基于网络药理学和分子对接技术探讨槐花止血的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨槐花止血的作用靶点及信号通路，明确其疗效机制。方法:从TCMSP中检索出槐花的有效活性成分，收集其靶点；通过GeneCards数据库收集止血相关的疾病靶点，取与药物靶点重复的靶点作为关键靶点，使用Cytoscape软件构建“药物-有效成分-靶点”网络，利用String数据库构建蛋白互作网络，应用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析，最后利用分子对接技术初步验证。结果:最终获得6个槐花活性成分，68个交集基因。蛋白互作分析发现JUN、TNF和MAPK1止血的作用，GO功能富集得到407个条目，KEGG通路富集分析得到151条信号通路，且发现槐花止血主要通过TNF signaling pathway、Hepatitis B等信号通路进行调控。分子对接显示isorhamnetin、beta-sitosterol等成分与MAPK1、TNF和JUN等靶点有较强亲和能力。结论:槐花可能通过isorhamnetin、quercetin-3’-methyl ether等化学成分调控TNF signaling pathway等信号通路上的MA...     

基于网络药理学和分子对接探讨虎杖调控铁死亡治疗动脉粥样硬化作用机制

目的:以网络药理学和分子对接分析的方法,系统研究虎杖调控铁死亡抗动脉粥样硬化(AS)的机制,为开发治疗AS的新药提供理论依据。方法:采用TCMSP数据库对虎杖的活性成分和治疗靶点进行预测和筛选。通过GeneCards数据库和Drugbank数据库获取AS的疾病靶点。利用Venny在线工具获得虎杖活性成分和AS的共同作用靶点。在Cytoscape3.9.1软件绘制活性组分和靶点网络图,STRING数据库分析了蛋白-蛋白相互作用(PPI),利用Metascape数据库对交叉靶点进行了GO生物富集及KEGG富集分析。运用GeneCards数据库和FerrDb数据库获得调控铁死亡基因,综合分析虎杖活性成分、AS、铁死亡3者关系并进行分子对接。分子对接研究由SYBYL-X 2.0软件进行验证完成。结果:得到的虎杖的活性成分有10个,对应靶点252个,AS靶点1328个,铁死亡对应靶点887个,3者取交集基因得到44个,蛋白互作分析发现TP53、JUN和IL-6为调控铁死亡治疗AS主要靶点,KEGG富集结果发现,虎杖调控铁死亡治疗AS通过介导MAPK信号通路。分子对接结果表明,虎杖药物主要活性成分...     

基于网络药理学的桑白皮治疗2型糖尿病的作用机制

通过网络药理学和分子对接方法探讨桑白皮治疗2型糖尿病的作用机制。运用中药系统药理学数据库与分析平台筛选桑白皮的活性成分及相应作用靶点,借助DrugBank、GeneCards和TTD数据库检索疾病靶点。活性成分靶点与疾病靶点取交集得到桑白皮作用于2型糖尿病的预测靶点,构建活性成分-潜在靶点网络图和关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)网络。将交集基因进行基因本体(gene ontology, GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析;最后应用AutoDock软件进行活性成分及关键靶点之间的分子对接验证。预测得到桑白皮活性成分25个,桑白皮与疾病的交集靶点126个。PPI网络发现AKT1、IL-6、TNF、VEGFA、TP53、CASP3等可能是桑白皮治疗2型糖尿病的关键靶点。GO富集分析涉及细胞因子信号转导通路、对脂质的反应和凋亡信号通路等生物过程。KEGG通路分析涉及糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、T...     

