安徽省西瓜枯萎病菌遗传多样性ISSR-PCR分析

以42株来自安徽省不同地区的西瓜枯萎病菌为试材,采用Inter-simple Sequence Repeats(ISSR)技术对其群体的遗传多样性进行分析,探究病菌的遗传分化与地理来源之间的相关性.结果表明,用筛选出的11个随机引物对西瓜枯萎病菌菌株进行ISSR-PCR扩增,共获得129个ISSR条带,其中多态性条带为94个,占72.9%,表明安徽省西瓜枯萎病菌存在较丰富的遗传多样性,菌株间的遗传相似系数为0.71~0.97.UPGMA聚类分析显示,供试菌株可区分为8个聚类组,菌株的遗传谱系与地理来源无相关性.     

基于线粒体COI基因序列的丽文蛤群体遗传多样性和遗传结构分析

为了评估丽文蛤的遗传多样性,为丽文蛤的保护与开发提供基础遗传信息,本研究利用线粒体COI基因片段序列比较分析了我国沿海丽文蛤4个地理群体(漳州、珠海、海口和北海)的遗传多样性和遗传结构。4个群体共54个样本的线粒体COI基因部分序列经处理得到长度均为623 bp的核苷酸片段,检测到19个单倍型。群体遗传多样性分析显示,4个群体的单倍型多样性为0.464~0.889,核苷酸多样性为0.000 80~0.011 04。单倍型多样性较高的是漳州群体和海口群体,北海群体单倍型多样性相对较低。核苷酸多样性中漳州群体最高,而北海群体同样显示最低,北海群体多样性较低的原因可能是样本量小。分子变异分析(AMOVA)结果显示96.20%的变异来自群体内。群体间遗传分化指数显示漳州与珠海和北海群体之间存在较大的遗传分化(FST值分别为0.162 49和0.117 31),且均达到显著水平;而漳州与海口群体之间遗传分化小且分化不显著。珠海、海口和北海群体之间遗传分化小(FST值0.070 99~0.094 30)且分化不显著。聚类分析和单倍型网络图均显示丽文蛤漳州群体与珠海和北海群体分化明显,而珠海、海口和北海群体之间分化不明显,其结果与FST值相一致。     

长江上游鲢群体遗传多样性和遗传分化

为了解三峡大坝、向家坝等水电工程建设后长江上游鲢群体的遗传多样性和遗传分化，利用线粒体细胞色素b（Cyt b）基因分析了长江上游向家坝库区（邵女坪）、三峡库区干流（巴南、丰都、万州、太平溪）及支流（箭滩河、嘉陵江、小江）等8个鲢群体的遗传多样性、历史动态及群体之间的遗传分化．结果表明:长江上游鲢群体的遗传多样性较高，单倍型多样性为0.770~0.876，核苷酸多样性为0.687%~1.967%；8个群体的错配分析图都呈双峰分布，中性检验Tajima’s D和Fu’s Fs值均为正值或统计上不显著的负值，表明长江上游鲢群体在历史上较为稳定；分子方差变异分析（AMOVA）显示，长江上游鲢群体的遗传变异主要来自群体内部（95.87%），仅有4.13%的变异来自群体之间；群体之间的遗传分化指数F_ST显示，箭滩河群体与太平溪、小江群体之间存在显著的遗传分化，其他群体之间遗传分化不显著；Mantel检验显示，群体之间的遗传分化程度与地理距离远近无相关性；单倍型网络图显示，长江上游鲢群体没有形成明显的系统地理格局．建议加强长江上游鲢遗传资源保护，将产生分化的群体作为不同的管理单元进行保护．      

基于线粒体COI基因序列的5个黄河鲤群体遗传多样性研究

为了揭示河南省不同黄河鲤养殖群体之间的遗传差异,本研究通过线粒体COI基因对5个黄河鲤群体的遗传多样性进行了研究.5个群体中荥阳水产良种场群体的单倍型数为4,洛阳水产技术推广站群体的单倍型数为2,其它群体的单倍型数均为3;各个群体的基因多样性从0.200到0.750不等,最高的为河南省水产良种繁育场的群体;各群体的核苷酸多样性范围为0.000 63到0.002 28,最高的为荥阳水产良种场群体,最低的为洛阳市水产技术推广站群体.分子方差分析表明黄河鲤将近90%的变异来自于群体内,说明整体上群体间分化较小.结果表明,虽然各个黄河鲤群体之间的遗传分化较小,但是它们之间的遗传多样性差别较大,研究结果可以为黄河鲤的育种和增殖放流等工作提供一定的参考.     

