基于PC/Linux的分子生物信息数据库查询系统

随着人类基因组计划等大型国际项目的实施，分子生物信息的研究、开发和应用已经成为当前一个前沿领域和研究热点．ＤＮＡ序列测定技术的完善和应用，使核酸序列数据库迅速增长国际上著名的３大核酸序列数据库ＥＭＢＬ，ＧｅｎＢａｎｋ和ＤＤＢＪ的数据量以指数曲线增长．与此同时，国际上两大著名的蛋白质序列数据库ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ和ＰＩＲ的数据量也随之增长．Ｘ射线衍射和核磁共振结构测定技术的改进，使蛋白质空间结构测定的速度加快．ＰＤＢ数据库中以蛋白质为主的生物大分子结构数据已达１万多套．此外，Ｍｅｄｌｉｎｅ等文献摘要…     

带有preS抗原决定簇的乙肝表面抗原的DNA免疫研究

构建了３种融合了ｐｒｅＳ抗原决定簇的乙肝表面抗原的表达质粒。在ＣＯＳ－Ｍ６细胞中暂时表达的结果显示,在ＣＭＶ启动子转录调控下融合基因表达的蛋白可以有效地分泌至细胞外,并且同时具有ＨＢｓＡｇ,ｐｒｅＳ１和ｐｒｅＳ２抗原性。带有ｐｒｅＳ抗原决定簇顺序的质粒ＤＮＡ直接免疫ＢＡＬＢ／ｃ小鼠后,能诱发小鼠产生抗Ｓ抗体,抗体滴度高于仅带有Ｓ基因的表达质粒。     

L~*中的典型赋值中介与公理系统的简化

出于为模糊推理奠定逻辑基础之需要,文献[1]提出了形式系统Ｌ.基于此文献[2～4]从语义的角度为ＦＭＰ及ＦＭＴ建立了严格的逻辑依据.为从语构的角度开展进一步的工作,本文首先证明了Ｌ中Ｆ(Ｓ)的典型赋值中介[Ｆ]的结构定理,然后将Ｌ中的14条公理作了简化,得出了仅含9条公理的等价系统Ｌ°.设Ｓ是无限集,是一元运算,∨与→是二元运算,以Ｆ(Ｓ)记由Ｓ生成的(,∨,→)型自由代数.称由Ｆ(Ｓ)、文献[1]中的14条公理(Ｌ1),(Ｌ3)—(Ｌ6),(Ｍ1)—(Ｍ9)以及ＭＰ规则与交推理规则组成的系统为Ｌ.设Ａ,Ｂ∈Ｆ(Ｓ),定义Ａ～Ｂ　　当且仅当├(Ａ→Ｂ)且├…     

用体内足迹法研究MEL细胞中红系调控元件上DNA-蛋白质相互作用

应用连接介导ＰＣＲ方法研究了ＭＥＬ细胞诱导前后细胞中β－珠蛋白基因簇中高敏位点２和βｍａｊ启动子上蛋白－ＤＮＡ间的相互作用，首先培养ＭＥＬ细胞并用ＭＤＳＯ和Ｈｅｍｉｎ诱导分化，用硫酸二甲酯对活细胞进行体内化处理，化学法裂解后，进行体内足迹研究，结果表明，在ＭＥＬ细胞诱导前后，其位点控制区高敏位点２及βｍａｊ启动子上的ＤＮＡ蛋白质间相互作用状况都有显著的变化，提示β－珠蛋白基因族中的远端调控序列（Ｌ     

人和鼠GRY-RBP cDNA的克隆

通过筛选人胎儿脑ｃＤＮＡ文库，克隆了编码一个新的ＲＮＡ结合蛋白的人ｃＤＮＡ，命名为ＧＲＹ－ＲＢＰ，人ＧＲＹ－ＲＢＰ ｃＤＮＡ的长度为２９３２ｂｐ，编码一个具６２３个氨基酸，分子量为６９．６ｋｕ的ＲＮＡ结合蛋白。ＧＲＹ－ＲＢＰ蛋白含有３个ＲＮＡ识别基序（ＲＮＡ Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｍｏｔｉｆｓ，ＲＲＭｓ）和一个富含甘氨酸（Ｇ）、精氨酸（Ｒ）、酷氨酸（Ｙ）的羧基端，经数据库比较发现该蛋白与许多ＲＲ     

