YAP与肿瘤关系的研究进展

在Hippo信号通路中Yes相关蛋白(Yes-Associated Protein,YAP)是起主导作用的效应因子,在正常人体内该通路具有高度的保守性.Hippo-YAP信号通路是由一系列的蛋白质激酶和相关的转录因子组成,通过激酶反应发挥相对应的调控作用,能够控制细胞的凋亡与增殖、调控转录因子和控制器官的生长发育.Hippo-YAP信号通路发生异常或YAP过表达都会导致机体异常,进而导致肿瘤的产生.通过介绍YAP在肿瘤细胞中的表达情况以及所发挥的作用,来表明肿瘤与YAP之间的关系,从而为YAP在肿瘤治疗中提供有力的理论支持.     

影响口腔癌发生潜在MicroRNAs的生物信息学分析

为获得口腔癌组织和正常组织之间差异表达的miRNAs,从分子水平研究相关的miRNAs在肿瘤发生发展中的作用,从GEO数据库筛选并下载口腔癌及正常组织的基因芯片,运用GEO2R工具分析筛选口腔癌与正常组织间的差异表达miRNAs. 采用FunRich软件对将所得差异miRNAs进行GO功能注释、KEGG信号通路分析. 通过对GSE124566和GSE113956两个芯片数据进行分析,分别筛选得到109、1 079个差异表达miRNAs,分别包括41、673个上调基因和68、406个下调基因,筛选得到共同差异表达miRNAs有30个,其中上调16个,参与的生物过程主要有细胞间通讯等,细胞成分主要有细胞核等,分子功能主要有转录因子活性等;下调14个,参与的生物过程主要有信号转导等,细胞成分主要有细胞质等,分子功能主要有转录因子活性等. 通过对口腔癌芯片数据的生物信息学分析,发现30个差异表达miRNAs是口腔癌发生、发展的重要miRNAs,囊泡介导的转运,核苷酸的代谢等过程. 最后预测出了13 796个靶基因,并通过PPI互作分析筛选出了联系最紧密的10个靶基因.     

多泛素链延伸酶E4B对TLR信号通路的调节作用

研究多泛素链延伸酶E4B对TLR信号通路的影响.在HEK293T细胞中,通过双荧光报告系统检测E4B对TLR信号通路的影响,并且用免疫共沉淀的方法鉴定E4B的相互作用蛋白质.发现多泛素链延伸酶E4B能够抑制TLR通路的下游转录因子NF-κB和IRFs的转录活性,并且能与TRAF6发生相互作用.提示多泛素链延伸酶E4B可能参与TLR信号通路的调控,为TLR信号通路的研究提供新的线索.     

信号通路模型参数优化的非线性滤波方法

提出采用非线性滤波方法--平方根UKF估计信号通路模型的未知参数,利用协方差平方根代替协方差参加递推运算,保证了滤波算法的数值稳定性.以肿瘤坏死因子诱导的核转录因子κB信号转导网络为例,利用平方根UKF对系统模型的未知参数进行辨识.仿真结果表明,该非线性滤波方法能够从噪声数据中提取有效信号,提高了参数估计的精度,为解决复杂信号通路参数辨识中的不确定性问题提供了可靠的方法.     

MdmX在Axin-p53信号通路中的调控机制

鼠双微体基因X(MdmX)是肿瘤抑制因子p53信号通路中重要的负调控蛋白,它能与p53直接结合,抑制p53的转录活性.体轴发育抑制因子Axin作为构架蛋白与p53及同源结构域互作蛋白激酶2(HIPK2)等相互作用形成复合物,诱导p53的转录活化,共同促进细胞的凋亡.本研究将MdmX引入Axin-p53信号通路的调控中,发现MdmX通过竞争Axin与p53的结合,抑制Axin诱导p53的转录激活.p53结合区域缺失的MdmX突变体MdmXΔp53则不能抑制Axin对p53的激活.这些实验结果为进一步深入研究Axin-p53信号通路在细胞凋亡及肿瘤发生发展中的作用提供了重要的理论依据.     