基于mtDNA COI序列的福建B型烟粉虱田间种群分析

本研究对福建B型烟粉虱10个田间种群的线粒体DNA COI基因(mtDNA COI)进行测序,并通过与NCBI数据库上埃及、湖北、武汉3个B型烟粉虱地理种群的mtDNA COI的序列进行比对分析,结果表明在核苷酸多样性、单倍型数、单倍型多样度上,不同地理种群都不一样,但是福建种群这些遗传特征数据显著高于其它地理种群.结合近年来我省田间烟粉虱种群抗药性水平迅速提高这一结果分析,可以推测,在不同杀虫剂压力选择下,不同抗性基因得以在我省不同地理群体中流动,种群内呈现比较明显的抗性遗传分化趋势,群体遗传多样性也更为丰富,表现出烟粉虱对不利环境较强的适应能力.     

福建近海蓝圆鲹群体遗传结构分析

测定了福建近海蓝圆鲹(Decapterus maruadsi Temminck&Schlegel)2个群体共60尾个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列,探讨了闽东和闽南群体遗传结构和遗传多样性.结果显示:获得长度为834～838 bp的控制区部分序列,在所测的60个样本中,共检测到23个变异位点,定义了28个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.948±0.0145,核苷酸多样性(π)为0.004 99±0.002 79,核苷酸差异数(K)为4.173±2.104,提示了福建近海蓝圆鲹具有较高的遗传多样性水平.构建的单倍型邻接关系树没有明显的以地理群体为单位的家系式分支出现,单倍型网络图也未显示出单倍型和地理位置的对应关系.Tajima's D和Fu's Fs中性检验及核苷酸不配对分析暗示了蓝圆鲹闽南群体在63 000年前可能发生过扩张事件,而闽东群体符合中性理论进化,2个群体不同的历史动态可能是由于小冰河期海区间的气候差异和闽东群体的过度利用所致.分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部存在于群体内,2个群体间具有紧密的基因流和较低的遗传分化,群体问和群体内的Kimura双参数遗传距离均较小.可知:福建近海蓝圆鲹遗传多样性较高,闽东和闽南群体的遗传结构相似,不存在显著的遗传分化.因此,建议将闽南渔场和闽东渔场作为一个种质资源评估、管理和保护单元.     

中国沿海长蛸群体16S rRNA基因的遗传变异研究

采用线粒体16S rRNA基因序列测定技术,分析了我国沿海长蛸4个野生群体的遗传结构及其变异。经比对获得了1个长度为512 bp的核苷酸片段,检测到48个变异位点,占分析位点总数的9.4%,45个个体共检测到30个单倍型,单倍型多样性指数H为0.964 6,总体核苷酸多样性指数Pi为0.032 9,表现出较丰富的遗传多样性。AMOVA分析表明,4个长蛸群体间存在较高的遗传分化,82.07%的遗传差异存在于群体间,而仅有17.93%的遗传差异存在于群体内。聚类分析也表明4个群体可明显聚为2个类群,一个由大连、青岛和舟山群体组成,另一个由厦门群体组成;厦门群体与其它群体间的遗传距离达到0.094,遗传分化系数和基因流分别达到0.97和0.02,表明厦门群体与其它3个群体有着显著的遗传隔离,可能为亚种水平的分化。上述群体间的分化可能与长蛸自身的底栖生活方式、海区水文条件及地理历史因素等有关。     

基于mtDNA控制区的波纹唇鱼的4个不同地理群体的遗传多样性

以海南陵水、西沙、南沙以及马来西亚4个地理区域的101尾波纹唇鱼作为研究对象,利用mtDNA控制区序列对波纹唇鱼进行了遗传多样性分析,并通过扩增、克隆与序列测定技术,获得了mtDNA控制区905 bp的序列,其多态性遗传参数的统计显示,在101尾个体中存在110个变异位点和71个单倍型;总群体的单倍型多样性(Hd)为0.981,核苷酸的多样性指数(Pi)为0.005 79,表明其遗传多样性处于较低水平.Tajima’s D中性检测均为负值,Fst值属于较低水平,仅为0.031 95,分子方差分析(AMOVA)和Kimuar 2参数模型的分析表明,这4个不同地理群体的波纹唇鱼是由一个小而高效的种群迅速发展而来的,且其遗传多样性和遗传分化水平较低.     

