基于数据挖掘、网络药理学和分子对接方法的肺癌用药规律及核心中药分析

目的：运用数据挖掘、网络药理学、分子对接方法探究中药复方治疗肺癌的用药规律及核心中药,为临床治疗肺癌提供有效的处方用药参考。方法：采用Excel2019收集整理临床治疗肺癌的常用中药复方,筛选有效复方,并通过中医传承辅助平台(V2.5)、SPSS Modeler 18.0、SPSS Statistics 25、cytoscape3.6等分析患者的证型分布、药物频次规律、核心药物组合以及药物关联规则等并得出核心中药;将核心中药运用TCMSP、Genecards、CTD等数据库收集有效成分、药物靶点、疾病靶点并获取交集,通过cytoscape3.9.0构建“中药-化合物-靶点-疾病”网络、再通过String平台、可视化驱动的生物信息学分析网站构建蛋白互作网络、最后进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,由以上分析结果得出重要化合物以及关键靶点做分子对接;结果：筛选得到有效处方407个,涉及中药324味,药物使用频次最高依次为甘草、茯苓、白术、陈皮、半夏、黄芪、党参、浙贝母、白花蛇舌草、薏苡仁;肺癌中医证型诊断中以痰瘀互结证(45.99%),治则治法以化痰散结和解毒抗癌为主,(28.99%、29.25%),中药以补虚药为主,(32.69%);性味归经统计为温性(41.39%);苦味(45.5%),肺经(25.82%)为主;关联规则表明,茯苓-半夏、茯苓,半夏-白术、茯苓,浙贝母-半夏-白术分别为同一组中支持度最高的组合;复杂网络中核心药物有党参、茯苓、白术、陈皮、浙贝母、黄芪、甘草。核心中药为白术、茯苓、半夏、浙贝母;网络药理学获得作用靶点89个、核心中药主要有效成分为12-千里光酰基-8-反式白术三醇、14-乙酰基各里光酰基-8-反式白术三醇、β-谷甾醇等,重要靶点为AKT1、EGFR、TP53等,GO分子功能富集结果显示可能与RNA聚合酶II转录调节、细胞对化学压力的反应、金属离子的反应等有关,KEGG通路富集分析结果显示,关键通路富集为肿瘤坏死因子信号通路、铂耐药通路、IL-17信号通路等;关键靶点与重要化合物的对接能量均小于0kJ/mol,对接构象稳定。结论：真实世界抗肺癌中药以味苦、性温,平,寒、补虚为主,针对肺癌发病机制正气亏虚、血瘀、痰、邪毒进入,以补气和中助阳、清热解毒泻火之法来达到治疗效果,基于数据挖掘方法研究对于真实世界治疗肺癌的用药规律研究得出其核心组方包括党参、茯苓、白术、陈皮、浙贝母、黄芪、甘草,而其现代药理作用主要为抗癌细胞增殖、抗菌、免疫抑制等;在治疗肺癌的中药复方中,白术、茯苓、半夏、浙贝母尤为重要,可作为治疗肺癌的复方核心中药,核心中药治疗肺癌主要通过多成分、多靶点调控肿瘤坏死因子信号通路、铂耐药通路、IL-17信号通路等达到治疗肺癌的效果,综上为真实世界中药复方治疗肺癌的用药规律特点。对中医药治疗肺癌的临床研究有一定的指导意义。     