基于网络药理学和分子对接探讨蛹虫草对糖尿病作用机制研究

目的:以网络药理学和分子对接分析的方法，系统研究蛹虫草在治疗糖尿病中的机制，为开发治疗糖尿病的新药提供理论依据。方法:采用TCMSP数据库对蛹虫草的活性成分和治疗靶点进行预测和筛选。Cytoscape3.9.0绘制了活性组分和靶标网络，STRING数据库分析了蛋白-蛋白相互作用(PPI),利用DAVID数据库对交叉靶标进行了GO生物富集及KEGG富集分析。分子对接研究由SYBYL-X 2.0软件进行验证完成。结果:得到蛹虫草的活性成分有120个，取交集基因得到96个，蛋白互作分析发现IL6、TNF和TP53治疗糖尿病的作用，KEGG富集结果发现，蛹虫草治疗糖尿病主要通过Pathways in cancer、TNF signaling pathway、HIF-1 signaling pathway、African trypanosomiasis等信号通路进行调控。分子对接结果表明，蛹虫草中的活性成分Kushenol, t、Leachianone, g、Cis-Dihydroquercetin等成分与IL6、TNF和TP53具有较好的结合能力。结论:蛹虫草的活性成分Kushenol, t、...     

基于网络药理学和分子对接技术研究艾叶对黑色素瘤的作用机制

基于网络药理学和分子对接技术探讨中药艾叶治疗黑色素瘤的作用机制.通过中药系统药理学数据库和分析平台筛选出艾叶的有效成分,通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库查找与黑色素瘤相关的靶点.采用Cytoscape3.7.1软件,构建"药物-成分-靶点-疾病"网络图,借助STRING数据库平台构建蛋白质相互作用网络.并采用分子对接技术将主要活性成分槲皮素与FOS、HIF1A、IL-6、JUN、MAPK1、RELA进行分子对接.最后利用皮肤黑素瘤A375细胞模型进行体外实验验证,结果表明艾叶可能主要是通过其活性成分槲皮素实现其抗黑色素瘤的作用.     

青黛治疗带状疱疹的网络药理学机制探讨

青黛是治疗疱疹、腮腺炎以及银屑病等的主要中药材之一.本文基于网络药理学方法，分析青黛治疗带状疱疹机理和分子靶点.通过多个数据库的数据挖掘筛选青黛主要化合物及其靶点并获得带状疱疹相关交集靶标基因，利用Cytoscape 3.7.2软件构建靶蛋白互作网络图和青黛-带状疱疹-靶点-通路网络图，并对青黛治疗带状疱疹潜在作用靶标进行GO分类和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析.数据挖掘结果表明：青黛治疗带状疱疹有27个候选活性成分、233个潜在作用靶标及176条通路，为后续研究青黛治疗带状疱疹的作用机制提供了新的研究方法.     

基于网络药理学及分子对接探讨二至丸对非小细胞肺癌的作用机制

目的:基于网络药理学及分子对接探讨二至丸对非小细胞肺癌的作用机制,为新型抗癌中医药物的研发提供科学依据。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)收集墨旱莲、女贞子的主要化学成分,根据药物分布、吸收、代谢、排泄(ADME)筛选药物活性成分,并获取对应靶点;通过Drugbank、Genecards、OMIM数据库获得非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)的重要靶点并去除重复值,利用String数据库进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络;使用Cytoscape3.7.1构建“二至丸成分-非小细胞肺癌靶点”网络,最后通过进行分子对接验证。并利用Cytoscape3.7.1软件筛选出排名靠前的核心靶点;使用R语言对PPI中的靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因和基因组(KEGG)信号通路富集分析。结果:二至丸检索获得21个活性成分,去重之后获得205个药物靶点,NSCLC检索取得1935个疾病靶点,两者取交集,共获得132个共同交集靶点。PPI分析得到TP53、AKT1、MAPK1、RELA为核心的基因靶点,经过分子对接,发现二至丸中的...     

