sp.)、黄单胞菌属(Xanthomonas sp.)、黄杆菌属(Flavobacterium sp.)等7个已知属,其中芽孢杆菌属(Bacillus sp.)为绝对优势属,共20株,11种。     

青海盐环境下革兰氏阳性中度嗜盐细菌的分离及其生物学特性

从青海盐环境中分离到了32株革兰氏阳性的中度嗜盐菌，通过RFLP实验去处重复菌株、形态学实验剔除典型的芽孢杆菌后，确定了10株实验菌．经过形态、生理生化特性、细胞化学组分以及16S rDNA序列等在内的多相分类实验，确定它们分别隶属于海球菌属、喜盐芽孢杆菌属、盐水球菌属、动性球菌属及枝芽孢杆菌属的菌株．     

新疆达坂城盐湖中度嗜盐菌的16SrDNA序列研究

中度嗜盐菌作为一类微生物资源,已经在很多方面应用。从新疆达坂城盐湖样品中分离得到17株中度嗜盐菌。其中11株为革兰氏阳性,6株为革兰氏阴性,并完成表型和16SrDNA序列的测定．其表塑特征和16SrDNA序列分析结果表明这些菌分别属于Halomonas、Bacillus、Salinicoccus、Halobacillus、Marinococcus、Thalassobacillus、Nesterenkonia属,其中大部分属于Halomonas属。     

玻利维亚进口盐中可培养嗜盐古菌组成分析

嗜盐古菌是一类通常生活于高盐环境的极端微生物,独特的细胞结构和生理代谢系统赋予其重要的研究价值.本研究通过获取玻利维亚进口商品盐中嗜盐古菌资源,筛选一批具有较高胞外酶活、产嗜盐菌素的嗜盐古菌,并研究该生境中嗜盐古菌的群落组成.本研究采用不同pH值的嗜盐古菌培养基,以纯培养划线分离的方式,结合16 S rRNA基因的测序和序列相似性分析,获得所分离菌株的分类地位并进行物种多样性分析.此外,采用胞外酶活的检测方法,对部分菌株的胞外酶酶活和产嗜盐菌素能力进行筛查.最终从该样品盐中共分离到505株嗜盐古菌,分别来自于Natronococcus、Natrinema、Natrialba、Halovivax、Haloterrigena、Halorubrum、Halopenitus、Halobellus、Halococcus、Halobacterium、Halalkalicoccus、Haloarcula和Halosimplex等13个属,其中有180株属于Halobacterium属,占比约35.6％,是本研究纯培养分离所揭示的优势类群.物种多样性分析结果显示该样品中可培养嗜盐古菌数量较高、物种数目多,但优势种群明显且均匀度不高,总体而言多样性不高.不同pH培养基纯培养分离结果显示:pH8.0和pH9.0的培养条件下分离得到的菌株物种多样性较高:前者Shannon指数为2.8,simpson指数为0.9;后者Shannon指数为2.4,simpson指数为0.9.胞外酶活检测发现6株产胞外淀粉酶,5株产胞外明胶酶,2株产胞外蛋白酶菌株,胞外氧化酶和触酶活性在嗜盐古菌中较为普遍.拮抗作用检测获得1株产嗜盐菌素的菌株.本研究通过纯培养方法获得了丰富的嗜盐古菌菌株资源,并初步揭示了玻利维亚进口商品盐样品中可培养嗜盐古菌的群落组成和多样性分布.     

烤烟品种NC297内生细菌中拮抗烟草黑胫病的生防菌筛选及种群组成分析

 从来自烤烟品种NC297的970株内生细菌中,以烟草黑胫病菌(Phytophthora parasitica var. nicotianae) 为靶标,共筛选出165株拮抗菌,这些内生细菌对黑胫病菌的抑菌率在9.55%~55.96%之间.内生细菌的生物量在苗期、团棵期、开花期和成熟期中无显著差异,但拮抗菌数量呈上升趋势.对165株拮抗菌的16S rRNA基因序列进行RFLP分析共产生12种带型.根据RFLP带型选取41株进行16S rRNA基因序列测定和系统发育分析.结果表明这165株生防内生细菌归于3大类群:Proteobacteria,Actinobacteria和Firmicutes.Firmicutes类群中的芽孢杆菌属(Bacillus)是优势属,共6种RFLP带型,159个菌株,包括Bacillus amyloliquefaciens subsp.plantarum,Bacillus methylotrophicus,Bacillus tequilensis,Bacillus aryabhattai,Bacillus cereus和Bacillus mycoide.Bacillus amyloliquefaciens subsp.plantarum和Bacillus.methylotrophicus是Bacillus中分离频率最高的2种内生拮抗菌,共149株,占该属菌株数的90.30%.其余6个菌株分别属于6个种:Brevibacillus reuszeri,Streptomyces finlayi,Streptomyces atroolivaceus,Erwinia rhapontici,Enhydrobacter aerosaccus和Stenotrophomonas rhizophila.     

沧州高盐环境嗜盐放线菌多样性研究

利用NaCl的质量分数为10%和20%的不同培养基从35份采自河北沧州高盐环境样品中分离得到33株中度嗜盐放线菌和13株耐盐放线菌.多相分类研究表明,嗜盐菌株具有形态、生理、生化和分子分类特征的多样性,在系统发育上试验菌株分别属于拟诺卡氏菌属、链霉菌属和纤维单胞菌科一新属.分析结果表明,沧州地区高盐环境中嗜盐放线菌主要类群是拟诺卡氏菌属和链霉菌属,另有少量纤维单胞菌科放线细菌;也说明高盐环境是分离新物种的重要来源.     

