DNA条形码在浙江沿海浮游鱼卵和仔鱼分类鉴定中的应用

本研究的目的是对鱼卵和仔鱼进行分类鉴定,了解浙江沿海水域产卵区的物种组成。样品收集于2014年5月-2015年11月,在浙江沿海水域租用渔船采用大型浮游生物网(网长280 cm、网口内径80 cm、网口面积0.5 m2、网目0.5mm、拖速2 n mile/h、拖网时间10 min)通过分析CO I DNA序列,结果显示从24个样本一共鉴定出10个鱼类物种,分属于7个科,即鳀鱼、小黄鱼、龙头鱼、康氏小公鱼、矛尾刺虾虎鱼、褐菖鲉和沙带鱼仔鱼,及凤鲚、蓝点马鲛、黄姑鱼鱼卵。种内平均K-2-P遗传距离0.47%,科内属间平均遗传距离21.7%,目内科间平均遗传距离24.6%,表明种内距离远小于种间距离,与绝大多数条形码研究结果一致。研究结果表明,DNA条形码技术是传统形态学强有力的补充。它是一种准确的,规范化的,有效的物种鉴定工具,在鱼类生物多样性研究中具有广阔的应用前景。     

新疆准噶尔盆地蜱种调查及DNA条形码应用

目的利用DNA条形码技术对新疆维吾尔自治区准噶尔盆地部分县市的蜱种进行鉴定。方法运用标准形态学鉴定方法对采集的蜱进行初步鉴定,进而用COⅠ基因片段扩增并测序。结果 2017-2018年间4-6月在新疆准噶尔盆地地区的8个县市采集点共采集到4880只蜱虫,隶属3属5种,包括革蜱属的边缘革蜱、森林革蜱和草原革蜱,璃眼蜱属的亚洲璃眼蜱以及硬蜱属的凯瑟硬蜱。基于COⅠ基因部分序列比对结果与形态学结果一致,而且系统进化树证明了序列比对的结果;进化树展现了同一物种的不同属均形成高支持率的单系,种间分支明显。研究表明采集的边缘革蜱、森林革蜱、草原革蜱和亚洲璃眼蜱均属于新疆优势蜱种,而凯瑟硬蜱是首次在新疆境内检测到的蜱种。结论以COⅠ基因作为蜱DNA条形码对蜱种鉴定方面具有一定的可行性。     

三种DNA条形码对卤虫分类和进化的比较研究

DNA条形码已成为物种分类和进化研究的有效工具.本研究开发了3种DNA条形码用于卤虫物种鉴定和进化关系研究,并分析比较了其有效性.通过对中国亚洲区域卤虫参考中心储存的48份卤虫卵样本进行DNA条形码检测和系统进化树构建,进一步完成对卤虫种的分类鉴定.结果表明:COI基因和16S-12S rRNA序列均可作为有效的卤虫D...     

利用细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(CO Ⅰ)基因鉴定宠物仓鼠

为探究DNA条形码技术在商品宠物仓鼠的品系鉴定中的可行性,以金丝熊、虎纹熊、眼圈熊、奶牛熊、银狐、紫仓、奶茶、布丁、老婆婆共9个品系36只宠物仓鼠为动物材料,无损取材后,提取基因组DNA,利用特异性引物对线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因进行PCR扩增测序,通过遗传距离和系统进化分析鉴定仓鼠的物种分类.结果显示:1)36个样本均成功扩增出长度为750bp左右的COⅠ基因片段;2)宠物仓鼠中的熊类均属于中仓鼠属(Mesocricetus)物种,其他品系则分属于毛足鼠属(Phodopus)和仓鼠属(Cricetulus)的4个物种,各品系之间谱系混乱.本研究认为,COⅠ基因是适宜于物种鉴定的分子标记,但对宠物仓鼠品系的鉴定和区分能力不足.     