基于网络药理学和分子对接探究三棱-莪术抗乳腺癌的作用机制

运用网络药理学和分子对接探究三棱-莪术药对抗乳腺癌的有效活性成分及分子机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台检索并筛选出三棱、莪术的有效活性成分和对应作用靶点,运用OMIM数据库、GeneCards数据库检索乳腺癌的疾病靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件绘制药物-成分-疾病-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein- protein interaction,PPI)网络,使用Cytoscape中MCODE插件进行分析并筛选出前10个核心靶点。借助DAVID数据库对作用靶点进行基因本体及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析,并绘制成分-靶点-通路网络图。最后通过AutoDock Vina等软件进行分子对接,验证核心成分与核心靶点的相互作用。结果表明,通过筛选得出7种活性成分、73个作用靶点,三棱-莪术与乳腺癌共同靶点43个。核心成分为常春藤皂苷元、β-谷甾醇、芒柄花黄素、豆甾醇、反式软骨酸,PPI网络显示其核心靶点为JUN、CASP3、PTGS2、ESR1、MPK14、PPARG、SIRT1、NOS3、TGFB1、NOS2。KEGG富集分析得到72条通路,根据P值筛选出与乳腺癌相关的前20条,主要涉及PI3K-Akt通路、VEGF通路、p53通路、MAPK通路等。分子对接显示活性成分与核心靶点之间有较好的结合力。研究表明三棱-莪术药对抗乳腺癌具有多成分、多靶点、多通路的特点,为该药对在临床中的应用提供了理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术的灵芝改善2型糖尿病作用机制

目的 应用网络药理学方法探讨灵芝在改善2型糖尿病(T2DM)中的作用机制。方法 通过TCMSP筛选灵芝化学成分,使用SWISS Target Prediction导入主要成分的SMILE name获取单个基因名;结合DisGeNET和GeneCards获取疾病基因;利用Venn数据库筛选出交集靶点;在微生信平台构建活性成分和疾病靶点网络;利用STRING和Cytoscape数据库构建PPI网络;使用DAVID数据库进行GO和KEGG功能富集分析;使用AutoDock数据库进行分子对接。结果 灵芝和2型糖尿病的共同靶点有146个;PPI网络包含灵芝和2型糖尿病共同目标有146个节点和2 201条“边”;筛选出灵芝5个活性成分及与T2DM相关靶点146个;重要活性成分包括Methyl lucidenate F、环氧灵芝醇A、赤灵芝酸E、赤芝酮A、Methyl lucidenate Q,核心靶点包括PGR、PTPN1、NR3C2等;KEGG主要通路富集于卵母细胞减数分裂、NF-kappa B信号通路、长寿调节途径等;分子对接结果显示,化合物和重要靶位之间具有很强的融合作用。结论 本研究进一步...     

网络药理学探究败酱草治疗溃疡性结肠炎机制

通过网络药理学分析和分子对接来探讨败酱草治疗(ulcerative colitis,UC)可能的分子作用机制.通过数据库得到溃疡性结肠炎相关靶点和败酱草主要成分,基于已有数据库文本挖掘和常见成分靶点预测工具获取成分靶点,进行一系列对比.对主要靶点进行GO及KEGG分析,得到核心靶点;对核心靶点进行分子对接.败酱草40种化学成分通过STAT3、TNF、IL6、IL1 B和IL10等共18个关键靶点起到活性作用,通过炎症性肠病信号通路等信号通路发挥疗效;分子对接模拟实验结果表明结合活性良好,可能主要以氢键作用,疏水作用,盐桥作用等形式结合.通过网络药理学和分子对接来揭示败酱草治疗该病可能的分子作用机制,也为不同科研用途使用不同靶点来源工具作出参考和借鉴.     

