基于网络药理学与分子对接技术预测艾叶抗动脉粥样硬化的分子机制

为探讨艾叶抗动脉粥样硬化的作用机制,运用网络药理学与分子对接方法,通过 PharmMapper、Swiss Target Prediction 平台预测艾叶有效成分及潜在靶标,检索 DisGeNET 和 Genecards数据库获取动脉粥样硬化相关靶点,利用STRING构建靶标PPI网络,利用Cytoscape软件 进行可视化分析,利用DAVID进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,最后应用分子对接相关软 件对核心靶点与有效成分的结合情况进行对接验证。结果发现,共筛选出9个艾叶活性成分、274 个潜在的活性成分靶点、1 504个动脉粥样硬化相关靶点和120个成分靶点和疾病靶点的共同靶 点,提示艾叶可通过SRC、AKT1、VEGFA、HSP90AA1和RXRA等多靶点,PPAR、MAPK、Wnt、VEGF 等癌症通路和PIK3-Akt、Rapl、RAS、黏着连接等多个信号通路发挥抗动脉粥样硬化的作用,分子对 接验证结果显示主要活性成分与核心靶点亲和力良好。     

基于网络药理学与体外实验研究清髓消炎汤治疗骨髓炎的作用机制

通过TCMSP和BATMAN-TCM数据库筛选经验方中的中药化合物及作用靶点;通过GeneCards、DRUGBANK、TTD数据库查找骨髓炎疾病相关靶点,取疾病与中药化合物靶点的交集靶点预测清髓消炎汤治疗骨髓炎的潜在靶点.运用Cytoscape软件构建分析“中药-成分-成分作用靶点-疾病靶点”网络图;利用STRING数据库平台分析作用靶点PPI网络;通过DAVID、微生信数据库对作用靶点进行GO功能和KEGG通路的富集分析.利用AutoDockTools及PYMOL软件对清髓消炎汤中核心靶点与疾病的核心靶点进行分子对接与体外实验验证清髓消炎汤对骨髓炎常见耐药菌MRSA的抑制,探索清髓消炎汤治疗骨髓炎的作用机制.筛选得到清髓消炎汤中289个成分靶点,骨髓炎有944疾病靶点,得到交集靶点83个.通过网络拓扑学分析得到主要有效成分quercetin、luteolin、fisetin、kaempferol、baicalein、naringenin,主要作用靶点TNF、IL-6、IL-10、STAT3、IL-1β、MAPK14等.主要成分与靶点分子对接结果均为负数,均有很好的自由结合能力.清髓...     

网络药理学联合分子对接技术探究固肠止泻丸治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的网络药理学联合分子对接技术探析固肠止泻丸治疗溃疡性结肠炎（UC）的药效物质基础及其潜在作用机制。方法在TCMSP数据库收集固肠止泻丸各中药成分及对应靶点,并于疾病靶点取交集,获取潜在有效成分及治疗靶点。利用String数据库构建治疗靶点间蛋白互作网络,计算相关拓扑学参数,获得关键基因。将治疗靶点导入David数据库进性GO富集与KEGG富集分析。通过Auto Dock1.1.2软件对核心成分与关键基因进性分子对接验证。结果筛选出50个有效成分,其中槲皮素、山奈酚与小檗碱可能是参与治疗作用的关键成分;涉及16个治疗靶点,其中包括5个关键基因PTGS2、IL-1β、MMP9、CXCL8和ICAM1。GO生物过程30个,细胞成分6个,分子功能7个。涉及对炎症的反应等生物进程;细胞外域空间等细胞成分以及趋化因子活性等分子功能。与溃疡性结肠炎相关的KEGG通路共5条,包括Toll-样受体信号通路、TNF信号通路等。分子对接结果表明固肠止泻丸核心成分可以对上述核心靶点发挥调节作用。结论固肠止泻丸通过多成分、多靶点调控肠道免疫功能,发挥抗炎、抗氧化应激等作用,是其治疗UC的重要机制。     

麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎邪热壅肺证的潜在药效物质及作用机制探析

将网络药理学和分子对接技术相结合,旨在探析麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)邪热壅肺证的潜在药效物质,并预测其作用机制.首先利用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选麻杏石甘汤的主要活性成分及作用靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建"活性成分-靶点"网络并进行分析.借助Uniprot数据库和Genecards数据库分别获取靶蛋白基因名和疾病相关靶点,将二者的共同靶点上传STRING数据库构建蛋白质相互作用核心网络,筛选出核心靶标.通过DAVID 6.8数据库进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集分析和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析.最后利用分子对接软件将关键活性成分与潜在治疗COVID-19的作用靶点进行对接筛选.结果表明,麻杏石甘汤采用多种活性成分作用于多个靶点,通过炎症通路、抑制细胞因子风暴、免疫调节等多条途径,从而对新型冠状病毒肺炎发挥治疗作用.     

