高良姜及其混淆品rDNA ITS序列的分析与鉴别

用聚合酶链式反应(PCR)直接测序法测定和分析不同产地野生和农家品种的高良姜及其3种混淆品(山姜、华山姜和大高良姜)的核糖体DNA内转录间隔区(rDNA ITS)序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据.ITS序列分析结果表明:高良姜种内序列同源性达100%,测序结果中发现杂合位点,且广西样品杂合位点的两个碱基所占的比例与其它地方样品的不同.高良姜及其混淆品经测序、比对、排序得到的812bp序列中有61个变异位点,60个是信息位点,同源性达96.32%,其中ITS1和ITS2区中的11个位点在高良姜及其混淆品中差别明显,可以鉴别高良姜及其混淆品.同时发现,基于DNA序列的高良姜及其混淆品的系统分类结果与形态学的分类结果不完全一致,有待进一步研究探讨.     

番红花及其混淆品的rDNA ITS序列与AS-PCR鉴别

通过对番红花及其混淆品的rDNA ITS区序列进行 PCR 扩增、测序,并运用 Clustal X、Mega 3.0等软件进行序列分析.结果表明番红花 rDNA ITS 区序列全长650 bp,GC百分比为60.3%,与其混淆品的rDNA ITS 区序列存在着显著差异.另外,还设计出了鉴别番红花的位点特异性PCR引物,无需测序即可对番红花及其混淆品进行准确的分子鉴别.     

泽泻rDNA ITS区序列特征及其居群鉴别研究

运用PCR产物直接测序法对川泽泻、建泽泻和江泽泻的rDNA ITS区（包括ITS1,5.8S,ITS2）碱基序列进行了序列测定和分析.泽泻rDNA ITS区的碱基序列总长度确定为640 bp,江泽泻和建泽泻的ITS区碱基序列完全一致,川泽泻与建泽泻（江泽泻）在rDNA ITS区碱基序列有2个稳定的变异位点,分别位于ITS1和ITS2区段.我国的泽泻与意大利泽泻在5.8S保守区（第289位）有一个碱基差异.依据泽泻rDNA ITS区的序列特征可以进一步鉴别川泽泻和建泽泻,为泽泻居群的鉴别提供可靠的分子标记.     

基于rDNA ITS序列的何首乌PCR-RFLP分子鉴别

为建立何首乌(Fallopia multiflora)DNA分子鉴别技术,对何首乌及其常见混淆品的rDNA ITS（核糖体DNA内转录间隔区）序列进行了扩增和测序,运用CLUSTAL X、MEGA软件对该区进行序列分析.结果表明：何首乌与毛脉蓼（F. multiflora var.cilliinervis）、翼蓼（Pteroxygonum giraldii）及耳叶牛皮消（Cynanchum auriculatum）在ITS1区的差异率分别为6.9%、18.1%、42.0%,在ITS2 区的差异率分别为10.0%、19.4%、43.9%,而何首乌种内各居群间ITS1 和ITS2 区的差异分别为0%～2.13% 和0%～1.03%．进一步利用premer premier 5 找出了一个位于ITS2间区的何首乌特征性NsbI酶切位点,将何首乌rDNA ITS 序列PCR扩增产物用NsbI酶切后可得到得一个含约531 bp和109bp的二片段PCR－RFLP图谱, 而其混淆品rDNA ITS 序列PCR扩增产物不能被NsbI酶切,图谱呈单一条带.建立的PCR－RFLP方法简单易行,可用于何首乌原植物的鉴别．     

两株产人参皂苷糖苷酶酵母菌株的18S rDNA和ITS序列分析

对两株产人参皂苷糖苷酶的酵母菌株进行核糖体18S rDNA和ITS序列克隆测定,获得了长度分别为1 477和1 478 bp的18S rDNA序列和长度分别为791和727 bp的ITS序列,对获得的基因序列进行比对及同源性分析,结果显示,两株酵母菌的18S rDNA序列的相似性达100%,而ITS序列的相似性则为66%,均与NCBI数据库中登录的啤酒酵母的相应序列同源性最高.从GenBank中选取部分不同种属的酵母菌ITS序列,以ITS为对象构建系统发育树,从分子生物学角度确定了两株酵母菌为酵母菌属的不同种类.     

滇藏地区8种鹅膏菌的ITS序列分析

 对滇藏地区8种鹅膏菌的核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区(ITS)进行PCR扩增和测序,用ClustalX(version 1.81)软件对所测的ITS序列进行比对分析.结果表明,除5.8S rDNA(其长度为160 bp)比较保守外,8个不同种的ITS序列在长度和碱基位点上都存在较大差异,其中ITS1区间的片段长度为206～297 bp,ITS2区间的片段长度为191～238 bp.这说明鹅膏属的种间具有较高的遗传多样性.利用MEGA(version 3.1)软件进行聚类,8个鹅膏菌在D=0.14处分成3组,与传统分类有出入.这为鹅膏菌的进一步分类及研究提供了分子依据.     