肌营养不良蛋白dys参与调控Hippo信号通路

Hippo信号通路最早在黑腹果蝇中发现,现已被证明在哺乳动物中也是保守的.Hippo通路在器官发 育和组织稳态中起着重要作用,Hippo信号通路异常与许多癌症的发生相关.Hippo信号通路依赖于核心激酶级 联反应,磷酸化转录共激活因子Yorkie(Yki)进而调控下游靶基因的转录.尽管Wts是Hippo通路的关键激酶组 分,但其蛋白质活性调节机制仍有待深入研究.通过质谱分析,发现并验证了Hippo信号通路核心激酶Wts与杜 氏肌营养不良症相关蛋白dys之间存在相互作用,并发现dys能够通过促进Wts的细胞膜定位激活Wts进而调控 果蝇器官大小.     

一种新的识别细胞周期相关的转录调控元件的方法

提出了一种新的细胞周期相关的转录调控元件(CCRE)的识别方法,该方法综合分析转录因子—调控元件的结合强度和转录因子靶基因的表达,模拟元件活性变化值,将具有显著周期性活性的元件认为是CCRE.在实际的细胞周期基因表达谱数据中的应用表明,该方法能识别绝大多数已经报道的CCRE,与其他常用识别方法的比较也证明该方法得到的元件与细胞周期关系更紧密.     

基于网络药理学预测地瓜藤抗糖尿病的作用及分子机制

研究运用网络药理学方法筛选地瓜藤的活性成分,并构建地瓜藤活性成分—作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的生物功能和通路进行分析,探讨地瓜藤抗糖尿病的作用及机制。整理文献报道,并结合BATMAN数据库及TCMSP数据库获取地瓜藤的活性化合物,再通过TTD数据库筛选地瓜藤活性化合物的作用靶点,建立靶点数据集,OMIM数据库筛选糖尿病相关的靶标,PPI数据库构建地瓜藤和糖尿病的交互靶标,用Cytoscape软件构建"成分-靶点-疾病"交互网络图,并通过生物学信息注释数据库(DAVID)富集分析涉及的靶点基因功能及信号通路。筛选得到地瓜藤10个活性成分,网络分析表明地瓜藤活性成分涉及细胞肿瘤抗原p53、雌激素受体、Caspase-3、胰岛素受体、转录因子E2F1等靶点39个,通过调节胰岛素抵抗、TNF信号通路、2型糖尿病信号通路、胰岛素信号通路等信号通路来发挥其抗糖尿病的作用。研究结果体现了地瓜藤抗糖尿病具有多成分—多靶点—多途径的特点,为进一步研究地瓜藤抗糖尿病的作用及分子机制提供了新思路和新目标。     

高内涵筛选NF-kB信号通路的技术体系建立

NF-KB是参与免疫调节、炎症反应、肿瘤发生等过程重要的转录因子,在TNFa、IL-1β、LPS等因子诱导下NF-KB发生核转位并渺活其转录活性.尝试利用高内涵筛选(High Content Screerung,HCS)和RNA干扰(RNA interference,RNAi)技术建立NF-KB核转位高通量筛选体系,该体系的应用将有助于发现新的NF-KB信号通路调节因子,为免疫与肿瘤的机制研究提供线索.     

基于数据挖掘的金莲花系列制剂治疗上呼吸道感染的作用机制

探讨金莲花4种制剂治疗上呼吸道感染疾病的作用机制.运用多个数据库建立金莲花系列制剂治疗上呼吸道感染的"成分-靶点-通路"网络."成分-靶点-通路"网络图表明金莲花治疗上呼吸道感染疾病的化学成分为槲皮素、刺槐素及β-谷甾醇,靶点为MAPK1、AKT1、TP53、TNF、IL6、STAT1、TGFB1、IFNG、NFKBIA、CXCL8、MYC、CASP8、IL10及CASP3,通路为癌症因子、乙型肝炎、NTF、肺结核、癌症蛋白聚糖、恰加斯病、弓形虫病、单纯疱疹感染、甲型流感及利什曼病信号通路.起治疗作用的最可能靶标和通路为TNF、MAPK1靶点和癌症因子通路.研究表明,金莲花4种制剂通过"多成分、多靶点、多通路"起到治疗上呼吸道感染疾病的作用.     