基于网络药理学与分子对接探讨“萆薢-菟丝子”药对治疗慢性前列腺炎的分子机制

应用网络药理学与分子对接揭示“萆薢-菟丝子”药对治疗慢性前列腺炎的分子机制,为其临床应用提供新的理论依据及研究思路.从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获得“萆薢-菟丝子”药对主要活性成分,利用PubChem数据库以及SwissTargetPrediction平台数据库获取主要活性成分的药物靶点,由GeneCards数据库、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DisGeNET数据库中获得慢性前列腺炎疾病相关靶点,与先前获得的药物靶点进行交集,获得共有靶点.利用DAVID 2021在线数据库对共有靶点进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;应用STRING11.5在线数据库构建共有靶点蛋白互作网络(PPI)分析;最后通过Discovery Studio2019对靶点蛋白与关键化合物进行分子对接评价.共筛选出13个“萆薢-菟丝子”主要活性成分,包括Diosgenin薯蓣皂素、Sesamin芝麻素、NSC63551柱头甾醇、Isorhamnetin异鼠李素、beta-sitosterol β-谷甾醇等;药物靶点312个,与疾病...     

基于网络药理学和分子对接研究三七抗类风湿关节炎的分子机制

通过中药系统药理学数据库与分析平台获取三七的主要活性成分及其相关靶点;通过GeneCards数据库预测类风湿关节炎相关靶点,并运用Uniprot数据库标准化蛋白名称,取三七-类风湿关节炎的交集靶点;通过STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用分析;采用Metascape平台进行GO(gene ontology)功能分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集分析;采用Cytoscape3.7.2构建活性成分-靶点-信号通路相互作用网络;利用AutoDock Vina 1.1.2软件对关键靶点和成分进行分子对接。结果表明:通过筛选获得三七核心活性成分7种,三七-类风湿关节炎共同作用靶点100个,其中核心靶点包括AKT1、IL6、VEGFA、TNF、TP53、JUN、CASP3、PTGS2等;GO分析获得1 064条信号通路,KEGG分析得到102条信号通路,其中与类风湿关节炎相关的信号通路包括AGE-RAGE、MAPK、TNF、IL-17以及HIF-1等;分子对接结果显示关键靶点与成分具有较好的结合活性。研究认为三七抗类风湿关节炎可能是通过对物质代谢、信号转导、炎症反应等多靶点及多通路的调节从而发挥作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪-丹参配伍治疗糖尿病肾病作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接探讨黄芪-丹参配伍治疗糖尿病肾病作用机制研究。方法 通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)获取黄芪、丹参有效成分和作用靶点,运用Cytoscape3.7.1构建成分-靶点-疾病靶点网络图,获取有效成分和DN交集基因,构建PPI网络,运用分子对接对筛选出的有效成分与核心靶基因进行分子对接验证。运用Bioconductor 对靶基因进行GO生物学过程分析和KEGG通路分析。结果 通过分析黄芪、丹参共获得81个有效成分,获取交集基因22个,分子对接预测丹参酮ⅡA与MYC、VCAM1、CASP3有较强的结合活性,槲皮素和山奈酚与ADRB2有较强的结合活性。GO和KEGG富集分析显示,黄芪-丹参治疗DN主要参与糖尿病并发症AGE/RAGE、MAPK、HIF-1等多条信号通路等。结论 黄芪-丹参主要是通过活性成分槲皮素、山奈酚、木犀草素、丹参酮ⅡA等通过靶向ADRB2、CASP3、VCAM1、MYC等相关靶点,参与糖尿病并发症AGE/RAGE、MAPK、HIF-1等多条信号通路发挥治疗DN作用。     

