新型鹅去氧胆酸类手性分子钳对氨基酸甲酯的手性识别

利用紫外可见光谱差光谱滴定法考察了新型鹅去氧胆酸分子钳1～4对D／L氨基酸甲酯的对映选择性识别性能。结果表明，分子钳1～4对所考察的氨基酸甲酯均具有识别能力，主客体形成1：1型超分子配合物，并且这类主体对D-氨基酸甲酯的识别优于对L-氨基酸甲酯的识别，从主客体间的大小形状匹配及几何互补关系等方面对这些受体的识别能力及对映选择性进行了讨论。     

手性联苯二甲酸分子裂缝对氨基酸衍生物的对映选择性识别

用差紫外光谱滴定法考察了新型分子裂缝1-3对D／L．氨基酸甲酯的手性识别性能,测定了主客体间的结合常数（k）和自由能变化（△G°）．结果表明,裂口分子主体对所考察的客体分子显示良好的手性识别作用,其对D-氨基酸甲酯的识别优于对L-氨基酸甲酯的识别,识别作用的主要推劫力为氢键,范德华力等的协同作用．讨论了主体与客体间形状、大小匹配和几何互补等因素,对形成超分子配合物的影响,并利用计算机分子模拟作为辅助手段对实验结果与现象进行了解释．     

芳杂环类分子裂缝对中性小分子的识别性能研究

根据多点氢健、π-πstacking等识别作用原理,研究了新型芳杂环分子裂缝1~3对尿素、二苯甲酮、对硝基苯胺、戊二酰亚胺等中性小分子的识别性能.用差紫外光谱测定了结合常数和自由能变化.结果表明这些受体与所考察的大多数客体形成1∶1型的超分子配合物,识别作用的主要推动力为多重氢键、π-πstacking和Van der waals等非共价键协同作用.讨论了主客体间尺寸/形状匹配、几何互补性等对形成超分子配合物的影响.并利用计算机模拟作辅助手段对实验结果和现象进行了解释.     

氨基甲酸酯型石胆酸裂口分子的手性识别性能研究

用差紫外光谱滴定法考察了新型裂口分子1～3对D/L-氨基酸甲酯的手性识别性能.测定了主客体间的结合常数(kα)和自由能变化(△G°).结果表明,裂口分子主体对所考察的客体分子显示良好的手性识别作用, 其对D-氨基酸甲酯的识别优于对L-氨基酸甲酯的识别,识别作用的主要推动力为氢键,范德华力等的协同作用.讨论了主体与客体间形状、大小匹配和几何互补等因素,对形成超分子配合物的影响,并利用计算机分子模拟作为辅助手段对实验结果与现象进行了解释.     

氨基甲酸酯型石胆酸裂口分子的手性识别性能研究

用差紫外光谱滴定法考察了新型裂口分子1-3对D／L-氨基酸甲酯的手性识别性能,测定了主客体间的结合常数（kα）和自由能变化（△G°）．结果表明,裂口分子主体对所考察的客体分子显示良好的手性识别作用,其对D-氨基酸甲酯的识别优于对L-氨基酸甲酯的识别,识别作用的主要推动力为氢键,范德华力等的协同作用．讨论了主体与客体间形状、大小匹配和几何互补等因素,对形成超分子配合物的影响,并利用计算机分子模拟作为辅助手段对实验结果与现象进行了解释．     

二聚炔雌醇分子钳对氨基酸的对映选择性识别

利用人工受体与适当底物间的分子识别 ,以建立仿生模型的研究已成为生物有机化学前沿富有挑战性的领域之一 [1 ] .生物分子多数是手性分子 ,因而手性识别在生命过程中极其重要[2 ] .近年来对氨基酸的手性识别引起了广泛的兴趣 .多种大环受体 (如冠醚、环糊精、环番等 )对氨基酸的手性识别有较多的报道 ,然而甾体类大环和甾体分子钳受体对氨基酸的手性识别报道却很少 .我们曾报道了二聚雌二醇分子钳 ( 1 ,2 ,3,4)对氨基酸具有对映选择性识别性能[3,4] .这里报道由炔雌醇构筑的分子钳 ( 5 ,6 ,7,8)对氨基酸的手性识别 ,并与雌二醇分子钳的识别…     

手性不对称脲联苯二甲酸分子钳对中性分子的识别性能研究

用差紫外光谱滴定法考察了新型分子钳1～5对苯胺、对甲氧基苯胺、对氨基苯乙酮等中性分子的识别性能,测定了主客体问的结合常数(kg)和自由能变化(△G°).结果 表明,分子钳主体对所考察的客体分子显示良好的识别作用,主客体间形成11型超分子配合物,最大结合常数可达5119.23 L·mol-1,识别作用的主要推动力为氢键,π-π重叠等的协同作用.讨论了主体与客体间形状、大小匹配和几何互补等因素,对形成超分子配合物的影响,并利用计算机分子模拟作为辅助手段对实验结果与现象进行了解释.     

