基于18S rDNA序列研究腺介虫亚目系统5发育关系

基于1720 bp 的18S rRNA 基因序列以 Darwinula sp．和 Cytherelloidea．munechikai 为外群,采用最大简约法(MP 法)和邻接法(NJ 法)对腺介虫亚目(Cypridocopina)3总科5科9种动物的系统发育关系进行了分析．结果表明：1)现生腺介虫亚目动物为单系群；2)两种营海水生活的介形类—海介虫总科(Pontocypridoidea)和大介虫总科(Macrocypridoidea)间的亲缘关系较近；3)现生腺介虫总科(Cypridoidea)也为单系群,但该总科内各科间关系较复杂,主要分为两支,其中腺介虫科的 Dolerocypris sp．与萤光介虫科的 Candona holzkanpfi 聚成一支；而萤光介虫科的 Cypria crenulata 和泥介虫科的 Ilyocypris．angulata 同时与腺介虫科其它动物聚为一支．     

基于16S rRNA和POMC基因序列的中国北方林蛙属动物系统发生关系

基于16S rRNA和POMC基因部分序列研究了中国北方林蛙属动物的系统发生关系.利用ClustalX软件对序列进行对位排列后,长度为1148bp,内群变异位点259,简约位点110.利用MP法、ML法和BI法构建系统进化树,结果显示林蛙属物种构成单系群,其中东北种群聚为一支,中国林蛙聚为一支,支持东北林蛙为有效物种.桓仁林蛙和核型为2n=26的林蛙属物种聚为一支,因此不支持核型为2n=24的林蛙形成单系群.桓仁林蛙、昆嵛林蛙、黑龙江林蛙单独聚为一支,表明三者之间的亲缘关系较近.     

医蛭形亚目常见物种系统发育基因组学研究

本研究基于GenBank中10个医蛭形亚目物种及2个近缘外类群的基因组或转录组数据,提取COI、18 S和蛋白编码核基因的直系同源序列（Orthologs）,开展系统发育分析。比对后的COI、18 S和Orthologs序列长度分别为1533、1832、220095 bp。最大似然法和贝叶斯推断法分析显示,基于Orthologs序列构建的系统发育树在几乎所有节点上的支持率都达到100%,明显优于COI和18 S序列得到的结果。研究表明,医蛭科的欧洲医蛭、东方医蛭和侧纹医蛭组成一个单系群,医蛭科的日本医蛭与黄蛭科的宽体金线蛭和尖细金线蛭组成另一单系群,而黄蛭科的马蛭与上述6个物种形成姐妹群。医蛭科的两种牛蛭（菲牛蛭和棒纹牛蛭）组成一个单系群,此单系群与医蛭科的其他物种的遗传关系比马蛭更疏远;山蛭科的洞穴山蛭在10个医蛭形亚目种类中处于最基部位置。本研究阐明了医蛭形亚目常见物种的系统发育关系,为这些物种的资源开发利用和保护提供科学依据。     

赤点石斑鱼7个地理群体的AFLP分析

 应用AFLP技术对赤点石斑鱼Epinephelus akaara 7个地理群体进行了遗传多样性及遗传分化的分析。结果显示：不同群体的遗传多样性差异较大,大亚湾群体和舟山群体遗传多样性最低,湛江群体最高;通过UPGMA聚类,7个群体88个个体明显分成3支,三亚群体单独聚为一支（Clade A）,湛江群体的部分个体聚类为一支（Clade B）,湛江群体剩余个体和其他5个群体的个体聚为一支（Clade C）。其中在分支C中存6个小的分支,这6支中个体间基本以地理群体进行聚类。研究结果为赤点石斑鱼种质资源保护和遗传改良提供了遗传学依据。     

