HMGA1对肝细胞癌的增殖、迁移和细胞周期的作用影响

目的:探究HMGA1对肝癌细胞增殖、迁移及细胞周期的影响。方法:通过生物信息学、qRT-PCR、蛋白质印迹法分析HMGA1在正常肝组织与肝癌组织、正常肝细胞与肝癌细胞中的表达及其表达量与患者生存期的关系;通过GO和KEGG通路分析HMGA1及其相关基因在肝癌细胞生理活动中可能发挥的作用;MTT、克隆形成、Transwell实验及流式细胞术用于分析下调HMGA1对肝细胞癌的增殖、迁移、凋亡和细胞周期的影响。结果:与正常肝组织比较,肝癌组织HMGA1表达上调,且表达水平与患者生存期呈负相关;筛选得出451个正相关基因和398个负相关基因在TCGA-LIHC和GSE15765两个数据集中都具有统计学意义,KEGG和GO分析结果表明HMGA1及其相关基因参与组成细胞组分,并主要影响肿瘤细胞的分裂增殖、转录调控、氧化还原过程和代谢过程等;下调HMGA1抑制肝癌细胞的细胞活力、迁移,诱导细胞凋亡并阻滞细胞周期;敲低HMGA1使肿瘤体积缩小、重量减轻。结论:HMGA1可能作为原癌基因促进肝癌细胞的生长。     

丙氨酸-丝氨酸-半胱氨酸转运体2对肝细胞肝癌增殖和侵袭的影响（英文）

代谢重编程是肿瘤的主要特征,肿瘤细胞通过上调丙氨酸-丝氨酸-半胱氨酸转运体2(ASCT2)来适应其对谷氨酰胺的需求.本研究发现肝细胞肝癌(HCC)组织中ASCT2的表达明显高于正常肝组织,并且,高表达ASCT2的患者长期生存率较低.在体外实验中,敲低ASCT2能显著抑制HCC细胞的增殖、克隆形成、迁移和侵袭.细胞周期分析表明,敲低ASCT2抑制了HCC细胞S期的比例.裸鼠成瘤实验证实敲低HCC细胞中的ASCT2能显著抑制肿瘤的生长.进一步的研究显示,敲低ASCT2可显著抑制HCC细胞线粒体氧化磷酸化(OXPHOS)、ATP生成以及AKT/S6通路的磷酸化水平.本研究结果表明,敲低ASCT2可抑制HCC细胞的恶性行为.此外,ASCT2下调后的HCC细胞线粒体代谢以及AKT/S6通路的磷酸化水平也受到抑制,提示线粒体代谢失调以及AKT/S6通路的异常活化与HCC的进展密切相关.     

高甲基化相关的CCL5低表达促进肝癌细胞增殖及免疫抑制

目的 肝细胞癌的进展与免疫微环境的失调密切相关。趋化因子在招募免疫细胞进入肿瘤组织的过程中起着重要作用。本文探讨了CCL5在肝癌进展中的作用。方法 通过GEO数据库分析CCL5在肝癌组织中的表达及与患者预后的关联，通过免疫组织化学染色检测CCL5在肝癌患者临床标本中的表达情况，通过TCGA数据库分析CCL5与免疫浸润的相关性及表达量异常的原因。结果 CCL5在肝细胞癌组织中表达下降并与患者预后不良相关。CCL5低表达与肝癌组织中的免疫细胞浸润减少有关，而过表达CCL5能够抑制肝癌细胞的增殖。启动子DNA高甲基化引起了CCL5在肝癌组织中的低表达。结论 高甲基化相关的CCL5低表达能够促进肝癌免疫抑制及肿瘤细胞的增殖，CCL5可作为肝癌的一个预后指标和潜在治疗靶点。     