黄芪治疗乳腺癌机制研究

基于网络药理学理论,采用生物信息学手段对中药黄芪中治疗乳腺癌有效成分及其机制进行探讨.一方面通过TCMSP中草药系统药理学平台筛选出黄芪的有效成分,另一方面通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank和DisGeNET等数据库查找与乳腺癌相关靶点.而后,利用筛选出的有效成分和靶点构建"药物-成分-靶点-疾病"网络图,借助STRING数据库平台探究蛋白质互相作用关系,并进行GO分析和KEGG通路富集分析.采用分子对接技术将黄芪中的主要活性成分槲皮素与JUN、RELA、ESR1、MYC、MAPK1、FOS、HIF1A、MAPK14、AKT1、CCND1和IL-2等靶点进行分子对接.最后进行槲皮素(quercetin)对人乳腺癌MCF-7和MDA-MB-435细胞模型进行体外实验验证,结果表明黄芪可能主要是通过其活性成分槲皮素实现其抗乳腺癌的作用.本研究初步探讨黄芪治疗乳腺癌具有的多靶点、多通路的潜在作用机制,可进一步为黄芪抗乳腺癌有效成分的筛选验证提供依据.     

基于网络药理学和分子对接技术研究党参抗胃溃疡作用机制

基于网络药理学和分子对接技术探究党参治疗胃溃疡(gastric ulcer)的作用机制.利用TCMSP数据库,筛选党参治疗胃溃疡的活性成分和潜在靶点;结合Genecards数据库挖掘治疗胃溃疡的相关靶点,对党参与治疗胃溃疡的靶点进行PPI网络构建,交互处理得到党参治疗胃溃疡的关键靶点,并进行GO分析和KEGG通路富集分析;并采用分子对接技术将主要活性成分与EGFR、ESR1、CCND1、MDM2和CASP3进行分子对接.最后利用吲哚美辛损伤GES-1细胞模型进行体外实验验证,结果表明党参可能主要是通过其活性成分MOL000449实现其抗胃溃疡作用.     

基于网络药理学和分子对接技术探讨槐花止血的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨槐花止血的作用靶点及信号通路，明确其疗效机制。方法:从TCMSP中检索出槐花的有效活性成分，收集其靶点；通过GeneCards数据库收集止血相关的疾病靶点，取与药物靶点重复的靶点作为关键靶点，使用Cytoscape软件构建“药物-有效成分-靶点”网络，利用String数据库构建蛋白互作网络，应用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析，最后利用分子对接技术初步验证。结果:最终获得6个槐花活性成分，68个交集基因。蛋白互作分析发现JUN、TNF和MAPK1止血的作用，GO功能富集得到407个条目，KEGG通路富集分析得到151条信号通路，且发现槐花止血主要通过TNF signaling pathway、Hepatitis B等信号通路进行调控。分子对接显示isorhamnetin、beta-sitosterol等成分与MAPK1、TNF和JUN等靶点有较强亲和能力。结论:槐花可能通过isorhamnetin、quercetin-3’-methyl ether等化学成分调控TNF signaling pathway等信号通路上的MA...     

补骨脂乙素治疗溃疡性结肠炎的分子作用机制

利用网络药理学方法联合GEO基因芯片及分子对接探索补骨脂乙素治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的潜在作用机制.通过PubChem等数据库预测补骨脂乙素靶点;在GeneCards、DisGeNET等数据库检索UC作用靶点合并GEO芯片提取的差异基因去重后得到UC靶点,对药物与疾病交集基因进行富集分析;构建交集基因蛋白互作网络筛选出核心靶点,分子对接初步验证药物与核心靶点的结合活性.结果:筛选出交集基因107个;富集分析显示基因功能多与炎症相关;筛选得到核心靶点AKT1、MMP9、EGFR、IGF1、SRC;分子对接模拟验证显示药物与核心靶点之间有较好的结合活性.提示补骨脂乙素可能通过作用于核心靶点调节炎症相关信号通路进而发挥抗UC的作用,可为后续深入研究提供数据支持.     

