影响口腔癌发生潜在MicroRNAs的生物信息学分析

为获得口腔癌组织和正常组织之间差异表达的miRNAs,从分子水平研究相关的miRNAs在肿瘤发生发展中的作用,从GEO数据库筛选并下载口腔癌及正常组织的基因芯片,运用GEO2R工具分析筛选口腔癌与正常组织间的差异表达miRNAs. 采用FunRich软件对将所得差异miRNAs进行GO功能注释、KEGG信号通路分析. 通过对GSE124566和GSE113956两个芯片数据进行分析,分别筛选得到109、1 079个差异表达miRNAs,分别包括41、673个上调基因和68、406个下调基因,筛选得到共同差异表达miRNAs有30个,其中上调16个,参与的生物过程主要有细胞间通讯等,细胞成分主要有细胞核等,分子功能主要有转录因子活性等;下调14个,参与的生物过程主要有信号转导等,细胞成分主要有细胞质等,分子功能主要有转录因子活性等. 通过对口腔癌芯片数据的生物信息学分析,发现30个差异表达miRNAs是口腔癌发生、发展的重要miRNAs,囊泡介导的转运,核苷酸的代谢等过程. 最后预测出了13 796个靶基因,并通过PPI互作分析筛选出了联系最紧密的10个靶基因.     

外泌体中的microRNAs在神经胶质瘤中的研究进展

外泌体(exosomes)是一种体内多种细胞可以分泌的细胞外囊泡,由膜蛋白组成的脂质双分子层包绕蛋白质和核酸形成,其直径大小为30～100 nm不等.其内含有microRNAs(miRNAs)和mRNAs等遗传物质,在细胞之间具有物质交换及信息传递等功能,在体内很多生理与病理过程中有着不可忽视的作用.近年来,外泌体中的miRNAs逐渐引起国内外学者的重视,研究发现它们可以参与肿瘤的发生、发展、肿瘤血管生成等相关作用.为了更好地了解外泌体中的miRNAs在神经胶质瘤中的作用,本文综述了外泌体中的miRNAs与胶质瘤的发生、发展、肿瘤血管生成、肿瘤代谢的关系,并探讨了其在胶质瘤诊断和治疗方面的研究进展.     

miRNAs基因的结构保守模式挖掘

miRNA前体（pre-miRNAs）是产生成熟miRNAs的基因表达产物,能够形成较为稳定的茎—环（stem-loop）结构.为了深入研究miRNAs,对miRNAs前体的二级结构建模,并采用关联规则识别miRNAs基因在进化过程中的结构模式.通过分析产生的结构—类别关系（structure-category relationships）来探索miRNAs的功能特征和调节机制.为了获得较好的实验结果,改进传统的关联规则挖掘算法,应用支持度约束和频繁项集的聚类来优化数据挖掘结果.     

豌豆中抗寒相关性miRNAs功能特异性验证及其克隆的研究

以正常(对照)和寒冷诱导豌豆(Pisumsativum Linn)幼苗为研究对象,用已知模式植物拟南芥中抗寒性相关的4种miRNAs序列(miR319、miR393、miR397、miR402)设计引物,通过半定量PCR法,检测在豌豆中正常条件和寒冷诱导下可能出现的相关miRNAs.在此基础上,选取模式植物中已知的miR319序列,设计特异引物,寻找豌豆抗寒性相关的miRNAs.结果表明:miR319、miR393、miR397、miR402均存在于豌豆中,并且冷处理诱导下表达量都有所上升,此结果验证了抗寒性miR家族在植物间存在保守性的特点;特异性寻找克隆、测序结果表明,新的与抗寒性相关的miRNAs也存在于豌豆中.本研究建立的寻找或验证miRNAs的方法是可行的,并为在各种生物中miRNAs功能研究与应用打下良好基础.     

疾病相关miRNAs识别方法研究进展

miRNAs是一类内源性短序列非编码RNAs小分子,广泛参与细胞的增殖、分化、凋亡等生物学过程.miRNAs的异常表达与包括肿瘤在内的多种复杂疾病的发生、发展有着密切的关系,筛选与疾病相关的miRNAs,对于药物靶点的发现及新型药物的开发,具有十分重要的作用.笔者拟通过逐步递进的方式,从miRNA靶基因预测、miRNA生物功能作用机制、疾病相关miRNAs计算筛选方法、miRNA小分子药物多个方面,综述疾病相关miRNAs研究进展,为推进miRNA在临床医学中的应用提供参考.     