基于生物信息学对肝细胞癌潜在枢纽基因的筛选及验证

目的:筛选网络数据库中肝细胞癌组织与非癌性肝组织中差异表达的基因,并探讨其中适合作为早期筛查肝癌及治疗晚期肝细胞癌(HCC)的分子标记.方法:从GEO数据库中下载3个数据集GSE121248、GSE101685和GSE14520,筛选差异表达显著的基因(DEGs),并对其进行基因功能富集和信号通路富集分析,利用STRING网站构建对应蛋白的相互作用网络,导入Cytoscape软件后用CytoHubb插件筛选处于关键位置前10位的枢纽基因.利用Kaplan-Meier生存分析比较枢纽基因表达差异对肝癌患者平均生存率的影响,并通过GEPIA验证枢纽基因在肝癌组织中的表达变化情况,进一步分析各枢纽基因所涉及的信号通路.结果:数据集GSE121248、GSE101685和GSE14520分别筛选出为187、536和253个DEGs(|log_2FC|2, adj.P0.01).Venn图显示3个数据集中共同包含的DEGs有87个,其所涉及的细胞功能为类固醇代谢和氧化还原酶活性,所涉及的通路为视黄醇代谢及p53信号通路.87个DEGs对应的69个蛋白的相互作用网络中,筛选最大团中心性(maximal clique centrality, MCC)前10位的枢纽基因为CDK1、CCNB1、TOP2A、PRC1、ECT2、RACGAP1、DTL、RRM2、ASPM和ESR1.Kaplan-Meier生存分析提示9个基因(CDK1、CCNB1、TOP2A、PRC1、ECT2、RACGAP1、DTL、RRM2和ASPM)高表达可能导致HCC患者的总生存期(OS)较差,而ESR1基因高表达时患者OS延长(P0.05).GEPIA分析369例HCC组织和160例正常肝组织的结果显示,CDK1、CCNB1、TOP2A、PRC1、ECT2、RACGAP1、DTL、RRM2和ASPM表达升高,而ESR1表达下调(|log_2FC|1,P0.05).这10个枢纽基因所涉及的信号通路主要为p53信号通路、细胞周期和孕酮介导的卵母细胞成熟.结论:9个枢纽基因CDK1、CCNB1、TOP2A、PRC1、ECT2、RACGAP1、DTL、RRM2和ASPM的高表达以及ESR1的低表达与肝癌患者的不良生存率密切相关,提示它们作为检测对象预测肝癌预后及作为干预靶点改善肝癌预后的可能.     

PARP1调节肝癌细胞的生长和迁移

为了探究聚腺苷二磷酸-核糖聚合酶1(PARP1)在肝细胞癌发生发展中的功能,通过免疫组化检测PARP1在肝癌组织中的表达水平;通过CRISPR/CAS9技术构建PARP1缺陷的肝癌细胞株,并采用CCK8实验、克隆形成法和细胞迁移实验来探究PARP1缺陷对肝癌细胞的影响.免疫组化结果显示PARP1在肝癌细胞中高表达,PARP1缺陷抑制肝癌细胞生长和迁移.     

Egfl3在肝癌组织及细胞系中的表达水平及意义

目的:研究表皮细胞生长因子3(Egfl3)在肝癌组织及细胞系中的表达及其与肝癌病理临床特性的相关性.方法:采用荧光实时定量PCR(RT-qPCR)检测Egfl3基因在20对肝癌及相应癌旁肝组织,5株迁移、侵袭潜能不同的肝癌细胞系(SMMC-7721、BEL-7402、Huh-7、HepG2、Hep3B)和正常肝细胞系HL-7702中的表达水平;采用免疫组化检测Egfl3蛋白在40对肝癌及相应癌旁肝组织石蜡切片中的表达水平并分析其表达与肝癌临床病理特性的相关性.结果:RT-qPCR结果显示,Egfl3基因在20对肝癌组织中的表达水平(0.77±0.15)显著高于相应的癌旁肝组织(0.25±0.10)(t=2.904,P=0.006).Egfl3在5株肝癌细胞系中的表达水平也均明显高于正常肝细胞系HL-7702(P<0.05),且在侵袭迁移潜能中等的肝癌细胞系SMMC-7721中的表达高于侵袭迁移潜能较低的肝癌细胞系Bel-7402和Huh-7,后者又高于侵袭迁移潜能最低的肝癌细胞系HepG2和Hep3B.免疫组化结果显示Egfl3蛋白大多数表达于肝癌细胞或正常肝细胞的胞质内,并在62.5％(25/40)的肝癌组织中的表达显著高于相应的癌旁肝组织,且其表达与肝癌的TNM分期密切相关(P=0.04).结论:Egfl3在肝癌组织及细胞系中的表达显著上调,且其上调与肝癌的TNM分期及肝癌细胞的侵袭迁移潜能密切相关.     