中药材桔梗及其易混品的DNA条形码分子鉴定

为了特异性地鉴别桔梗药材Platycodon grandiflorum及其易混品,通过优化DNA提取方法,并基于ITS(internal transcribed spacer)序列上的特异性位点,设计特异性引物,进行特异性PCR扩增,以扩增成功率为判定指标快速鉴别桔梗药材真伪.研究结果表明,改良CTAB(cetyltrimethylammonium bromide)法提取DNA较纯且100%扩增成功;基于桔梗293位和538位的特异性位点,设计特异性引物U1/D1,且特异性PCR鉴别中,仅桔梗能扩增得到约 264 bp 的特异性条带,其他药材均为阴性扩增.ITS序列以及特异性引物可准确鉴别桔梗及其常见易混品,为桔梗药材的基原鉴定提供科学依据.     

野山参与园参rDNA-ITS序列比较分析

目的比较野山参与园参rDNA-ITS序列差异,寻找其DNA分子鉴定方法.方法提取野山参与园参总DNA,扩增其ITS序列,运用Clustal X等软件比较分析野山参与园参ITS序列特征.结果野山参与园参经PCR扩增后分别获得700 bp和500 bp两条条带.其中对野山参和园参的700 bp条带测序分析后未发现差异位点,而二者的500 bp条带测序结果相似性仅为38%.结论该结果为野山参的鉴别提供了实验依据.     

基于ITS2条形码对铁皮石斛及其混伪品分子鉴定的初步研究

通过分析铁皮石斛及其常见混伪品的ITS2序列差异，建立铁皮石斛药材真伪的快速鉴别方法．运用CodonCode Aligner V3．0软件对测序峰图进行校对拼接，基于隐马尔可夫模型的注释方法获得ITS2序列，采用MEGA5．0软件进行序列比对，种内种间距离计算及UPGMA聚类树构建，应用Koetschan等建立的ITS2数据库及网站预测ITS2二级结构．结果表明，铁皮石斛及其混淆品ITS2之间存在明显差异，所有铁皮石斛样品在UPGMA树上单独聚为一类．ITS2序列可以作为DNA条形码用于铁皮石斛与其混伪品的快速分子鉴别．     

广西红菇子实体及分离株的rDNA ITS序列分析

为了研究广西食用红菇rDNA ITS片段遗传多样性,鉴别红菇组织分离株的真伪,用一对通用引物对采自广西浦北县、容县和上思县的18个红菇子实体样本及3个组织分离株的rDNA ITS片段进行PCR扩增,扩增产物纯化后测序,运用相关序列分析软件对ITS区全序列进行分析,并和GenBank／EMBL／DDBJ三大核酸序列数据库进行同源性检索。结果获得12个红菇子实体和3个分离株的ITS和5．8S rDNA区段的完整序列,3个分离株的ITs序列全长明显小于子实体样本的ITS序列全长;3个组织分离株与红菇属真菌的遗传距离大;除2个采自浦北龙门的子实体与其它子实体的同源性小于0．95外,来自不同区域的其余子实体样本间rDNA ITS序列同源性都达到0．98以上;12个子实体的ITS区段与GenBank中已知的红菇属真菌的相似率都不大于0．90。由此推断3个组织分离株均不是红菇的分离株而可能是子实体的寄生菌或污染菌;广西浦北县、容县和上思的食用红菇样本没有地理类群差异,但在浦北产区可能存在多种食用红菇共同生长。     

分子标记技术在白木香遗传变异研究中的应用

采用简单重复序列区间扩增(ISSR)技术和核糖体RNA基因(rDNA)转录间隔区(ITS)序列分析技术, 对不同地区白木香的遗传变异、亲缘关系及分子鉴定进行研究. 共筛选出7条ISSR引物, 扩增得到80条带, 其中多态性条带的比率是58.8％. 白木香9个居群之间的遗传距离是0.0733～0.4213, 居群间遗传差异不大; 筛选出的引物IS-8可以进行白木香种内和种间的鉴别. ITS序列在白木香种内的变异很小, 只有6个变异位点, 种内遗传距离为0.0％～1.1％. 根据白木香ITS的序列特征可准确鉴别白木香与近缘种. 两种分子标记方法得到的UPGMA聚类图不一致, 但大致趋势相同, 说明ISSR标记与ITS序列分析均可用于白木香遗传变异及亲缘关系的研究, 但ITS序列分析技术在种内遗传变异研究的分辨力不及ISSR高.     