饮食中的miRNAs及其对摄食者机体代谢调控的研究进展

miRNAs(microRNAs)是一类内源性非编码单链RNAs,广泛存在于真核生物和病毒中,通过与目标mRNAs分子的3′端非编码区域的碱基进行互补配对,引起靶miRNAs降解或抑制其翻译,来实现对基因进行转录后的表达调控。本文对植物性miRNAs对动物代谢调控的影响、乳品中miRNAs对胎儿机体代谢调控的影响进行了梳理,使人们了解饮食miRNAs作为一种信号分子在细胞间传导、调控并影响摄入者的生理机能以及病理表现的作用机制,进而为研究食品营养与食品贮藏、加工提供新的思路。     

动物MicroRNAs的研究进展

MicroRNAs（miRNAs）是一类小的、内源的、非编码的RNA家族,其在转录后水平上对基因表达进行调控。nfiRNAs是在研究秀丽新小杆线虫（Caenorhabditis elegans）发育转变过程中发现的,最初称为stRNAs（small temporal RNA,小时序RNA）,但stRNAs只是miRNAs家族的一部分,随后在线虫、植物和哺乳动物中发现了miRNAs家族的数百个成员。动物miRNAs不仅在发育调控中起重要作用,还参与许多重要的生理过程。本文综述了动物中miRNAs的发现历程、生物学起源、作用机制、生物学功能、研究方法,并对动植物miRNAs的特点进行了比较。     

真菌Rab蛋白功能的研究进展

Rab家族蛋白是小G蛋白Ras超家族最大的亚家族,不同Rab家族蛋白定位在特定的细胞内膜上.研究结果表明,作为真核生物细胞中各细胞器之间囊泡运输的分子开关,Rab蛋白通过其上游的调节子蛋白和下游的效应子蛋白调控着细胞内囊泡的形成和运输,调节生物体内各种蛋白在细胞内外的运输和分配,在真菌的生长发育和致病过程中起到关键作用.     

前列腺癌的生物标记物——外分泌miRNAs

miRNAs是一类非编码RNAs,可以调节基因表达。现发现miRNAs的表达与癌症发生相关,可以作为一种癌症的生物标记物。在胞外液中miRNAs以不同形式存在:miRNAs与Ago2蛋白结合后进入细胞外囊泡中,或者进入高密度脂蛋白分子中。这些miRNAs被认为是潜在的,非入侵性的疾病诊断和检查工具。在本文中,我们主要讨论胞外miRNAs的生物学功能,以及这些胞外囊泡中miRNAs作为前列腺癌生物标记物的潜在作用。     

基于Gene Ontology的MicroRNA功能聚类

MicroRNA(miRNA)的许多生物过程是通过影响靶基因的转录后表达.miRNA与靶标之间的互补程度和性质决定其基因调控作用.结构相似性可以作为一个强有力的方法推断分子功能的相似性.然而,结构比对的方法来度量miRNA之间的相似性通常不太准确,而且时间开销大.对这些表达差异的miRNA的靶标基因进行聚类,可以很好地理解miRNA的功能.提出一个新的GO(gene Ontology)语义相似性的方法来区分miRNA功能组.该方法采用项信息和边的权重来度量GO项的权重.此外,2个GO图的共同项和非共同项还被用来度量这2个图之间的相似度.对于2个miRNA,它们之间的相似性可以用它们靶标基因标注的GO项的相似性来计算.实验结果表明此方法不仅可以将相似功能的miRNA聚在一起,而且可以预测未知miRNA的功能.     

Correlation between echolocation calls and morphological features among three kinds of bats

The correlation between echolocation sound and morphological features of 18 species of bats, which are subordinated to 3 families including rhinolophidae, hipposideridae and vespertilionidae is studied. Pearson's correlation and regression analysis are adopted to analyze the correlations between noseleaf width (NW) and forearm length (FAL), NW and dominant frequency (DF), FAL and DF. The results show a positive correlation between NW and FAL and a negative correlation between NW and DF in Rhinolophidae. In each family, there is a negative correlation between FAL and DF. Some species have a higher or lower frequency than predicted one according to their body size. There are significant differences of the regression equation of FAL and DF among the three families. For the bats with the same body size, the order in frequency is: hipposiderid bats＞ rhinolophid bats＞ vespertilionid bats. The mechanism of interrelationship between FAL and DF of bats, the reason why these deviations occur in correlativity of the three families and the mechanism of the interaction between morphological, physiological and ecological characteristics are discussed.     