P-gp在肝细胞肝癌组织中的表达及其意义

目的 探讨P-gp在肝细胞肝癌(HCC)中以及癌旁肝组织的表达意义.方法 采用免疫组织化学S-P法,检测30例HCC中P-gp的表达情况,以30例相应癌旁肝组织作为对照组,所得结果用统计学卡方检验及列联表等级相关分析进行比较.结果 P-gp蛋自在HCC、癌旁肝组织中阳性表达率分别为83.3%(25/30)、30%(9/30);HCC与癌旁肝组织表达差异有显著性(P<0.05).结论 P-gp参与介导HCC多药耐药.     

MGLL在前列腺癌组织中的表达及其对癌细胞生长的调控作用

目的:探索单酰甘油脂酶(MGLL)在前列腺癌(PCa)中的表达及其临床预后.方法:利用基因表达谱交互分析(GEPIA),Oncomine及人类蛋白质图谱(THPA)生物信息学工具,分析癌症公共数据库TCGA及GEO中PCa及对照样本中MGLL的mRNA及蛋白表达情况,基于TCGA数据库中的PCa病人样本信息进行生存分析,观察MGLL与成纤维细胞生长因子(FGF)/磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B (AKT)信号通路中关键蛋白的共表达相关性.通过Western blot检测MGLL在PCa细胞系中的表达;通过Transwell检测过表达MGLL对PCa细胞系迁移和侵袭的作用.结果:Oncomine数据库中检索到6组PCa研究队列,GEPIA工具共有492例PCa样本及52例前列腺对照样本.发现在Oncomine的多个PCa队列研究中,与对照前列腺组织相比,MGLL mRNA在PCa组织中显著低表达(P0.021).GEPIA分析的TCGA队列显示,MGLL在PCa中的mRNA水平亦显著降低(P0.01).THPA在线工具表明,MGLL蛋白在正常前列腺组织中高表达,而在PCa组织中低表达.蛋白水平与mRNA水平趋势一致.GEPIA的生存分析表明,MGLL表达水平与PCa患者总生存期(OS)和无瘤生存期(DFS)密切相关,MGLL低表达患者的预后较差(P=0.018;P=0.034).蛋白共表达分析表明,PCa中MGLL与FGF受体FGFR1、PIK3CA、AKT2、GSK-3B及CRMP2均成正相关(R=0.6,P=0;R=0.36,P=0;R=0.22,P0.001;R=0.36,P=0;R=0.5,P=0).Western blot检测表明MGLL在多个PCa细胞系中低表达,且过表达MGLL会抑制PCa细胞的迁移和侵袭能力(P0.05).结论:MGLL在PCa组织及癌细胞系中低表达,且与癌患者预后相关,其机制可能与PI3K/AKT/GSK-3B信号通路相关.     