含苍耳类药材复方的数据挖掘及抗肿瘤机制探讨

为挖掘复方中苍耳类药材抗肿瘤的用药规律,并探讨核心药物抗肿瘤的分子机制,通过检索《肿瘤方剂大辞典》等资料,筛选治疗肿瘤的含苍耳类药材的复方制剂,基于关联规则和系统聚类,分析用药规律并获取核心药物组。基于中药系统药理学分析平台筛选核心药物组的化学成分及对应靶点;检索GeneCards等数据库获取肿瘤疾病靶点;二者取交集后获得药物、疾病交集靶点。构建核心药物组抗肿瘤的“中药-成分-靶点”网络及交集靶点的蛋白互作网络。基于R语言行GO功能与KEGG通路富集分析,基于AutoDock Vina软件行分子对接验证。结果表明：共筛选出相关复方118首。基于数据挖掘结果综合分析,将苍耳子等10味中药作为核心药物组。网络药理学分析共获得交集靶点144个,筛选出β-谷甾醇等5种核心成分,TP53等5个关键靶点,涉及通路174条,主要包括PI3K-Akt、p53、肿瘤坏死因子等信号通路。分子对接提示核心成分与关键靶点结合活性强烈。可见,数据挖掘初步揭示了含苍耳类药材复方抗肿瘤的用药规律,获取了核心药物组;其核心成分β-谷甾醇等可通过作用于TP53等靶点,调控PI3K-Akt等信号通路,发挥抗肿瘤作用。     

基于数据挖掘及网络药理学探讨中医药抗呼吸道合胞病毒的用药规律及作用机制

采用数据挖掘及网络药理学方法分析中药抗呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus, RSV)用药规律，并探讨核心中药可能的作用机制。利用中国知网数据库收集治疗RSV的含中药复方，应用SPSS Statistics 26.0软件对纳入标准的中药进行频次、性味归经、四气五味及其功效分类统计，并对频数大于5的中药进行系统聚类分析。使用中药系统药理学数据库分析平台进行成分、靶点筛选，将其靶点与在GeneCards及OMIM数据库筛选得到的RSV疾病靶点进行匹配，获取高频中药抗RSV的关键靶点；采用STRING、DAVID数据库对关键靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用网络分析及京都基因与基因组百科全书通路富集分析；最后通过Cytoscape 3.7.1软件构建中药-活性成分-关键靶点-通路网络，并进行拓扑分析。共获得符合标准的中药复方91个，涉及121味中药；其中以清热药、化痰止咳平喘药多见，以归肺、肝经居多，以寒温平、苦辛甘为主；麻黄、黄芩、甘草、苦杏仁累计频次最高且聚为一类。获得麻黄、黄芩、甘草、苦杏仁活性成分共126个；抗RSV关键靶点110个，核心靶点包括GSR、...     

基于数据挖掘和网络药理学分析中药治疗痛风的用药规律及作用机制

应用数据挖掘和网络药理学技术分析中药治疗痛风的用药规律及作用机制。首先通过检索中国知网、维普数据库、万方数据库、Pubmed、中国生物医学文献数据库中关于治疗痛风的中药处方,建立中药治疗痛风方药数据库,规范中药名称后,应用 SPSS Modeler18 软件及SPSS Statistics 24 统计软件进行关联规则分析、复杂网络分析及聚类分析,并根据分析结果筛选得出治疗痛风的核心中药。在TCMSP数据库获取这些中药的活性化合物和相应作用靶点,并取这些中药与痛风的交集靶点进行蛋白质互作（PPI）分析、生物功能富集（GO）分析及相关作用通路分析。数据挖掘共纳入符合标准的处方302首,根据得到高频次中药及高置信度、高支持度中药处方,综合分析确定了茯苓、黄柏、牛膝、薏苡仁、苍术、萆薢、威灵仙、泽泻这八大治疗痛风的核心中药,并已这些中药为基础,分析了它们治疗痛风的作用机制,确定了核心作用靶点为AKT1、TNF、IL6、VEGFA、TP53、IL1B、PPARG、EGF、PTGS2（COX-2）、MMP9等,主要作用通路为癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、MAPK信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用通路、癌症中的转录失调通路等,主要调节过程包括白细胞介素、免疫系统中的细胞因子信号转导、基质金属蛋白酶的激活、基因转录途径等。中药治疗痛风的主要药物组合为黄柏、苍术;牛膝、忍冬藤;赤芍、山慈菇、秦艽;泽泻、地黄;茯苓、萆薢、威灵仙;红花、桃仁、川芎;当归、黄芪;甘草、白术、桂枝,作用机制主要依赖于对多种酶、炎症因子、炎症通路的调控,这些中药能够显著抑制炎症急性期反应、促进尿酸排泄,该研究拟为痛风的深入研究及相关中药的开发应用提供一定的基础和借鉴意义。     