具有AHL降解能力的海洋微生物的筛选与鉴定

以紫色视杆菌Chromobacterium violaceum 026为报告菌株,以己酰基高丝氨酸内酯作为菌株生长的唯一碳源及能源,通过富集培养、分离纯化,从西南印度洋海泥中筛选得到2株菌S2和S3。检测结果表明,S2、S3可能具有胞内AHL降解酶活性。形态鉴定和16S rDNA序列分析表明,2株菌均为芽孢杆菌属。系统发育分析表明,菌株S2、S3与Bacillus amyloliquefaciens的亲缘关系最近。     

降解原油混合微生物菌株的筛选及其性能

从30个土样中筛选出3株高效降解原油的菌株,它们为DCH-16,DCH-19和DCH-20,7天后原油降解率分别为75.6%,80.3%和73.2%.经鉴定,分别是脂肪酸芽孢杆菌属Alicycolobacillus,芽孢肠状杆菌属Sporomaculum和盐芽孢杆菌属Halobacillus.将此3株高效降解原油菌在原油培养基中进行混合培养,结果表明,在相同条件下混合菌原油降解效果优于单菌.将混合菌株(DCH-19 DCH-20)用于处理原油时,原油降解率达89.1%;用于胜华炼油厂废水处理时,原油降解率为80.2%,表明该混合菌株有较好的降解原油能力.     

青海柯柯盐湖16株细菌的ARDRA筛选及系统发育初步分析

 从青海柯柯盐湖泥样中分离的16株细菌,用2种限制性内切酶酶切进行ARDRA分析,其中12株菌的酶切带谱有较大差异.根据这12株菌的16SrDNA序列进行系统发育分析结果表明,12株菌有11株分布于芽孢杆菌科中的Halobacillus,Gracibacillus,Amphibacillus,Virgibacillus,Bacillus,Salibacillus和1个潜在的新属中,另1株属于Proteobacteria的Gamma亚群Halomonadaceae科,Halomonas属.而且16SrDNA系统发育分析提示这些菌株中存在3个新种和1个新属的可能.本研究得出的结论为:应用ARDRA来初步筛选菌株是可行的;青海柯柯盐湖这一极端环境中存在较丰富的新的芽孢菌种类.     

青海茶卡盐湖嗜盐碱芽胞杆菌资源分析

采用3种不同的培养基,通过可培养法,从青海茶卡盐湖样品中共分离获得110株嗜盐碱芽胞杆菌.基于16S rRNA基因序列相似性鉴定及系统发育分析,得出这些菌株为芽胞杆菌10个属的41个种,它们与最近匹配模式菌株的16S rRNA基因序列相似性在96%~100%之间,以芽胞杆菌属为优势菌,共计25种83株;存在6个潜在新种.3种酶筛实验结果表明,87%的嗜盐碱芽胞杆菌菌株具有产酶能力,产蛋白酶70株,产纤维素酶81株,产木聚糖酶50株.青海茶卡盐湖中的芽胞杆菌种类丰富多样且能产多种酶,并且潜藏着新的微生物物种,研究结果可为嗜盐碱芽胞杆菌资源开发提供理论基础.     

一株黄原胶降解菌的筛选与鉴定

从土壤中分离出一株能够降解黄原胶的菌株,对这株黄原胶降解菌进行形态特征、生理生化特征及16SrDNA的序列分析,并利用系统发育分析等研究结果,确认该菌株属于芽胞杆菌科的芽胞杆菌属,为进一步开展菌株改良、定点诱变等提高菌株降解黄原胶能力的工作奠定基础．     

土木香内生细菌的分离鉴定及抑菌活性检测

利用组织分离法从用药植物土木香根、茎和叶中分离得到内生细菌32株.采用纸片法对菌株进行了抑菌活性研究,并运用生理生化与分子生物学方法进行种类鉴定.抑菌试验结果表明,10株内生菌发酵液对大肠杆菌、枯草芽孢杆菌以及禽多杀性巴氏杆菌均有不同程度的抑菌活性.鉴定结果表明,菌株YIR-5,YIR-7,YIR-8,YIR-9为假单胞菌属菌种,菌株YIR-3,YIR-6为沙雷氏菌,菌株YIR-4,YIS-1,YIS-2分别为水生拉恩氏菌、薄壁芽孢杆菌和蜡样芽孢杆菌,而菌株YIL-3归属于芽孢杆菌属.土木香内生细菌组成丰富,莫海威芽孢杆菌（Bacillus mojavensis）YIS-1对大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和禽多杀性巴氏杆菌的抑菌活性最强.     

基于高通量测序的液态奶中微生物多样性研究

目的 为探究不同液态奶样品中微生物的菌群组成和其多样性。方法 采用高通量测序技术对液态奶中细菌16S rRNA的 V3-V4 区进行测序，研究了四组液态奶样品在门水平和属水平的菌群结构。结果 四组样品中共有分类操作单元（Operational Taxonomic Unit，OTU）数目为119个，独有的OTU数分别占15.0％、6.85％、8.86％和12.35％。在门水平，厚壁菌门和变形菌门是四组液态奶的共有菌门，其中4组样品中厚壁菌门的相对丰度分别为38.9％、73.8％、20.9％、29.6％，变形菌门的相对丰度分别为46.9％、10.0％、28.0％、17.2％；在属水平，4组液态奶中的优势菌属分别是芽孢杆菌属、短波单胞菌属；芽孢杆菌属；Cloacibacterium和寡养单胞菌属；芽孢杆菌属、微杆菌属和异常球菌属。结论 四组样品在门水平的菌群组成基本相似。属水平上，液态奶中含有的不动杆菌属、芽孢杆菌属和克雷伯氏菌属属于嗜冷菌，这些菌属可以导致液态奶发生腐败变质等现象。这为今后探索液态奶中腐败菌防治措施提供重要依据。