基于网络药理学的金荞麦治疗糖尿病肺病的作用机制

基于网络药理学研究金荞麦治疗糖尿病肺病的主要化学成分,作用靶点和相关信号通路.利用TCMSP数据库检索金荞麦主要的活性成分及作用靶点;基于OMIM和Gene Cards数据库找出与糖尿病肺病相关的作用靶点,求金荞麦主要成分的作用靶点与糖尿病肺病的相关靶点交集,将交集靶点导入STRING数据库构建PPI网络,对该网络进行拓扑分析找出关键靶点;把关键靶点导入DAVID 6.8.0数据库,找出金荞麦治疗糖尿病肺病关键靶点参与的生物学过程、分子功能、细胞组分和KEGG通路.结果显示,通过TCMSP数据库的口服利用度(OB)和类药性(DL)条件筛选出15个金荞麦主要化合物,相应作用靶点85个;与糖尿病肺病发病机制有关的作用靶点18个,经PPI网络分析得到9个关键靶点;GO分析富集得到生物过程72个,分子功能14个,细胞组分8个,65条KEGG信号通路.表明金荞麦治疗糖尿病肺病发挥药效的有效成分可能是没食子酸酯、(+)-儿茶素、β-谷甾醇、异鼠李素和原花青素B1等化合物,作用机制可能跟MAPK1、AKT1、EGFR、EGF、JUN等靶点,以及Erb B信号通路、Ras信号通路、癌症中的胆碱代谢、MAPK信号通路、局灶性粘连及TNF信号通路有关.     

基于网络药理学和分子对接技术探究地胆草治疗溃疡性结肠炎的作用机制

基于网络药理学和分子对接技术，研究地胆草治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的分子机制。根据文献调研确定地胆草的化学成分，利用SwissADME数据库筛选活性成分、SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点。通过GeneCards、Disgenet、PharmGKB和TTD数据库获取UC的相关靶点，并进行拓扑分析，采用Metascape数据库对候选靶点进行GO (gene ontology)功能和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)生物通路富集分析，最后结合RCSB PDB数据库及Chemdraw、PyMoL、AutoDock 4.2.6对核心成分和关键靶点进行分子对接验证并进行可视化分析。从地胆草中筛选出34个调控UC的潜在靶点，对关键靶点作GO功能和KEGG通路富集分析，显示地胆草可能通过对系统过程的调节、外部刺激反应的负面调节、凋亡信号通路的调节以及机械刺激的反应等生物学过程调节MAPK3、PIK3CA、STAT3和JAK2等关键靶点的表达，从而参与调控癌症信号通路、PI3K-A...     

基于网络药理学探讨头花蓼治疗泌尿系统感染的作用机制

目的:利用网络药理学的方法探究头花蓼治疗泌尿系统感染的作用机制。方法:在知网上收集和整理头花蓼的有效成分；通过TCMSP数据库找到头花蓼活性化合物对应的靶标，并用Uniprot数据库添加基因的Symbol;通过GeneCards网站检索泌尿系统感染相关的靶标；利用R软件提取出头花蓼有效成分和疾病共同的靶基因，将共同基因用Cytoscape3.7.2软件构建药物-疾病-有效成分-基因的调控网络；利用STRING数据库构建蛋白互作网络；用R语言进行GO和KEGG富集分析。结果:得到头花蓼的化学成分42个；342个靶蛋白；与疾病的交集靶蛋白共254个；GO分析得到条目186条；KEGG分析得到194条。头花蓼的活性成分可以通过调控SRC、AKT1、STAT3、JUN、MAPK1、RELA等靶标，AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、脂质和动脉粥样硬化通路、人类巨细胞病毒感染等通路发挥治疗泌尿系统感染的作用。结论:头花蓼可以治疗泌尿系统感染，其治疗机制与降低细胞通透性、激活自噬蛋白与PI3K-Akt通路有关。     

黄芪治疗乳腺癌机制研究

基于网络药理学理论,采用生物信息学手段对中药黄芪中治疗乳腺癌有效成分及其机制进行探讨.一方面通过TCMSP中草药系统药理学平台筛选出黄芪的有效成分,另一方面通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank和DisGeNET等数据库查找与乳腺癌相关靶点.而后,利用筛选出的有效成分和靶点构建"药物-成分-靶点-疾病"网络图,借助STRING数据库平台探究蛋白质互相作用关系,并进行GO分析和KEGG通路富集分析.采用分子对接技术将黄芪中的主要活性成分槲皮素与JUN、RELA、ESR1、MYC、MAPK1、FOS、HIF1A、MAPK14、AKT1、CCND1和IL-2等靶点进行分子对接.最后进行槲皮素(quercetin)对人乳腺癌MCF-7和MDA-MB-435细胞模型进行体外实验验证,结果表明黄芪可能主要是通过其活性成分槲皮素实现其抗乳腺癌的作用.本研究初步探讨黄芪治疗乳腺癌具有的多靶点、多通路的潜在作用机制,可进一步为黄芪抗乳腺癌有效成分的筛选验证提供依据.     

