阳春砂倍半萜合酶AvTPS基因的生物信息学分析和表达纯化

目的:克隆阳春砂倍半萜合酶(AvTPS)编码序列,并对其蛋白进行表达和纯化.方法:根据转录组测序获得的倍半萜合酶(TPS)核苷酸序列设计引物,以反转录生成的cDNA为模板,使用RT-PCR克隆获得AvTPS的编码(CDS)序列,并连接pMD-18T载体上,对阳性菌进行基因测序.利用ClustalX等生物信息软件对AvTPS蛋白氨基酸序列进行生物信息学分析.利用表达载体pSDS233, Ni-NTA亲和层析对蛋白表达和纯化.结果:通过RT-PCR获得了大小为1 650 bp的AvTPS的CDS序列并成功连接到pMD-18T载体.生物信息分析表明,AvTPS蛋白含549个氨基酸残基,二级结构以α-螺旋为主等信息.通过蛋白的表达和纯化,获得纯度为94.22%的可溶性AvTPS蛋白.结论:从阳春砂中可成功克隆出AvTPS的编码基因,为后续研究其基因在阳春砂中的特异性表达奠定基础.     

云南柠檬生产区衰退病检测与分析

用柑橘衰退病毒DAS-ELISA试剂盒对采自德宏的柠檬样品进行测定.以阳性样品的总RNA为模本,用RT-PCR扩增柑橘衰退病毒外壳蛋白基因的部分序列并克隆测序.检测结果表明云南瑞丽柠檬受到柑橘衰退病毒的感染.16个柑橘衰退病毒柠檬分离物与其它柑橘衰退病毒分离物进行了CP基因部分序列组群分析,分析表明为害德宏柠檬的柑橘衰退病有3种类型,即速衰型、茎陷点型和苗黄型.     

基于PacBio平台的七叶一枝花全长转录组测序

以根状茎、茎、叶、花、果荚及种子6个部位为样品,利用PacBio技术对七叶一枝花进行了全长转录组测序,并对测序数据进行了生物信息学分析.研究共获得52537个平均长度为2607 bp的高质量isoforms,其中40725条isoforms得到注释.GO注释中,4596个isoforms分为生物学过程、细胞组成和分子功...     

MiRfilter:一个预测病毒microRNA的计算工具

采用生物信息学方法开发了一个预测病毒miRNA的计算机程序MiRfilter,通过提取已知的病毒miRNA的生物学特征,规定参数及参数范围,并以此为筛选标准,预测潜在的病毒miRNA.用EBV和RLCV两种病毒的正负样本对MiRfilter的预测精度进行检测.MiRfilter从39个EBV已知的miRNA中正确识别了30个,从116个负数据中检测到9个假阳性数据;从20个RLCV的miRNA中正确识别了15个,从108个负数据中检测到2个假阳性数据.用取自果蝇和线虫预测区域的186个负数据检测MiRfilter的特异性,在186个负数据中没有预测出假阳性序列.     

一株Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒强毒株的分离鉴定及全基因组序列分析

目的 对一例典型草鱼出血病的病原进行分离、鉴定和全基因组序列分析.方法 采用细胞培养分离病毒、PCR检测和测序分析、电镜观察、间接免疫荧光(IFA)分析、全基因组序列测定及回归感染鉴定对采集的草鱼出血病样品进行病原分析.结果 接种病毒的细胞没有产生CPE,但电镜观察可见大量呈典型呼肠孤病毒特点的病毒粒子,PCR检测并测...     

新疆石河子地区牛病毒性腹泻病毒的分子流行病学调查

根据GenBank中公布的牛病毒性腹泻病毒（BVDV）5’UTR保守区基因序列,设计3对引物,应用逆转录一聚合酶链反应（RT-PCR）检测方法对采白石河子地区3个场的64份牛全血样品进行核酸检测及测序。结果表明：BVDV阳性率为39．06％（25／64）,其中有22对母子对应样品,母牛阳性率为40．91％,犊牛为45．45％,提示新疆石河子地区BVDV垂直感染较严重。9头牛表现临床症状,阳性率为22％,其余为临床健康牛,阳性率为41．81％,数据显示新疆石河子地区奶牛BVDV隐性感染严重。测序得到2条不同的序列,经5’UTR区域核酸序列同源性比较和系统发生分析表明2株病毒与VEDEVAC（匈牙利弱毒疫苗株）亲缘关系最近,同源性达96．2％-100％,用DNASTAR软件进行基因与系统发生进化关系分析属于BVDV-1b基因亚型,未检测到BVDV-2型病毒。提示新疆石河子地区BVDV流行株为BVDV—1b亚型,且经生物型鉴定,所测阳性样品为非致细胞病变型。本研究可为今后的流行病学研究和疫苗应用等防制措施提供依据。     

