环境因子对大石鸡种群遗传多样性的影响

分别以mtDNA的非编码基因D-loop和编码基因Cytb为分子标记,研究了大石鸡分布区内12个种群遗传多样性与环境因子之间的相关性.173个样本的D-loop部分序列(1127 bp)中共发现了34个多态位点,定义了44种单倍型;230个样本的Cytb部分序列(807 bp)中共发现了13个多态位点,定义了14种单倍型.基于D-loop和Cytb的单倍型多样性和核苷酸多样性与样本量之间均无显著相关性.所有的种群遗传多样性与环境因子相关性检验中,基于D-loop的核苷酸多样性与降水量的负相关、基于Cytb的单倍型多样性与纬度和相对湿度变异系数的负相关以及基于Cytb的核苷酸多样性与相对湿度变异系数的负相关达到了显著水平,说明纬度、降水和相对湿度变异系数是影响大石鸡遗传多样性的主导因子,低纬度、干旱以及气候稳定的环境下,大石鸡的遗传多样性更高.     

基于线粒体Cytb基因序列的褐石斑鱼种群遗传多样性分析

为评估种质资源状况被世界自然保护联盟(International Union for Conservation of Nature, IUCN)评定为易危物种的褐石斑鱼(Epinephelus bruneus)野生种群的遗传多样性和遗传分化水平，采用PCR方法测定褐石斑鱼西太平洋海区的中国海南岛(HN)、福建厦门(XM)和韩国济州岛(HG)3个地理群体的线粒体细胞色素b(Cytb)基因的部分序列，并对其基因序列遗传变异、谱系结构和群体扩张历史特征进行分析。结果显示，褐石斑鱼3个地理种群(88个个体)共检测出18个多态位点，共有7种单倍型；各地理群体遗传多样性水平较低，而且单倍型在群体间分布不均，韩国群体遗传多样性最高，中国海南和厦门群体遗传多样性较低。地理距离最远的韩国群体和中国海南群体遗传分化最高(F_ST=0.177 5),地理距离最近的中国海南群体和厦门群体的遗传分化最低(F_ST=0.013 4)。Mantel检验结果显示，3个褐石斑鱼群体间遗传距离和地理距离间存在显著相关，距离隔离(Isolation by Distance, IBD)...     

基于线粒体Cytb基因的黄海、东海小黄鱼（Larimichthys polyactis）群体遗传结构

采用线粒体DNA细胞色素b基因全序列分析技术研究了黄海、东海小黄鱼（Larimich—thyspolyactis）的群体遗传结构．在所分析的9个取样点177个个体中,共检测到137个单倍型．9个群体呈现出高的单倍型多样性（h=0．956—1．00）和低的核苷酸多样性（π=0．0037-0．0058）．单倍型邻接关系树的拓扑结构比较简单,没有明显的地理谱系结构．分子方差分析和FST显示小黄鱼的遗传变异均来自群体内个体间,而群体问无显著遗传分化．Exact检验表明单倍型在两两群体间分布频率的差异是不显著的．中性检验和核苷酸不配对分析均表明黄海、东海的小黄鱼经历了群体扩张,扩张时间约为78—138ka前．研究结果表明,黄海、东海小黄鱼群体间具有高度的基因交流,是一个随机交配的群体．较强的扩散能力,黄海、东海的海洋环流以及近期的群体扩张可能是造成黄海、东海小黄鱼群体间遗传同质性较高的原因．     

灰尖巴蜗牛的遗传多样性研究

以线粒体COI基因为分子遗传标记,通过分子生物学方法分析曲靖地区灰尖巴蜗牛5个种群的COI基因DNA序列,从分子水平探讨该物种群体和种群遗传多样性.研究结果表明,该物种群体COI基因序列有变异位点47个,包括简约信息位点43个(转换与颠换)和单突变位点4个;核苷酸A、C、T、G所占比例分别为32.50%、29.43%、27.54%和10.53%,并确定了14种单倍型.在5个种群中,单倍型多样性(H)最高的是P1和P3,最低的是P4;核苷酸多样性(Pi)最高的是P2,最低的是P4;核苷酸成对差异比较明显的是P1.上述结果表明曲靖灰尖巴蜗牛整个群体的COI遗传多样性偏低,这为针对该物种综合防治措施的制定提供了重要参考依据.     

