基于抽象语法树和最优映射算法的克隆代码映射研究

以具有嵌套结构的克隆代码为研究对象,使用NiCad检测工具获取克隆代码的检测结果,然后将检测出的克隆代码转换为抽象语法树,利用递归函数返回最优子树,筛选出具有相同嵌套结构的克隆代码;再利用最优映射算法对具有相同嵌套结构的克隆对进行映射.此方法更好地支持了Type-3类型克隆代码的映射,为进一步研究克隆代码重构奠定了基础.     

桃抗病基因同源序列的克隆与分析

根据已克隆的STK类抗病基因的保守区设计简并引物对4个不同桃的基因组DNA进行PCR扩增,将获得的扩增片段的回收产物,应用pGEM-T easy裁体试剂盒进行了目的基因片段的克隆.随机挑取若干单克隆经PCR鉴定确认后,进行测序,共获得11个各不相同的片段序列.氨基酸序列分析中,有6个片段能推导出完整的氨基酸序列.除了两侧都基本具有STK类抗病基因产物的保守结构域.     

基于依赖图的程序克隆分析及近似解求解方法

大型软件系统中的代码复制和修改现象可能导致程序缺陷的扩大以及无用代码的存在,克隆代码检测分析则有助于抽取可复用的软件组件和模式,在软件重构和软件演化中起重要的作用。在给出了一种基于子图同构进行克隆代码检测的方法基础上,加入依赖边类型约束求近似解的算法,以改善算法的时间复杂性。     

面向函数的代码克隆检测

在软件开发过程中绝大多数克隆代码集中在函数内部,为了更加快速有效地检测出克隆代码,提出了一种基于函数内部特征矩阵的代码克隆检测算法。该算法通过提取函数内部特征,从而达到将具体代码的比较转化为对特征矩阵进行相似度计算。实验结果表明,该算法可以检测出所有克隆函数,并与基于字符串代码克隆检测算法和基于串匹配的程序代码相似性识别方法相比,该算法在运行时间及精度上均优于基于字符串代码克隆检测算法和基于串匹配的程序代码相似性识别方法。其次,通过使用N-grams算法对函数名进行相似度检测,使得该算法在运行效率上得到了显著提升。     

基于RFID供应链的双轨迹克隆检测方法

针对传统基于射频识别技术(radio frequency identification,RFID)的克隆检测方法面对供应链动态变化、标签误读的局限性,提出一种简单、有效的基于轨迹的克隆检测方法.该方法通过在标签中写入验证序列,使得随着标签随产品在供应链中流动,正版标签和克隆标签因验证序列的不断更新而出现不同,而且标签中的验证序列随时间变化会呈现一定的规律,于是形成一条序列轨迹,结合标签事件信息中业务动作的一致性形成2条轨迹,即双轨迹.该方案通过评估2条轨迹的正确性来发现克隆,在评估克隆存在时充分考虑了标签误读、误写、事件丢失以及错误运输.使用Arena对供应链进行建模和仿真.仿真表明,该方案对供应链动态变化具有灵活性,同时在牺牲较小通信量的情况下,有效地提高了检测性能.     

鲫血清转铁蛋白cDNA克隆及其序列分析

从GenBank数据库查询发表的鱼类转铁蛋白cDNA或基因序列,根据铁离子结合转运功能位点,设计并合成了两对引物P1、P4以及P2、P3,克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA中的核心片段,长度为866 bp.再根据克隆出的核心片段分别设计上游及下游两对引物P5、P6以及P7、P8,随后用RACE方法分别克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA的5'端(787 bp)和3'端(1 081 bp)以及全长cDNA,最后用计算机程序排列出鲫血清转铁蛋白全长cDNA,长度为2 444 bp.比较了12种鱼类血清转铁蛋白cDNA序列的同源性.     

鲫血清转铁蛋白cDNA克隆及其序列分析

从GenBank数据库查询发表的鱼类转铁蛋白cDNA或基因序列，根据铁离子结合转运功能位点，设计并合成了两对引物P1、P4以及P2、P3，克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA中的核心片段，长度为866bp。再根据克隆出的核心片段分别设计上游及下游两对引物P5、P6以及P7、P8，随后用RACE方法分别克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA的5’端(787bp)和3’端(1081bp)以及全长cDNA，最后用计算机程序排列出鲫血清转铁蛋白全长cDNA，长度为2444bp。比较了12种鱼类血清转铁蛋白cDNA序列的同源性。     