南四湖泥鳅与大鳞副泥鳅CO I基因序列分析

利用PCR-测序技术,对山东省南四湖的泥鳅与大鳞副泥鳅CO I(线粒体氧化酶)基因约900 bp的片段进行测序和分析。这些CO I基因片段的碱基平均含量AT为55.5%,GC为44.5%;序列同源性分析发现,泥鳅和大鳞副泥鳅种内平均遗传距离分别为0.012和0.001,都小于0.02,与其他鱼类的种间遗传距离都大于0.02。利用种间遗传距离构建系统树表明,泥鳅和大鳞副泥鳅样本各自成支,两支的关系比其他鱼种要近,这与形态学分类结果一致,说明该CO I基因序列可以作为DNA条形码用于物种的鉴定。     

基于DNA条形码的摇蚊亚科(双翅目:摇蚊科)部分物种界定

以双翅目摇蚊科摇蚊亚科的14 属23 种物种为研究对象,采用Automatic Barcode Gap Discovery(ABGD)和邻接法(neighbor-joining,NJ)对所获取的116 条DNA 条形码进行分析,探究DNA 条形码在摇蚊亚科物种界定的有效性. 结果表明:基于ABGD 的分析,显示物种遗传距离之间存在"DNA barcode gap";通过分析邻接树,得到23 个分子分类操作单元(molecular operational taxonomic unit, mOTU),与形态学鉴定结果一致. 因此证明DNA 条形码能准确界定摇蚊亚科物种. 本研究在一定程度上补充了中国摇蚊科DNA 条形码研究,也为摇蚊科DNA 条形码数据库的构建和完善提供了数据支持.     

DNA条形码技术在菌物研究中的应用

生物DNA条形码是通过标准化的小片段DNA序列分析,进行物种快速鉴定的一项技术,目前已成为生物多样性和分类学研究的热点之一.尽管菌物在生物界中占据重要地位,但其DNA条形码研究明显滞后于动、植物.本文就生物DNA条形码的发展概况及其在菌物研究中的应用,特别是菌物DNA条形码标准序列选择、数据管理和分析、物种分化水平确定、新技术的应用等进行评述,并展望其研究和应用的前景,以期引起学术界和管理部门的关注,推进我国菌物DNA条形码的相关研究和应用领域的发展.     

涉案偶蹄目动物DNA条形码构建

【目的】利用线粒体DNA条形码标记鉴定涉案偶蹄目动物,为解决偶蹄目动物残体、制品的鉴定难题提供技术参考。【方法】对16个偶蹄目动物物种共67份样本,采用试剂盒提取DNA,扩增、测定物种的线粒体DNA的COI基因、Cyt b基因片段;在GenBank上Blast搜索进行同源性分析;利用MEGA 7.0软件分别比较这两个基因片段种内和种间遗传距离,构建系统发育树。【结果】在同源性分析中,西伯利亚狍(Capreolus pygargus)的Cyt b基因片段与GenBank中西伯利亚狍、欧洲狍(Capreolus capreolus)基因序列的同源性均为99.64%~99.82%,该片段不能区分西伯利亚狍与欧洲狍这两个近缘种。其余测序结果与数据库中参考序列一致且相似度较高。对于COI片段,种内遗传距离为0~1.4%,种间遗传距离为1.8%~18.8%。对于Cyt b基因片段种内遗传距离为0~0.5%,种间遗传距离为4.0%~15.8%。两个片段的种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在较为明显的条形码间隔。COI和Cyt b基因片段的系统发育树中,同物种的不同个体均能形成具有较高支持度的单分支;不同物种之间界限清晰,每个物种的所有个体均能够形成具有较高支持度的单分支。【结论】基于COI和Cyt b基因片段构建的DNA条形码均可用于对涉案偶蹄目动物的物种鉴定。在物种鉴定中,可采用两个片段联合使用的方式,尤其是对于近缘种的鉴定,以降低错误风险。     