天然二芳基庚烷类化合物的化学修饰及生理活性研究

中药高良姜（Ａｌｐｉｎｉａ ｏｆｆｉｃｉｎａｒｕｍ Ｈａｎｃｅ）主要有效成分二芳基庚烷类化合物１,７－二苯基－５－醇－３－庚酮同,１－苯基－７－（３′－甲氧基－４′－羟基）苯基－５－醇－３庚酮,经化学还原和乙酰化修饰后得到新的系列二芳基庚烷衍生物１,７－二苯基－５－乙酰氧基－３－庚酮,１－苯基－７－（３′－甲氧基－４－′－乙酰氧基）苯基－５－乙酰氧基－３－庚酮、１,７－二苯基－３,５－庚二醇、１－     

金针菇rDNA-ITS序列分析

为研究金针菇rDNA-ITS序列特征,提取了不同来源金针菇子实体的基因组DNA,对其rDNA的内转录间隔区进行PCR扩增和序列测定,并提交NCBI获得登录号;将不同产地的金针菇ITS序列与本研究获得的金针菇ITS序列进行对比分析,利用ITS序列分析技术研究其遗传多样性,并构建了NJ系统发育树。结果表明,所有供试材料的ITS全长在710～719　bp范围内,G+C含量在49.3　%～49.9　%,所有序列共有34个变异位点,16个信息位点,ITS区遗传距离变化范围为0～0.016,即不同产地的金针菇ITS序列在进化过程中存在差异。此结果可为真菌分类鉴定等研究提供重要的资料和依据。     

内蒙古蒿属沙生地理替代种的ITS序列的比较分析

对内蒙古蒿属6个沙生地理替代种以及同属龙蒿组的龙蒿(A．dracunculus)和猪毛蒿(A．scoparia)的ITS序列进行分析，以大籽蒿(A．sieversiana)作为外类群．结果表明，这6个替代种以及猪毛蒿的ITS序列有着高度的一致性：ITSI序列为251bp，GC含量为53．78％或54．18％，只有2个变异位点．ITS2序列为218～221bp，GC含量为56．42％～58．26％，有16个变异位点．种间同源性高达98．5％～99．7％，与龙蒿的同源性为91．3％～92．1％，与外类群为88．5％～89．4％．反映出ITS序列在替代种间高度保守．     

6种接骨木DNA条形码分析

由于接骨木属植物种间变异小,性状不稳定等原因,其分类一直难以确定.以6种接骨木属植物的总DNA为模板,利用PCR技术扩增8个DNA条形码片段,并进行序列分析.结果表明:接骨木属叶绿体基因来源的条形码rbc L,rpo C1,Mat K,Rpo B,ycf 5序列完全一致,为高度保守序列;psb A-trn H序列虽然进化较快,但其测序结果准确性差,不适于接骨木品种鉴别.6种接骨木核基因来源的ITS条形码进化上也较为保守,根据该条形码可将接骨木区分为2类.核基因来源的ITS2条形码的扩增效率高,种间区分效果好,是较合适的接骨木属植物分子标记之一.应用ITS2条形码可将6种接骨木区分为4类:接骨木;宽叶接骨木;毛接骨木;东北接骨木、钩齿接骨木和朝鲜接骨木.     

灯盏花ITS2基因克隆及RNA二级结构预测

利用PCR方法扩增灯盏花ITS2基因并克隆,获得ITS2基因序列.用生物软件对ITS2序列进行分析并构建系统进化树和RNA二级结构,得到灯盏花的ITS2核苷酸序列为205 bp,基于ITS序列飞蓬属11种共分为5支,分支与地理分布情况基本一致.ITS2 RNA二级结构在飞蓬属种间表现基本一致,而TS2区结构表现出属间差异.利用r DNA ITS区序列一结构和二级结构相结合达到鉴定药用植物灯盏花分类的目的.     

江蓠属和龙须菜属5种海藻ITS序列分子系统学分析

测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITS(含5.8S rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITS序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海藻ITS序列长度在893～1 508 bp之间,种间遗传距离在0.041～0.600之间,种内遗传距离在0.000～0.012之间,其种间遗传距离均大于种内遗传距离;ITS系统发育聚类结果显示江蓠科分为两大分支,分别是江蓠属/Hydropuntia分支、龙须菜属/蓠生藻属Gracilariophila分支;江蓠科海藻5.8S序列种内种间变异很小,但存在稳定的属间区分位点,可用于属以上水平的分类鉴定;中国、美国和俄罗斯三地的真江蓠群体的ITS序列存在9个稳定的变异位点,可以将不同地理群体区分开。     

8种蜘蛛抱蛋属植物ITS区序列及其系统学意义

采用克隆测序的方法，测定8种蜘蛛抱蛋属植物的核糖体DNA的内转录间隔区(ITS)序列，加上1种从GenBank查得的ITS序列，经对位排列后有218个位点是变化的，其中91个位点对于简约分析是有效的信息位点．序列GC的含量相对较高，GC的含量在66．1％～75．4％之间，使得蜘蛛抱蛋属植物的ITS区序列的测定存在一定困难．对于蜘蛛抱蛋属的分子系统学研究，ITS区是一段很有价值的DNA片段。