CloneIRD:面向代码溯源的克隆代码继承关系判定方法

随着开源软件的广泛使用，代码溯源成为管理软件源代码、降低潜在风险的重要技术手段。基于代码克隆检测的大规模代码溯源分析，从其检测结果中鉴别代码克隆对之间的继承关系，对代码来源追踪、组件依赖关系分析、软件脆弱性分析以及代码缺陷修复等具有重要意义。目前，已有方法在原始代码片段存在微小修改的情况下，会产生许多误判，并且检测克隆对的效率也有待提高。针对上述问题，提出了代码溯源中克隆代码继承关系的判定方法CloneIRD,包括一个基于自研快速分布式克隆检测工具FastDCF的代码溯源分析框架，以及该框架的核心算法——基于代码演化信息的克隆代码继承关系判定算法EIHR。为验证框架和算法的有效性，首先设计并实现了CloneIRD方法，并在Linux内核V4.9和V4.12的开源代码上进行了实验。实验结果表明，CloneIRD方法能够有效判定代码溯源结果中克隆对的继承关系，且基于FastDCF的溯源分析框架能够胜任大规模代码的溯源分析任务。     

基于抽象语法树的C克隆代码重构应用与研究

为了缩短软件工程生命周期,引入组件、复制的概念,利用抽象语法树(AST)将相同功能的代码设计为一个函数,保留充足的接口参数,利用过程调用开发软件程序,可以提高软件开发效率.     

基于抽象语法树和图匹配网络的代码作者身份识别

源代码作者身份识别有助于解决恶意代码攻击溯源、代码剽窃、软件侵权等问题，本文提出一种新的基于图匹配网络和抽象语法树的源代码作者身份识别方法.首先，通过删除注释、统一换行符、制表符预处理源代码，消除不同集成开发环境和代码布局的影响；然后，基于数据增强抽象语法树将源代码转换为树结构，添加不同类型的边构建代码特征图，不仅关注语法和句法特征，还提取了代码中数据流和控制流特征；接着使用特征图训练图匹配神经网络，生成源代码的图嵌入特征向量；最后，使用孪生神经网络对输出的两个图嵌入特征向量进行计算，识别源代码作者身份.实验结果表明，本文的方法在包含1000位程序员的Google Code Jam数据集上达到了95.60%的准确率，与现有的源代码作者身份识别方法相比，提高了准确率和扩展性.     

基于语法树的程序相似度判定方法

针对代码抄袭及软件盗版现象, 研究了3种传统基于程序结构相似性检测方法, 并提出一种基于语法树的程序相似度检测方法。该方法先对源程序进行语法分析得到其语法树, 然后基于语法树重点分析源程序的语法结构并计算其相似度, 从语法结构的角度消除高级抄袭手段所带来的干扰。实验结果表明, 基于语法树的程序相似度检测方法可以较好地检测增加冗余语句、 控制结构的等价替换等10种抄袭手段。     

COC++ 编译器面向对象技术的实现

ＣＯＣ＋＋编译器的功能是将Ｃ＋＋源程序转换为等价的Ｃ程序。ＣＯＣ＋＋编译器不是使用传统的构造方法而是采用面向对象的设计技术，将相应成分如符号表，语法分析等模块封装为类，并以Ｃ＋＋语言实现。符号表类封装符号表及其建立、登录、查找等操作。基于Ｃ＋＋的作用域规则，ＣＯＣ＋＋编译器为每个作用域中的符号建立一个符合表，利用指针链指明嵌套关系和继承关系。语法分析的模块设计为一个抽象类，定义所有语法成分类的公共特性和公共接口。实际的分析工作和语义处理工作通过Ｃ＋＋语言的多态机制由相应的派生类各自的成员函数实现。这样类化的编译结构不会因为增加某些语言成分而做很大的改动。阐述了面向对象的技术用于编译系统的设计和开发的特点。     

基于PAT树的程序静态分析方法

软件测试是软件工程的重要组成部分，程序静态分析技术是软件测试中静态测试的基础，该技术通过对程序源代码进行分析以发现其中的错误．文章提出了一种程序静态分析方法，建立了一个树形结构的模型PAT（Program Analysis Tree）形式化描述了Java程序，准确地描述了Java程序的逻辑结构．最后给出了一个基于此模型的程序分析方法．     

"好好芭"种子实生苗茎节无性系建立及其遗传差异

采用“好好芭”种子萌发的无菌苗茎节作为外植体,利用体外微繁殖技术,通过茎节培养获得大量体细胞无性系克隆,研究了植物生长调节物质脱落酸、矮壮素对试管苗生长繁殖的影响,随机选择一些克隆进行表型的遗传差异分析,结果表明克隆间的遗传差异是显著的,因此,利用种子实生苗的遗传变异广泛性进行种子实生苗茎节克隆的筛选和培育新品种,是完全可行的。     