运用数据挖掘和网络药理学探讨肝衰竭用药规律及机制分析

运用现代技术挖掘治疗肝衰竭的用药规律,并分析核心药团治疗肝衰竭的作用机制。通过检索PubMed、Embase、Cochrane Library、中国知网(CNKI)、中国生物医学文献数据库(CBM)、万方(WanFang)和维普(VIP)数据库,收集治疗肝衰竭的临床处方,运用Excel 2016、SPSS Modeler 15.0及SPSS Statistics 23.0,对符合纳入标准的中药进行频数分析、因子分析、关联规则分析。检索TCMSP、SymMap、TCM-ID、Pharmmapper、TTD、Genecards等相关数据库,获得核心药团的活性成分、潜在作用靶点及与肝衰竭相关的作用靶点;筛选David数据库,核心药团对肝衰竭的作用靶点进行GO及KEGG分析;运用Cytoscape软件构建网络图、靶点图及预测作用靶点和主要化合物的结合度。共纳入154剂/张肝衰竭治疗处方,中药种类合计186味,其中排列在前5味的高频药物分别为茵陈、赤芍、大黄、栀子、丹参,从高频药物间因子分析中提取8个公因子,经关联规则分析,设置最低条件支持度≥10%,最小规则置信度≥100%,提升度1,得出置信度最高的核心药团为茵陈、白术、大黄。网络药理学部分,核心药团共筛选出36个化学成分和102个潜在靶点,与肝衰竭相关靶点20个。通过GO分析,富集出有效的生物学过程28个,4个细胞组成,以及12个分子功能,KEGG分析得出11条信号通路。从而得出结论。临床上可多用具有利水渗湿药物组合"茵陈、白术、大黄"。以及配伍活血和补益药。核心药团"茵陈、白术、大黄"可通过干预TNF信号通路、NOD样受体信号通路、Toll样受体信号通路、FoxO信号通路等通路而达到治疗肝衰竭的作用。     

基于网络药理学探讨复方葛仲补骨汤治疗骨质疏松的作用机制

目的 基于网络药理学探讨复方葛仲补骨汤治疗骨质疏松症的作用机制.方法 通过TCMSP数据库获取复方葛仲补骨汤中葛根、杜仲和黄精三味药材的化学成分,并筛选出主要活性成分.通过TCMSP数据库和Pharmmapper数据库获取主要活性成分的靶点蛋白质,并通过OMIN、GeneCards、Drugbank和TTD 4个数据库获取骨质疏松症的靶点蛋白质.取成分对应靶点和疾病对应靶点的交集,借助String数据库构建药物-疾病蛋白质互相作用网络(PPI),最后进行药物-疾病的GO功能富集分析和KEGG通路富集分析.结果 三味中药材去除重复基因后共获得靶点基因275个.在药物-成分-靶点的网络中可以清晰地看到有效成分主要有槲皮素、β-谷甾醇和山柰酚等,VEGFA、ALB等靶点基因为关键靶点,主要参与的生物进程有介导类固醇激素反应、细胞因子介导的信号通路等,主要调节的通路有IL-17信号通路、FoxO信号通路等.结论 槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚是复方葛仲补骨汤治疗骨质疏松症的物质基础,其通过作用于IL-6、VEGFA、ALB、MMP-9等靶点基因调控IL-17信号通路、FoxO信号通路,进而治疗骨质疏松症.     