酯型脱氧胆酸分子钳受体的合成及分子识别研究

以脱氧胆酸甲酯为spacer,苯衍生物作为arm合成了一系列分子钳受体。其结构经IR,^1HNMR及元素分析鉴定,并且基于计算机分子模拟确认了其构象。利用分光光谱法考察了其识别性能,并对主－客体间的尺寸／形状匹配和识别作用的推动力进行了讨论。     

酯型脱氧胆酸类分子钳对芳胺及其衍生物的识别

人工受体的设计合成及其性能研究已成为生物有机化学的热点课题之一。近年来，钳形人工受体以鞭灵活的结构及易于将功能团聚集在钳形受体与底物结合的活性部位上等特点引起了人们的特别关注。胆甾不仅在生命科学、医药学等方面有着广泛的应用^[1,2]，而且由于其具有刚性疏水骨架、凹形结构及价廉易得等优点，使之成为构筑钳形受体的理想单元^[3-5]。我们曾报道了α-猪去氧胆酸分子钳对中性分子芳胺的识别^[6]，为了进一步拓展胆甾类钳形受体在分子识别方面的应用，研究钳形受体裂穴大小、形状、微环境效应等对分子识别的影响，我们设计合成了一系列以脱氧胆酸甲酯为spacer，苯衍生物为arm的胆甾类钳形受体1-4（其结构如图1所示），利用紫外分光光度法考察了其对芳胺及其衍生物的识别性能，探讨了识别推动力。     

新的噻二唑型猪去氧胆酸分子钳的微波合成

在微波辐射条件下,以猪去氧胆酸和1,3,4-噻二唑为原料,设计合成了10个含噻二唑结构单元为手臂的新型猪去氧胆酸分子钳,其结构经1H NMR,IR,ESI-MS及元素分析确证.通过微波法和常规法的对比发现,使用微波法后,产率从38 ～48％提高到80～91％,反应时间从1800 ～2400分钟缩短到40 ～ 50分钟.利用紫外光谱滴定法考察了主体化合物对D/L-亮氨基酸甲酯,D/L-苯丙氨基酸甲酯的识别性能.实验结果表明,这类分子钳对D-氨基酸甲酯有良好的识别性能.     

邻香兰素分子模板聚合物结合作用及选择性研究

 以邻香兰素为烙印分子,α-甲基丙烯酸为功能单体,乙二醇二甲基丙烯酸酯为交联剂,采用分子烙印技术合成了1类新的分子烙印聚合物.研究了它们的吸附特性及选择性识别能力.结果表明,与组成相同的非模板聚合物相比,模板聚合物有一定的吸附性能和选择性.     

取代基对分子线电子性质的影响

采用Gaussian98量子化学软件中的AM1方法，分别计算不同取代基下分子线的电子结构。通过对最低未占有轨道（LUMO）形状的分析，研究了不同取代基对分子线电子性质的影响。结果显示吸电子基可以引起LUMO的定域化，从而对分子线的电子输运产生了影响。     

鹅去氧胆酸分子钳对中性分子的识别性能研究

利用差紫外光谱滴定法考察了鹅去氧胆酸分子钳1～5对苯胺、对硝基苯胺、对甲氧基苯胺等中性分子的识别性能,测定了主客体间的结合常数(ka)和自由能变化(ΔG°).结果表明,主体对所考察的客体分子显示良好的识别作用,主客体间形成1∶1型超分子配合物,最大结合常数可达1292.51 L.mol-1,识别作用的主要推动力为氢键,范德华力等的协同作用.讨论了主客体间形状、大小匹配和几何互补等因素,对形成超分子配合物的影响,并利用计算机分子模拟作为辅助手段对实验结果与现象进行了解释.     