EPO激活HEL细胞内CREB转录因子

ＣＲＥＢ（ｃＡＭＰｒｅｓｐｏｎｓｅｅｌｅｍｅｎｌｔｉｎｄｉｎｇｐｒｏｔｅｉｎ）是一种细胞核内转录因子，激活的ＣＲＥＢ能与特异调控元件ＣＲＥ（ｃＡＭＰｒｅｓｐｏｎｓｅｅｌｅｍｅｎｔ）结合研究结果显示，ＥＰＯ（Ｅｒｙｔｈｒｏｐｏｉｅｎｔｉｎ）诱导ＨＥＬ细胞（ＵＭＡＮＥＲＹＴＨＲＯＬＥＵＫＥＭＩＡＣＥＬＬ）２０ｍｉｎ后分子筛的ＨＥＬ细胞核内ＣＲＥＢ的１３３位丝氨酸残基被磷酸化，并具有转录因子功能，用１３     

酶的研究与生命科学(一)：酶本质的理解和认识

酶是生物催化剂,通过催化化学反应而参与了几乎所有生命过程,因此对酶的研究既深化了对生命现象的理解和认识,又为相关疾病治疗提供了新方案。1897年无细胞酵母发酵的发现启动了现代酶学研究的序幕,随后几十年先后分离并合成辅酶,证明酶的本质为蛋白质,发现了具有催化功能RNA等,此外,通过解析核糖核酸酶结构而阐明一级结构决定高级结构以及结构与活性之间的关联等,这些成果极大地拓展了人们对酶本质的理解和认识,做出卓越贡献的科学家也因此荣获诺贝尔奖。     

白鲫鱼金属硫蛋白全长cDNA: MT-A, MT-B的克隆及其基因分型

应用阻抑性ＲＡＣＥ方法克隆得到白鲫鱼的两个ＭＴ全长ｃＤＮＡ（ＭＴ－Ａ和ＭＴ－Ｂ），它们可读框间的同源性为９２．３％，用封闭式充氮层析系统得到高纯度的两个白鲫鱼肝ＭＴ蛋白，并用Ｅｄｍａｎ法测定了Ｎ－端氨基酸序列。据此证明了ＭＴ－Ｂ是表达ＭＴ－２蛋白的基因，ＭＴ－Ａ是表达ＭＴ－１蛋白的基因。此外测序过程中发现ＭＴ－１的Ｎ－端被封闭，而ＭＴ－２则是非封闭的。这提示它们在转录及翻译后调控机制的不同。白鲫鱼     

钙调神经磷酸酶催化结构域的活性和性质

钙调神经磷酸酶（Ｃａｌｃｉｎｅｕｒｉｎ，ＣＮ）是唯一的Ｃａ＾２＋／钙调素（Ｃａｍｏｄｕｌｉｎ，ＣａＭ）信赖的蛋白磷酸酶，由催化亚基Ａ（ＣＮＡ，６１ｋｕ）和调节亚基Ｂ（ＣＮＢ，１９ｋｕ）１：１组成。用ＰＣＲ方法构建了仅含ＣＮＡ催化结构域的编码区ｃＤＮＡ序列。经在Ｅ．ｃｏｌｉ中诱导表达，纯化，制备了ＣＮＡ催化结构域多肽。以ＰＮＰＰ为底物，研究了其磷酸酶活力。结果表明，在有ＣａＭ和ＣＮＢ时，其活性为ＣＮ     

高等真核低频磁场作用后特异反应基因的克隆及鉴定

极低频磁场（ＥＬＦＭＦ）生物学效应的机理研究是当前生物电磁学中迫切需要解决的问题，为探索ＥＬＦＭＦ的特异反应基因及这些基因的结构与功能，用ｍＲＮＡ差异显示技术对受ＥＬＦＭＦ辐照与假辐照的Ｄａｕｄｉ细胞内的ｍＲＮＡ进行了检测，筛选到一个受ＥＬＦＭＦ诱牵ＤＤ片段，反向Ｎｏｒｔｈｅｒｎ及Ｎｏｒｔｈｅｒｎ鉴定进一步证实系磁场导所致，经克隆测序及与ＧｅｎｅＢａｎｋ同源性比较表明该基因片段（ＭＦ－ＣＡ）是人细     