基于线粒体基因的杂色山雀中国大陆种群遗传多样性研究

杂色山雀(P arus varius)为东亚特有鸟类、分布呈片段化.为了深入了解杂色山雀中国大陆各地理种群遗传水平现状,分析了杂色山雀8个地方种群49个样本的线粒体Cytb基因全序列(1143bp)和部分ND5基因序列(957 bp),所测样品全长共2.1 kb.结果显示:T、C、A、G碱基的平均含量分别为21.5％、37.4％、28.9％、12.2％,A+T含量(50.4％)略高于G+C含量(49.6％);发现17个变异位点,其中单变异位点为7个,简约信息位点数为10个;检测到14个单倍型,8个地方种群共享一个单倍型(Hap-1),说明这个单倍型是个较古老的单倍型,也反映了这几个群体间的分化是不显著的.5个种群的单倍型多样性为0.822 39,核苷酸多样性为0.000 82,平均核苷酸差异数为4.663 83,总体上看,杂色山雀具有较低的单倍型多样性和核苷酸多样性.五个种群的Nm值为5.282 21～17.33645,Fst值为0.002 07～0.086 47,构建的系统发生树和TCS网络图进一步分析表明杂色山雀遗传多样性较低、基因交流非常频繁、种群间的分化不显著.中性检验显示偏离中性期望值,表明种群在进化的过程中出现过群体急速扩张事件.     

东北粗皮蛙线粒体DNA遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性(H)为0.704,核苷酸多样性(π)为0.001,平均核苷酸差异数为1.438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析(AMOVA)结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98.13%,群体间没有遗传分化(FST=0.0187),因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

东北粗皮蛙线粒体 DNA 遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。 PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性（H）为0．704,核苷酸多样性（π）为0．001,平均核苷酸差异数为1．438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析（AMOVA）结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98．13％,群体间没有遗传分化（FST ＝0．0187）,因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

增殖放流对石岛近海三疣梭子蟹遗传特征的影响

为了解增殖放流后山东石岛近海三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)遗传特征的变化情况,对采自石岛近海2016年和2020年两个年份三疣梭子蟹群体的遗传多样性和遗传结构进行分析。结果显示:两个群体的单倍型多样性均较高,表现出较高的遗传多样性;群体间遗传分化指数FST值显示群体内部遗传差异大于群体间,且统计检验不显著,表明两群体间无明显遗传分化;分子方差分析（AMOVA）结果和单倍型邻接系统发育树（NJ）也显示两群体间无明显遗传分化。由此可得,经增殖放流,石岛近海2016—2020年三疣梭子蟹群体遗传多样性较高并未发生显著的遗传分化,种质资源较好。     

野生杏遗传多样性研究

采用DNA测序技术对原产于我国新疆伊犁河谷地区的杏(Armenica vulgaris Lamarck)进行了群体样本测序.对所获得的野生杏单拷贝核基因Adh1序列进行了分析.结果表明:不同野杏居群的核苷酸多态性和单倍型多态性没有显著差异.Gapdh基因序列的分析显示,各野生杏居群的核苷酸多态性和单倍型多态性相对较低,特别是巩留县核桃沟的野生杏居群,其核苷酸多态性和单倍型多态性均为0.此外,AMOVA分析结果表明,遗传变异主要发生在居群内,而居群之间没有明显的遗传分化.研究结果不仅揭示了野生杏居群的遗传多样性,而且为杏的遗传资源研究保护提供了科学依据.     

