猕猴不同组织器官中黄嘌呤脱氢酶/氧化酶基因的mRNA表达的半定量RT-PCR检测方法的建立

目的建立半定量RT-PCR检测方法检测猕猴体内肝脏组织、上皮组织、睾丸组织、心肌组织,肾脏组织中黄嘌呤氧化脱氢酶(XDH/XO)的mRNA的表达。方法分别提取健康猕猴新鲜肝脏组织、上皮组织、睾丸组织、心肌组织,肾脏组织中总RNA,用RT-PCR二步法进行XDH/XO基因片段扩增,内参基因选用管家基因GAPDH,对获得的目的片段进行序列测定以鉴定其特异性,在凝胶影像分析仪Quantity one软件得出其电泳条带的灰度值(IOD),计算目的基因与内参基因比值得到猕猴不同组织XDH/XO的mRNA的相对表达量。结果建立了半定量RT-PCR检测方法,猕猴不同组织XDH/XO的mRNA表达在肝脏组织中表达水平最高,其次为心肌,肾脏,睾丸,皮肤。结论本研究所建立的半定量RT-PCR检测方法可应用于检测猕猴各组织器官组中的XDH/XO的mRNA的表达差异。     

基于仿射传播聚类选择的多Atlas右心室精准分割

由于右心室具有易变、壁薄、边界不明显等特点，Atlas成为近年来流行的图像分割方法.针对现存的Atlas选择方法大多基于配准后选择最优的Atlas，比较耗时并且降低了分割性能，提出了利用仿射传播聚类算法进行Atlas选择的方法.首先，将所有的Atlas图像看作一系列数据点，通过数据点之间的消息传递聚类；然后，得到的聚类中心图像和目标图像经过配准得到形变标记结果，采用STAPLE融合策略融合；最后，对融合结果以相似性测度因子为依据进行排序，而用相似性测度因子值最大的聚类中心进行配准分割.重复以上过程，直到得到较精确的分割结果.实验结果表明，提出的方法能有效地进行右心室的分割，与传统选择方法相比，分割精度得到了明显提高.     

pEGFP-N1/PDX1真核载体的构建与表达

目的: 构建胰腺十二指肠同源框蛋白1 (pancreatic and duodenal homeobox factor 1, Pdx1)转录因子真核表达质粒,并检测其在真核细胞中的表达能力及其生物活性.方法:以人胚胎胰腺组织基因组的mRNA为模板经RT-PCR扩增获得Pdx1基因编码序列,克隆到真核表达载体pEGFP-N1的多克隆位点中,构建pEGFP-N1/Pdx1真核表达质粒,并转染L02细胞,用RT-PCR、免疫组化、间接荧光法和Western Blot检测目的基因表达情况.结果:酶切与测序结果表明目的基因序列克隆正确;RT-PCR检测目的基因Pdx1 mRNA在靶细胞L02中表达;免疫组化和间接荧光结果证实Pdx1主要存在于细胞核内;Western blot检测到细胞核内Pdx1目的蛋白.结论:完成人Pdx1基因克隆,成功构建了目的基因Pdx1真核表达载体,并在L02细胞中获得有效表达.     

拟南芥AtPLC4基因RNAi载体的构建及遗传转化

利用RNAi技术,构建了AtPLC4基因的RNAi双元载体,并进行了拟南芥的遗传转化,通过抗性筛选及PCR鉴定,获得20株遗传转化株系.进一步通过RT-PCR检测,得到3株AtPLC4基因表达降低的转基因植株,为运用反向遗传学的方法深入研究AtPLC基因家族的生物学功能提供基础.     

应用cDNA微阵列芯片筛选胃癌转移相关基因的初步研究

采用cDNA微阵列技术建立胃癌原发灶和淋巴结转移灶基因表达谱,识别和克隆胃癌转移相关基因。用含10000个已知基因和7000个EST的cDNA微阵列分析胃癌原发灶和淋巴结转移灶表达谱的变化,利用生物信息学分析差异表达基因, RT-PCR和反向Northern点杂交验证cDNA微阵列结果。发现2倍以上的差异表达基因601个,其中淋巴结转移灶中表达上调527个,表达下调74个;2倍以上的差异EST 71个,其中淋巴转移灶中表达上调62个,表达下调9个。在胃癌原发灶中,与细胞免疫、发育、信号转导功能相关基因存在高表达;而在淋巴结转移灶中,与细胞生长、细胞周期、细胞运动和粘附功能相关基因存在高表达。RT-PCR和反向Northern点杂交结果进一步证实carbonic anhydraseⅡ、IGFBP-4基因高表达与胃癌转移相关。通过分析胃癌原发灶和淋巴结转移灶表达谱的变化,发现一些与胃癌转移相关的基因和EST,为进一步寻找和克隆胃癌转移相关基因提供研究线索。     