若干生态因子对双齿围沙蚕生长发育的影响

双齿围沙蚕 Perinereis aibuhitensis Grube属环节动物门多毛纲,游走目,沙蚕科,围沙蚕属。其个体肥大,是优良钓饵及海水鱼、虾、蟹类的饵料,经济价值高,出口量大,是我国出口创汇的重点产品之一。国外早已开展大面积养殖。我国近几年来也开始了养殖,但其生产性人工育苗技术还未过关。双齿围沙蚕的繁殖生物学研究虽有一些报导,但生态因子对其变态、受精、孵化、幼体发育和成体发育尚未见较系统的报道。本文就此进行了研究,为该种的人工育苗提供依据。 1材料与方法 　　沙蚕亲体采自浙江慈溪市龙山镇沙蚕养殖场,经人工培育至异沙蚕…     

双齿围沙蚕摄食自然沉积物的研究

采用肠道内含物的分析方法,测定了双齿围沙蚕(Perinereis aibuhitensis)摄食沉积物时的颗粒选择性和摄食效率.结果显示,双齿围沙蚕摄食时偏向于摄食较小粒径的颗粒,该结论符合底栖动物最佳觅食模型;双齿围沙蚕饱食沉积物所需时间较其他多毛类短,2.5 h左右,摄食周期大约7h.单位体重摄食率(以干重计)为(0.469±0.196)g/(g·d),比报道的其他多毛类摄食率低.与同类研究相比,文中还对造成结果差异的原因进行了简单分析.     

DNA条形码技术在陕西汉中地区管蓟马物种鉴定中的应用

为了探究DNA条形码技术在蓟马类昆虫物种鉴定方面的可行性,以采自陕西汉中地区的管蓟马种类为研究材料,借助DNA条形码技术,对该地区多种植物上的管蓟马进行分类研究,通过对蓟马标本的无损伤提取、扩增、测定序列,共成功获得18条序列,其中以蓟马科Thripidae的2属2种为外群,管蓟马科Phlaeothripidae管蓟马亚科Phlaeothripinae的3属5种作为内群,构建了系统发育树。结果鉴定出5属7种,其中简管蓟马属包括3种,滑管蓟马属1种,器管蓟马属1种以及蓟马科蓟马属1种和带蓟马属1种。DNA条形码数据可辅助形态学进一步确定物种,区分形态上难以区分的物种。     

植物DNA条形码技术:机遇与挑战

DNA条形码技术是指传统分类对物种无法鉴定时,运用一条短的标准的DNA区间作为条码来进行物种鉴定的方法.目前,叶绿体基因rbcL和matK基因片断可能被用作植物DNA条形码技术的分子标记.本文回顾了DNA条形码技术的背景,植物DNA条形码技术的过程和效果.广义DNA条形码技术已被证实在中药鉴定中具有作用.同时,本文还讨论了在我国经济高速发展时期,DNA条形码技术在生物多样性保护中应用前景.     

DNA条形码技术的概况及其在大型海藻中的应用

随着DNA条形码技术的不断发展,资源丰富的条形码序列信息可供研究者进行各个物种的研究工作,藻类分类学家也做了各种各样的尝试,开发有效的DNA条形码序列进行相关藻种的鉴定,目前的条形码如RBCL、ITS均在石莼属等物种鉴定工作中取得了一定的效果。     

DNA条形码技术在白洋淀流域浮游动物调查中的应用

DNA 条形码在物种鉴定中得到了有效的应用,有助于分类学和生物多样性研究. 本研究基于线粒体COI基因序列,使用邻接法(neighbor joining method,NJ)和最大似然法(maximum Likelihood,ML)构建系统发育树,对2018年5月在白洋淀流域采集的浮游动物样品进行初步研究. 结果表明,在对桡足类的系统发育树分析时,NJ树和ML树的结果保持一致,而且和形态学鉴定结果保持一致. 在对枝角类的系统发育树的分析中,NJ树和ML树的结果有所差异,和形态学鉴定结果也有所不同,分析原因,可能是由于拼接序列时剪短了部分序列,使序列间差异性变小引起误差. 总体上看,基于COI基因的DNA条形码可以有效地应用到白洋淀流域的浮游动物鉴定中,并可以逐步完善,最终建立一个完整的DNA条形码数据库.     