基于线粒体Cytb基因探讨我国日本囊对虾4个地理群体的遗传结构及种群分化

利用线粒体细胞色素b基因序列分析了4个不同地理群体(北海群体、陵水群体、惠来群体和厦门群体)的野生日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)的群体遗传结构.以特异引物进行PCR扩增,获得了日本囊对虾530 bp的基因片段序列.序列分析结果表明,在120个日本囊对虾个体中,共检测到75个多态位点,获得62个单倍型,其中有44个简约信息位点,占整段序列的8.3%.各单倍型变异无碱基的插入或缺失,全部为转换或颠换,碱基频率含量(fA+fT)为59.4%,大于(fG+fC)(40.6%).核苷酸多态性以惠来群体最高,其它3个群体较低.群体内遗传距离为0.45%～2.60% ,群体间遗传距离在0.50%～5.30%之间.采用分子方差分析(AMOVA)方法,结果显示,群体间遗传变异占总变异的69.9%,群体内的遗传变异占总变异的31.1%,群体间变异是总变异的主要来源.构建的4个群体分子系统树表明,北海群体、陵水群体和部分惠来群体由于亲缘关系较近而聚在一起,而厦门群体则和部分惠来群体聚成另一支,两支的平均遗传距离为5.17%,分化接近亚种水平,据此认为我国东南近海的日本囊对虾可以分为2个种群,2个种群的分布区域在广东惠来海域附近存在重叠.     

珍稀濒危植物石山苏铁的SSR引物设计和遗传多样性分析

揭示珍稀濒危植物石山苏铁(Cycas sexseminifera)种群的遗传多样性水平和遗传分化大小,确定优先保护种群,对石山苏铁的有效保护和管理策略的制定具有重要意义。本研究基于简化基因组序列分析设计Simple Sequence Repeats (SSR)引物,并利用SSR引物进行遗传多样性检测。实验共获得6对SSR引物,6对引物共检测出37个观测等位基因(Na),其中最小观测等位基因数目为3,最大观测等位基因数目为12,平均每个位点等位基因数目为6.167。位点GZST002、GZST055、GZST065、GZST088是高度多态性位点(PIC>0.5)。石山苏铁各种群期望杂合度(He)为0.330-0.533,平均值为0.444,表明石山苏铁遗传多样性处于中等水平;7个种群的He值大小顺序为广西植物研究所引种(ZWS)>崇左广河(GH)>崇左排汝(PR)>隆安陇怀(LH)>崇左中干(ZG)>百色作登(ZD)>隆安新会(XH)。固定系数(F)为-0.161-0.480,平均值为0.074,其中LH、PR、XH 3个野生种群为负值,GH、ZD、ZG 3个野生种群的固定系数则大于0;7个种群的F值大小顺序为百色作登(ZD)>广西植物研究所引种(ZWS)>崇左中干(ZG)>崇左广河(GH)>隆安陇怀(LH)>隆安新会(XH)>崇左排汝(PR)。因此,综合各个遗传指标,石山苏铁需要重点保护和引种的野生种群是遗传多样性相对较高的崇左广河(GH)种群。同时建议开发更多的SSR引物和采集更广范围的石山苏铁野生种群,精准筛选遗传多样性高的优良种群,以利于更全面和准确地评估石山苏铁的遗传多样性水平和濒危机制。     

基于EST-SSR分子标记的广西海伦兜兰遗传多样性研究

海伦兜兰（Paphiopedilum helenae）具有极高的观赏价值,为国家一级重点保护野生植物。本研究利用EST-SSR分子标记技术对广西海伦兜兰的5个居群（71个样品）的遗传多样性和遗传结构进行分析,旨在为该种质资源的有效保护与利用提供参考依据。结果表明：海伦兜兰具有中等遗传多样性,多态位点百分比（PPB）为90%-100%,期望杂合度（H_e）平均值为0.451,香农信息指数（I）平均值为0.801。海伦兜兰绝大多数（93%）遗传变异存在于居群内,仅有7%遗传变异存在于居群间,居群内的遗传变异大于居群间的变异,基因流（N_m）平均值为4.916。非加权组平均法（UPGMA）、主坐标分析（PCoA）和Structure分析结果表明,聚类并未严格按照地理位置划分,广西邦亮长臂猿国家级自然保护区靖西市（JX）和龙州县下冻镇春秀村（LZ）居群的遗传多样性较高,应作为海伦兜兰重点保护单元进行保护。     

基于线粒体COI基因序列的5个黄河鲤群体遗传多样性研究

为了揭示河南省不同黄河鲤养殖群体之间的遗传差异,本研究通过线粒体COI基因对5个黄河鲤群体的遗传多样性进行了研究.5个群体中荥阳水产良种场群体的单倍型数为4,洛阳水产技术推广站群体的单倍型数为2,其它群体的单倍型数均为3;各个群体的基因多样性从0.200到0.750不等,最高的为河南省水产良种繁育场的群体;各群体的核苷酸多样性范围为0.000 63到0.002 28,最高的为荥阳水产良种场群体,最低的为洛阳市水产技术推广站群体.分子方差分析表明黄河鲤将近90%的变异来自于群体内,说明整体上群体间分化较小.结果表明,虽然各个黄河鲤群体之间的遗传分化较小,但是它们之间的遗传多样性差别较大,研究结果可以为黄河鲤的育种和增殖放流等工作提供一定的参考.     

