动物mtDNA的研究及在鱼类生态学中的应用

概述了动物线粒体的主要特征、动物线粒体DNA(mtDNA)的结构特点、多态和进化；以及线粒体DNA多态研究方法，最后介绍了动物mtDNA的多态性在研究鱼类群体遗传结构上的应用。     

动物线粒体DNA多态研究及其在鱼类群体遗传结构上的应用（综述）

概述了动物线粒体的主要特征,动物线粒体DNA（mtDNA)的结构,哆态和进化及线粒体DNA多态研究方法,最后介绍了动物mtNDA的多态在鱼类群体遗传结构上的应用。     

鱼类线粒体基因组研究进展

线粒体基因组(mitochondrial genome DNA,mtDNA)具有严格的母系遗传且能进行自我复制,并且在世代传递过程中不易发生重组、进化速率较快等优点.因此mtDNA广泛应用于系统进化、种群遗传、适应性进化等领域中.本文对鱼类mtDNA研究做了详细阐述,系统总结了近年来鱼类mtDNA结构与特征、线粒体的起源与演化、种群遗传、适应性进化、鱼类条形码物种识别等研究进展,以期对相关研究有一定参考价值.     

从微量血中快速制备线粒体DNA片段

目的　建立并鉴定用于从微量血中快速制备线粒体DNA片段的技术 .方法　采用微量血样品 ,改进提取线粒体DNA的方法 ;以不同的方法提取的血DNA为模板 ,同时扩增nDNA上的基因片段和mtDNA上的基因片段 ,PCR相对定量分析比较各种方法提取的mtDNA片段的纯度 ;结果　用华美公司生产的ReadyPCR(tm)微量全血DNA纯化系统和作者的方法都得到了mtDNA ,而用作者的方法获得的mtDNA的纯度较高 ;结论　由于线粒体DNA与核DNA存在有同源片段 ,ReadyPCR(tm)微量全血DNA纯化系统和常规酶解法提取DNA不适合用于对mtDNA的鉴定 ,作者的方法简便快捷地排除了核DNA的污染 ,非常适合于对mtDNA进行PCR分析 .     

SSR分子标记的研究进展

介绍SSR分子标记的开发方法,综述了SSR标记在通用性、遗传多样性与种质鉴定、遗传连锁图谱构建、基因定位与克隆、数量性状基因位点(QTLs)分析、DNA指纹图谱构建等研究中的应用及最新进展,对提高SSR分子标记电泳检测效率提出一些建议.同时展望了SSR分子标记的应用前景.     

鱼类线粒体DNA(mtDNA)及其在分子系统学中的应用

应用线粒体DNA标记，分析种群间的遗传关系、确定种群地理格局、确定种群间的基因流以及确定物种进化显著性保护单元（EsU），从而为分子系统学研究提供了一个新的具有很强操作性的科学手段。文中论述了鱼类线粒体DNA研究的最新进展，重点介绍了线粒体DNA标记在分子系统学研究中的广泛应用。     

线粒体假基因--核基因组中的分子化石

核基因组中线粒体DNA片段是线粒体基因向核基因组转移造成的．这些线粒体来源的核DNA片段都是不能表达的假基因，这种序列容易被通用引物从总DNA模板中优先扩增出来，它的存在必然给mtDNA的应用带来负面影响．总结了脊椎动物线粒体假基因的特点，结合笔在GenBank上发现的登录为mtDNA而实际为假基因的序列提出假基因存在的普遍性，分析这种序列对mtDNA在人类线粒体病理学、脊椎动物系统进化研究等方面应用的负面影响．对假基因在线粒体和细胞核两基因组进化研究以及物种系统发育学研究中的应用前景进行展望．     

核基因在鱼类分子系统学研究中的应用 (运筹学与控制论)