边界元法与广义Langevin动力学相结合的模拟方法

提出了将水化力加到广义Ｌａｎｇｅｖｉｎ方程中的新的模拟方法（ＧＬＤＢＥＭ）。水化力通过边界元方法（ＢＥＭ）求出，包括溶质分子与表面诱导电荷的Ｃｏｕｌｏｍｂ相互作用和溶剂对分子表面的压力，摩擦记忆函数采用指数模型。以环苞霉素Ａ（ＣＰＡ）为研究对象，并将ＧＬＤＢＥＭ模拟结果与分子动力学（ＭＤ）模拟和通常的随机动力学（ＳＤ）模拟结果作了比较。结果表明ＧＬＤＢＥＭ模拟方法对研究分子的结构和动力学性质均比Ｓ     

高等真核细胞受极低频磁场作用后特异反应基因的克隆及鉴定

极低频磁场（ＥＬＦ ＭＦ）生物学效应的机理研究是当前生物电磁学中迫切需要解决的问题．为探索 ＥＬＦ ＭＦ的特异反应基因及这些基因的结构与功能，用 ｍＲＮＡ差异显示技术（ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｄｉｓｐｌａｙ， ＤＤ）对受ＥＬＦ ＭＦ辐照与假辐照的Ｄａｕｄｉ细胞内的ｍＲＮＡ进行了检测，筛选到一个受ＥＬＦ ＭＦ诱导表达的ＤＤ片段（＞１ｋｂ），反向Ｎｏｒｔｈｅｒｎ及Ｎｏｒｔｈｅｒｎ鉴定进一步证实系磁场诱导所致．经克隆测序及与ＧｅｎｅＢａｎｋ同源性比较表明该基因片段（ＭＦ－ＣＡ）是人细胞中新发现的受磁场诱导的反应基因。     

人纺锤体素cDNA 的克隆定位和组织表达谱分析

纺锤体是细胞有丝分裂及配子成熟分裂过程中特有的亚细胞结构，它的结构和功能物正常与直接影响生物个体的发育、分化、生长和繁殖、最近的研究表明，小鼠Ｍｏｓ／ＭＡＰＫ途径对纺锤体的作用与纺锤体素蛋白的磷酸化过程密切相关，采用同源筛选方法从人睾丸ＣＤＮＡ分子克隆到一个与小鼠纺锤体素基因编码序列高度同源，长１９２９ｂｐ的ｃＤＮＡ片段，计算机软件分析发现，该ｃＤＮＡ的２７１－９８４ｎｔ是一个完整的开放阅读框（Ｏ     

人β-簇珠蛋白基因上游远侧端调控元件与GATA转录因子结合模式

用羟基脲诱导ＨＥＬ细胞，将诱导前后细胞核内蛋白质因子与人β－类珠蛋白基因ＬＣＲ调控元件内ＤＮａｓｅⅠ超敏感点Ⅲ和Ⅳ核心ＤＮＡ序列（ＨＳ３－１４７１６－－１４９９１ＢＰ和ＨＳ４－１８３０６－１８５８６ＢＰ）的结合模式进行了分析，Ｗｅｓｔｅｒｎｂｌｏｔ分析结果表明，随着羟基脲诱导ＨＥＬ细胞时间的延长，细胞核内ＧＡＴＡ－２的含暧渐减少；与之相反，ＧＡＴＡ－１的含量却随着诱导的时间而增加。结合竞争性ＥＭＳ     

白鲫鱼金属硫蛋白全长cDNA: MT-A, MT-B的克隆及其基因分型

应用阻抑性ＲＡＣＥ方法克隆得到白鲫鱼的两个ＭＴ全长ＣＤＮＡ（ＭＴ－Ａ和ＭＴ－Ｂ），它们可读框间的同源性为９２．３％．用封闭式充氮层析系统得到高纯度的两个白鲫鱼肝ＭＴ蛋白，并用Ｅｄｍａｎ法测定了Ｎ－端氨基酸序列．据此证明了ＭＴ－Ｂ是表达ＭＴ－２蛋白的基因，ＭＴ－Ａ是表达ＭＴ－１蛋白的基因．此外测序过程中发现ＭＴ－１的Ｎ－端被封闭，而ＭＴ－２则是非封闭的，这提示它们在转录及翻译后调控机制的不同．白鲫鱼ＭＴ两基因的核酸序列和尾部非翻译区长度的差异（ＭＴ－Ａ约１５０ ｈｐ， ＭＴ－Ｂ约３６０ ｂｐ），以及两 ＭＴ蛋白亚型的Ｎ－端封闭情况的不同，都为解释它们在组织中分布及其功能的差异性提供了线索．     

分子计算机能取代传统计算机吗?

