中国4个两性生殖卤虫品系的ISSR指纹分析

根据微卫星DNA序列设计了10种ISSR引物，对中国4个两性生殖卤虫品系的亲缘关系进行了分析．用10种ISSR引物对卤虫基因组DNA进行扩增，共获得188条清晰稳定的条带，75个基因座位，其中有99条多态性片段，53个多态性座位，片段长度在2000-150bp之间．聚类分析结果表明：3个内蒙品系卤虫亲缘关系较近，当遗传相似系数为0．5333时，明显把来自内蒙古和西藏的卤虫分为2个类群．     

用CODEHOP设计简并引物克隆杜氏盐藻hog1基因片段

根据NCBI上已经报道的hog1序列,利用简并引物在线设计工具CODEHOP设计出两对简并引物,通过巢式PCR扩增,得到一段大小为635 bp的基因片段,将其克隆到T载体上并测序,将测得的序列在NCBI的Blast搜索发现,其与已报道的其他一些物种的hog1基因有同源性.用CODEHOP程序化设计简并引物可信性强,阳性率高.该基因的成功克隆为研究杜氏盐藻的HOG信号途径奠定了基础.     

工业枯草芽孢杆菌碱性蛋白酶基因克隆及分析

以工业用枯草杆菌为样品,根据对已发表的碱性蛋白酶基因信息设计简并引物,PCR扩增克隆碱性蛋白酶基因。结果:获得1100bp的完整基因序列,该基因编码363个氨基酸残基的蛋白质序列;测序结果经blastx同源比对后,与已报道碱性蛋白酶基因相似性高度一致。     

简并引物法克隆保加利亚乳杆菌β-N-乙酰氨基己糖苷酶基因

β-N-乙酰氨基己糖苷酶(β-Hexcase)在细菌、植物和动物中广泛存在,具有典型的外切酶活性并可以催化切除β-N-乙酰氨基己糖的非还原性氨基己糖残基,在细菌细胞分裂中具有重要作用.选取与保加利亚乳杆菌LJJ亲缘关系近的菌种的β-N-乙酰氨基己糖苷酶蛋白序列,利用ICO-DEHOP和CODEHOP在线简并引物设计软件设计β-Hexcase简并引物,选取Hex1-f和Hex1-r引物对,以LJJ基因组DNA为模板经PCR扩增得到614 bp产物.PCR产物连接pGEM-T质粒载体后克隆至大肠杆菌DH5α中,筛选阳性克隆提取质粒进行测序.测序结果显示产物长度为614 bp,该DNA序列经blastx比对发现与其他已知β-Hexcase基因具有相似性,表明所克隆的序列即为LJJβ-Hexcase的基因片段.β-N-乙酰氨基己糖苷酶基因的获得为进一步研究β-N-乙酰氨基己糖苷酶与保加利亚乳杆菌自溶的关系奠定了基础.     

基于CODEHOP的欧李钙调蛋白基因片段的克隆

为克隆欧李钙调蛋白基因序列,本研究采用CODEHOP方法设计了一对简并引物,F1:5'-GGCTGACCAACTGACCga(c/t)ga(c/t)ca(a/g)at-3';F2:5'-CACGTCAGCCTCTCTGatcat(c/t)tc(a/g)tc-3';并采用传统简并引物设计方法设计了简并引物N1:5’-AAATGGC(A/C/G)GATCAGCT(A/C/T)AC-3’;N2:5:’-CACTT(A/G)GCCATCATGAC(C/T)TT-3’.从欧李的幼苗组织中成功克隆出了钙调蛋白基因片段,并第一次完成了对该序列的测序.通过利用NCBI的Blast进行分析等方法证实了该序列与其他植物的钙调蛋白序列具有高度的同源性,该序列与梅花、桃、甜樱桃的钙调蛋白序列同源性都在90%以上.研究证明CODEHOP软件相比传统的设计简并引物的方法具有可信性和高效性,并且钙调蛋白目的基因的成功克隆对钙调蛋白以及欧李高钙特性的研究提供了基础数据.     