硬叶兜兰花芽SSH文库的构建

以硬叶兜兰花芽cDNA为Tester,营养芽cDNA为Driver,利用SMART策略构建了硬叶兜兰花芽的抑制性消减杂交(SSH)文库.通过PCR对文库中插入的片段进行检测后,筛选了288个插入片段为500bp以上的克隆进行测序.测序结果去除载体序列后聚类得到18条差异表达片段,用BLAST进行比对分析表明,这些差异表达基因所编码的蛋白与光合作用、合成代谢、基因调控等功能有关,其中包括多个转座子和反转录转座子的同源基因.     

百合无症病毒衣壳蛋白基因克隆和蛋白分析

根据已报道的LSV CP基因序列合成两条寡聚核苷酸引物,模板为感染LSV的百合叶片的总RNA,通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增出大小为876bp的LSV CP基因,经测序后,对该基因编码区全长序列及相应的氨基酸序列用生物信息学软件系统进行序列分析及结构功能预测.结果表明:该基因由876个核苷酸组成,编码291个氨基酸;与GeneBank公布的其他LSV分离物的基因序列同源性为93.4%～99.0%,氨基酸同源性为84.8%～99.5%;它含有一个卷曲螺旋结构和多个磷酸化位点,平均疏水值为-0.432;含有Carlaviruses完整的衣壳蛋白保守结构域,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主.     

鲟鱼发酵过程中微生物的演替变化分析

为了解鲟鱼发酵中细菌群落多样性及动态演替规律,为发酵鲟鱼的品质提供理论数据,利用Illumina HiSeq测序平台,采集鲟鱼发酵过程中的7个阶段的样品,对样品中的细菌16S rDNA V4~V5区进行测序和系统发育分析。结果表明,样品获得序列数平均为46463条,各个发酵阶段的操作分类单元数目分别为新鲜鱼样1064,腌制鱼样952;发酵5d 454,发酵10d 442,发酵20d 327,发酵25d 372和发酵35d 356。7组样品中总体细菌组成较为复杂,含有38个门、196个科,在新鲜鱼样中,厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)占主要优势;在腌制阶段,蓝藻门(Cyanobacteria)占主要优势;从发酵开始至结束,厚壁菌门(Firmicutes)占绝对优势。在科水平上,新鲜鱼样中的主要优势菌科为肠杆菌科(Enterobacteriaceae),腌制样品中的主要优势菌科为肠球菌科(Enterococcaceae);从发酵开始至结束,主要的优势菌科为明串珠菌科(Leuconostocaceae),其次是乳杆菌科(Lactobacillaceae)和链球菌科(Streptococceae)。通过HiSeq测序能够更全面解析鲟鱼发酵过程中的细菌多样性;从测序平台提供的微生物多样性信息中发现,各样品间的菌属丰度存在一定的差异性,说明菌群组成与发酵环境密切相关,这为传统腌鱼发酵提供了理论依据和数据支撑。     

李坏死环斑病毒检测方法的比较研究

针对感染李坏死环斑病毒（Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV）植株病毒的特异性检测,将DAS—ELISA、RT—PCR方法综合改进、优化,建立了免疫捕获反转录PCR（IC—RT—PCR）检测PNRSV的方法．该方法采用PNRSV抗体特异性免疫捕获病毒,并根据GenBank中PNRSV序列设计的特异性引物对PNS／PN3进行PCR扩增,得到约760bp大小的特异性基因片段．扩增产物经克隆测序后,结果表明：产物序列与PNRSV的外壳蛋白编码基因存在94％～98％的同源性．检测广泛性以及灵敏度比较研究显示,IC—RT—PCR方法能从含量很低的受病样品中检出PNRSV,检测灵敏度与RT—PCR相近,但所检测样品的范围更广,适用于从植物各部位检测低含量的病毒．IC—RT—PCR检测灵敏度比DAS—ELISA方法高出1000倍．     