牦牛分子育种的理论与实践

21世纪初,动物育种已迈入分子水平,朝着快速改变动物基因型的方向发展.本文在总结作者近年来对牦牛各种分子遗传标记研究成果的基础上,分析了RFLP、RAPD、AFLP、微卫星DNA、m tDNA等分子遗传标记在牦牛遗传育种研究中的应用以及牦牛功能基因的研究现状,进而探讨了牦牛分子育种的理论和实践,以便为今后在牦牛生产中进一步地开展分子育种提供理论依据.     

分子量分布对聚丙烯力学性能的影响

研究了分子量及其分布对注射成型聚丙烯样条的密度，结晶度、拉伸性能、冲击性能的影响，不同分子量与分子量分布的聚丙烯样品由化学控制降解制得，用数学方法分析了实验数据与分子量分布之间的量化关系。     

基于Marching Cubes方法计算分子体积

利用Marching Cubes方法,基于分子形貌理论,提出了分子等值面模型体积的计算公式.首先,利用二进制和十进制的转换关系定义体元顶点的标号,并将与分子表面相交的体元归纳为16种不同的构型,其中包括基本构型和特殊构型.然后针对不同构型给出相应的体积计算公式,最终通过求和得到整个分子的体积.该方法的优点在于不需要重建分子表面,即可通过已知网格数据和阈值直接得到分子的体积,易于理解,并具有较高的计算效率.最后,通过几个典型分子体积计算结果的对比,证实了该方法准确有效.此外,该方法同样适用于其他从规则网格数据中提取的等值面模型体积的计算.     

分子体系温度和入射激光能量对O_2分子取向影响的物理机制

从形成分子转动波包的过程中,参与转动跃迁的分子转动态布居情况出发,理论上详细地研究了单脉冲分子取向中,分子体系温度和入射激光能量对O2分子体系取向的影响.结果表明:增加分子体系的转动温度,会使参与转动跃迁的转动能级数目增加,但是与此同时,各个转动态的参与几率却大幅度的下降.而增加激光能量也会使参与转动跃迁的分子转动能级数目增加,但不同于增加分子温度的是,这时候参与转动跃迁的各个分子转动能级的参与几率并没有降低.因此,增加分子的转动温度和增加激光脉冲的能量都会增加分子参与转动跃迁的能级数目,但增加分子的转动温度会降低分子的取向度,而增加激光脉冲的能量(小于分子电离的激光能量)会增加分子的取向度.     

基因疗法研究的新进展

指出基因疗法是分子生物学与医用分子遗传学结合的产物,介绍了基因疗法临床应用研究进展,展望了基因疗法的前景,特别强调了上海复旦大学新近取得的基因研究重大突破在推动基因疗法快速发展中的作用。     

CO2在H-STI分子筛中吸附的分子模拟研究

采用巨正则蒙特卡罗方法(GCMC)研究了CO2分子在H-STI分子筛中的吸附.计算得到的吸附热和实验温度下吸附等温曲线与实验结果吻合较好.在此基础上,进一步预测了CO2分子在H-STI分子筛中的吸附性质.     

Docking and molecular dynamics studies on CYP2D6

Drug-metabolizing enzymes, also known as cytochrome P450s, are a superfamily of hemoglobin responsible for metabolizing more than 90% clinical drugs. Cytochrome P450 2D6 (CYP2D6) is a significant member of cytochrome P450s for the reason of metabolizing about 20% clinical drugs. In this paper, molecular docking and molecular dynamic simulations are used to investi- gate the active site of CYP2D6, roles of essential amino acids within the active site and time-dependent protein energy changes. The results suggest that amino acids Glu216, Asp301, Ser304 and Ala305 in the active site are likely to form hydrogen bonding interac-tions with substrates; the benzene ring of Phe120 and aromatic ring in the substrates form ∏-∏ interactions. In addition, molecular dynamics simulations prove that the catalytic conformation of CYP2D6 without ligands can be obtained by their own atomic fluctuations. The impact of ligands on protein system energy and large conformational shift is not very large. Cytochrome P450s is known for their genetic polymorphisms, which will result in severe adverse drug reactions. Ideally, we hope to use mo- lecular modeling to investigate the differences between the substrates of wild-type and mutants while they are bonded with drugs, and predict the drug metabolizing ability of mutants. Reduce the possibility for people taking drugs that they can not metabolize, therefore reduce the rate of adverse drug reactions, and eventually establish a platform of personalized drugs to largely benefit human health.