蛋白激酶CK2β亚基在肝癌中上调表达及其对肝癌细胞增殖和迁移的影响

蛋白激酶CK2,曾被称为酪蛋白激酶Ⅱ,是一种在真核细胞中普遍存在的信使非依赖性丝/苏氨酸蛋白激酶,高度保守且功能多样,在细胞的生长、增殖、凋亡以及生物节律的调控中均发挥重要的作用.本文主要研究CK2β亚基在肝癌中的表达变化及其与肝癌发生和迁移的关系.用Real-time PCR方法检测了该基因在91对肝癌组织样品中的表达情况,发现其表达在69例肝癌组织中相对其癌旁组织表达上调(占总样本数的75.8%).对75对肝癌与癌旁组织样品的免疫组化分析显示,CK2β亚基在肝癌组织较癌旁组织中显著上调表达,且其表达水平与病人病理分期呈正相关.用siRNA方法瞬时消减CK2β的表达,显著抑制肝癌细胞SMMC-7721的增殖及克隆形成率,并抑制细胞的迁移.消减CK2β能增强肝癌细胞对喜树碱等多种抗肿瘤药物的敏感性.这些发现提示CK2β亚基在肝癌的生长和迁移中发挥重要作用,可作为抑制肝癌细胞增殖的潜在药物靶点,为开发新的抗肿瘤药物提供线索.     

ULK1和Beclin1在原发性肝细胞癌中的表达及临床意义

目的:通过检测ULK1和Beclin1在原发性肝细胞癌组织中的表达,结合数个临床病理因素,探讨ULK1和Beclin1在原发性肝细胞癌治疗中的临床意义.方法:手术取得80对肝癌和癌旁组织及20例正常肝脏组织,采用定量Real-time PCR(qPCR)及免疫组织化学技术检测各组织中ULK1和Beclin1的表达情况,联合临床病理因素进行统计分析.结果:ULK1和Beclin1在肝癌中蛋白表达及mRNA的表达,均低于在癌旁组织以及正常肝组织中的表达(P0.05),而癌旁组织与正常肝组织中ULK1和Beclin1的表达的差异无统计学意义(P0.05).ULK1和Beclin1在肝癌组织中的表达可能呈正相关关系(r=0.26,P=0.02).ULK1在肝癌中与性别、年龄、乙型肝炎表面抗原(HBsAg)、术前肝功能分级、甲胎蛋白(AFP)、嗜酒、肿瘤部位及分级无关,与肿瘤大小相关.Beclin1在肝癌中与性别、年龄、HBSAg、术前肝功能分级、嗜酒、肿瘤的部位及分级无关,但与肿瘤的大小及AFP表达相关.结论:ULK1和Beclin1可能通过影响自噬,进而肝癌的发生发展相关联.     

CCNB2在肾透明细胞癌中的表达意义与功能网络关系分析

分析细胞周期蛋白B2（CCNB2）在肾透明细胞癌中的表达及与临床预后的关系,建立CCNB2共表达网络并探讨其潜在的作用机制。采用GEPIA和UALCAN数据库分析CCNB2在肾透明细胞癌临床样本中的表达情况,获得CCNB2与肾透明细胞癌的病理分期及预后的关系,同时检测肾透明细胞癌及癌旁临床组织中目的mRNA的表达;通过cBioportal和String数据库分析CCNB2在肾透明细胞癌的功能作用,建立CCNB2共表达网络;DVIAD和KEGG数据库在线分析共表达网络功能及富集的信号通路。结果表明： CCNB2在肾透明细胞癌组织中高表达,并且与肾透明细胞癌的病理分期及预后呈现正相关性。从cBioportal数据库获得肾透明细胞癌患者数据,挖掘得到CCNB2表达关系密切的83个基因,建立CCNB2功能网络。进一步采用DVIAD和KEGG数据库在线分析发现富集的基因主要参与细胞周期、卵母细胞减数分裂和卵细胞成熟通路等信号通路,共表达基因功能显示为微管结合、微管运动活性和微管蛋白结合等。因此,CCNB2在肾透明细胞癌组织中显著高表达,并与患者预后、临床病理分期呈正相关,这些预示着CCNB2不仅能够作为肾透明细胞癌诊断、病理分期和预后的重要分子标志物,还是肾透明细胞癌潜在的治疗靶标。     