基于多元数据融合分析的彝药两头毛治疗胆汁淤积型肝损伤药效及机制研究

采用网络药理学结合分子对接技术,多元数据融合分析彝药两头毛治疗胆汁淤积型肝损伤的作用机制,并进行相关药效验证.通过构建"成分-靶点"网络,蛋白相互作用网络,利用DAVID 6.8数据库进行KEGG通路富集分析,借助Cytoscape 3.7.1软件构建"成分-靶点-通路"网络,将活性成分与核心靶点进行分子对接验证,并建...     

黄连治疗新冠肺炎的作用机理——基于网络药理学方法和分子对接技术

基于网络药理学方法和分子对接技术,初步探索了黄连治疗新冠肺炎（COVID-19）的作用机理.使用中草药系统药理学平台筛选黄连的有效活性成分与作用靶点,GeneCards和OMIM数据库筛选COVID-19的疾病靶点,R软件筛选药物与疾病的共同靶点,并利用Cytoscape软件构建“药物—活性成分—靶点—疾病”互作网络,STRING数据库构建共同靶点蛋白互作网络,ClueGo软件对共同靶点进行基因功能分析,R软件对共同靶点进行KEGG通路富集分析,然后将黄连有效成分中的核心成分与其治疗COVID-19的主要靶点进行分子对接.结果表明,黄连的有效活性成分共14种,靶点共235个;COVID-19的相关基因共341个;黄连治疗COVID-19的关键靶点包括VEGFA,IL6,POR,PLAT.分子对接结果显示,黄连中核心化合物榭皮素与PLAT,VEGFA,IL6对接效果良好.     

基于网络药理与分子对接技术的乌梅清润茶防治咽喉疾病作用机制研究

采用网络药理学与分子对接技术筛选乌梅清润茶防治咽喉疾病的主要活性成分并研究其作用机制.利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)及文献挖掘的方式筛选乌梅清润茶活性成分及作用靶点,与OMIM和GeneCards数据库筛选咽喉疾病靶基因取交集获取潜在作用靶点.采用Cytoscape(3.7.1)软件建立"化合物-靶点网络"并进行分析,使用String数据库构建蛋白互作网络(PPI)并分析,采用AutoDock Vina进行分子对接筛选关键活性成分,采用DAVID(6.8)数据库进行GO和KEGG富集分析作用机制.筛选得到94种活性成分,潜在靶点339个,结果提示乌梅清润茶防治咽喉疾病主要活性成分包括quercetin、ursolic acid、beta-sitosterol、fortunellin、aloe-emodin, naringenin、luteolin、ellagic acid等,作用于INS、AKT1、IL6、VEGFA、MAPK3、CASP3、EGFR、CXCL8等关键靶基因.GO功能富集分析得到GO条目720个(p0.05),KEGG通路富集筛选得到131条信号通路(p0.05),涉及TNF、HIF-1、Toll-like receptor、T cell receptor、NF-κB、FoxO、PI3K-Akt、NOD-like receptor、VEGF等信号通路.分子对接结果显示quercetin、luteolin、ursolic acid、beta-sitosterol、fortunellin、aloe-emodin等关键化合物与靶蛋白有较好的结合力.本研究采用网络药理学与分子对接技术分析了乌梅清润茶防治咽喉疾病的活性成分和作用机制,为后续实验研究提供了参考.     

基于网络药理学和分子对接探究三棱-莪术抗乳腺癌的作用机制

运用网络药理学和分子对接探究三棱-莪术药对抗乳腺癌的有效活性成分及分子机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台检索并筛选出三棱、莪术的有效活性成分和对应作用靶点,运用OMIM数据库、GeneCards数据库检索乳腺癌的疾病靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件绘制药物-成分-疾病-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein- protein interaction,PPI)网络,使用Cytoscape中MCODE插件进行分析并筛选出前10个核心靶点。借助DAVID数据库对作用靶点进行基因本体及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析,并绘制成分-靶点-通路网络图。最后通过AutoDock Vina等软件进行分子对接,验证核心成分与核心靶点的相互作用。结果表明,通过筛选得出7种活性成分、73个作用靶点,三棱-莪术与乳腺癌共同靶点43个。核心成分为常春藤皂苷元、β-谷甾醇、芒柄花黄素、豆甾醇、反式软骨酸,PPI网络显示其核心靶点为JUN、CASP3、PTGS2、ESR1、MPK14、PPARG、SIRT1、NOS3、TGFB1、NOS2。KEGG富集分析得到72条通路,根据P值筛选出与乳腺癌相关的前20条,主要涉及PI3K-Akt通路、VEGF通路、p53通路、MAPK通路等。分子对接显示活性成分与核心靶点之间有较好的结合力。研究表明三棱-莪术药对抗乳腺癌具有多成分、多靶点、多通路的特点,为该药对在临床中的应用提供了理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨黄秦艽治疗炎症性肠病作用机制