基于线粒体ND2基因的龙头鱼群体遗传多样性分析

以海口、南通、青岛、泉州、湛江5个地理群体98尾龙头鱼为研究对象,通过PCR扩增获得序列长度为1 046bp的线粒体ND2基因全序列,共检测到变异位点19个,其中18个单一变异位点,1个简约信息位点。98条序列共定义了19个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.366±0.063 8,平均核苷酸多样性(Pi)为0.000 427±0.000 424。群体间平均遗传距离在0.000 228～0.000 607之间,遗传分化指数FST值均小于0.05,群体间没有显著的遗传分化。AMOVA结果显示,龙头鱼遗传变异主要来自于种群内(99.68%)。单倍型系统发育树显示,19个单倍型之间不存在明显的亚种分化。整体的中性检验结果均为负值且显著偏离中性,表明5个地理群体龙头鱼历史上曾经历过种群扩张。参考ND2基因2.5%～3.6%每百万年的变异速率,估算出群体分化扩张时间大致为(1.87～1.30)万年前的第四纪更新世晚期。     

中国南部沿海美蓝拟相手蟹的群体遗传多样性研究

为探明中国南部沿海美蓝拟相手蟹（Parasesarma eumolpe）的群体遗传多样性，本文基于线粒体DNA的细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（Cytochrome Oxidase Ⅰ，COⅠ）基因片段序列，对中国南部沿海8个美蓝拟相手蟹地理群体共95个个体进行群体遗传多样性分析。结果表明，美蓝拟相手蟹所有个体的线粒体COⅠ基因片段序列长度均为631 bp，共有49个单倍型，群体平均单倍型多样度为0.876 8±0.032 5，平均核苷酸多样度为0.042 2±0.026 3，表现为高水平的遗传多样性。单倍型邻接关系树的拓扑结构显示美蓝拟相手蟹群体没有分化出明显的单倍型类群，尚未形成显著的分支谱系；单倍型的网络关系图呈现出明显的星状结构，未表现出显著的地理谱系结构。分子方差分析（Analysis of Molecular Variance，AMOVA）和群体间的遗传分化指数F_st值结果表明，美蓝拟相手蟹群体在分布范围内尚未形成独立的遗传结构，遗传变异主要来自群体内。核苷酸不配对分布和中性检验结果表明，美蓝拟相手蟹在历史上经历了明显的群体扩张，扩张时间大约在14万年前。幼体阶段具较强的潜在扩散能力，群体间能进行频繁的基因交流，再加上群体扩张事件，可能是美蓝拟相手蟹群体间无显著遗传分化的原因。研究结果有助于揭示我国红树林潮间带相手蟹类种群遗传结构和分子系统地理学规律。     

基于线粒体Cytb基因序列的褐石斑鱼种群遗传多样性分析

为评估种质资源状况被世界自然保护联盟(International Union for Conservation of Nature, IUCN)评定为易危物种的褐石斑鱼(Epinephelus bruneus)野生种群的遗传多样性和遗传分化水平，采用PCR方法测定褐石斑鱼西太平洋海区的中国海南岛(HN)、福建厦门(XM)和韩国济州岛(HG)3个地理群体的线粒体细胞色素b(Cytb)基因的部分序列，并对其基因序列遗传变异、谱系结构和群体扩张历史特征进行分析。结果显示，褐石斑鱼3个地理种群(88个个体)共检测出18个多态位点，共有7种单倍型；各地理群体遗传多样性水平较低，而且单倍型在群体间分布不均，韩国群体遗传多样性最高，中国海南和厦门群体遗传多样性较低。地理距离最远的韩国群体和中国海南群体遗传分化最高(F_ST=0.177 5),地理距离最近的中国海南群体和厦门群体的遗传分化最低(F_ST=0.013 4)。Mantel检验结果显示，3个褐石斑鱼群体间遗传距离和地理距离间存在显著相关，距离隔离(Isolation by Distance, IBD)...     