基于网络药理学探讨尪痹方治疗类风湿性关节炎的机制

基于网络药理学方法探讨尪痹方治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的潜在机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台筛选出尪痹方的化学成分及作用靶点,GeneCards数据库检索RA相关靶点,维恩图获取药物与疾病交集靶点,利用STRING数据库得到蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络信息,使用Cytoscape构建药物-有效成分-靶点-疾病网络与PPI网络图,通过DAVID数据库对共同靶点进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分析。使用SYBYL-X 2.1.1软件进行分子对接验证。经过筛选得到32个有效成分及99个相关靶点,核心靶点为IL-6、TNF、AKT1、VEGFA、PTGS2等。GO功能富集分析主要涉及RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程,KEGG通路富集分析主要涉及TNF信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等信号通路。分子...     

基于数据挖掘及网络药理学探讨中药治疗消化性溃疡的用药规律及作用机制

运用数据挖掘和网络药理学方法探讨中药治疗消化性溃疡(peptic ulcer, PU)的用药规律,筛选核心药对潜在靶点并研究其治疗PU的作用机制。通过频数分析、关联规则分析得出核心药对,筛选核心药对活性成分及靶点;将核心药对治疗PU的关键靶点进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析;建立药对成分-靶点-信号通路网络。233份治疗PU的处方中含216味中药,其中茯苓-白术为核心药对。核心药对的22个化学成分对应的143个潜在靶点中与PU交集的靶点有41个。通过GO分析,得到相关的92个生物学过程,5个分子功能及11个细胞组成,KEGG分析得出15条信号通路。核心药对茯苓-白术能通过JUN、IL6、TP53、AKT1、VEGFA、MAPK1、CASP3、EGFR、RB1、IL1B靶点调控IL-17、PI3K-AKT、NF-κB、幽门螺杆菌感染中的上皮细胞信号转导等相关通路发挥对PU的治疗作用。通过探讨中药治疗PU的用药规律,初步阐述了治疗PU的核心药对茯苓-白术的药理作用,为临床用药和新药研究提供思路。     

基于网络药理学分析“黄芪―白术”治疗肺癌的作用机制

通过网络药理学的研究方法,探索"黄芪―白术"治疗肺癌的可能作用机制。使用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库查询"黄芪―白术"的活性成分,运用TCMSP数据库对活性成分的靶点进行筛选,并利用Uniprot数据库对靶点进行标准化命名。通过"TTD"数据库、"DisGeNET"数据库和"OMIM"数据库查询肺癌相关靶点。利用Venn Diagram得到"化合物―疾病"共同靶点。运用STRING数据库进行蛋白质互作网络(PPI)的构建。使用R语言进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。"黄芪―白术"药对共筛选得到活性成分19个,潜在作用靶点180个。治疗肺癌的预测靶点29个,主要涉及AKT1、VEGFA、EGFR等。GO功能富集分析,按照P0.05进行筛选,涉及生物过程1 260个,细胞组分12个,分子功能32个,主要涉及活性氧代谢过程、类固醇激素反应、凋亡信号通路的调控、T细胞活化等。KEGG信号通路富集分析,按照P0.05进行筛选,涉及信号通路26个,主要涉及PI3K-Akt信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性、铂类耐药性、HIF-1信号通路、MAPK信号通路、Rap1信号通路、Ras信号通路等。"黄芪―白术"通过调控信号通路、抗癌药物耐药性等发挥抑制肿瘤血管生成、诱导肿瘤细胞凋亡、抑制肿瘤转移等作用,从而治疗肺癌。"黄芪―白术"在治疗肺癌的过程中涉及到多活性成分、多靶点及多信号通路。     

