有向基因组间重组距离的线性时间计算

讨论基于基因组中染色体之间的移位、染色体内部的翻转、融合和分裂的基因组排序问题,给出了计算两个有向多重基因组重组距离的线性时间算法.     

无向反转排序问题的遗传模拟退火求解

在推断两个基因组的进化关系上反转排序是一个重要问题.无向排列排序问题已被证明是一个NP-困难问题,目前,最好的算法是3/2-近似算法.基于一个无向排列π的反转距离等于由π所生成的包含2n个有向排列集Sign(π)中最优排列的反转距离,给出应用遗传模拟退火算法计算基因组重排的反转距离的方法.实验结果显示,这个方法优于3/2-近似算法.     

二元序列的翻转与对换排序

序列的翻转与对换的排序问题因在基因组比较中的应用而受到关注．考虑二元序列的翻转与对换的排序问题，分别给出了二元序列的翻转排序与对换排序的近似算法．     

无向反转排序问题的遗传模拟退火求解

在推断两个基因组的进化关系上反转排序是一个重要问题。无向排列排序问题已被证明是一个NP-困难问题,目前,最好的算法是3/2-近似算法。基于一个无向排列π的反转距离等于由π所生成的包含2n个有向排列集Sign(π)中最优排列的反转距离,给出应用遗传模拟退火算法计算基因组重排的反转距离的方法。实验结果显示,这个方法优于3/2-近似算法。     

基于基因次序的基因组问距离的计算

给出了计算两个具有相同内容、不同次序的基因组之间距离的算法.给定一组内容相同、次序不同的基因组,构造一个完全图,寻找一个基因组使得它与给定的各个基因组之间距离的累加和达到最小,这个问题可以转化为偈P问题.利用最小生成树方法找到一个中心基因组,接下来构造断点图,最后利用断点图来计算集合中的每一个基因组和中心基因组之间的距离.     

用模拟退火算法求解无向排列的反转排序问题

分子生物学中基因无方向的反转基因组重排问题在数学上已被证明是一个NP-难问题.目前,较好的算法是Christie(2001)的3/2-近似算法.本文给出一种适合于计算基因无方向的反转基因组重排问题的模拟退火算法,定义了解的邻域结构.数据实验的结果表明该算法性能优于3/2-近似算法.     

标号基因组间重组距离的一个线性时间算法

考虑的基因组的进化基于两种形式：基因组中染色体之间的移位(translocation)和染色体内部的翻转(reversal)．研究了标号基因组间的重组问题：求一个标号基因组进化成另一个标号基因组所需最少数目的移位和翻转，这个数目叫做重组距离．给出了求“共尾”标号基因组间重组距离的一个线性时间算法，从而改进了Hannenhalli和Pevzner的O(n^2)算法，其中n是基因组中基因的个数．     

用模拟退火算法求解无向排列的反转排序问题

分子生物学中基因元方向的反转基因组重排问题在数学上已被证明是一个NP-难问题。目前，较好的算法是Christie(2001)的3／2-近似算法，本文给出一种适合于计算基因元方向的反转基因组重排问题的模拟退火算法，定义了解的邻域结构，数据实验的结果表明该算法性能优于3／2-近似算法。     

美国科学家提出人类基因组重组新理论

美国加州大学圣地亚哥分校的Max Alekseyev和Pavel Pevzner博士发展了一种分析复杂重组（包括易位transpositions）的理论，该理论证实及时易位是一种主要的进化力量，哺乳动物基因组中仍然存在重组热点。该研究支持了人类基因组中确实存在重组热点的理论。20世纪70年代，Susumo Ohno提出了随机缺损模型（RBM），之后Nadeau和Taylor在1984年正式将其上升为假说。这个模型假定重组是随机的，并且在哺乳动物基因组中没有重组热点。大部分生物学家都相信这个模型具有预测能力。然一而，到了2003年，     

三种木本植物基因组DNA的提取及纯度检测

木本植物体内含有大量的酚类、多糖等次生代谢物质,严重影响提取其基因组DNA的得率和纯度.本文分别用改进的高盐低pH法、2×CTAB法和SDS法从脱皮榆、酸枣、翅果油树的叶组织中提取基因组DNA,通过琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度法检测所提取基因组DNA的纯度,分别筛选出简便、经济、适合脱皮榆、酸枣、翅果油树基因组DNA提取的方法,为其分子生物学研究及下游操作奠定了基础.结果也表明抗坏血酸、PVP、β-SH等抗氧剂为木本植物基因组DNA提取所必须的.