基于遗传多样性和空间遗传结构的野生大豆居群采样策略

筛选了17对SSR引物对山东省垦利黄河口自然保护区野生大豆(G.sojaSieb.etZucc.)居群892份材料的遗传多样性及其随样本量变化而变化的规律进行了分析,同时以SSR的多态性为参照对该居群内的小尺度空间遗传结构进行了研究.发现该种群的平均每位点的等位基因数(A)为2.88,预期杂合度(He)为0.431,Shannon多样性指数(I)为0.699,多态位点比率(P)为100%.以计算机模拟方法随机抽取该居群不同个体组成的抽样样本,并计算各样本的多样性指数与样本量变化的回归关系,发现27~52个样本即可达到居群总体多样性水平的95%.通过空间自相关分析,得出该居群遗传结构的斑块大小约为18 m.该研究为野生大豆居群的合理取样提供了科学依据.     

基于SSR分子标记的广西极小种群野生植物长叶苏铁遗传多样性分析

了解广西区内的国家一级重点保护植物长叶苏铁（Cycas dolichophylla K.D.Hill）的遗传多样性和变异特征对广西长叶苏铁的保护和管理有着重要意义。本研究利用筛选出的6对稳定性好的SSR引物对分别来自广西百色市田阳县梅茶镇（PL）、德保县那甲镇（NL）和德保县城关镇（QH）的3个长叶苏铁种群的遗传多样性和变异特征进行分析。结果表明：6对引物中,高度多态性引物（GZST055、GZST065、GZST088）和低度多态性引物（GZST002、GZST013、GZST019）各占50%。广西长叶苏铁3个种群的平均观测等位基因为2.833,平均有效等位基因为2.005,平均Shannon信息指数为0.657,平均观测杂合度为0.259,平均期望杂合度为0.359。群体的遗传分化系数为0.049,说明群体间遗传分化小,且群体内遗传变异占所有遗传变异的97%,3个种群的基因交流频繁且遗传背景相互混杂。总体来看,广西长叶苏铁遗传多样性水平较低,而德保县那甲镇（NL）种群的遗传多样性相对最高,应将该种群作为重点保护单元进行保护。本研究还对广西长叶苏铁资源保护工作提出了建议和对策。     

Genetic diversity in Penaeus chinensis shrimp as revealed by RAPD technique

The random amplified polymorphic DNA analysis was used to estimate genetic diversity in one successively cultivated stock and three wild stocks of Penaeus chinensis shrimp, two of which were collected from the spawning and wintering grounds in the west coast of Korean Peninsula, and one from the feeding ground in the China coast of the Yellow Sea. A random primer kit was employed to scan the genomic DNA in 20 individuals of each index stock. A total of 110 reproducible RAPD markers were obtained, 68.2 % of which showed a sound eonformability within all the individuals detected, implying that the genetic variability in P. chinensis is relatively low. The proportions of polymorphic loci among these four stocks ranged from 20% to 33.3%, while the degrees of genetic polymorphisms varied from 0.0093 to 0.0307. The genetic variability of inter-stocks was higher than that of intra-stock. The genetic diversity in different stocks differed from each other; that is, a less genetic differentiation in the spawning and wintering stocks from the west coast of Korean Peninsula was revealed and their genetic diversities were higher than that of the spawning stock in the Bohai Sea and the China coast of the Yellow Sea. As detected, the genetic diversity in the successively cultivated stock was the lowest among these four stocks. Through genetic distance analysis between a random pair of individuals, a dendrogram of the above-mentioned four stocks was constructed by unweighted pair group method with arithmetic mean. The results based on cluster analysis well fitted with the geographical distribution of P. chinensis in the Bohai and Yellow Seas.     