维医异常黑胆质证与肿瘤患者血浆脂肪酸含量变化的相关性

 从脂肪酸代谢水平阐释“异病同证”、“同证同理”等维医基础理论的科学性以及探讨不同肿瘤异常黑胆质证患者体内脂肪酸代谢变化。肿瘤病异常黑胆质证患者122 例,其中包括食管癌患者25例、肠癌患者20 例、肺癌患者33 例、乳腺癌患者20 例和胃癌患者24 例;另选35例健康志愿者为对照组;采用气相色谱法（gas chromatography,GC）对患者血浆进行10 种脂肪酸的定量检测;对患者与健康对照组之间的不同脂肪酸含量的差异性采用SPSS 16.0 软件进行独立样本的t 检验。结果显示,肉豆蔻酸在食管癌、肠癌、肺癌、乳腺癌和胃癌异常黑胆质证患者体内的含量均明显升高,这是本研究中所有肿瘤患者共同的特点;食管癌异常黒胆质证患者体内棕油酸、油酸、花生酸和DHA 含量明显升高,而亚油酸、花生四烯酸含量明显降低;肠癌异常黑胆质证患者体内棕榈酸和油酸含量明显升高;肺癌异常黑胆质证患者体内棕油酸、棕榈酸、油酸和花生酸含量明显升高,而亚油酸含量明显降低;乳腺癌异常黑胆质证患者体内棕油酸、棕榈酸、油酸、花生酸和EPA 含量明显升高,而硬脂酸和花生四烯酸含量明显降低;胃癌异常黑胆质证患者体内的棕油酸和DHA 含量明显升高,而亚油酸、EPA 和花生四烯酸含量明显降低。由此得出,不同病种肿瘤异常黑胆质证患者血浆脂肪酸代谢特点有共性,也有明显的差异性。     

基于网络药理学和分子对接预测黄芪-莪术治疗胃癌的分子机制

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪-莪术治疗胃癌的作用机制。利用中药系统药理学数据库与分析平台筛选出黄芪、莪术的活性成分,从Uniprot数据库获取靶点蛋白的基因名。以gastric cancer为关键词,在GeneCards数据库中检索胃癌的相关靶基因,将其与药对的活性成分靶基因相互映射,筛选出共同靶点。利用Cytoscape 3.7.0 软件绘制活性成分-靶点网络。将筛选出来的靶点在STRING数据库中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,同时,选择Omicshare平台进行基因本体功能及京都基因与基因组百科全书通路的富集分析。使用AutoDock Vina和PyMol软件进行分子对接。从黄芪-莪术药对中共筛选出26个活性成分,包括槲皮素、山奈酚、莪术醇、7,2'-二羟基-3',4'-二甲氧基异黄烷、β-榄香烯等,作用于TP53、MYC、CASP3、AKT1、 JUN等74个靶点,这些靶点主要富集在癌症、癌症中的蛋白聚糖、PI3K-Akt、 MAPK、 Rap1、TNF、 FoxO等信号通路上。该研究为黄芪-莪术药对治疗胃癌的基础研究和临床应用提供了参考依据。     

基于网络药理学预测丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的作用机制

基于网络药理学方法预测丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的作用机制。通过数据库筛选丹参、柴胡的有效活性成分及相应的靶蛋白,并预测和筛选丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的作用靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-疾病网络图。绘制关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)网络。采用Metascape数据库对有效作用靶点进行基因本体（gene ontology, GO）注释分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析。筛选出丹参化合物65个,有效靶点162个,柴胡化合物17个,有效靶点251个。通过筛选得到丹参-柴胡药对与酒精性肝病的交集靶点161个。PPI网络发现AKT1、IL6、TP53、VEGFA、TNF、CASP3、EGF等可能是丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的关键靶点。GO注释分析涉及对无机物的反应、对有毒物质的反应、膜筏、枝晶、转录因子结合、蛋白质结构域特异性结合等信号通路。KEGG通路分析涉及肿瘤信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、癌症中的蛋白多糖、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等通路。初步探究了丹参-柴胡药对治疗酒精性肝病的关键靶点和涉及的生物学过程及信号通路,发现其作用是多靶点、多通路的。     