利用分子标记探讨鱼类的系统发育和分子进化已经逐渐成为现代鱼类系统学研究的热点之一。本文综述了核基因在鱼类分子系统发育和分子进化研究中的应用现状及其存在的优缺点。常用的核基因主要有核糖体基因,其中保守的18SrDNA及28SrDNA主要用于研究高级分类阶元;在研究亲缘关系较近的物种以及不同地理种群时,比较常用到的则是ITSs以及SINEs;而RAGs及S7性质独特,也常被用于鱼类的分子系统学研究中。以往的研究主要利用线粒体基因(如Cytb等)研究鱼类的分类和进化,但多年来的研究发现,线粒体基因在研究鲤形目(Cypriniformes)、鲈形目(Perci-formes)等鱼类系统发育时并不能成为最佳的选择。最近的研究表明,核基因能够弥补线粒体基因的缺陷,并可广泛应用于鱼类系统发育研究。然而,核基因的应用也面临着如下问题:1)因核基因重组导致数据分析难度较大;2)鉴定不同类群时存在一定误差;3)单倍性核基因片段较难获得;4)对某些进化时间短的群体的系统发育研究效果较差。随着上述问题的逐步解决,核基因的应用将会更加广泛。     

家猪mtDNA多态性及其应用

概述了家猪线粒体DNA(mtDNA)的一些特点 ,着重讨论了家猪mtDNA多态性的最新研究成果 ,详细论述了mtDNA多态性在家猪的起源、进化、分类以及群体遗传结构分析等方面的应用 ,并预测了家猪mtDNA研究的发展趋势     

基于DNA的木材树种识别研究进展

从木材识别的角度,对木材DNA提取方法(CTAB、SDS、PTB、DNeasy Plant Mini Kit等)和DNA条形码及DNA指纹图谱等基于DNA的木材树种识别方法进行了综合评述。其中,针对DNA条形码方法,重点阐述了基因组DNA中可用的特征序列来源叶绿体基因(chloroplast DNA,cpDNA)rbcL、matK、trnH-psbA间隔区序列,核糖体基因(ribosomal DNA,rDNA)ITS序列,以及变异位点的识别和系统进化树的应用等问题;针对DNA指纹图谱方法,重点阐述了(RAPD、ISSR、SSR、SNP)4种DNA分子标记方法在DNA指纹图谱中的研究和应用现状。笔者认为,以DNA特征序列为依据的木材树种识别理论上虽然是可行的,但要应用于实际还需开展更多的研究。     

牦牛分子育种的理论与实践

21世纪初,动物育种已迈入分子水平,朝着快速改变动物基因型的方向发展.本文在总结作者近年来对牦牛各种分子遗传标记研究成果的基础上,分析了RFLP、RAPD、AFLP、微卫星DNA、m tDNA等分子遗传标记在牦牛遗传育种研究中的应用以及牦牛功能基因的研究现状,进而探讨了牦牛分子育种的理论和实践,以便为今后在牦牛生产中进一步地开展分子育种提供理论依据.     

Estimated evolutionary tempo of East Asian gobionid fishes (Teleostei: Cyprinidae) from mitochondrial DNA sequence data

The rapid development of molecular phylogenetic analysis has provided a new path to investigate the tempo of evolution.In this work,a rather complete molecular phylogeny of the East Asian gobionid fishes was constructed based on mtDNA cytochrome b gene sequences.Molecular clock analysis was then applied to investigate the speciation tempo of this group.The phylogenetic analysis revealed four major groups that were in agreement with previous studies.Lineage numbers plotted over time indicate that gobionid li...     

海水养殖鱼类抗病分子育种研究进展及前景展望

病害是限制水产养殖业可持续发展的关键因素。而我国目前尚缺乏优良的抗病养殖鱼类品种。鱼类功能基因组和分子标记技术的发展为筛选鱼类抗病相关功能基因和分子标记提供了机遇。基因转移、分子标记和基因标记等分子育种技术是培育抗病优良鱼类新品种的很有潜力的技术手段，已成为国际上的发展趋势，也是我国今后应大力发展的研究领域。本文结合笔者实验室的工作，对某些海水养殖鱼类抗病相关功能基因及抗病分子育种研究的最新进展作一综述介绍；     

DNA分子标记技术在海水鱼类遗传育种中的应用与展望

DNA分子标记技术自问世以来已被广泛应用于动植物的遗传育种领域,应用该技术来开展海水鱼类遗传育种的研究对海洋鱼类资源的保护与开发有着重要意义.阐述了DNA分子标记技术在海水鱼类遗传育种研究中的应用现状,并对我国鱼类遗传育种工作提出了若干意见,同时就其发展前景作了展望.     