分子计算计划就是尝试利用分子计算的能力进行信息的处理。换言之 ,就是尝试用分子发展多用途计算机。 1994年 ,Ｌ·阿德拉曼 (Ｌ .Ａｄｌｅｍａｎ)发表了用生物分子 (ＤＮＡ)制造多用途计算机的突破性论文 ,这时分子计算的思想才算真正确立。此后 ,利用ＤＮＡ分子进行计算被普遍称作“ＤＮＡ计算”。除了阿德拉曼所用的方法之外 ,人们曾通过多种途径探索过分子水平上的信息处理 ,但ＤＮＡ计算与先前其他方法的本质区别在于 :它旨在基于普通计算的理论而建造多用途的计算机。这似乎是由ＤＮＡ分子的特性所决定的 ,这种特性就是四个天然碱基…     

高分子催化剂

高分子催化剂,是对化学反应具有催化作用的高分子.在生物体内所进行的化学反应,几乎全部是酶催化的.酶是由各种氨基酸连结组成的高分子,有的还含有金属离子(金属酶).因此,酶可以说是天然高分子催化剂.酶和一般的催化剂所不同的特点是在常温常压的温和条件下,具有很高的活性和选择性.如     

利用SSH技术研究小鼠淋巴组织中与束缚应激相关的基因

利用差异表达基因克隆技术减数杂交法,筛选束缚应激诱导小鼠淋巴组织特异表达或高表达基因。获得了应激状态下差异表达的ｃＤＮＡ片段,克隆化后挑选克隆测序。狭窄杂交结果表明Ｌ３６和Ｌ７两个克隆为应激诱导特异高表达的ｃＤＮＡ片段。经ＧｅｎＢａｎｋ检索,Ｌ７克隆只有片段同源序列而无全长同源序列,提示可能来自新基因。用ｏｒｔｈｅｒｎ杂交估算Ｌ３６和Ｌ７的转录基因分别为８００和７００ｂｐ。     

人ε-珠蛋白基因5''''旁侧调控元件与核基质蛋白相互作用

运用凝胶电泳阻抑法揭示了在活跃表达人ε－珠蛋白基因的Ｋ５６２细胞内存在一个红细胞专一的核基质蛋白（简称ε－ＮＭＰｋ），它能专一地与正调控元件ε－ＰＨＥⅡ　ＤＮＡ（－４４６～－４１９ｂｐ）相结合，Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔｅｒｎ ｂｌｏｔｔｉｎｇ分析表明，ε－ＮＭＰｋ是由 ２个分子量约为４０ｋｕ的亚基所组成．还发现在 Ｋ５６２，ＨＥＬ和 Ｒａｊｉ细胞中都至少存在着１个核基质蛋白，它们能与ε－珠蛋白基因 ５’旁侧 ＤＮＡ序列内的沉默子 ＤＮＡ（ｓｉｌｅｎｃｅｒ，－３９２～－１７７ｂｐ）相结合，它们的结合区带（ｂａｎｄ Ｋ与ｂａｎｄＨ／Ｒ）位置并不完全相同，推测在ＨＥＬ和Ｒａｊｉ细胞内可能共同存在着一个与沉默子ＤＮＡ专一结合的核基质蛋白．实验结果表明，核基质蛋白可能积极参与了人ε－珠蛋白基因时空表达的调控．     

人ε-珠蛋白基因5''旁侧调控元件与核基质蛋白相互作用

运用凝胶电泳阻抑法揭示了在活跃表达人ε－珠蛋白基因的Ｋ５６２细胞内存在一个红细胞专一的核基质蛋白（简称ε－ＮＭＰｋ）,它能专一与正调控元件ε－ＰＲＥ－ⅡＤＮＡ（－４４￣４１９ｂｐ）相结合,Ｓｏｕｔｈｗｅｓｔｅｒｎ ｂｌｏｔｔｉｎｇ分析表明,－ε－ＮＭＰｋ是由２个分子量约为４０ｋｕ的亚基所组成,还发现在Ｋ５６２,ＨＥＬ和Ｒａｊｉ细胞中都至少存在着１个核基质蛋白,它们能ε－珠蛋白基因５′旁侧ＤＮＡ序列