松嫩平原不同生境星星草无性系种群的数量特征分析

通过单位面积取样调查,定量地分析了开花期星星草无性系种群的数量特征及其与无性系大小之间的关系。结果表明,星星草无性系种群分蘖株的数量决定于丛径的大小,并且放牧地略高于割草地;开花期星星草无性系分蘖株的数量两样地均以营养蘖数量占优势地位,割草地占总蘖数的63.48%,放牧地占54.69%,割草地略高于放牧地。星星草分蘖株数量和生物量与丛径之间呈极显著的直线正相关关系,其相关性均达到了极显著水平(P<0.01)。     

水分胁迫条件下4个杨树无性系气体交换特征比较

选用两个速生的（群众杨４４和欧美杨２５／８６）和两个慢生的杨树无纱水培苗木，在不同温度适应下进行水分梯度胁迫和解除胁迫处理，测定了不同叶室相对湿度条件下净光合速率（Ｐｎ）、气孔导率Ｃｓ及蒸腾强度（ＴＲ）等生理指标，试验结果表明，小叶杨和群众杨４４耐旱及恢复能力比两个欧美杨强。４个无性的Ｐｎ差异显著性受温度和相对湿度影响，产生无性系Ｐｎ差异的原因锖央气体扩散过程，也表现在非气体扩散过程（ＣＯ２固定的     

Comparative physical mapping of rice BAC clones linked to resistance genes Glh,Bph-3 and xa-5 in Oryza sativa L. and O. granulata Nees et Arn. ex Watt.

Oryza granulata Nees et Arn. ex Watt. is one of the three wild relatives of rice,which are the most valuable for study and utilization in China.In this study,the homology and physical locations of three rice resistance genes,Glh,Bph-3 and xa-5 are comparatively analyzed between O.sativa and O. granulata by Southern blotting and fluorescence in situ hybridization (FISH).The results of Southern blotting indicate that there exist homologous sequences of the tested RFLP markers in O. granulata.By using three bacterial artificial chromosome (BAC) clones scanned by the tested RFLP as probes, FISH signals are detected on both mitotic and pachytene chromosomes in O.sativa and O.granulata.Dual-color FISH demonstrates that two of the three BAC clones (14E16 and 38J9) are located on the short arm of the same chromosome pair in O. granulata. Additionally, colinearity is shown for the two clones between O.sativa and O.granulata. Another BAC clone 44B4 is located on the end of the short arm of other chromosome pair in these two species.Although the phylogenetic relationship between O.sativa and O.granulata is the most distinct in Oryza and these two species have evidently different biological features and ecological habits, the relative lengths and arm ratios of the detected chromosomes and the relative positions of the tested clone signals on chromosomes in O. granulata are quite similar to those in O. sativa.     

基于抽象语法树的代码静态自动测试方法研究

软件测试是排除软件故障，提高软件质量和可靠性的重要手段。从是否需要执行被测程序角度考虑，软件测试分为静态测试和动态测试。动态测试通过输入测试数据，动态执行程序来发现软件中存在的错误。尽管动态测试能发现部分软件错误，但对于一些特殊类型错误的检测无效。鉴于此，本文采取了一种特殊的静态分析技术来实现对代码的测试。本文首先讨论了传统软件测试方法的缺点和局限性，给出了软件的故障模型，进而提出了基于抽象语法树的静态分析技术，并给出了故障自动检测算法。依据该算法开发了自动化测试工具，给出了实验结果和对比分析，并指出了下一步的研究方向。     

柳杉无性系指纹图谱的构建及遗传多样性分析

【目的】为了构建柳杉无性系的DNA指纹图谱,准确区分柳杉无性系。【方法】利用SSR标记分析了柳杉89个无性系的遗传多样性和指纹图谱。【结果】11对引物共检测出53个等位点,平均每个SSR位点有5个,变化范围为3～6个; 有效等位基因数(N_e)变化范围为1.887 0～4.295 6,平均为3.041 1; Shannon信息指数(I)变化范围为0.774 9～1.556 3,平均为1.208 1。表明SSR标记具有较高的多态性。根据SSR标记特点及引物的顺序,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了柳杉89个无性系的 DNA 分子指纹图谱,使每个无性系都获得了 1 个 22 位数的指纹图谱号码,同时基于个体间的遗传距离将柳杉89个无性系分为 5 类。【结论】SSR标记适用于柳杉无性系遗传多样性分析及鉴定,柳杉的遗传多态性处于中等偏高水平。