密码子使用频率及其与进化相关性

本文据1987年基因库的的10~5密码子资料计算了密码子的使用频率和氨基酸的丰度,讨论了使用频率与进化的关系,并与有关资料作了比较。     

大肠杆菌基因编码区域基分布非均匀性的研究

基于大肠杆菌１２９２个基因编码区。１）统计出了氨基酸丰度分布，与一般生物氨基酸丰度比较发现，构成大肠杆菌蛋白质的氨基酸中疏水氨基酸相对较多，小氨基酸相对较少，二硫键相对较少；（２）发现编码区域基分布的徨与氨基酸丰度的分布和同义密码子的非均匀使用紧密相关；３）分析了编码开始区域、编码终止区域碱基分布和氨基酸丰度分布的差别，得到了一些有意义的结论。     

大肠杆菌基因编码区碱基分布非均匀性的研究

基于大肠杆菌 １２９２ 个基因编码区．１）统计出了氨基酸丰度分布,与一般生物氨基酸丰度比较发现,构成大肠杆菌蛋白质的氨基酸中疏水氨基酸相对较多,小氨基酸相对较少,二硫键相对较少;２）发现编码区碱基分布的非均匀性与氨基酸丰度的分布和同义密码子的非均匀使用紧密相关;３）分析了编码开始区域、编码终止区域碱基分布和氨基酸丰度分布的差别,得到了一些有意义的结论．     

基因组DNA编码的蛋白质中氨基酸分布的分析

各种蛋白质中氨基酸残基的组成是由编码该蛋白质的结构基因的序列决定的,分析这些序列中有义密码子使用频率,就可以看出蛋白质的氨基酸组成情况。我们利用文献中90种生物的11415个基因中有义密码子使用频率,统计出了每种氨基酸在该种生物基因组DNA编码的蛋白质中的相对丰度。把这些丰度值按(1)90种生物,(2)真核生物33种,(3)原核生物27种(包括F质粒、Ti质粒、转座子各1种),(4)病毒类24种(含噬菌体6种),(5)细胞器(叶绿体5种和线粒体1     

同义密码子非随机使用的理论模型

利用ｋ＝２时分子序列进行模型研究了同义密码子的非随机使用，讨论了密码子使用频率以及信息参数Ｄ１，Ｄ２和Ｘ与选择力参数的依赖关系，另外，考虑到氨基酸相似因子，建立了密码使用频率的一个相似突变模型，研究了同义密码子的非随机使用。     

高频密码子分析法及其在烟草密码子分析中的应用

利用自编的RFCS程序计算同义密码子相对使用频率（RFSC），并根据RFSC值筛选出高频密码子，将高频密码子分析法筛选出的酵母Y.lipolytica高频密码子和传统的高表达优越密码子分析法筛选出的优越密码子进行比较，证实高频密码子分析法的可靠性。应用高频密码子分析法分析烟草的256个cDNA全序列，计算出同义密码子的相对使用频率，初步确定烟草的高频密码子， 为外源基因在烟草中的表达提供参考。     

癌基因序列中的常用“字”

对１９９３年ＥｎｔｒｅＺ．８．０基因库中的癌基因进行了统计分析，给出了各家族癌基因序列中常用寡核苷片段（常用“字”），并与普通非癌基因ＰＲＩ（灵长类）进行了比较，发现普通基因与癌基因对常用“字”的使用各有其规律，而且各家族癌基因对常用“字”的使用也各有选择，它们与生长调控有着密切的关系。     

13种哺乳动物OTR密码子使用偏性及其聚类分析

目的研究13种哺乳动物催产素受体基因(OTR)密码子使用偏性,并探讨其影响因素;通过对偏性情况进行聚类分析,研究其与系统发育的关系.方法计算RSCU,CBI,ENC等密码子偏性指标,与可能的几种影响因素做相关性分析,采用SPASS 15.0软件,以相对同义密码子使用度为变量对偏性情况进行聚类分析.结果与结论 1)CUG,GUG,GCC,UUC,AUC,CGC为哺乳动物OTR使用频率较高的密码子;2)密码子第3位碱基的GC含量是影响哺乳动物OTR密码子偏性的主要因素,基因的GC含量次之,而芳香族氨基酸的含量和蛋白疏水水平对其密码子使用偏性的影响不大;3)对于功能相同的基因,亲缘关系相近的物种密码子使用偏性指标较接近,但某些物种仍有一定差异.     

水稻β-1,3-葡聚糖酶疏水簇特性的研究

研究了41个水稻β-1,3葡聚糖酶的疏水簇(HC)的结构特点、HC的疏水氨基酸的突变倾向、密码子使用类型与偏好、为同种氨基酸二连体组合编码的密码子二连体组合使用类型与偏好.研究结果显示，水稻β-1,3葡聚糖酶至少有20个保守性较高的基本的HC，HC内至少含有≥1个疏水核心或有≥2个高度保守的疏水氨基酸位点.HC内似乎有I易向L、V、F突变，M易向I、V突变，W易向F突变，而反向突变较难的倾向.HC中的疏水氨基酸位点和为丙氨酸（A）编码的密码子使用频率与水稻基因组的统计数据出现明显偏差，为部分同种氨基酸二连     

同义密码子用语与蛋白质二级结构信息

对人体117个蛋白质和大肠杆菌的185个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的同义密码子与氨基酸上下文关联熵、蛋白质序列中氨基酸与氨基酸上下文关联熵作了统计分析，发现密码子关联确实比氨基酸关联对蛋白质二级结构提供的信息量大，而且人蛋白质中同义密码子提供的二级结构信息比大肠杆菌中多．同时，证明了在相对信息剩余大于等于30％的情况下，Adzhubei给出的九种氨基酸中的八种其同义密码子在某些二级结构中明显的携带结构信息；此外A，N，D，R，H，C，Y这几种氨基酸的同义密码子在某些二级结构中也明显地携带结构信息．