一种新的去无关基因肿瘤样本分类方法

基因数据分类方法的研究是当前生物信息学的一个热点,利用基因微阵列技术所提供大量的基因数据为诊断不同种类的基因疾病提供了可能。依据基因表达谱建立有效的模型对肿瘤类型的识别、诊断和治疗具有重要应用价值。通过对肿瘤基因表达谱进行分析,提出一种新的去无关基因的分析方法。新方法首先通过引入参数数量与改进的信噪比结合,对已有的基因信噪比（REFSC）公式进行改进,然后用主成分分析法提取主要的分类信息,达到特征提取的目的。最后用支持向量机（SVM ）对样本集进行分类测试,分类模型的核函数分别采用线性linear、多项式polymoid、径向基RBF核函数,对肿瘤样本集进行实验测试,实验表明了新方法是可行的和有效的。     

基于模糊自适应共振网络简化模型方法的乳腺肿瘤基因分类

以乳腺肿瘤的基因微阵列实验所产生的基因微阵列表达数据为研究对象,针对大规模基因表达模式分析的特点,提出基于模糊自适应共振网络简化模型的基因表达数据分类方法,并在此基础上实现了BRCA1变异和BRCA2变异的乳腺肿瘤分类.利用Hedenfalk的基因微阵列数据,对BRCA1变异和BRCA2变异作分类计算,计算结果达到78%以上的正确率.     

独行菜eEF-1 a基因片段分离克隆及RT-P CR分析

文章根据已知植物eEF-1a（编码 Eukaryotic elongation factor1-alpha）基因的保守序列设计引物,采用 RT- PCR的方法扩增独行菜（Lepidium apetalum Willd．）eEF-1a基因片段。结果获得一大小为570bp 的基因片段,序列比对表明,该基因片段与拟南芥eEF-1a基因核苷酸序列的同源性达到95％,推测该其应该是独行菜eEF-1a基因片段。采用RT- PCR方法,对独行菜三个生长阶段材料及对应阶段冷诱导后地材料中的eEF-1a基因表达作了分析,表明eEF-1a在独行菜组织中表达稳定,可以作为实时荧光定量 PCR研究独行菜基因表达分析中的看家基因。     

葡萄愈伤组织RNA提取方法比较及部分基因的表达差异初步分析

 以欧亚种酿酒葡萄品种赤霞珠(Vitis viniferaL.cv.Cabernet Sauvignon)的胚性愈伤组织(EC)和非胚性愈伤组织(NEC)为材料,进行了总RNA不同提取方法的比较.结果表明葡萄EC和NEC的总RNA的最佳提取方法是RNAplant试剂法.通过此方法提取的总RNA完整性好,28S和18S条带清晰,且OD_260/280nm值都在1.8～2.0之间.以此RNA为模板,对actin,tubulin,CLV等基因进行了半定量RT-PCR对比,发现EC与NEC在不同基因表达上存在差异.以上结果说明,以RNAplant试剂提取的RNA质量,可以满足cDNA合成和qRT-PCR等研究用途.这为深入研究葡萄花药愈伤组织胚性与非胚性细胞系的基因表达特点,以及葡萄体细胞胚发育过程中的基因时序表达奠定了基础.     

实时荧光定量PCR检测多鳍鱼Shh基因表达标准品质粒和标准曲线的构建

为了快速、准确定量多鳍鱼Shh基因在机体组织中的表达水平,根据笔者克隆的Shh基因序列,选择其高度保守区域设计一对引物,对多鳍鱼各组织提取mRNA,经RT-PCR扩增,产物纯化后与pGEM-T-easy连接,转化大肠杆菌DH5α。筛选后得到重组标准品质粒,对重组标准品质粒进行酶切、PCR和测序鉴定,表明Shh基因保守区段已经成功克隆。将重组标准品质粒进行倍比稀释,然后以此为模板,进行荧光定量PCR,系统自动分析软件显示Ct值与标准品浓度的对数之间存在良好的线性关系。回归方程为y=-0.32x 10.47,回归系数为1.00。构建Shh基因表达检测标准品质粒和标准曲线,建立检测多鳍鱼Shh基因荧光定量PCR方法,为进一步研究Shh基因在组织中的动态分布和研究多鳍鱼系统发育奠定了基础。     

考虑桩-土相互作用的悬臂式排桩内力计算方法研究

在分析常用计算方法优缺点的基础上,通过引入非线性的桩-土相互作用模型,提出了一种可考虑桩-土相互作用的悬臂式排桩内力计算方法.首先,采用杆单元对桩体结构进行离散化,计算单元刚度矩阵并合成为总体刚度矩阵;其次,假定基坑内、外侧土压力与桩身位移之间的非线性函数关系,建立非线性的节点荷载函数列阵;再次,根据总体刚度矩阵和节点荷载函数列阵形成总体刚度方程(组),采用Newton-Raphson法求解以得到节点位移列阵;最后,通过单元刚度方程和节点位移列阵反求桩身内力和桩侧土压力.算例分析表明,本文方法计算简单方便,能充分反映桩侧土压力非线性变化的特点,较好地揭示了桩-土相互作用机理,适用于悬臂式排桩内力计算.     