融合数据挖掘与网络药理学研究治疗原发性肝癌中药处方用药规律

融合数据挖掘与网络药理学方法,研究治疗原发性肝癌常用有效中药处方的用药规律,为中医临床治疗原发性肝癌处方用药提供参考.通过收集大量的临床治疗原发性肝癌的常用中药处方,共筛选有效处方211个;运用中医传承辅助平台,挖掘有效处方中的核心药物组合;再通过TCMSP等数据库平台,筛选核心药物组合活性成分所对应的靶点;并在比较基因组数据库(comparative toxicogenomics database,CTD)、人类疾病数据库(malacards)、治疗靶点数据库(therapeutic target database,TTD)等疾病数据库中,检索出与原发性肝癌相关的疾病靶点;取上述两种靶点的共有靶点,即为核心药物组合治疗原发性肝癌的一般靶点,并利用DAVID平台对一般靶点进行GO/KEGG通路富集分析;通过Cytoscape 3.6.1软件对共同靶点进行拓扑分析,得到核心药物组合治疗原发性肝癌的核心靶点;并利用CB-Dock平台对其进行分子对接验证;通过与有关文献实验研究的结果进行比较,验证本研究结果的可靠性.通过数据挖掘和网络药理学分析,得到常用药对23组(支持度个数≥50),关联规则的药物组合24组(置信度≥0.95),聚类分析的药物组合36组;治疗原发性肝癌疾病的一般靶点124个、核心靶点16个;经GO分析的生物过程450个、细胞组分37个、分子功能48个(P≤0.01);经KEGG通路富集分析得到信号通路44个(P≤0.01),并且p53等信号通路得到了有关文献实验研究结果的验证;而且还发现茯苓、白术、党参、半枝莲等药物在治疗原发性肝癌的处方中出现的频次较高.中医治疗原发性肝癌常以补虚、清热为主,兼顾活血、理气等,多从肝、脾、肺和肾等经络共同论治,并注重清补结合、虚实兼顾;核心药物组合主要通过诱导凋亡、阻滞周期、抗血管生成和调控炎症等途径治疗原发性肝癌.     

基于网络药理学与分子对接探索人参-五味子配伍治疗特发性肺间质纤维化的分子机制

基于网络药理学与分子对接方法,探讨中药人参-五味子配伍治疗特发性肺间质纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)的潜在分子机制.通过GeneCards、CTD、GEO等数据库预测IPF疾病靶标基因,从TCMSP平台筛选人参-五味子有效活性成分及其治疗靶标,构建中药-活性成分-靶标基因调...     

基于网络药理学和分子对接探究威灵仙治疗类风湿性关节炎的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探究威灵仙治疗类风湿性关节炎的作用机制。中药系统药理学数据库与分析平台、PubChem、SwissTargetPrediction数据库筛选威灵仙的活性成分及其作用靶点;OMIM、GeneCards数据库预测类风湿性关节炎的靶点;Venn图获取威灵仙-类风湿性关节炎的交集靶点;STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.1获取核心靶点;DAVID数据库进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析; AutoDock Vina1.5.6对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。威灵仙中的关键活性成分齐墩果酸、β-谷甾醇、豆甾醇、3-表齐墩果酸作用于MAPK3、PTGS2、CYP19A1等核心靶点,通过调控花生四烯酸代谢通路、卵巢类固醇生成等发挥治疗类风湿性关节炎的作用,分子对接结果显示关键活性成分与核心靶点具有较好的结合活性。该研究初步探讨了威灵仙治疗类风湿性关节炎的关键活性成分、核心作用靶点及其相关通路,为威灵仙的临床应用提供参考。     

九种中药植物提取物对铜绿微囊藻生长的影响

以铜绿微囊藻为供试藻类,从吴茱萸、香加皮、苍耳子、川楝子、仙茅、山豆根、白附子、半夏、苦杏仁等九种中药植物（TCMs）中提取出活性物质,研究提取物对铜绿微囊藻的生长影响.实验表明,吴茱萸、香加皮、苍耳子对铜绿微囊藻的生长具有较好的抑制作用,7d后叶绿素去除率达到了70%以上.其中吴茱萸的抑藻作用最明显,7d后叶绿素去除...     