中国卤虫actin基因的实时荧光定量PCR方法的建立和优化

根据GenBank中卤虫actin基因的保守区域序列设计井合成一对引物，采用SYBR Green Ⅰ作为染料建立了实时荧光定量PCR（real—time fluorescence quanfitative PCR）方法．以Ct值为纵坐标，以稀释倍数的对数为横坐标，建立标准曲线，其相关系数达到了0．999．溶解曲线分析显示产物为单一的特异峰，Tm为83.6℃，结果表明：本实验建立的中国卤虫actin基因的实时荧光定量PCR法扩增效率高、特异性强、线性范围广、检测周期短，为actin基因作为内参基因进行卤虫早期胚胎发育基因表达的定量分析奠定了基础．     

盐生杜氏藻Ugd基因的cDNA克隆及序列分析

作者对不同物种Ugd基因的同源序列进行相似性分析后设计一对兼并引物，利用RTPCR技术获得一条200bp左右的片段，测序分析显示其同芋头(Colocasia esculenta)的Ugd基因的编码区有71．7％的相似性．然后再以此片段为模板设计引物，通过RACE技术获得盐生杜氏藻Ugd基因的全长序列．经克隆测序作blastx分析发现其同芋头(Colocasia esculenta)、大豆(Soybean)、水稻(Oryza sativa)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)的Ugd基因有78％到81％的同源性．     

盐生杜氏藻cbr基因的克隆

首先对其他物种cbr／elip基因的同源序列进行相似性分析,设计一对简并引物,利用TR—PCR技术获得-250bp的片段,经克隆测序分析发现其同D．bardwail的cbr基因有67．0％的同源性,然后再以此片段为模板设计引物,通过RACE技术构建盐生杜氏藻cbr基因的全长序列．     

赤麂Sry基因的定位及Y染色体的鉴别

应用流式细胞仪分离赤麂的1,Y1,Y2染色体,通过简并寡核苷酸引物聚合酶链式反应(DOP-PCR)增加模板数量.用人的性别决定基因HMG框内设计1对引物进行PCR扩增.在雄性赤麂Y2染色体DOP-PCR产物中扩增出与人SRY基因同源的Sry基因片段,经克隆测序后,初步证明赤麂Y2染色体是真正的Y染色体,同时对赤麂Sry基因进行了初步定位.     

兔肌肉生长抑制素基因的cDNA克隆及初步分析

以兔骨胳肌为实验材料,构建了兔骨骼肌cDNA文库,根据该基因保守序列,设计简并引物,利用RT-PCR技术,克隆了兔MSTN基因EST片段,以EST片段为探针,应用Southern杂交技术筛选文库,克隆了兔肌肉生长抑制素基因全长cDNA并在GenBank注册(注册号:AY169410).用生物信息学方法对该基因进行了比较分析,表明从氨基酸序列及进化角度兔和其他哺乳类生物的肌肉生长抑制素基因之间关系密切.     

日本绒螯线粒体DNA序列研究Ⅱ.1.16rRNA

参考果蝇、卤虫与锯缘青蟹的线粒体ＤＮＡ １６ＳｒＲＮＡ基因序列进行了日本绒螯蟹相同基因片段的引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定,得到５６７ｂｐ的咸基序列,其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为１９４ｂｐ（３４．２２％）、２１６ｂｐ（３８．１０％）、９８ｂｐ（１７．２８％）５９ｂｐ（１０．４１％）,与果蝇、卤虫及锯缘青蟹类的１６ＳｒＲＮＡ基因片序列含量相似。     

橘青霉全局性调控因子Pci-veA基因的克隆与分析

克隆和分析橘青霉Penicillium citrinum的全局性调控因子Pci-veA基因.设计简并引物,用PCR扩增获得Pci-veA基因的核心片段,利用RACE和TAIL-PCR技术对核心片段的3’和5’末端进行延伸,将获得的3个片段进行拼接并设计引物,克隆得到完整的Pci-veA基因.结果表明:Pci-veA基因全长1 774bp,包含一个70bp的内含子,cDNA序列为1 704bp,编码567个氨基酸;Pci-veA与多种已报道的真菌veA基因具有较高的同源性,且含有veA基因特定的双组份核蛋白定位信号区NLSI和Pat7定位信号区域.这些结果为进一步研究P.citrinum中美伐他汀生物合成的全局调控机理奠定了基础.     

桃抗病基因同源序列的克隆与分析

根据已克隆的STK类抗病基因的保守区设计简并引物对4个不同桃的基因组DNA进行PCR扩增,将获得的扩增片段的回收产物,应用pGEM-T easy裁体试剂盒进行了目的基因片段的克隆.随机挑取若干单克隆经PCR鉴定确认后,进行测序,共获得11个各不相同的片段序列.氨基酸序列分析中,有6个片段能推导出完整的氨基酸序列.除了两侧都基本具有STK类抗病基因产物的保守结构域.     

