肿瘤内细菌调控肿瘤细胞可塑性研究进展与展望（英文）

病原微生物与宿主细胞的交流与互作机制是生物医学领域的重要科学问题。随着单细胞分析和多组学研究模式的拓展,该领域迎来了新的科研突破。最新研究表明,肿瘤内细菌通过与肿瘤细胞及肿瘤免疫细胞互作改变肿瘤的演进和可塑性。为此,进一步解析肿瘤内细菌与宿主细胞之间的相互作用机制有望为靶向干预肿瘤发展与演进提供新的思路。本文综述了肿瘤内细菌与肿瘤细胞可塑性的研究进展,并展望了未来在制定肿瘤的精准治疗和新的靶向策略方面的潜在启示。     

环境微生物组多样性及功能研究进展

快速发展的测序技术和各种高通量手段使我们能够深入探索环境微生物的多样性及其功能。本文中提及的环境微生物组(environmental microbiome)界定为特定环境中所有微生物基因组的集合。环境微生物组研究的主要目的是解读特定环境中微生物的多样性、结构、功能、相互作用和进化,以及它们与环境因子和生态系统功能之间的关系等。本文重点关注土壤、水体及空气中的微生物组研究,回顾了目前的高通量测序技术和主要的环境微生物组学数据分析工具,然后综述了不同的生态环境中微生物组研究的主要的进展,最后,提出了环境微生物组研究中的关键科学问题,并突出了在未来环境微生物组研究中微生物功能和生态机制的重要性。     

代谢组学在疾病诊断方面的研究进展

代谢组学(metabonomics;metabolomics)是研究关于生物体被扰动后(如基因的改变或环境变化后)其代谢产物(内源性代谢物质)种类、数量及其变换规律的科学.目前代谢组学已广泛应用于病理阐述、药物开发、药物毒性研究、疾病诊断、微生物代谢研究等方面.对近5年来代谢组学在疾病诊断方面的研究进行了综述,并对代谢组学研究进行展望.     

结核分枝杆菌ClpX与人UBC9蛋白的相互作用抑制宿主细胞增殖

ClpX是原核生物中高度保守的基因,其编码丝氨酸蛋白酶ClpXP的ATP结合亚基,具有底物识别及ATP水解活性.ClpX参与调控细胞周期与应激反应,且为多种病原微生物致病所必需,但目前相关研究仍非常有限.为了探索结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)ClpX在感染宿主细胞过程中的作用机制,本文首先通过酵母双杂交技术在人类淋巴细胞cDNA文库中筛选得到了一个新的与结核ClpX相互作用的蛋白UBC9,并利用GST pull-down和Co-IP技术证实了这两个蛋白在体外和体内相互作用的特异性.将ClpX转染HEK293T细胞过表达,RNA干扰与回复实验进一步证实了ClpX蛋白能够通过与UBC9的相互作用抑制宿主细胞的增殖.     

16SrRNA测序技术在肠道菌群检测中的研究进展

16SrRNA测序技术是最常用的高通量测序依赖的组学技术之一,由于其结构和碱基排列复杂度适中,较易于进行序列测定和分析比较。人体肠道内寄居着数量庞大、种类繁多的微生物,与宿主形成一个相互依赖且相互制约的微生态系统,在宿主营养吸收和代谢、能量供应、免疫调节和对病原体的保护中起不可替代的作用。由于16SrRNA基因是原核微生物进行系统化分类研究时最常用的分子标志物,可对肠道微生物中的所有菌种进行精确定量。因此,综述了近年来16SrRNA基因序列分析技术在肠道菌群中的应用,为今后完善16SrRNA测序技术提供帮助。     

浅析植物内生菌的发展

内生菌是一种存在于植物内部的微生物,其同植物之间密不可分。人们通过不断的研究,在内生菌的活性以及其同宿主之间的关系上取得了新的进步,进展也十分之迅速,并逐步的在农业生产以及实用领域中应用内生菌。近年来我国在植物宿主同内生菌之间的关系研究的进展中,发现了内生菌可以反作用于宿主。因此文章主要对内生菌的活性及其对宿主的作用进行了综述,并对其应用前景做出展望。     

对抗流感病毒感染的新途径

科学家们改变流感病毒使其能够感染果蝇细胞,得以能够利用强大的基因组范围的RNA干涉（RNAi）筛选方法来识别该病原体成功感染所需的大量宿主基因。他们发现了几个宿主蛋白,在人体细胞中,这些蛋白在H5N1和HIN1流感A病毒的复制中有关键作用,但是在其他病毒的复制中没有。同样的策略也应该适用于其他病毒,只要病毒的复制周期至少有一部分能在果蝇细胞中得到支持就行。这是人们在寻找新的抗流感病毒方面取得的一项新进展,为人类对抗流感病毒感染提供了新途径。     

微生物相互作用研究进展：从观察到预测?

地球上的微生物有着极高的丰富度和多样性.它们的生命活动和相互作用对维持生态系统稳定性起到关键作用;生存在宿主体内的微生物对其宿主的健康有重要影响.第二代测序技术的发展使得科学家获得了大量的关于微生物群落和功能基因组成的数据;而微生物群落和生态系统生态学的重点,正在从获得观测数据转变到理解微生物相互作用过程,并预测群落结构和功能的动态变化.近年来发展了很多针对第二代测序数据的算法和数学模型,以推测微生物种间相互作用网络,但这种自上而下的研究仍存在局限性.自下而上的实验研究可以对微生物种间作用进行直接验证,并帮助我们理解更高层次上的生态学模式和过程.与此同时,基于数学分析或模拟的理论研究展示了微生物相互作用的动态及其对群落动态和功能的影响.今后的研究应该结合观测数据、实验验证、理论模型多种研究方法,增进我们对微生物种间相互作用的理解并做出预测,以应对全球气候变化、传染病暴发、抗生素抗性进化等诸多挑战.     