基于网络药理学和分子对接预测黄芪-莪术治疗胃癌的分子机制

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪-莪术治疗胃癌的作用机制。利用中药系统药理学数据库与分析平台筛选出黄芪、莪术的活性成分,从Uniprot数据库获取靶点蛋白的基因名。以gastric cancer为关键词,在GeneCards数据库中检索胃癌的相关靶基因,将其与药对的活性成分靶基因相互映射,筛选出共同靶点。利用Cytoscape 3.7.0 软件绘制活性成分-靶点网络。将筛选出来的靶点在STRING数据库中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,同时,选择Omicshare平台进行基因本体功能及京都基因与基因组百科全书通路的富集分析。使用AutoDock Vina和PyMol软件进行分子对接。从黄芪-莪术药对中共筛选出26个活性成分,包括槲皮素、山奈酚、莪术醇、7,2'-二羟基-3',4'-二甲氧基异黄烷、β-榄香烯等,作用于TP53、MYC、CASP3、AKT1、 JUN等74个靶点,这些靶点主要富集在癌症、癌症中的蛋白聚糖、PI3K-Akt、 MAPK、 Rap1、TNF、 FoxO等信号通路上。该研究为黄芪-莪术药对治疗胃癌的基础研究和临床应用提供了参考依据。     

基于网络药理学和分子对接研究三七抗类风湿关节炎的分子机制

通过中药系统药理学数据库与分析平台获取三七的主要活性成分及其相关靶点;通过GeneCards数据库预测类风湿关节炎相关靶点,并运用Uniprot数据库标准化蛋白名称,取三七-类风湿关节炎的交集靶点;通过STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用分析;采用Metascape平台进行GO(gene ontology)功能分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集分析;采用Cytoscape3.7.2构建活性成分-靶点-信号通路相互作用网络;利用AutoDock Vina 1.1.2软件对关键靶点和成分进行分子对接。结果表明:通过筛选获得三七核心活性成分7种,三七-类风湿关节炎共同作用靶点100个,其中核心靶点包括AKT1、IL6、VEGFA、TNF、TP53、JUN、CASP3、PTGS2等;GO分析获得1 064条信号通路,KEGG分析得到102条信号通路,其中与类风湿关节炎相关的信号通路包括AGE-RAGE、MAPK、TNF、IL-17以及HIF-1等;分子对接结果显示关键靶点与成分具有较好的结合活性。研究认为三七抗类风湿关节炎可能是通过对物质代谢、信号转导、炎症反应等多靶点及多通路的调节从而发挥作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨蛇床子治疗乳腺癌的作用机制

利用网络药理学和分子对接探讨蛇床子抗乳腺癌的分子机制。采用中药系统药理学数据库与分析平台获取中药蛇床子的化学成分及其相关靶点,借助Uniprot数据库进行基因转换;在GeneCards、OMIM数据库中检索乳腺癌疾病的相关靶点;利用Venn在线软件获取药物与疾病的共同靶点;由Cytoscape 3.7.2绘制药物-成分-靶点-疾病网络;STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;基于DAVID数据库对靶点进行基因本体功能富集和京都基因与基因组百科全书通路富集分析,运用AutoDock软件对蛇床子的关键活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果表明, 蛇床子的17个有效成分通过调控19个靶点和56条通路对乳腺癌产生作用,4个关键的化合物分别为β-谷甾醇、(E)-2,3-bis(2-keto-7-methoxy-chromen-8-yl)acrolein、豆甾醇、蛇床子素,可通过HSP90AA1、JUN、PRKACA、KDR等关键靶点介导癌症通路、癌症的蛋白聚糖、粘着斑、PI3K-Akt等信号通路发挥抗乳腺癌作用。该研究初步揭示了蛇床子抗乳腺癌的作用机制,为蛇床子的临床应用及其治疗乳腺癌的相关研究提供了理论依据。     