牡丹皮-赤芍药对治疗川崎病作用机制的网络药理学研究

目的:基于网络药理学的方法探讨了治疗川崎病的常用药对牡丹皮-赤芍发挥作用的潜在机理。方法:用TCMSP数据库对牡丹皮-赤芍药对的有效成分和相关靶点进行检索筛选,基于GeneCards和OMIM数据库搜索川崎病有关靶点,通过Venny工具分析牡丹皮-赤芍药对治疗川崎病的交集靶点。共有靶点经STRING数据库与Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络图,使用R语言分析GO功能和KEGG富集情况,经分子对接技术评价关键靶点与主要成分的结合力。结果:筛出牡丹皮-赤芍药对36个活性成分,243个潜在靶点,川崎病相关靶点1619个,活性成分-疾病共同靶点100个。PPI网络中核心靶点主要涉及MYC、HIF1A、AKT1、JUN等。GO功能分析获取GOBP条目1883条,GOCC条目40条,GOMF条目147条;KEGG富集得到168条信号通路,靶点集中在AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路和TNF信号通路等。分子对接结果中,槲皮素、山柰酚与JUN、AKT1、CASP3具有较好的结合能力。结论:牡丹皮-赤芍药对通过细胞氧化应激反应和血管内皮生长因子等生物过程,经多成分、多靶标、多通路作...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探索黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的分子机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台对黄连温胆汤药物活性成分及药物作用靶点基因进行筛选。通过Genecards数据库、DisGENET数据库查找幽门螺杆菌相关性胃炎疾病相关靶点,利用维恩在线绘图工具获得疾病与药物的共同靶点基因。利用Cytoscape 3.8.2软件以及STRING数据库分别构建药物-化合物-靶点相互作用网络及蛋白质-蛋白质相互作用网络图。运用DAVID数据库进行基因本体功能和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。选取度值排名前3的靶点蛋白和活性成分使用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接。共筛选得到槲皮素、川皮苷、柚皮素等127种黄连温胆汤药物活性成分,并获得Akt1、JUN、TNF-α、STAT3等101个潜在靶点蛋白,涉及P53信号通路、NOD样受体信号通路、TNF信号通路等90条信号通路。分子对接结果显示关键靶点STAT3、TP53、Akt1与活性成分槲皮素、川皮苷、柚皮素的亲和力较好,其中以Akt1与柚皮素的结合能力最强。通过分析黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作...     

补骨脂乙素治疗溃疡性结肠炎的分子作用机制

利用网络药理学方法联合GEO基因芯片及分子对接探索补骨脂乙素治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的潜在作用机制.通过PubChem等数据库预测补骨脂乙素靶点;在GeneCards、DisGeNET等数据库检索UC作用靶点合并GEO芯片提取的差异基因去重后得到UC靶点,对药物与疾病交集基因进行富集分析;构建交集基因蛋白互作网络筛选出核心靶点,分子对接初步验证药物与核心靶点的结合活性.结果:筛选出交集基因107个;富集分析显示基因功能多与炎症相关;筛选得到核心靶点AKT1、MMP9、EGFR、IGF1、SRC;分子对接模拟验证显示药物与核心靶点之间有较好的结合活性.提示补骨脂乙素可能通过作用于核心靶点调节炎症相关信号通路进而发挥抗UC的作用,可为后续深入研究提供数据支持.