泥鳅和黄鳝18S rRNA基因的克隆与序列分析

通过自行设计引物, 扩增且测定了泥鳅和黄鳝18S rRNA基因部分序列, 并讨论了后生动物18S rRNA基因的碱基含量变化情况. 结果表明, 泥鳅和黄鳝的18S rRNA基因部分序列长度均为1 204 bp, 泥鳅该基因序列GC含量为53.74%, 黄鳝该基因序列GC skew为0.082, 两条序列同源性为99.67%. 将它们和大西洋鲑3个物种的18S rRNA基因与其线粒体12S rRNA,16S rRNA,Cyt b和D loop区4基因进行序列比较, 发现核18S rRNA最保守, 而线粒体D loop区基因进化速率最快. 从GenBank中选择已测定的4种鱼纲动物和11种脊索动物的同源序列, 分别运用NJ法、 MP和ML法, 构建6种鱼纲动物和13种脊索动物的分
子系统树, 结果均显示, 在鱼纲动物系统树中, 6种鱼纲动物被分为软骨鱼类和硬骨鱼类两大支; 在脊索动物的系统树中, 鱼纲与脊椎动物的四足类形成姐妹群, 表明它们在系统发育过程中具有同等重要地位.     

中国的“胎生”蜥蜴

爬行纲动物中,蜥蜴亚目是蛇亚目的近亲,同属于有鳞目。从进化的角度审视,蛇亚目很可能是在中生代恐龙类绝灭前不久,由蜥蜴亚目中的巨蜥类(Varanus)退化了四肢演变而成的类群。那么现存蛇类中既然有“胎生”种,蜥蜴类中除了卵生种类外,是否也有“胎生”繁殖的蜥蜴呢?答案是肯定的。中国的“胎生”蜥种在分布于我国的156种蜥蜴中,至少有14种(原红原沙蜥、泽当沙蜥因已被否定为无效种,故不统计在内)是“胎生”蜥蜴,约为我国蜥种总数的9%左右。这些胎生蜥蜴分别隶属于鬣蜥科、石龙子科、蜥蜴科和鳄蜥科,其中尤以石龙子科的种类最多,高达7种,恰…     

8种唇口目苔藓动物的分子系统发生--基于28S rRNA基因的证据

对我国沿海较为常见的8种唇口目苔藓动物的28S rRNA基因的部分序列进行了PCR扩增和序列测定。用排序软件进行序列比对后，以腕足动物为外组群，运用MEGA遗传分析软件以邻接法（NJ）和最大似然法（MP）构建了系统发生树。结果表明，有囊亚目的4种苔藓动物（刺轴拟缘孔苔虫、假缘孔苔虫、拟迷误裂孔苔虫、仿分胞苔虫）构成一个单系群；无囊亚目则是一个复系数，其中2种草苔虫（匍茎草苔虫、多室草苔虫）为单系发生，而大室膜孔苔虫和艳丽琥珀苔虫的系统发生位置尚需进一步探讨。     

DNA条形码技术在白洋淀流域浮游动物调查中的应用

DNA 条形码在物种鉴定中得到了有效的应用,有助于分类学和生物多样性研究. 本研究基于线粒体COI基因序列,使用邻接法(neighbor joining method,NJ)和最大似然法(maximum Likelihood,ML)构建系统发育树,对2018年5月在白洋淀流域采集的浮游动物样品进行初步研究. 结果表明,在对桡足类的系统发育树分析时,NJ树和ML树的结果保持一致,而且和形态学鉴定结果保持一致. 在对枝角类的系统发育树的分析中,NJ树和ML树的结果有所差异,和形态学鉴定结果也有所不同,分析原因,可能是由于拼接序列时剪短了部分序列,使序列间差异性变小引起误差. 总体上看,基于COI基因的DNA条形码可以有效地应用到白洋淀流域的浮游动物鉴定中,并可以逐步完善,最终建立一个完整的DNA条形码数据库.     

基于28S rDNA部分序列的指环虫属分子系统分析

基于核糖体28S部分序列,对来自中国的22种及国外的35种指环虫属(Dactylogyrus Diesing, 1850)单殖吸虫进行分子系统发育研究,采用Phylosuite平台构建贝叶斯(bayesian, BI)及最大似然法(maximum likelihood, ML)系统发育树,结果显示非洲的鲤科(Cyprinidae)、欧洲的鲤科、亚洲(中国)的鲤科和鲈科(Percoidea)鱼鳃部寄生指环虫属单殖吸虫各自聚为独立的进化支,其中,采自中国的指环虫为并系群.ML树显示亚洲的鲤科鱼类寄生指环虫起源最早,另外指环虫属的早期宿主除魚巴系鱼外还包括雅罗鱼支系.两种系统发育树均未表现出明显的物种区分关系,说明指环虫属的进化分析受到宿主特异性、采集地、进化历史及分子序列的变异度等多方面的影响.     