分子标记技术在作物育种中的应用与展望

回顾分子标记的发展,介绍了一些有代表性的分子标记在生态学,聚类分析,品种差异性分析以及分子育种中等多方面的应用,并总结了它们的优缺点.随着深度测序技术的发展和多种序列信息库的完善,预测了未来分子标记的发展方向——功能性分子标记(Functional molecular marker),这种新型的分子标记技术利用了基因中的一些功能元件或者重要的单碱基多态性(SNP)位点,提高了在应用中的分辨率和灵敏度.     

利用线粒体 DNA Cytb 基因 PCR-RFLP 分析方法鉴别青鱼和草鱼

建立了一种以线粒体细胞色素 b（Cyt b）基因为标靶,应用 PCR -RFLP 技术进行草鱼和青鱼种质鉴定的分析方法。设计一对引物 QYCYT -S 和 QYCTY -A 分别对青鱼和草鱼的 Cyt b 基因进行了 PCR 扩增,并选用 BglⅠ和 EcoRⅡ两种限制性内切酶对扩增产物进行酶切分析。结果表明,草鱼和青鱼都可以扩增出1111 bp 的条带,两种酶切检验发现,草鱼扩增产物能被 BglⅠ切成247 bp 和864 bp 两个片段,而青鱼的 PCR 产物能被 EcoRⅡ切成140 bp 和971 bp 两个片段,这表明,mtDNA Cyt b 基因 BglⅠ和EcoRⅡ的酶切位点都可作为鉴定青鱼和草鱼的有效分子标记。利用 PCR -RFLP 分析 mtDNA Cyt b 基因的方法操作简单,是一种快速鉴别草鱼和青鱼的可靠方法。     

印鼠客蚤线粒体COⅡ基因的克隆、序列测定和分子系统学分析

本文报道了印鼠客蚤云南株线粒体DNA中长为901bp的片段,包括完整的COⅡ基因和3个氨基酸tRNA基因及ATPase8基因片段。COⅡ基因全长684bp,编码227个氨基酸,起始密码为ATC,终止密码为TAA。印鼠客蚤mtDNACOⅡ基因中富含AT,含量为77%,GC含量为23%。根据COⅡ基因核苷酸和氨基酸序列,对蚤目蚤科部分种类及外群进行了分子系统学分析。     

DNA分子标记在果树上的应用

介绍了在果树上常用的DNA分子标记的原理和特点，并对其在果树的分子遗传图谱和指纹图谱的构建，品种鉴别、系谱分析和分类，基因定位与分子标记辅助选择等方面的应用进行了综述。     

西北太平洋边缘海重要海洋动物分子系统地理学的研究进展

伴随溯祖理论(coalescent theory)的日益完善和分子生物学技术的不断创新,具有学科交叉性的分子系统地理学已成为国际上十分活跃的研究领域,其成果对现今的种内遗传格局、物种形成、生物多样性水平等研究有重要的启示。西北太平洋的边缘海约占世界边缘海的75%,其显著的历史地理过程和复杂的海洋水文环境为海洋生物遗传分化和物种系统地理格局的研究提供了良好的模型。本文对近年来西北太平洋边缘海重要海洋动物门类的分子系统地理学进行简要综述,以期加深对相关物种的遗传多样性水平及种群进化历史的认识,为海洋生物资源的合理开发利用和保护提供必要的理论指导;同时,本文还对分子系统地理学今后的研究重点及其所使用的技术手段进行更深层次地展望。     

DNA中性标记反映的非随机亲缘地理格局——以东亚植物物种为例

基于DNA中性分子标记的亲缘地理学研究却多获得非随机的空间遗传格局,与气候、环境因子或者表型性状具有很好的一致性,这种非随机格局是如何形成和维持的.本文以东亚植物物种为例,分析了其空间遗传格局的非随机性及其一般特点,讨论了其可能的成因.冰期避难所隔离、物种分布区变化等中性过程是目前大多研究采用的解释,然而仍有部分线索暗示可能存在自然选择导致的适应性进化.我们认为这种基于"中性"分子标记的亲缘地理研究对未来适应性进化研究具有重要的启发作用,提出可能的一般研究框架,并展望了二代测序技术在未来适应性进化研究中的作用.