P-gp在肝细胞肝癌组织中的表达及其意义

目的探讨P-gp在肝细胞肝癌（HCC）中以及癌旁肝组织的表达意义。方法采用免疫组织化学S-P法,检测30例HCC中P-gp的表达情况,以30例相应癌旁肝组织作为对照组,所得结果用统计学卡方检验及列联表等级相关分析进行比较。结果P-gp蛋白在HCC、癌旁肝组织中阳性表达率分别为83．3％（25／30）、30％（9／30）;HCC与癌旁肝组织表达差异有显著性（P〈0．05）。结论P-gp参与介导HCC多药耐药。     

数据挖掘结合实验证明hsa-miR-371a-3p促进肝癌细胞迁移

肝细胞癌严重威胁着人类的生存,其转移是肝癌患者主要的死亡原因.microRNA参与调控肿瘤的转移,具有成为治疗靶点的潜力.本研究通过生物信息学的手段挖掘公共数据库中的microRNA表达谱数据,鉴定出新的潜在的促进肝癌转移的microRNA hsa-miR-371a-3p.细胞愈伤实验和细胞迁移实验的结果证明hsa-miR-371a-3p的过表达能够促进肝癌细胞的迁移.而且,在hsa-miR-371a-3p过表达的肝癌细胞中,预测的靶基因MRVI1和UBR7的mRNA表达水平下降,说明hsa-miR-371a-3p可能通过下调MRVI1和UBR7的方式促进肝癌细胞的迁移.     

HBP21抑制胰岛素诱导的PI3K/AKT 信号通路机制

磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路在肝细胞癌中处于异常激活的状态,并且促进癌症的发生发展.在肝细胞癌中,热休克蛋白HSP70结合蛋白21(Hsp70 binding protein 21,HBP21)处于低表达状态,过表达HBP21显著诱发癌细胞发生凋亡.利用qRT-PCR技术检测肝癌组织中HBP21的mRNA水平,发现癌组织中HBP21的mRNA水平要低于癌旁组织.用胰岛素处理肝癌细胞Huh7以激活细胞内PI3K/AKT信号通路,采用qRT-PCR技术和蛋白免疫印迹实验检测细胞内HBP21的转录和翻译水平,随着胰岛素处理时间的延长,HBP21的mRNA水平和蛋白水平都呈现下降趋势.在Huh7内过表达HBP21显著抑制胰岛素诱导的AKT和哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)的磷酸化;通过泛素化实验和蛋白免疫印迹实验发现,HBP21不影响AKT的K48及K63位泛素化及人第10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源的基因(phosphatase and tensin homolog deleted on chromosome ten,PTEN)的蛋白水平.利用抑制剂LY294002处理Huh7细胞,确定HBP21作用于PI3K/AKT信号通路.进一步研究发现,HBP21不影响IRS1和IRS2的mRNA水平,而是抑制胰岛素受体β亚基(insulin receptor beta,IRβ)的磷酸化进而影响PI3K/AKT信号通路的活化.在Huh7细胞中,HBP21抑制肝癌细胞中异常活化的PI3K/AKT发挥着重要作用.HBP21在肝细胞癌中的缺失表达,以及其抑制PI3K/AKT信号通路使其有可能成为潜在治疗癌症的靶点.     

实时荧光定量PCR检测原发性肝癌中hNTKL-BP1基因的表达

分别提取手术切除人原发性HCC肝癌和癌旁肝组织总RNA并逆转录为cDNA,在hNTKL-BP1基因的高保守区设计相应引物和Taqman荧光探针,实时检测PCR产物的荧光强度,采用2-△△Ct方法分析比较该基因在人类肝癌组织和癌旁肝组织中的表达差异.结果是44例原发性HCC肝癌组织中hNTKL-BP1基因表达水平显著高于癌旁肝组织(t=2.69,P<0.01),肝癌组织与癌旁肝组织hNTKL-BP1基因表达差异和肿瘤大小有一定的相关性(P=0.028),hNTKL-BP1基因可能与肝癌的发生、发展有一定相关性.     