Suitable internal control genes for qRT-PCR normalization in cotton fiber development and somatic embryogenesis

The mechanisms of cotton fiber development and somatic embryogenesis have been explored sys-tematically with microarray and suppression subtractive hybridization. Real-time RT-PCR provides the simultaneous measurement of gene expression in many different samples,with which the data from microarray or others can be confirmed in detail. To achieve accurate and reliable gene expression re-sults,normalization of real-time PCR data against one or several internal control genes is required,which should not fluctuate in different tissues during various stages of development. We assessed the gene expression of 7 frequently used housekeeping genes,including 18S rRNA,Histone3,UBQ7,Actin,Cyclophilin,Gbpolyubiquitin-1 and Gbpolyubiquitin-2,in a diverse set of 21 cotton samples. For fiber developmental series the expression of all housekeeping genes had the same down tendency after 17 DPA. But the expression of the AGP gene(arabinogalactan protein) that has high expression level at the later fiber development stage was up-regulated from 15 to 27 DPA. So the relative absolute quanti-fication should be an efficient and convenient method for the fiber developmental series. The expres-sion of nonfiber tissues series varied not so much against the fiber developmental series. And three best control genes Histone3,UBQ7 and Gbpolyubiquitin-1 have to be used in a combinated way to get better normalization.     

《城市运动会地图集》的设计与编制

为了服务城运,宣传江西、展示南昌,作为第七届城市运动会承办地,编制了《中华人民共和国第七届城市运动会地图集》。该图集充分利用了数字测绘产品和现代制图理论,以多种形式诠释了城市运动会专题信息和承办地风土人情,对该图集的设计思想与编制特点作了详细说明。     

基于.NET的大型培训集成MIS设计实现

在.NET框架下使ASP.NET、Web服务和Atlas技术构建一种分布式、大型集成的培训管理信息系统(TMIS),该系统主要包括网上报名、学籍管理、培训人员上课记录、成绩管理、网站、移动通信、学费管理、系统管理、课程管理、员工管理等子系统。并分析得出一种新的实现方法。     

基于熵互信息理论的基因调控网络的研究

将熵互信息理论应用到布尔基因调控网络中,并推导出了多个基因决定某个或多个基因的表达值的逻辑规则,根据得到的逻辑规则建立了基因逻辑电路网络,根据该网络和逻辑电路网络分析方法又建立了基因调控网络动态转换图,从而揭示了基因之问的调控关系。     

小苍兰实时荧光定量PCR中的内参基因筛选

筛选适用于小苍兰实时荧光定量PCR的内参基因，为准确研究小苍兰基因表达，尤其是种球发育相关基因的表达分析提供参考。     

热作模具钢的原位统计分布分析

采用原位统计分布分析技术对不同来源的模具钢进行解析,获得了模具钢坯横剖面较大尺度范围内各化学组成的位置分布、状态分布、含量分布的一系列新信息;定量表征了不同来源模具钢的最大偏析度、统计偏析度、统计符合度、统计致密度、统计疏松度、夹杂物种类和含量以及粒度统计分布等参数的差异性,可用于不同来源模具钢质量差异解析的参考。     

双向梯度归一化互信息医学图像配准方法

传统互信息配准方法未利用图像的空间信息,为此,提出一种将互信息与梯度相似性相结合的双向医学图像配准方法.首先以图像A为参考,求图像A和待配准图像B的每组对应点的梯度相似性,并在计算相似性之前引入高斯算子以降低噪声影响,将梯度相似性因子与归一化互信息的乘积作为图像配准的正向测度;反过来,再以图像B为参考计算逆向的梯度归一化互信息.由此得到双向梯度归一化互信息.实验结果表明,该方法比传统归一化互信息和梯度归一化互信息方法有更高的鲁棒性和精度.     

输油管道漏磁检测信号自适应滤波的研究

在采用漏磁法对输油管道进行无损检测过程中,信号会受到各种噪声的干扰。介绍了输油管道漏磁检测方法及归一化最小均方自适应滤波方法。通过实验装置采集了含有噪声的漏磁信号。由于各传感器提离值不能保证一致,对信号进行了补偿调整。将一路的传感器输出信号作为主输入信号,与之相邻的传感器输出信号作为参考信号,采用归一化自适应滤波对主输入信号进行处理。结果表明,采用归一化最小均方自适应滤波方法可使缺陷漏磁信号的信噪比得到显著的提高。