宏基因组技术在环境微生物资源开发中应用的探索

环境中约有99%的微生物在现有的条件下不能被培养,这使微生物资源的开发利用受到了限制.宏基因组是指某一特定的环境中全部微生物的总DNA,宏基因组技术是将样品中的总DNA提取出来后,利用适宜的载体克隆到宿主细胞中以构建成宏基因组文库,再筛选新的活性物质或基因,该技术在微生物资源的开发利用上将会有巨大的发展潜力.     

浅析植物内生菌的发展简

内生菌是一种存在于植物内部的微生物,其同植物之间密不可分.人们通过不断的研究,在内生菌的活性以及其同宿主之间的关系上取得了新的进步,进展也十分之迅速,并逐步的在农业生产以及实用领域中应用内生菌.近年来我国在植物宿主同内生菌之间的关系研完的进展中,发现了内生菌可以反作用于宿主.因此文章主要对内生菌的活性及其对宿主的作用进行了综述,并对其应用前景做出展望.     

Antibiotic resistance is ancient

The discovery of antibiotics more than 70 years ago initiated a period of drug innovation and implementation in human and animal health and agriculture. These discoveries were tempered in all cases by the emergence of resistant microbes. This history has been interpreted to mean that antibiotic resistance in pathogenic bacteria is a modern phenomenon; this view is reinforced by the fact that collections of microbes that predate the antibiotic era are highly susceptible to antibiotics. Here we report targeted metagenomic analyses of rigorously authenticated ancient DNA from 30,000-year-old Beringian permafrost sediments and the identification of a highly diverse collection of genes encoding resistance to β-lactam, tetracycline and glycopeptide antibiotics. Structure and function studies on the complete vancomycin resistance element VanA confirmed its similarity to modern variants. These results show conclusively that antibiotic resistance is a natural phenomenon that predates the modern selective pressure of clinical antibiotic use.     

发现法在短跑教学中的运用

随着社会的进步,教育科学的发展,国际上的各种现代的先进教法相继问世．发现法（又称发现学习或发现教学）就是其中的典型．将发现法运用于短跑教学,并与传统的传习式教法进行比较,结果证明发现法是行之有效的更加优越的一种教法．     

Virtual screening of chemical libraries

Virtual screening uses computer-based methods to discover new ligands on the basis of biological structures. Although widely heralded in the 1970s and 1980s, the technique has since struggled to meet its initial promise, and drug discovery remains dominated by empirical screening. Recent successes in predicting new ligands and their receptor-bound structures, and better rates of ligand discovery compared to empirical screening, have re-ignited interest in virtual screening, which is now widely used in drug discovery, albeit on a more limited scale than empirical screening.     

云制造资源的一种发现机制

针对当前现代制造模式研究热点的云制造,结合网络化制造资源发现原理及方法,提出了一种云制造资源的发现机制及其实现方法。首先分析了云制造基本内涵,给出了一种通用的四层体系结构,明确了云制造环境下制造资源的分类及特征,结合语义Web服务和OWL-S技术,提出了一种基于语义Web和本体知识的制造资源发现框架,并给出了一种基本的匹配策略和相似度算法。在实验的基础上,将对该发现机制与其他发现机制进行比较,结果表明这种方法查全率和查准率较高。     

机器发现：数位时代的科学研究工具

机器发现是利用计算机,重复发现历史上的科学发现,做出新的科学发现,或者对科学革命机制做出解释的过程。机器发现是人工智能、科学方法学和认知科学结合的领域,在理解科学发现过程方面起着重要作用,是有前途的新兴研究手段。设计新的机器发现系统,研究中国和希腊早期科学文化的比较,研究现代化背景下传统医学与现代医学范式的关系,也许是科学方法学研究的一条新路。     

“许昌人”头盖骨：现代人类起源再诠释？——“许昌人”头盖骨对国际学术界的挑战

“许昌人”头盖骨的发现,印证了“多地区起源”及人类连续进化附带杂交模式学说的正确性,面对“许昌人”头盖骨,“非洲夏娃说”、“代替说”等不攻自破。“许昌人”不仅可能是北京猿人的后代,同时还应是现代中国人的祖先。同时“许昌人”头盖骨的发现在人类学研究领域对DNA的科学证明提出了严峻挑战。它以事实提醒我们,面对现代人类多源说的实证资料,在人类学、考古学和基因科学诸多学术研究领域里调整学术思路势在必然。     

医学结构基因组学在研制新药中的作用

从药靶的选择、蛋白质片段为基础的新药开发、以寡聚酶为新药开发的靶、工业化的结构和蛋白质数据库以及专门研究传染病的结构基因组学工程等5个方面综述了医学结构基因组学在研制新药中的作用。     

组合化学在新药研究中的应用

综述了组合化学在新药研究中的应用,着重介绍了小分子库、肽化学库和药物筛选．     

Antibody-directed drug discovery

By harnessing the remarkable power of the immune system to access the three-dimensional chemical information sequestered in target sites for drug ligands, antibody-directed drug discovery speeds the design of new therapeutic entities.     

药物开发软件Catalyst及其在计算机辅助药物设计中的应用

计算机辅助药物设计(CADD)是一门多学科交叉的边缘学科,在新药研发,特别是在先导化合物的发现和优化过程中发挥着越来越重要的作用。Catalyst是一种基于药效团模型的综合性药物开发软件。本文着重介绍了Catalyst软件的基本功能及其在新药筛选中的应用。