原代培养对成年小鼠肝组织及肝癌组织理化特性的影响

目的探讨体外培养对成年小鼠肝组织及肝癌组织理化特性的影响。方法采取9月龄H-ras12V转基因雄性小鼠的肝癌组织和癌旁组织及C57/BL6J正常雄性小鼠的正常肝组织进行体外培养,苏木精-伊红染色法检测肝组织在12 d内的生长状态;考马斯亮蓝染色法检测组织中总体蛋白在48 h内的变化趋势;Western blot法检测48 h内培养组织中p-ERK、p-AKT、p-mTOR、GAPDH和Cyclin D1的蛋白表达水平;RT-qPCR法检测48 h内培养组织中18s RNA、Cyclin D1、GAPDH、UQCRB的mRNA表达水平。结果体外培养6 d内,正常雄性小鼠肝组织、H-ras12V转基因雄性小鼠肝癌及癌旁组织的细胞形态变化相似,存活状态良好。体外培养6 d后,正常肝细胞和癌旁细胞逐渐减少,相比之下,肝癌细胞开始出现大量死亡,但出现少数克隆样细胞团。考马斯亮蓝染色检测结果显示,正常肝组织、肝癌组织和癌旁组织的总体蛋白变化趋势相似,随培养时间的延长,在130~170 k D之间的蛋白条带丰度先升高再降低,40~130 k D之间的蛋白条带丰度逐渐增加。Western Blot检测结果显示,随着体外培养时间的延长,组织中p-ERK、p-AKT、p-mTOR、GAPDH和Cyclin D1的蛋白表达水平呈逐渐下降趋势。RT-qPCR检测结果显示,Cyclin D1在正常肝细胞、肝癌细胞及癌旁细胞和GAPDH在正常肝细胞、癌旁细胞中随培养时间的延长,呈现逐级升高趋势;而GAPDH在肝癌细胞和UQCRB在正常肝细胞、肝癌细胞及癌旁细胞中随培养时间的延长,呈现先下降后又逐渐升高的趋势;18s RNA的mRNA表达水平在正常肝细胞、肝癌细胞及癌旁细胞中没有规律性趋势变化。结论成年小鼠肝组织及肝癌组织在体外培养期间,虽然肝细胞的形态学变化不明显,存活良好,但短时间内,众多基因在mRNA和蛋白的表达水平上发生了显著的变化,对实验结果将有较大的影响。     

CENP-A在肝细胞癌中的预后意义和作用机制

目的:研究着丝粒蛋白A(CENP-A)在肝癌(HCC)患者中的预后意义和作用机制.方法:从癌症基因组图谱(TCGA)和Oncomine深入挖掘并整合了HCC相关的RNA测序数据集和已发表的研究,评估CENP-A的表达与其在HCC患者中的临床学意义和预后价值之间的关联.使用R语言对TCGA的HCC患者进行总体生存期(OS)和无复发生存期(RFS)的单因素和多因素Cox回归分析,并对CENP-A进行GO功能、KEGG通路的富集分析及蛋白互作网络分析.最后通过c Bio Portal分析CENP-A遗传改变相关的潜在机制及对预后的影响.结果:与正常肝组织相比,肝细胞癌(LIHC)中的CENP-A表达显著上调.在LIHC患者中,高CENP-A表达患者的OS(P=2. 66E-07)和RFS(P=5. 5E-05)显著劣于低表达者.单变量和多变量分析显示高CENP-A表达是LIHC患者OS(HR:2. 266,95%CI:1. 542-3. 330,P=3. 14E-05)和RFS(HR:1. 605,95%CI:1. 118-2. 305,P=0. 010)差的独立预后因素.CENP-A的功能分析提示:通过与BUB1,AURKA,AURKB,KIF2C,CDK1,TOP2A,HJURP等多种基因联合作用,CENP-A在DNA复制、错配修复、同源重组、基础切除修复和细胞周期等通路上影响动粒对染色体的移动及调节,进而干扰有丝分裂的细胞周期.在9%的LIHC病例中观察到CENP-A改变,扩增和mRNA上调是主要的改变类型,CENP-A改变的LIHC患者的OS(P 0. 0001)明显更差.结论:这些发现证实CENP-A可能是HCC中独立的预后生物标志物,并可能促进靶向精确肿瘤学的发展.     