基于SSR的广西同色兜兰和带叶兜兰遗传多样性分析

评估四季开花型同色兜兰（Paphiopedilum concolor）和春季开花型带叶兜兰（P.hirsutissimum）的遗传多样性和种群结构,探究不同开花习性兜兰属物种间的遗传分化,为兜兰的可持续利用和野生资源保护提供理论依据。本研究利用10个多态性EST-SSR位点对12个同色兜兰和带叶兜兰种群的231个个体分型,开展遗传多样性、瓶颈效应、系统发育、遗传结构、遗传分化、距离隔离和环境隔离分析。结果表明,同色兜兰种群的大多数遗传多样性指标都显著（P<0.05）低于带叶兜兰;分子方差分析（AMOVA）结果显示,两者来自种群间的变异都较少,且带叶兜兰来自个体内的遗传变异高于同色兜兰。在同色兜兰的两个种群中检测到显著（P<0.05）瓶颈效应,而在带叶兜兰全部种群中均未检测到。群体水平的非加权平均（UPGMA）树和个体水平的邻接（NJ）树均显示同色兜兰和带叶兜兰间系统发育关系相对较近,并各自聚为一支。主坐标分析（PCoA）和Structure分析结果均支持系统发育分析结果。此外,遗传分化系数（F_ST）证实两个物种间的种群分化已达到较高水平。狭窄的自然分布和过去的种群瓶颈可能导致了同色兜兰的部分遗传多样性丧失。地理隔离是驱动同色兜兰和带叶兜兰种群遗传分化的主要因素,而环境隔离的作用较小。     

Genetic analysis of gynogenetic and common populations of Verasper moseri using SSR markers

The genetic structure and variation of the artificial meio- gynogenetic population and common population of barfin flounder (Verasper moseri) were analyzed using eight microsatellite markers. A total of 29 alleles were detected, of which 23 alleles were in the artificial gynogenetic population while 29 alleles were in the control group. The average observed heterozygosity (H _O) of eight loci in the control group (0.526 8) was several times higher than that (0.185 8) in the gynogenetic population. The results indicate that the genetic diversity of the control group was much higher than that of the gynogenetic population of barfin flounder (Verasper moseri). Most loci significantly deviated from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) after Bonferroni correction (p < 0.005 56) in the gynogenetic population, while four loci deviated from HWE in the control group. The coefficient of gene differentiation (G _ST) was 0.131 0, and the genetic distance was 0.171 8 between the two populations, suggesting a significant genetic differentiation between the two populations. Biography: MA Hongyu (1979–), male, Ph. D. candidate, research direction: marine biotechnology and molecular genetics.     

Genetic diversity of threeAristichthys nobilis populations and one inbreeding stock

Genetic diversity of threeAristichthys nobilis populations and one inbreeding stock was studied using random amplified polymorphic DNA (RAPD) method. Materials of natural populations were collected from two counties of Guangxi Province, Hengxian (NH) and Shanglin (NS) and one city of Hubei Province, Wuhan city. (NW). Shanglin and Hengxian's river system respectively belongs to Qianjiang and Yujiang River, two tributaries confluencing to Xunjiang River, main tributary of Xijiang River, which is the biggest tributary of the Zhujiang River system, and Wuhan's water system belongs to the Yangtse River system. The inbreeding stock (RS) was the more than 10 generation descendant by brother-sister mating system whose parents were collected from Shanglin. The results showed that the genetic variety of individuals of RS was very low (0.105 4), whereas that of natural populations was relatively high, which from high to low was 0.158 1 (NW), 0.132 0 (NH) and 0.110 5 (NS). As an index for genetic distance pair-wise populations, the genetic variety between populations was studied, which characterized the genetic distance between populations. The genetic distance of NW and NH, NW and NS, NW and RS were respectively high, whereas that of NH and NS, NS and RS, NH and RS was low. Chi-test (χ ²) and the analysis of the genetic variety pair-wise populations was taken as efficient approach for studying population difference. Foundation item: Supported by the National Ninth-Five Research Program (No. 96-08010301), and Species Resource and Biotech of Freshwater Fish Pivot Laboratory of Agriculture Ministry Biography: Wang He(1978-), male, Master, research direction: molecular genetic markers in fish