常用基因序列在摇蚊科昆虫系统发育研究中的应用进展

摇蚊科隶属于双翅目长角亚目,现行分为11亚科.本文整理了常用核基因和线粒体基因在摇蚊科系统发育研究中的应用情况:摇蚊科中的9亚科(不含智利摇蚊亚科和乌桑巴摇蚊亚科),除前寡角摇蚊亚科外,其余均为单系;直突摇蚊亚科与摇蚊亚科的亲缘关系较近,寡脉摇蚊亚科与长足摇蚊亚科为姊妹群.在摇蚊亚科中,摇蚊族(Chironomini)、长跗摇蚊族(Tanytarsini)都是单系群.常用核基因和线粒体基因在摇蚊科昆虫系统发育研究中,18SrDNA和28SrDNA适合研究从界到科所有高级阶元的系统发育关系,对于部分类群可以进行属间分析;CAD基因能较好地解决从亚科到属之间各分类阶元的系统发育关系;ITS和EF-1α可以解决种或属间的系统发育关系;COⅠ和COⅡ适合研究属、种及种以下阶元的系统发育关系,但不能很好地解决较高的阶元如族间、亚科以及科的系统发育关系;16SrDNA适用于种、属阶元水平的系统学研究,但不适用于种内;Cytb适合研究种内到种间甚至科间的系统发育关系.     

基于12S、16S和Cyt b基因部分序列的丽棘蜥系统发育分析

本文测定丽棘蜥12SRNA、16SRNA、Cyt 6基因部分序列,并从GenBank中下载15种有鳞目动物的同源序列,以鳄目的2个种(Alligator sinensis和Cairman crocodilus)作为外群,构建MP、NJ和ML分子系统树,探讨它们的系统发育关系.MP、NJ和ML分子系统树聚类的结果显示:蛇蜥亚目、壁虎亚目、蚓蜥亚目、石龙子亚目和鬣蜥亚目能够完全分开,蛇亚目和蜥蜴亚目在有鳞目中为姐妹支关系.     

淡水豚类mtDNA 16S rRNA基因的系统发生

ｍｔＤＮＡ １６Ｓ ｒＲＮＡ基因我分析支持将现生淡水豚４个属归入不同的科,即白暨豚科（Ｌｉｐｏｔｉｉｄａｅ）、恒河豚科（Ｐｌａｔａｎｉｓｔｉｄａｅ）、亚河豚科（Ｉｎｉｉｄａｅ）和弗西豚科（Ｐｏｎｔｏｐｏｒｉｄａｅ）。基于邻接法的系统发生分析显示淡水豚类由白暨豚＋恒河豚和弗西豚＋亚河豚两个单系组成,但两个单系之间并无姊妹关系。淡水豚类是并系的。１６Ｓ ｒＲＮＡ基因的系统发生树与ｍｔＤＮＡ细胞色素ｂ基     

原尾纲高级阶元系统学的分子佐证

作为一类重要的低等六足动物，原尾虫的系统学仍然存在争议. 文中测定分析了10种原尾虫（涉及蚖目、古蚖目和华蚖目3大类群的6科9属）的18S rDNA全序列（约2000bp）和28S rDNA部分序列（约400bp）. 以跳虫和双尾虫的代表物种作为外群，采用最大简约法（MP）、最大似然法（ML）和Bayesian分析（BI）构建了分子系统树. 所获结果显著支持原尾虫的单系性；支持蚖目和古蚖目的单系性；华蚖科和富蚖科位于蚖目和古蚖目之外，并且两科各自独立.     

辛卯说兔

农历辛卯兔年到了,让我们说说活泼可爱的兔子. 兔子是哺乳纲、兔形目动物的昵称.现生的兔形目动物由鼠兔亚目和兔亚目构成,分为鼠兔和兔2科,包括13属大约80种,它们大都是一些中小型的食草动物.     