癌基因AVIL在肝癌中的表达及其预后分析

为探究Advillin(AVIL)基因在肝细胞癌(HCC)中的表达水平及其与患者临床特征、预后的关系,回顾性收集76例肝细胞癌患者的癌及配对癌旁组织,利用免疫组化法对AVIL蛋白表达水平进行检测;采用χ~2检验分析AVIL表达差异与患者临床特征的关系,运用Kaplan-Meier进行生存分析,并通过Cox单因素及多因素探索影响患者生存预后的相关因素。结果表明:AVIL在肝细胞癌组织中高表达(P0.01),其表达水平与BCLC分期及Edmondson分级有关(P0.05);AVIL高表达患者的生存时间显著低于低表达患者(P0.05);Cox单因素法提示AVIL表达水平、BCLC分期、肿瘤大小、有无癌栓、有无多灶性、甲胎蛋白(AFP)表达水平、谷草转氨酶(AST)表达水平、γ-谷氨酰转肽酶(γ-GT)表达水平、有无肝外转移与肝细胞癌患者预后相关(P0.05);然而Cox多因素法提示AVIL表达水平并不是预测肝细胞癌患者预后的一个独立因素(P0.05)。综上可知,AVIL基因在HCC中高表达并与BCLC分期及Edmondson分级有关,其高表达提示肿瘤恶性程度高、预后不良,但AVIL不作为影响肝癌预后的独立因素,研究结果为寻找肝细胞癌诊断及判断预后的分子标志物提供了新的方向。     

肝细胞癌关键基因的生物信息学分析

肝细胞癌是一种高死亡率的原发性肝癌,其有限治疗和较低的化疗敏感性,使得迫切需要寻找潜在的临床治疗靶点和预后判断的生物标志物。为此,采用生物信息学方法对肝细胞癌发生发展的关键基因进行挖掘。从基因表达数据库(GEO)中下载数据集,并筛选差异表达基因,使用在线数据库DAVID 6.8对筛选到的DEGs进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因百科全书(KEGG)通路分析,使用在线数据库STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),利用Cytoscape软件筛选核心DEGs,并进行GO和KEGG富集分析,使用UALCAN和Kaplan-Meier plotter在线数据库筛选并验证关键基因的表达以及生存预后。研究结果表明,筛选出6个关键基因RAD51AP1、FANCI、SMC2、POLE2、CENPN、WDHD1,与HCC的发生发展以及生存预后显著相关,可能是HCC的潜在治疗靶点,可能为HCC的内在机制的探究提供理论依据。     

肝细胞癌铜死亡标志物SLC31A1、DBT的鉴定及化合物筛选

探究铜死亡相关基因对肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)的影响,并挖掘治疗HCC的活性成分。通过GEO数据库下载GSE84402数据集,获取肝癌差异表达基因,通过文献检索铜死亡相关基因,两者取交集获得肝癌相关铜死亡基因。进一步分析交集基因,使用UALCAN分析其差异表达,R语言分析其表达水平与临床的相关性,Kaplan-Meier Plortter分析其预后价值,HCMDB分析其与肝癌转移的关系,并使用THPA分析其与肝癌的病理关系。最后进行化合物预测与分子对接。结果表明,与正常组相比,铜死亡关键基因SLC31A1、DBT在肿瘤中表达水平下调,病理分析显示其蛋白在HCC组织中表达增加,且与临床相关性变量性别、肿瘤分期、淋巴结转移显著相关,其高表达与肝癌预后良好相关,其中SLC31A1低表达与肝癌向肾上腺、肺部转移显著相关。最后筛选出可能与SLC31A1、DBT结合的活性化合物,其中白藜芦醇、叶酸对接分数高。研究认为铜死亡相关基因SLC31A1、DBT在HCC的发生发展中起重要作用,为HCC的诊断及治疗药物研究提供了新思路。