通过中药网络药理学,预测及筛选黄秦艽活性成分和作用靶点,并通过分子对接技术和细胞实验验证了黄秦艽治疗炎症性肠病(IBD)的潜在靶点.结果从黄秦艽中获得14个活性成分,成分对应的潜在靶点共有278个,获得IBD疾病靶点1445个,交集后获得85个靶点,核心靶点42个,涉及32条主要生物过程,KEGG富集筛选出36条主要通...     

基于网络药理和分子对接预测复方紫银软膏治疗糖尿病足溃疡的作用靶点

利用网络药理和分子对接技术,探讨复方紫银软膏治疗糖尿病足溃疡的活性成分和潜在分子机制.采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库获取方中七味药的化学成分及其相关靶点.在GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank数据库中搜集糖尿病足溃疡相关靶点,提炼出二者的交集靶点.运用Cytoscape 3.9.1软件和String数据库绘制“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络,并筛选出核心成分和关键靶点.借助Metascape数据库对靶点进行GO和KEGG分析,运用Autodock软件以及Pymol软件进行分子对接验证和展示.结果发现,复方紫银软膏治疗糖尿病足溃疡的关键活性成分为槲皮素、绿原酸、芹菜素、山柰酚、木犀草素.从靶蛋白的角度,排名前5位的是PTGS2、HSP90AB1、PTGS1、AR、DPP4;GO富集分析提示主要包括炎症反应、细胞因子和蛋白酶受体结合等生物过程. KEGG通路主要涉及AGE-RAGE、MAPK信号通路和PI3KAkt等信号通路.分子对接结果表明复方紫银软膏中主要活性成分与关键靶点PTGS2、HSP90AB1、PTGS1、AR和DPP4具有较稳定的结合活性...     

基于网络药理学和分子对接探讨桂芍镇痫片治疗颞叶癫痫的作用机制

基于网络药理学研究桂芍镇痫片抗颞叶癫痫的作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台检索桂芍镇痫片的有效成分和作用靶点，使用Uniprot数据库进行标准基因名转化；通过OMIM,GeneCards和DrugBank数据库检索颞叶癫痫相关的疾病靶点，使用维恩图获得桂芍镇痫片治疗颞叶癫痫的交集靶点；运用Cytoscape 3.8.2软件构建药材-成分-靶标网络图，分析核心成分和关键分子靶点；使用基因本体富集和京都基因与基因组百科全书分析靶点的生物学过程和相关通路；使用前三个关键靶点与其对应的前两个核心化合物进行分子对接验证。通过筛选，共获得127个有效成分和46个相关靶点，其中，β-谷甾醇、槲皮素、山柰酚等14个成分发挥核心作用，涉及CALM1、SCN5A、GSK3B等11个关键靶点。抗癫痫作用主要涉及膜电位调节、药物响应等生物学过程，突触后膜和树突等细胞组成，离子通道和钙调蛋白等分子功能，神经活性配体-受体相互作用、尼古丁成瘾等相关通路。分子对接结果显示CALM1、SCN5A、GSK3B三个靶点分别和对应的核心化合物有较好的结合能力。桂芍镇痫片通过减轻氧化损伤和保护神经元，影响离子通道和...     

基于网络药理学和分子对接技术研究艾叶对黑色素瘤的作用机制

基于网络药理学和分子对接技术探讨中药艾叶治疗黑色素瘤的作用机制.通过中药系统药理学数据库和分析平台筛选出艾叶的有效成分,通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库查找与黑色素瘤相关的靶点.采用Cytoscape3.7.1软件,构建"药物-成分-靶点-疾病"网络图,借助STRING数据库平台构建蛋白质相互作用网络.并采用分子对接技术将主要活性成分槲皮素与FOS、HIF1A、IL-6、JUN、MAPK1、RELA进行分子对接.最后利用皮肤黑素瘤A375细胞模型进行体外实验验证,结果表明艾叶可能主要是通过其活性成分槲皮素实现其抗黑色素瘤的作用.     