基于线粒体Cytb基因的黄海、东海小黄鱼（Larimichthys polyactis）群体遗传结构

采用线粒体DNA细胞色素b基因全序列分析技术研究了黄海、东海小黄鱼（Larimich—thyspolyactis）的群体遗传结构．在所分析的9个取样点177个个体中,共检测到137个单倍型．9个群体呈现出高的单倍型多样性（h=0．956—1．00）和低的核苷酸多样性（π=0．0037-0．0058）．单倍型邻接关系树的拓扑结构比较简单,没有明显的地理谱系结构．分子方差分析和FST显示小黄鱼的遗传变异均来自群体内个体间,而群体问无显著遗传分化．Exact检验表明单倍型在两两群体间分布频率的差异是不显著的．中性检验和核苷酸不配对分析均表明黄海、东海的小黄鱼经历了群体扩张,扩张时间约为78—138ka前．研究结果表明,黄海、东海小黄鱼群体间具有高度的基因交流,是一个随机交配的群体．较强的扩散能力,黄海、东海的海洋环流以及近期的群体扩张可能是造成黄海、东海小黄鱼群体间遗传同质性较高的原因．     

基于CR及Cytb基因序列的大泷六线鱼野生群体遗传多样性分析

为进一步了解山东省内大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)群体遗传背景和分化情况,合理保护与开发利用渔业资源,选取线粒体控制区(CR)和细胞色素b基因(Cytb)对分布于山东省近海沿岸的3个大泷六线鱼野生群体以及北黄海1个离岸大泷六线鱼野生群体的线粒体基因序列进行对比,分析它们的序列特征、遗传多样性和种群历史动态情况。经PCR扩增得到大泷六线鱼野生群体的CR和Cytb基因序列,全长分别为485bp和651bp。基于CR基因序列共检测到40个多态位点,单倍型多样性平均值为0.908,核苷酸多样性平均值为0.006,定义了53种单倍型。基于Cytb基因序列检测到56个多态位点,转换颠换比值为19.04,种内单倍型多样性平均值为0.934,核苷酸多样性平均值为0.005,定义了38种单倍型。对比分析表明,4个大泷六线鱼野生群体均具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性。NJ系统进化树、群体间/内平均遗传距离、Fst值、基因流及AMOVA分析结果显示:山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传差异不显著,群体间存在频繁的基因交流,未形成显著的遗传分化。种群动态结果表明大泷六线鱼于更新世晚期经历了快速扩张,并形成了现有遗传格局。山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传结构之间不存在显著的地理隔离,这可能与人为增殖放流和秋冬季节黄海沿岸流及暖流有关,从而使得群体之间基因交流广泛。     

基于线粒体D-loop基因的珠江翘嘴鲌遗传多样性与遗传分化研究

为探明分布于珠江流域的野生翘嘴鲌种群遗传多样性与遗传分化状况,实验在珠江流域广东省(肇庆和韶关)、广西省(梧州、昭平、平乐、柳城、桂平、平果、田阳、龙州和扶绥)自然河流内采集野生翘嘴鲌种群。研究采用线粒体分子标记技术(D-loop基因)对珠江流域翘嘴鲌种群的遗传多样性做一个多方面的分析。利用PCR技术,得到D-loop全基因序列856 bp,通过分析发现,176个个体中合计41个单倍型;其单倍型多样性指数(Hd=0.875 06)和核苷酸多样性指数(π=0.007 00)显示种群具有较高的遗传多样性。11个野生地理群体翘嘴鲌遗传分化指数(FST)为0.188 28,显示珠江流域翘嘴鲌作为一个大种群已产生了中度分化,种群分化时间经计算推断为5万年前左右。其中,梧州和桂平,梧州和肇庆,昭平和平乐,田阳和平果,扶绥和大部分种群(柳城、桂平、田阳、韶关)的遗传分化程度都较低(FST0.05),基因流Nm5;其他种群两两之间达中度遗传分化(FST0.05),基因流Nm5。分子系统树和单倍型网络关系显示:单倍型Hap1和Hap2可能为单倍型先祖,其余单倍型由其进化而来。但遗传距离与地理距离并没有显著相关性,种群扩散规律需要进一步探索,说明珠江流域野生翘嘴鲌并未地理因素产生种属分化。     