基于网络药理学预测丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的作用机制

基于网络药理学方法预测丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的作用机制。通过数据库筛选丹参、柴胡的有效活性成分及相应的靶蛋白,并预测和筛选丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的作用靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-疾病网络图。绘制关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)网络。采用Metascape数据库对有效作用靶点进行基因本体（gene ontology, GO）注释分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析。筛选出丹参化合物65个,有效靶点162个,柴胡化合物17个,有效靶点251个。通过筛选得到丹参-柴胡药对与酒精性肝病的交集靶点161个。PPI网络发现AKT1、IL6、TP53、VEGFA、TNF、CASP3、EGF等可能是丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的关键靶点。GO注释分析涉及对无机物的反应、对有毒物质的反应、膜筏、枝晶、转录因子结合、蛋白质结构域特异性结合等信号通路。KEGG通路分析涉及肿瘤信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、癌症中的蛋白多糖、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等通路。初步探究了丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的关键靶点和涉及的生物学过程及信号通路,发现其作用是多靶点、多通路的。     

基于网络药理学和分子对接研究丹参治疗浆细胞性乳腺炎的作用机制

利用网络药理学初步分析丹参治疗浆细胞性乳腺炎的作用机制,应用分子对接辅助研究丹参中活性化合物与浆细胞性乳腺炎主要靶点的亲和力,以证明筛选出的活性物质确实可与疾病靶点结合。基于中药系统药理学数据库与分析平台筛选丹参中的有效活性成分及这些成分的相关作用靶点,构建中药-成分-靶点网络,利用GeneCard数据库和DisGeNET数据库筛选浆细胞性乳腺炎的高相关性基因靶点,将药物成分靶点与疾病基因靶点相互映射,得到药物-成分-靶点-疾病网络,分析网络得到潜在药物活性化合物及潜在作用基因靶点,将此潜在作用靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用DAVID数据库对潜在作用靶点进行生物功能及代谢通路分析。对筛选到的高相关性活性成分和靶点进行分子对接,选择浆细胞性乳腺炎相关度最高的靶点IL-6、ICAM1和PGR,在PDB数据库中找到其三维蛋白结构,后在Zinc数据库中找寻丹参活性成分的分子结构,利用autodock4.0软件将蛋白与分子相对接。得到中药有效活性物质59个及其相关作用靶点132个,疾病相关靶点125个,映射后得到BCL2L1、EDNRA、ERBB2、ICAM1、IFNG、IL-4、IL-6、NR3C1、PGR、STAT3等10个潜在作用靶点,基因本体富集分析后找到潜在作用靶点共14个生物过程,京都基因与基因组百科全书分析后筛选得到16条信号转导通路,以乳腺癌通路、癌症信号通路、库欣综合征通路、NF-κB信号通路等通路为主。分子对接表明筛选出的药物活性成分与潜在作用靶点确有较大的亲和力。该研究初步筛选出了丹参治疗浆细胞性乳腺炎的物质基础,并揭示了丹参治疗该病症是通过多成分、多靶点、多途径共同调控。     

基于数据挖掘和网络药理学探讨川贝母治疗肺系疾病的核心中药和机制

基于数据挖掘川贝母治疗肺系疾病的核心中药和基于网络药理学探讨“川贝母-人参”治疗肺系疾病之支气管哮喘的作用机制。通过数据处理软件,利用统计学方法对所收集的含贝母肺系疾病中药组方进行频数统计、关联规则分析和聚类分析。并利用网络药理学知识对核心药对治疗肺系典型疾病支气管哮喘进行靶点收集筛选、基因本体论(gene ontology, GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析,最后利用分子对接验证。共筛选出含贝母处方420个,涉及中药463味;高频药物有甘草、杏仁等;聚类分析可得8类;高频核心二联药物组合有“川贝母-阿胶”“川贝母-人参”等,三联药物组合包括“川贝母-天冬-麦冬”“川贝母-天冬-甘草”等,四联药物组合“川贝母-桑白皮-桔梗-甘草”“川贝母-桑白皮-杏仁-甘草”等;由于阿胶为动物药材,则分析“川贝母-人参”药对治疗作为治疗支气管哮喘这一典型肺系疾病的核心药对,其中Hub靶点包括“AKT1”“PTGS2”等;核心活性成分包括“beta-sitosterol”“kaempferol”...