胃癌组织中环氧化酶-2和血管内皮生长因子-C、D、R3 mRNA表达的研究

目的:环氧化酶-2(COX-2)、血管内皮生长因子(VEGF)-C、D及其受体3(R3)与肿瘤关系密切.研究COX-2和VEGF-C、D、R3在胃癌中的表达,探讨其在胃癌淋巴管生成和转移中的作用及其相关性.方法:采用RT-PCR方法,对22例胃癌及癌旁组织手术标本中COX-2和VEGF-C、D、R3mRNA的表达进行半定量研究.结果:胃癌组织中COX-2和VEGF-C、VEGF-R3mRNA表达均高于相应的癌旁非癌组织(P<0.05),其中COX-2和VEGF-C在淋巴结转移组中的表达均高于非淋巴结转移组(P<0.05),且COX-2和VEGF-C mRNA表达间存在明显相关性(P<0.05).结论:胃癌组织中有COX-2和VEGF-C、D、R3的高表达,而COX-2可能参与VEGF-C、D和/或R3淋巴管生成通路,其表达可能在胃癌淋巴管浸润和转移过程中发挥着重要作用.     

三七-白及药对作用机制的网络药理学分析

通过网络药理学的方法,研究三七-白及药对在疾病治疗过程中潜在的药理作用机制.采用TCMSP数据库筛选三七-白及药对的活性成分和作用靶点,并用Uniprot数据库校正靶点信息得到靶点基因,利用CTD数据库获得靶点基因相关的疾病类型,通过STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络,分析得到核心蛋白,运用DAVID数据库富集分析靶点基因参与的基因本体论(GO)生物学过程及京都基因与基因百科全书(KEGG)通路.共筛选得到17个活性成分,涉及193个作用靶点.结果表明:槲皮素、β-谷甾醇和豆甾醇的作用靶点数目最多;靶点基因与35类疾病相关,主要包括癌症、神经系统疾病、心血管疾病等;蛋白相互作用网络分析得到核心蛋白AKT1,MAPK1,c-Jun,P53,TNF等;靶点基因主要涉及药物反应,RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等91条GO生物学过程,KEGG通路显著富集到癌症通路、乙型肝炎等66条通路,与前述疾病分析结果相符.     

木棉皮抗消化道肿瘤活性部位筛选及抑制肿瘤转移机制

为筛选木棉皮醇提物抗消化道肿瘤活性部位,探究其抑制敏感肿瘤细胞增殖、转移作用机制,通过采用CCK-8(cell counting kit-8)法考查木棉皮醇提物不同极性萃取部位对人肝癌HepG2细胞、人胃癌SGC7901细胞、人结肠癌SW480细胞和人胰腺癌PANC-1细胞这4种肿瘤细胞的抑制作用,筛选出木棉皮醇提物抗肿瘤的活性部位和敏感细胞。采用细胞划痕实验、Transwell实验和细胞黏附实验,研究木棉皮醇提物抗肿瘤活性部位对敏感肿瘤细胞迁移、侵袭和黏附能力的影响。定量聚合酶链反应法(quantitative polymerase chain reaction, qPCR)检测基质金属蛋白酶-2(MMP-2)和基质金属蛋白酶-9(MMP-9)基因的mRNA转录水平。结果表明,木棉皮醇提物不同极性萃取部位中石油醚部位对人胃癌SGC7901细胞和人肝癌HepG2细胞的抑制率最大,且对人胃癌SGC7901细胞最为敏感。随着木棉皮醇提物石油醚部位浓度增加,在24、48、72 h时间段人胃癌SGC7901细胞的迁移面积相对于空白组有所减小(P<0.05)。与空白组相比,木棉皮醇提物石油...