基于MHCⅡ类B基因的凹耳臭蛙(Odorrana tormota)种群遗传分化模式

利用II类MHC基因单基因座位Odto-A作为分子标记,对皖南山区凹耳臭蛙6个种群的遗传多样性和遗传分化进行研究.结果显示,皖南凹耳臭蛙总的基因多样性为0.812,核苷酸多样性为0.018.局域种群单倍型多样性变化范围为0.531-0.864,香溪种群单倍型多样性最高,最低的是漳河种群.与线粒体cyt b基因所揭示的单倍型多样性差别不大,但B基因的核苷酸多样性较之线粒体cyt b基因的高达一个数量级.暗示MHC基因丰富的核苷酸多态性可能与其病原体抗性多样性密切相关.分子变异分析结果显示,皖南山区凹耳臭蛙种群MHC II类B基因遗传变异主要来源于种群内,种群间发生了显著的遗传分化(Fst=0.05644,P=0.00391).成对种群间的遗传分化分析结果显示,直线距离最近的浮溪和香溪种群间也发生了显著的遗传分化,暗示这两个种群经历了不同的选择压力.受平衡选择的作用,MHC基因与基于中性分子标记所揭示的遗传格局不同,基于MHC基因的种群遗传分化与水系和直线地理距离均没有明显的相关性,而与种群所经历的选择压力密切相关.结果表明皖南凹耳臭蛙不同局域种群所经历的环境病原体的选择压力存在时空变异.     

基于线粒体基因的杂色山雀中国大陆种群遗传多样性研究

杂色山雀(P arus varius)为东亚特有鸟类、分布呈片段化.为了深入了解杂色山雀中国大陆各地理种群遗传水平现状,分析了杂色山雀8个地方种群49个样本的线粒体Cytb基因全序列(1143bp)和部分ND5基因序列(957 bp),所测样品全长共2.1 kb.结果显示:T、C、A、G碱基的平均含量分别为21.5％、37.4％、28.9％、12.2％,A+T含量(50.4％)略高于G+C含量(49.6％);发现17个变异位点,其中单变异位点为7个,简约信息位点数为10个;检测到14个单倍型,8个地方种群共享一个单倍型(Hap-1),说明这个单倍型是个较古老的单倍型,也反映了这几个群体间的分化是不显著的.5个种群的单倍型多样性为0.822 39,核苷酸多样性为0.000 82,平均核苷酸差异数为4.663 83,总体上看,杂色山雀具有较低的单倍型多样性和核苷酸多样性.五个种群的Nm值为5.282 21～17.33645,Fst值为0.002 07～0.086 47,构建的系统发生树和TCS网络图进一步分析表明杂色山雀遗传多样性较低、基因交流非常频繁、种群间的分化不显著.中性检验显示偏离中性期望值,表明种群在进化的过程中出现过群体急速扩张事件.     

增殖放流对石岛近海三疣梭子蟹遗传特征的影响

为了解增殖放流后山东石岛近海三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)遗传特征的变化情况,对采自石岛近海2016年和2020年两个年份三疣梭子蟹群体的遗传多样性和遗传结构进行分析。结果显示:两个群体的单倍型多样性均较高,表现出较高的遗传多样性;群体间遗传分化指数FST值显示群体内部遗传差异大于群体间,且统计检验不显著,表明两群体间无明显遗传分化;分子方差分析（AMOVA）结果和单倍型邻接系统发育树（NJ）也显示两群体间无明显遗传分化。由此可得,经增殖放流,石岛近海2016—2020年三疣梭子蟹群体遗传多样性较高并未发生显著的遗传分化,种质资源较好。     

东北粗皮蛙线粒体DNA遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性(H)为0.704,核苷酸多样性(π)为0.001,平均核苷酸差异数为1.438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析(AMOVA)结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98.13%,群体间没有遗传分化(FST=0.0187),因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

东北粗皮蛙线粒体 DNA 遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。 PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性（H）为0．704,核苷酸多样性（π）为0．001,平均核苷酸差异数为1．438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析（AMOVA）结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98．13％,群体间没有遗传分化（FST ＝0．0187）,因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

珠江流域野生黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco的Cyt b基因序列分析

利用PCR技术扩增得到珠江水系5个江段共190尾野生黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco样品的线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因片段,并测定其序列,确定野生黄颡鱼的Cyt b基因片段全长为1 109 bp。在190尾样品中检测到43种不同的单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.848 57和0.04 817,呈高单倍型、低核苷酸多样性的分布模式,表明其遗传多样性属于中等水平。利用Clustal-X 1.81和MEGA 5.0软件对190尾样品进行同源基因序列分析,其A+T含量(55.1%)显著高于G+C含量(44.8%),碱基组成差异不大,分布比较平均。使用最大似然率法构建分子系统发生树,结果表明都匀江段与左江江段的遗传分化程度最大(Fst=0.414 30)。AMOVA分析显示,珠江水系野生黄颡鱼的遗传变异均来自群体内,达到75.23%,表明地理因素对黄颡鱼的遗传分化产生了一定的影响,聚类结果与地理分布存在一定的相关性。中性检验结果表明,各群体间没有发生过种群扩张,种群数量相对稳定。