原尾纲高级阶元系统学的分子佐证

作为一类重要的低等六足动物,原尾虫的系统学仍然存在争议.文中测定分析了10种原尾虫(涉及蚖目、古蚖目和华蚖目3大类群的6科9属)的18S rDNA全序列(约2000 bp)和28SrDNA部分序列(约400 bp).以跳虫和双尾虫的代表物种作为外群,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和Bayesian分析(BI)构建了分子系统树.所获结果显著支持原尾虫的单系性;支持蚖目和古蚖目的单系性;华蚖科和富蚖科位于蚖目和古坑目之外,并且两科各自独立.     

原尾纲高级阶元系统学的分子佐证

作为一类重要的低等六足动物，原尾虫的系统学仍然存在争议. 文中测定分析了10种原尾虫（涉及蚖目、古蚖目和华蚖目3大类群的6科9属）的18S rDNA全序列（约2000bp）和28S rDNA部分序列（约400bp）. 以跳虫和双尾虫的代表物种作为外群，采用最大简约法（MP）、最大似然法（ML）和Bayesian分析（BI）构建了分子系统树. 所获结果显著支持原尾虫的单系性；支持蚖目和古蚖目的单系性；华蚖科和富蚖科位于蚖目和古蚖目之外，并且两科各自独立.     

不同区域日本稻蝗Cyt b基因序列及相互关系

对中国 7个不同地理区域的日本稻蝗共 19个个体的线粒体 DNA细胞色素 b基因中间部分序列进行测定 ,比较其同源性 ,计算碱基组成 ,并用中华稻蝗和景泰突颜蝗为外群构建不同单倍型的 NJ分子系统树。在获得的432 bp的序列中 ,A T约占 70 .5 % ,其中 13个核苷酸位点存在变异 (约占 3.0 % ) ,4个位点引起了氨基酸的变异。就每个氨基酸密码子来看 ,第三位点的 A T含量较高 ,达 87.4%。由系统树显示 ,6个单倍型共形成 3个聚类簇 ,其分枝与地理分布没有直接的关系     

结合叶绿体基因matK/trnK序列和生境分析不同生态型芦苇的系统发育

以甘肃省临泽县境内的4种生态型芦苇(Phragmites communis Trin.)的18个样品为材料,采用PCR扩增技术,以通用引物"matK-FF74"和"matK-trnK-2R"扩增matK/trnK序列,对纯化后的产物进行序列测定和分析.序列比对软件为Chistal W,系统发育软件分析为PAUP4b10并用以构建MP和ML发育树和计算遗传距离,外群为芦竹(Arundo donax).结果表明:matK/trnK序列长为1745～1753 bp,含有91个简约信息位点和120个可变位点,获得3个严格一致树.MP树和ML树共同说明水生芦苇是最古老的类群,它与沙丘芦苇之间的遗传距离最远,重度盐渍过渡型芦苇和轻度盐渍过渡型芦苇属于中间过渡类群.     

3种鲍16S rRNA基因片段分析及系统发育研究

运用PCR技术对皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)、黑足鲍(H.iris)和黑唇鲍(H.rubra)3种鲍16S rRNA基因扩增,纯化后测序。结果表明:皱纹盘鲍、黑足鲍和黑唇鲍序列长度分别为544、546、550 bp,序列AT含量分别为58.1%、56.1%和55.9%,三者序列同源性高达94.18%,碱基变异位点分别集中在9~34 bp、248~295 bp、326~375 bp。所得结果与Genebank中22种鲍相应序列进行对比分析,25种鲍遗传距离距离在0.00~0.14之间;用NJ和ML法绘制系统发育树分析其亲缘关系,结果表明鲍科系统发育呈现出一定的区域性,并且染色体数目相同的物种容易聚为一支。     

中国沿海龙虾属8种龙虾COI基因序列的分子系统学研究

 我国沿海分布8种龙虾属的龙虾,为了研究其系统发育和筛选分类DNA条形码,对线粒体COI 基因序列进行分析,用MEGA4.0软件计算遗传距离,采用邻接法( NJ) 和最大简约法（MP）构建分子系统发育树。结果获得大小为731 bp, GC含量在40.2%～44.5%之间COI基因片段。8种龙虾种内变异较小,遗传距离范围0.00～0.057, 平均0.016;种间遗传距离较大,介于0.124～0.228之间, 平均遗传距离为0.185,种内和种间遗传距离相差约10倍。NJ树和MP树都支持8种龙虾分成2支:密毛龙虾、长足龙虾和日本龙虾为一支,中国龙虾、杂色龙虾、黄斑龙虾、锦绣龙虾和波纹龙虾等5种龙虾为另一支。表明COI 基因序列作为DNA条形码进行龙虾属的分类鉴定具有一定的可行性。     

基于Cyt b基因全序列分析河南7种菊头蝠系统发育关系

采用分子系统发育分析方法对菊头蝠科蝙蝠的系统发育关系和分类地位进行研究,以7种127个蝙蝠为研究对象,测定了mtDNA Cytb基因全序列(1140kb),用最大简约法(maximum parsimony,MP)和最大似然法(maximum likelihood,ML)建系统发育树,对菊头蝠种间亲缘关系及分类地位进行分析,角菊头蝠、菲菊头蝠和大耳菊头蝠属于较原始的种类,且彼此间有较近的亲缘关系;大菊头蝠、皮氏菊头蝠关系较近,为较原始的类群;马铁和中菊头蝠关系较近,为后分化的类群.     