A New Definition of Virus

Security experts have not formally defined the distinction between viruses and normal programs. The paper takes user＇s intension as the criteria for malice, gives a formal definition of viruses that aim at stealing or destroying files, and proposes an algorithm to detect virus correctly. Compared with traditional definitions, this new definition is easy to understand, covers more malwares, adapts development of virus technology, and defines virus on the spot. The paper has also analyzed more than 250 real viruses and finds that they are all in the domain of the new definition, this implies that the new definition has great practical significance.     

一种引导型音乐病毒的原理分析与诊治

介绍了一种引导型音乐病毒的奇特表现形式，传染途径，详细分析了病毒运行机制及其诊治方法，该病严重危害第一个ＤＯＳ分区大于３２Ｍ字节的硬盘，并且用现有国内最新的各种正版消毒软件以及国外的消毒软件都不能对硬盘彻底检查和消毒。     

浅析计算机病毒及其防范措施

简要分析了计算机病毒的内涵、类型及特点，针对网络病毒的防治从系统防毒、终端用户防毒和服务器防毒等方面进行了探讨，并概述了网络防病毒产品的发展趋势。     

网络型病毒与计算机网络安全

传统的计算机病毒分类法常以寄生对象为标准将病毒分为文件型、引导型和混合型，但根据当前病毒发展的趋势，应增加一类网络型病毒。网络型病毒的寄生对象广泛、传播速度快、危害广，它利用Internet的开放性和软件系统的缺陷，破坏网络中的各种资源以及网络通讯，某些种类的网络病毒还是黑客工具。因此结合多个具体实例，分析了网络型病毒对网络安全的危害，提出网络型病毒的防治应首先从管理措施上着手，并综合防火墙技术、病毒防治软件、软件更新、数据备份等多种技术措施。     

病毒在生物进化中的重要意义

最早的原始 RNA 是地球上的第一批生命。逆转录 RNA 所产生的 DNA 是球上第一批以DNA 为遗传信息载体的生命祖先。当今的一切生物都重现着原始 RNA 的进化方式,即以基因的重排与重组作为产生物种多样化的手段。这些都可由当代病毒学的新发现中获得证据。     

石河子地区大葱病毒病毒源的鉴定

石河子地区大葱病毒病主要表现为黄化、矮缩、条纹症。1986年我们从本院表现黄化、条纹症的大葱病株上分离到一个病毒分离物—86—1。经寄主范围测定,其奇主范围很窄,只感染百合科的大葱、洋葱和韭菜等。通过汁液摩擦和蚜虫传染,光学显微镜下检查可以看到不定型内含体。病毒致死温度为70—75℃,稀释限点为1000—10000,体外保毒期为4—8天,电镜下观察病毒粒体线状,大小为750—850nm,超薄切片观察,可见风轮状内含体。说明为马铃薯y—组病毒的成员。根据上术特性和有关资料分析,石河子地区大葱病毒病的毒源应是洋葱黄矮病毒。近年来,石河子地区大葱病毒病发生日趋严重,一般发病率为5—10％,重者达25％以上,病株平均减产达27.3％。田间症状主要表现为黄化、矮缩和条纹。病叶有时扭曲,留种株严重矮化、花序减少,有时畸形、结实率降低,减产可达50％,严重影响大葱的生产,为此于1986—1987年对该病毒源进行了初步鉴定。     

浅谈计算机网络病毒及防范措施

分析了网络病毒对网络安全的危害以及病毒在网络中的各种传播方式,提出计算机网络病毒的防治应从管理措施上着手,并综合防火墙技术、病毒防治软件、软件更新、数据备份等多种技术措施对网络病毒进行防治。     

计算机病毒的防治

通过长期实践总结了病毒发生的一些征兆，并对目前流行的病毒和反病毒机制进行了分析，指出只有将反病毒与防病毒技术结合使用才能最大限度预防病毒的发生并避免其灾害，并提出了具体的病毒防范措施。