基于网络药理学和分子对接探究威灵仙治疗类风湿性关节炎的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探究威灵仙治疗类风湿性关节炎的作用机制。中药系统药理学数据库与分析平台、PubChem、SwissTargetPrediction数据库筛选威灵仙的活性成分及其作用靶点;OMIM、GeneCards数据库预测类风湿性关节炎的靶点;Venn图获取威灵仙-类风湿性关节炎的交集靶点;STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络后导入Cytoscape3.7.1获取核心靶点;DAVID数据库进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析; AutoDock Vina1.5.6对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。威灵仙中的关键活性成分齐墩果酸、β-谷甾醇、豆甾醇、3-表齐墩果酸作用于MAPK3、PTGS2、CYP19A1等核心靶点,通过调控花生四烯酸代谢通路、卵巢类固醇生成等发挥治疗类风湿性关节炎的作用,分子对接结果显示关键活性成分与核心靶点具有较好的结合活性。该研究初步探讨了威灵仙治疗类风湿性关节炎的关键活性成分、核心作用靶点及其相关通路,为威灵仙的临床应用提供参考。     

基于网络药理学方法探究中药肉桂治疗糖尿病的作用机制

运用网络药理学方法和生物信息学技术,预测中药肉桂治疗糖尿病的药效成分及关键靶点,分析其作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）以及文献检索,确定肉桂的有效成分并筛选出肉桂对应靶点蛋白;利用GeneCards数据库筛选糖尿病相关基因,构建中药肉桂的成分-靶点网络和蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络;利用DAVID(Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery)和STRING数据库进行基因本体（gene ontology,GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析;最后,将部分药效成分与关键靶点进行分子对接验证。通过筛选,得到32个有效成分作用于131个相关靶点,核心基因有INS、AKT1、IL6、TNF、VEGFA等20个,GO和KEGG分析肉桂主要参与RNA聚合酶II启动子对转录的正调控等生物过程及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路等发挥治疗作用。对10个关键成分进行分子对接得出,肉桂中的原花青素B1和槲皮素与INS、IL6、VEGFA、TNF有较好的亲和力。本研究初步阐释了肉桂治疗糖尿病的作用机制,有利于指导临床用药。     

基于网络药理学探讨尪痹方治疗类风湿性关节炎的机制

基于网络药理学方法探讨尪痹方治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的潜在机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台筛选出尪痹方的化学成分及作用靶点,GeneCards数据库检索RA相关靶点,维恩图获取药物与疾病交集靶点,利用STRING数据库得到蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络信息,使用Cytoscape构建药物-有效成分-靶点-疾病网络与PPI网络图,通过DAVID数据库对共同靶点进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分析。使用SYBYL-X 2.1.1软件进行分子对接验证。经过筛选得到32个有效成分及99个相关靶点,核心靶点为IL-6、TNF、AKT1、VEGFA、PTGS2等。GO功能富集分析主要涉及RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程,KEGG通路富集分析主要涉及TNF信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等信号通路。分子...     

基于网络药理学方法探究中药肉桂治疗糖尿病的作用机制

运用网络药理学方法和生物信息学技术,预测中药肉桂治疗糖尿病的药效成分及关键靶点,分析其作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）以及文献检索,确定肉桂的有效成分并筛选出肉桂对应靶点蛋白;利用GeneCards数据库筛选糖尿病相关基因,构建中药肉桂的成分-靶点网络和蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络;利用DAVID(Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery)和STRING数据库进行基因本体（gene ontology,GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析;最后,将部分药效成分与关键靶点进行分子对接验证。通过筛选,得到32个有效成分作用于131个相关靶点,核心基因有INS、AKT1、IL6、TNF、VEGFA等20个,GO和KEGG分析肉桂主要参与RNA聚合酶II启动子对转录的正调控等生物过程及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路等发挥治疗作用。对10个关键成分进行分子对接得出,肉桂中的原花青素B1和槲皮素与INS、IL6、VEGFA、TNF有较好的亲和力。本研究初步阐释了肉桂治疗糖尿病的作用机制,有利于指导临床用药。