日本沼虾感光器Gqα基因的扩增及分析

采用分子生物学方法，提取日本沼虾感光器的总RNA，反转录成c DNA。根据Gq蛋白α亚基的保守序列设计简并引物，通过巢式PCR扩增出日本沼虾感光器Gqα基因的片段，并将该片段克隆到pMD 18-T载体上进行序列测定，结果显示此基因片段由369bp组成。翻译成氨基酸序列（123aa），Blast搜索结果比较该片段氨基酸序列与美洲鲎、美洲龙虾、冈比亚按蚊等6种动物的Gqα氨基酸保守序列具有高度同源性（83.74％～95％），其中与冈比亚按蚊的Gqα氨基酸序列同源性最高（95％）。     

利用CODEHOP设计简并引物克隆红色红曲霉丝氨酸羧肽酶基因片段和序列分析

利用CODEHOP(Consensus-Degenerate Hybrid Oligonucleotide Primers)软件设计了红色红曲霉丝氨酸羧肽酶基因片段的简并引物,选取1对简并引物进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),得到348 bp的聚合酶链式反应产物,经pMD18-T载体克隆转化至大肠杆菌DH5α中,测序后进行BLASTX比对,发现此DNA产物与其他丝氨酸羧肽酶基因序列有相似性,推断所克隆的产物即为红色红曲霉的丝氨酸羧肽酶基因片段.     

三种DNA条形码对卤虫分类和进化的比较研究

DNA条形码已成为物种分类和进化研究的有效工具.本研究开发了3种DNA条形码用于卤虫物种鉴定和进化关系研究,并分析比较了其有效性.通过对中国亚洲区域卤虫参考中心储存的48份卤虫卵样本进行DNA条形码检测和系统进化树构建,进一步完成对卤虫种的分类鉴定.结果表明:COI基因和16S-12S rRNA序列均可作为有效的卤虫D...     

扬子鳄DMRT1基因DM保守区的克隆及序列分析

DMRT1基因是DMRT基因家族的一个重要成员,在动物性别决定过程中发挥重要作用.本文参照人DMRT1基因DM保守区及有关文献,设计了一对简并引物,扩增了扬子鳄的DMRT1基因,并对扩增产物进行了亚克隆与测序.结果在雌雄扬子鳄个体中各获得一个预期的基因片段,长度为140bp,序列无性别差异性,命名为扬子鳄AsDMRT1基因.序列同源性分析表明,扬子鳄DMRT1基因DM盒区核苷酸序列与人和鼠相应基因的同源性分别为87%、86%;编码的氨基酸序列与人和鼠相应基因编码序列的同源性分别为95%、97%.充分显示了DMRT1基因在进化上的高度保守性.     

甘蓝抗病基因同源序列分离的初步研究

根据已分离植物抗病基因N(烟草)、RPS2(拟南芥)和L6(亚麻)的保守区域设计简并引物,从抗TuMV甘蓝材料84075第1链cDNA中扩增出1个与植物抗病基因同源的序列,经克隆测序结果表明,该基因片段与许多NBS类抗病基因同源,Southem杂交分析表明甘蓝抗病基因同源序列在基因组中以多基因家族的形式存在.     

甜菊(Stevia rebaudiana)糖基转移酶基因的克隆及序列分析

利用与植物次生代谢产物糖基化相关的UDPG糖基转移酶的特征性保护区域，设计了同源简并引物，以甜菊基因组DNA为模板，PCR扩增获得甜菊糖基转移酶基因片段，根据获得的基因片段设计引物GSTr和GSTf，分别与cDNA文库的T3和T7通用引物扩增获得全长核苷酸序列的甜菊糖基转移酶基因，定名为sud pt-2，该基因全长1662bp，包括poly(A)和一个1362bp的开放阅读框，编码454个氨基酸。与常见的糖基转移酶基因的相似性达44％-77％，且具有UDPG糖基转移酶的特征性保守序列。分子发育进化分析表明，此基因为类黄酮糖基转移酶基因家族成员。     

棉花转化酶基因保守片段的克隆及其序列分析

通过CODEHOP designer对已登陆GENEBANK的植物酸性转化酶基因序列的同源性分析,根据植物酸性转化酶基因保守区序列设计简并引物,以棉花总RNA为模板,通过RT-PCR方法得到cDNA,以此为模板通过PCR扩增得到片段长为1155bp的片段,将其克隆到加T载体上,经PCR和酶切鉴定筛选得到阳性克隆,并将阳性克隆进行测序,然后在GENBANK中进行blast检索。结果表明本研究克隆的棉花酸性转化酶基因片段编码的氨基酸与甜橙(BAF34362)、温州蜜桔(BAB82419)和梨(BAF35859)的液泡酸性转化酶基因编码的氨基酸的同源性分别为75%、75%和73%。因此,推测获得的基因片段定位于液泡。