微生物对原油的乳化及促进白腐真菌原油降解研究

从胜利油田东辛采油厂含油废水中分离到3株能以原油为唯一碳源和能源并能乳化原油的菌株，采用油膜扩散法测其乳化能力，筛选原油乳化较好的菌株并预处理原油，再接种白腐真菌降解原油.结果表明筛选的3株细菌（分别命名为zsh7、zsh10、zsh11）发酵液使油膜空斑直径均大于19 cm.分别接种3株菌株和白腐真菌，在7天内可显著提高白腐真菌对原油的降解率，从71％分别提高到90％、93％、954％.经鉴定3株菌株分别为短芽孢杆菌属(Brevibacillus sp) 、芽孢杆菌属（Bacullus sp     

内蒙古蚋类rDNA-ITS1序列分析

对内蒙古2属4亚属7蚋种rDNA-ITS1长度及序列变异进行分析。陆氏后克蚋和长鞭纺蚋的ITS1长340nt左右,宽跗副布蚋、辽宁蚋、内蒙蚋、纳克蚋和红头厌蚋的ITS1长约100nt。陆氏后克蚋的ITS1长度,可作为将后克蚋属归为蚋族的一个佐证。宽跗副布蚋的ITS1序列与近来LaRue等提出的蚋类ITS1存在由8个短保守区构成的39nt核心的这一结论仅部分相符,提示该结论的适用范围有一定限制。     

石珊瑚演化的18S rDNA分子生物学和形态学研究

用分子生物学方法测定石珊瑚目一些现代种类的18S rDNA,构建石珊瑚的系统发生树,并且对石珊瑚目中一些亚目和科属的演化关系进行分子生物学和传统的比较形态学的对照研究,以期为石珊瑚起源和演化提供新的证据。研究表明： 1） 石珊瑚的早期演化至少有两个主要演化分支,这支持以前的形态分类研究和分子生物学研究的结果。尽管这两方面研究所得出的分支不尽相同,但都说明石珊瑚目的亚目一级有强烈分化; 2） 石珊瑚目的5个亚目不全是单系发生的,对Wells的传统分类提出了质疑。此项分子生物研究虽与大部分种的属和科级根据形态生物学的归属相符合,但还有些科的归属还有分歧,如Faviina亚目中的Rhizangiidae科和Faviina亚目中的Dendrophylliidae科等。     

一株渤海丝状海洋真菌的分子生物学复核鉴定

采用真菌形态观察的标准培养条件,结合18S rDNA—ITS片段克隆测序和序列特征GeneBank比较分析,对本实验室分离保藏的海洋真菌Penicillium sp．BH06进行了培养特征和显微形态的复核鉴定研究,依据分子生物学和形态结构特征,认定该菌株应修订为桔青霉（Penicillium citrinum）．研究结果提示,基于传统形态学观察并结合ITS序列分析,可为丝状真菌的分类鉴定提供可靠的分子生物学依据．     

从线粒体16S rDNA部分序列探讨厚蟹属的系统学位置

测定了天津厚蟹线粒体16S rDNA部分序列。基于天津厚蟹和方蟹科另外13种蟹类线粒体16S rDNA部分序列构建的NJ树，表明前者和弓蟹亚科7个属形成单系群，自引导值达到94％, 支持将厚蟹属从相手蟹亚科移至弓蟹亚科。     

对称群Sn（n≤15）的一个新刻画

本文首先通过计算给出了对称群Sn（n≤15）的阶｜Sn｜,最高阶元的阶k1（Sn）,次高阶元的阶k2（Sn）及第三高阶元的阶k3（Sn）。然后利用有限单群分类定理证明了Sn（n=1,2,…,9,11,13,14）可由｜Sn｜和k1（Sn）刻画,即有限群G同构于Sn当且仅当｜G｜=｜Sn｜且k1（G）=k1（Sn）。最后对Sn（n=10,12,15）证明了它们可由｜Sn｜和k1（Sn）,k2（Sn）及k3（Sn）刻画,即G 同构于Sn当且仅当｜G｜=｜Sn｜且k1（G）=k1（Sn）,k2（G）=k2（Sn）及k3（G）=k3（Sn）。     

Monophyly of the ring-forming group in Diplopoda （Myriapoda, Arthropoda） based on SSU and LSU ribosomal RNA sequences

Two controversies exist in the phylogeny of the derived millipedes (Diplopoda). The first is whether millipedes with a fusion ring, including Polydesmida, Spirobolida, Spirostreptida and Julida, form a monophyletic group (the ring-forming group). The second concerns the phylogenetic relationship within the three orders of Juliformia, i.e. Julida, Spirostreptida and Spirobolida. To resolve these phylogenetic controversies, we sequenced 18S and 28S rDNA from six millipede orders and retrieved several homologous sequences from GenBank. Our results give robust support to the monophyly of the ring-forming group based on maximum parsimony methods, maximum likelihood methods and Bayesian inference. The monophyly of the ring-forming group suggests that the fusion of segment sclerites might have occurred only once during millipede evolutionary history. We also established a sister-group relationship between Spirobolida and Spirostreptida within Juliformia after eliminating a short-branch attraction phenomenon, which is consistent with that from the mitochondrial genome analysis.     