美洲鲎miRNA的生物信息学挖掘与分析

利用miRBase数据库中已有动物的小RNA（miRNA）,通过生物信息学方法对美洲鲎(Limulus polyphemus)表达序列标签（Expressed Sequences Tag,EST）和cDNA进行序列比对,挖掘美洲鲎miRNA,得到了 72个miRNA前体(pre-miRNA)、49个可编码成熟miRNA,隶属于40个miRNA家族。miRNA家族归类结果表明,无论在低等脊椎动物还是高等动物中,miRNA家族的存在都是相当保守的。以miR-10基因前体为例,分析其序列与其他物种同源序列的差异,显示miRNA序列的高度保守性。miR-10前体序列分析系统进化发现,物种聚类与传统分类亲缘关系一致。     

英汉语篇结构差异分析

英汉两种语言属于两种完全不同的语言体系，加之它们具有不同的社会和文化背景，因此在表达形式上存在着很大的异同。文章从语篇的角度入手，比较了英汉两种语言在语篇结构上的差异，目的是使语言工作者认识这些差异，顺应两种语言的结构规范，从而在英汉互译中避免译文晦涩难懂，达到两种语言文化的真正沟通与交流；     

miRNAs在不同物种进化中序列保守性的研究

miRNAs在不同物种的进化中存在保守性,不仅单独在动物或是植物中存在保守性,而且在动植物之间也同样存在．本研究在人和动物的不同组织中克隆到了同源性很高的序列,将所得结果与已发表的成熟的miRNAs比对,发现克隆到的序列与植物中miRNA319家族的相似性较高,并且保守区靠近其5’端,推测新miRNAs可能与miRNA319扮演相似的角色,而这些序列的保守性跨越不同进化阶段的物种,也为miRNAs广泛的保守性增加新的证据,显示miRNAs在物种进化过程中发挥着重要的功能．     

红松半同胞家系生长性状变异分析与优良家系选择

【目的】分析红松(Pinus koraiensis)半同胞家系生长性状的遗传变异,选择优良家系,为红松高世代遗传改良提供材料。【方法】以吉林露水河国家红松良种基地内红松半同胞家系子代测定林为研究对象,对34个家系(包括对照1个)不同林龄(18、23、27 a)时期的生长性状进行家系间差异性比较、遗传参数估算、表型相关与遗传相关分析,综合各林龄阶段家系生长表现,以材积和育种值为主要指标进行优良家系选择。【结果】不同林龄时期,树高、胸径、材积的家系间差异均达到极显著水平。材积家系间差异主要受遗传效应影响,随林龄增长,作用逐渐加强。树高与胸径主要受遗传效应、遗传与环境互作效应共同影响,冠幅主要受环境效应影响。4个性状中,树高变异相对较小,材积变异较大。树高、胸径、材积受较强遗传控制,冠幅受中低遗传控制。林龄18~23 a时,树高、胸径、材积的家系遗传力呈下降趋势;林龄23~27 a时,遗传力变幅较小,表现趋于稳定。遗传进展变化趋势与遗传变异系数变化趋势一致,表现为树高、胸径、材积随林龄增长有所下降,林龄23 a后变幅缩小,基本稳定。生长性状间表型相关与遗传相关均表现为正相关关系。胸径与材积遗传相关达到极显著水平;树高与材积遗传相关随林龄增长逐渐减弱;冠幅与材积遗传相关随林龄增长逐渐加强。对参试家系3个林龄时期的生长表现进行综合分析与评价,筛选出优良家系2个,二者材积均值高出对照25.84%,高出参试家系平均值50.00%,高出表现较差的1331号家系114.29%。【结论】所选1302号、1046号优良家系材积现实增益显著,可为红松高世代育种提供基础材料,对今后红松生长性状的遗传改良以及大径材定向培育等具有积极意义。