基于16S rRNA和POMC基因序列的中国北方林蛙属动物系统发生关系

基于16S rRNA和POMC基因部分序列研究了中国北方林蛙属动物的系统发生关系.利用ClustalX软件对序列进行对位排列后,长度为1148bp,内群变异位点259,简约位点110.利用MP法、ML法和BI法构建系统进化树,结果显示林蛙属物种构成单系群,其中东北种群聚为一支,中国林蛙聚为一支,支持东北林蛙为有效物种.桓仁林蛙和核型为2n=26的林蛙属物种聚为一支,因此不支持核型为2n=24的林蛙形成单系群.桓仁林蛙、昆嵛林蛙、黑龙江林蛙单独聚为一支,表明三者之间的亲缘关系较近.     

位点特异性频率模型在昆虫分子系统发育分析中的应用

根据位点特异性频率模型(site-specific rate model),利用PAUP软件,对线粒体COI基因序列不同密码子位点的数据模块分别进行了豉甲科和水生肉食亚目在亚科或科水平上的系统发育学分析,结果表明第二密码子数据模块获得的系统分析结果与形态学分析结果一致。表明位点特异性频率模型在线粒体COI基因作为标记来进行昆虫分子系统发育分析上获得了更好的效果。     

Phylogenetic position of Ephedra rhytidosperma, a species endemic to China： Evidence from chloroplast and ribosomal DNA sequences

The chloroplast genes matK and rbcL, ribosomal gene 18S and ITS regions of nuclear ribosomal DNA from Ephedra rhytidosperma, a species endemic to China, were sequenced and its phylogenetic position was investigated. Independent and combined phylogenetic analyses for the DNA sequences from 16 taxa representing 15 species of the genus Ephedra were performed using the maximum parsimony （MP）, neighbor-joining （N J）, minimum evolution （ME） and maximum likelihood （ML） methods. The results indicate that E. rhytidosperma is closely related to E. equisetina. The divergence time between them is estimated to be 10.85±2.44 Ma based on the results of the relative-rate tests and the evolutionary rate of rbcL gene.     

Mitochondrial cytochrome b sequence variations and phylogeny of the East Asian bagrid catfishes

The mitochondrial DNA cytochrome b gene was sequenced from 8 bagrid catfishes in China. Aligned with cytochrome b sequences from 9 bagrid catfishes in Japan, Korea and Russia retrieved from GenBank, and selected Silurus meridionalis, Liobagrus anguillicauda, Liobagrus reini and Phenacogrammus interruptus as outgroups, we constructed a matrix of 21 DNA sequences. The Kimura's two-parameter distances were calculated and molecular phylogenetic trees were constructed by using the maximum parsimony (MP) and neighbor-joining (NJ) methods. The results show that (i) there exist 3-bp deletions of mitochondrial cytochrome b gene compared with cypriniforms and characiforms; (ii) the molecular phylogenetic tree suggests that bagrid catfishes form a monophyletic group, and the genus Mystus is the earliest divergent in the East Asian bagrid catfishes, as well as the genus Pseudobagrus is a monophyletic group but the genus Pelteobagrus and Leiocassis are complicated; and (iii) the evolution rate of the East Asian bagrids mitochondrial cytochrome b gene is about 0.18%～0.30% sequence divergence per million years.     

基于遗传算法的最大似然法构建系统发生树

给出了一种基于遗传算法的最大似然法的建树方法,它是基于遗传算法的搜索最大似然树的启发式方法,将产生最优树和很多准最优树.这种技术在每次循环中只产生一棵树,并且在同代中没有重复的树出现.所以,结果树中含有最优树和很多准最优树,从而大大提高了搜索的效率.     

黄河鮈Cytb基因克隆及其在鮈属中的系统发育

采用聚合酶链式反应克隆黄河鮈线粒体细胞色素b基因 (Cyt b),首次报道了该基因的全长序列(1140bp,FJ904648) ,并与鮈属中其他6个物种的Cyt b 基因进行同源性比较,分析了碱基组成和变异情况,以马口鱼属的马口鱼和鯝属的云南鯝作为外群构建了ML和NJ系统发育树.遗传距离和分子系统学分析表明,黄河鮈与犬首鮈具有较低的遗传距离(6.30%),在系统发育树上两者聚在一起,提示黄河鮈与犬首鮈存在较近的亲缘关系.