产转糖基β-半乳糖苷酶菌株F3的鉴定、产酶条件及转糖基活性研究

菌株乃从土壤中筛选得到,具有产生转糖基β-半乳糖苷酶（β-galactosidase）的特性。根据形态观察及18S rDNA序列分析;菌株乃被鉴定为扩张青霉（Penicillumexpansum）。通过单因子试验和正交试验,对菌株乃产生转糖基阻半乳糖苷酶的培养基组成及发酵条件进行了优化。优化后的培养基组成为葡萄糖2％、酵母粉1％、蛋白胨1．5％、氯化钠0．3％。在初始pH6．0,28℃培养40h时,其产酶量为2245．2U／L,比优化前提高约3倍。菌株乃产生的转糖基肛半乳糖苷酶以pH4．5缓冲液配制的30％乳糖为底物,50℃反应24h,低聚半乳糖产量为30．6％,其中80％以上为三糖。     

莴苣黄化病植原体的分子鉴定

为了明确新疆莴苣黄花病植原体的分类地位,采用巢式PCR和PCR技术对表现黄化症状的莴苣植株分别利用植原体16S rRNA基因和tuf基因通用引物P1／P7、R16F2n／R16R2和fTufu／rTufu进行扩增,得到大小约1．2kb和0．8kb的特异性片段,对所得片段克隆、测序和序列分析。结果表明：它们分别和榆树黄化组（Elm yellows group）成员的16S rRNA基因、tuf基因同源性最高,分别高于98．6％和92．4％。基于16S rRNA基因和tuf基因的系统进化树分析显示,其均与植原体16Sr V组成员位于同一分支上。对16S rRNA基因的iPhyClassifier分析结果表明,其与榆树黄化组B亚组（16Sr V—B）代表株系JWB（AY197661）具有相同的酶切图谱。所有结果表明莴苣黄化病植原体（LSY）属于榆树黄化组B亚组（16Sr V-B）。     

生防菌株A-29的鉴定及其活性成分分析

生防菌株A-29分离自山东省科学院中试基地内的番茄根际土中。利用通用引物27f和1492r扩增A-29的基因组DNA获得1492bp的16SrDNA序列片段,登录号为EU430264,同源性与直丝紫链霉菌（Strep-tomyces viridocyaneus）YIM30997（AF513223）达98.9%。生理生化特性测定中,除吲哚反应和木糖利用2项不同外,其它指标A-29与S.viridocyaneus完全相同,故将菌株A-29鉴定为S.viridocyaneus。菌株A-29的无菌发酵滤液具有广谱抗性,在PDA平板上对供试的8种植物病原真菌均有不同程度的抑制作用,其中对黑斑链格孢的抑制效果最好,抑菌圈半径为7.0mm。分别利用二氯甲烷和乙酸乙酯浸提法提取发酵上清液中的活性成分,采用气相色谱-质谱联用仪对提取液进行定性分析,菌株A-29各提取液中可检测到的化学成分种类主要有：有机酸类、酯类、苯及其衍生物、烷烃、酮类、杂环化合物等,结合文献报道：上清乙酸乙酯提取液中可能的活性成分为：（S）-（＋）-2′,3′-Dideoxyribonolactone、2-Vinyl-9-[3-deoxy-.beta.-d-ribofuranosyl]hypoxan-thine;上清二氯甲烷提取液中可能的活性成分为：2-（Phenyl-piperidin-1-yl-methyl）-cyclohexanol、10-Methoxy-nb-.alpha.-Methylcorynantheol。