中国海竹节虫科(Maldanidae)一新记录亚科瑰节虫亚科(Rhodininae)和一新纪录种

本文记述了在北黄海采集到的环节动物门多毛纲瑰节虫亚科(Rhodininae Arwidsson,1906)一新记录种:细小瑰节虫Rhodine gracilior Tauber,1879。这也是该亚科在中国海域的首次报道。细小瑰节虫的主要鉴定特征:头部和第1刚节之间有一横向脊,第1刚节较长,第2和3刚节的领在背中央无缺刻,双排的腹齿片刚毛位于第5~15刚节。为便于该亚科物种的鉴定,本文提供了该属的物种检索表。     

獐牙菜亚族植物DNA条形码研究

为准确鉴定獐牙菜亚族植物(包含常用藏药"蒂达"(藏茵陈))的基原植物,实现对贮藏药材的标准化鉴别.本研究利用核基因ITS片段和叶绿体rbcL、mat K和trnH-psbA片段对獐牙菜亚族25种50个个体进行DNA条形码研究,结合4个候选条形码及其组合的种内、种间距离分布及物种鉴别率评价其在獐牙菜亚族植物中的应用效果.结果表明:核基因ITS片段不仅在单片段中鉴别率最高(80%),包含ITS片段的候选条形码组合的物种鉴别率均为100%,考虑mat K+ITS组合对种子植物的物种鉴别效果更好,推荐双条形码组合mat K+ITS为獐牙菜亚族植物的标准条形码.     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

DNA条形码——性二型蚤蝇鉴定的有力工具

综述了近年对性二型蚤蝇鉴定的研究手段,并着重分析讨论了DNA条形码在解决性二型蚤蝇配对难题方面的有效性与可行性.同传统的形态学手段相比较,DNA条码技术在物种鉴定方面不受表层可塑性和遗传可变性的干扰,也不受物种性别和发育阶段的限制.同时,DNA条码技术标准化的操作、数字化的数据便于简单、高效、快速地对物种进行鉴定,还可以解决单靠形态学手段难以解决的性二型、雄性多型和隐存种问题.     

DNA条形码技术的应用与分析

DNA条形码技术(DNA Barcoding)是一种通过使用短的标准DNA片段来快速、准确的识别与鉴定物种的技术.这几年一直是物种分类和生物多样方面研究的热点,遗传多样性作为生物多样性研究的核心问题,目前DNA条形码也开始广泛应用于生物的遗传多样性研究.本文简单概述了DNA条形码技术的发展状况、原理、标准基因片段,着重阐述了其在生物分类学和遗传多样性等中的应用,以及其所存在的局限性,并展望了其应用前景和意义.     

基于ITS2条形码鉴定酸橙类中药材

对正品枳及其5种常见混伪品进行ITS2分析,为制药和临床上鉴别枳实和枳壳类中药材提供一种方法,也为农业上鉴定橘类种子种苗提供一种可靠方法。提取枳及其混伪品DNA,对ITS2序列扩增和双向测序,从GenBank下载其他部分序列。用DNAstar 7.10进行序列长度统计,并计算G+C含量。用MEGA 5.0计算种内种间(K2P)遗传距离,并进行NJ树聚类分析和二级结构分析,最后通过条形码网站鉴定各物种序列。结果发现:枳及其混伪品ITS2序列长度范围为231～279bp,G+C含量范围为69.26%～72.93%;种内最大K2P遗传距离比种间最小遗传距离小;聚类树单系性良好,但二级结构区分不明显,条形码网站鉴定可得到正确物种。ITS2条形码可有效鉴别枳及其混伪品。